# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.080 0.049 0.036 0.076 0.085 0.139 0.180 0.119 0.109 0.086 0.041 2 R 0.142 0.203 0.060 0.172 0.125 0.095 0.091 0.051 0.032 0.019 0.009 3 G 0.071 0.087 0.029 0.067 0.071 0.082 0.127 0.117 0.140 0.118 0.091 4 P 0.219 0.114 0.039 0.155 0.147 0.097 0.107 0.061 0.034 0.018 0.009 5 E 0.353 0.157 0.083 0.191 0.090 0.048 0.037 0.021 0.011 0.006 0.003 6 A 0.014 0.019 0.015 0.047 0.059 0.133 0.173 0.121 0.175 0.148 0.095 7 F 0.006 0.013 0.010 0.040 0.061 0.095 0.155 0.140 0.191 0.173 0.116 8 L 0.025 0.027 0.069 0.101 0.122 0.162 0.189 0.111 0.095 0.069 0.029 9 K 0.047 0.111 0.190 0.235 0.154 0.111 0.080 0.035 0.020 0.011 0.005 10 L 0.020 0.027 0.015 0.039 0.050 0.091 0.187 0.158 0.174 0.146 0.093 11 P 0.263 0.261 0.052 0.132 0.093 0.060 0.068 0.036 0.019 0.011 0.005 12 K 0.529 0.193 0.083 0.107 0.044 0.019 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 13 D 0.481 0.229 0.067 0.109 0.051 0.025 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 14 L 0.113 0.070 0.042 0.092 0.101 0.132 0.191 0.110 0.078 0.049 0.023 15 K 0.225 0.217 0.131 0.183 0.112 0.058 0.040 0.022 0.007 0.004 0.001 16 D 0.019 0.177 0.178 0.190 0.121 0.113 0.104 0.055 0.024 0.015 0.004 17 R 0.053 0.047 0.069 0.123 0.162 0.200 0.219 0.083 0.029 0.013 0.004 18 E 0.509 0.073 0.282 0.096 0.024 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 A 0.010 0.026 0.080 0.148 0.147 0.267 0.217 0.063 0.026 0.012 0.003 20 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.010 0.046 0.083 0.244 0.330 0.279 21 Q 0.006 0.017 0.190 0.176 0.268 0.184 0.115 0.030 0.009 0.003 0.001 22 D 0.010 0.016 0.900 0.059 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.002 0.003 0.012 0.025 0.050 0.245 0.385 0.141 0.082 0.045 0.011 24 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.063 0.100 0.261 0.327 0.228 25 Q 0.012 0.033 0.559 0.203 0.125 0.039 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 26 D 0.022 0.058 0.662 0.155 0.060 0.022 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 27 I 0.008 0.008 0.009 0.014 0.024 0.079 0.197 0.176 0.195 0.176 0.115 28 G 0.319 0.181 0.057 0.111 0.094 0.063 0.077 0.052 0.025 0.015 0.006 29 N 0.211 0.230 0.219 0.186 0.077 0.035 0.022 0.011 0.005 0.003 0.002 30 S 0.163 0.101 0.052 0.083 0.091 0.100 0.156 0.093 0.070 0.053 0.037 31 D 0.465 0.198 0.039 0.099 0.059 0.045 0.048 0.026 0.013 0.006 0.003 32 D 0.197 0.158 0.091 0.219 0.127 0.087 0.065 0.029 0.015 0.007 0.004 33 I 0.009 0.011 0.017 0.025 0.037 0.060 0.115 0.121 0.207 0.201 0.198 34 L 0.013 0.038 0.034 0.120 0.157 0.147 0.189 0.127 0.093 0.052 0.029 35 A 0.011 0.020 0.043 0.060 0.064 0.085 0.141 0.146 0.176 0.156 0.099 36 A 0.005 0.007 0.011 0.033 0.060 0.084 0.136 0.172 0.182 0.167 0.144 37 V 0.004 0.008 0.011 0.027 0.048 0.041 0.113 0.224 0.199 0.186 0.138 38 V 0.003 0.005 0.013 0.031 0.058 0.044 0.082 0.144 0.185 0.207 0.227 39 L 0.006 0.003 0.009 0.014 0.031 0.042 0.110 0.152 0.225 0.215 0.193 40 S 0.048 0.087 0.100 0.286 0.221 0.088 0.087 0.040 0.025 0.010 0.006 41 A 0.006 0.010 0.011 0.014 0.026 0.030 0.090 0.111 0.174 0.210 0.317 42 T 0.054 0.330 0.090 0.211 0.143 0.072 0.057 0.021 0.012 0.007 0.003 43 P 0.664 0.157 0.042 0.073 0.032 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 44 G 0.574 0.149 0.038 0.085 0.052 0.037 0.034 0.018 0.007 0.004 0.002 45 A 0.055 0.146 0.040 0.240 0.170 0.114 0.114 0.061 0.035 0.018 0.007 46 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.050 0.077 0.217 0.282 0.348 47 E 0.012 0.098 0.263 0.389 0.184 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.009 0.007 0.016 0.016 0.046 0.099 0.153 0.199 0.452 49 F 0.002 0.003 0.007 0.027 0.063 0.089 0.143 0.139 0.198 0.179 0.149 50 R 0.010 0.019 0.041 0.070 0.092 0.123 0.264 0.140 0.127 0.084 0.031 51 K 0.027 0.122 0.295 0.273 0.137 0.074 0.036 0.017 0.009 0.006 0.004 52 N 0.214 0.239 0.073 0.132 0.086 0.070 0.104 0.046 0.021 0.010 0.005 53 G 0.629 0.104 0.022 0.060 0.042 0.031 0.036 0.032 0.021 0.015 0.010 54 E 0.265 0.218 0.073 0.145 0.093 0.075 0.067 0.034 0.016 0.009 0.004 55 T 0.083 0.115 0.083 0.215 0.179 0.123 0.090 0.053 0.030 0.019 0.009 56 I 0.025 0.014 0.015 0.022 0.035 0.086 0.196 0.173 0.188 0.150 0.097 57 R 0.041 0.202 0.155 0.364 0.149 0.047 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 58 I 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 0.013 0.041 0.086 0.162 0.247 0.434 59 T 0.104 0.382 0.106 0.232 0.117 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 60 G 0.235 0.071 0.037 0.107 0.105 0.115 0.146 0.084 0.052 0.031 0.017 61 D 0.527 0.196 0.049 0.122 0.056 0.021 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 62 G 0.045 0.065 0.022 0.113 0.114 0.111 0.193 0.135 0.106 0.060 0.035 63 L 0.002 0.002 0.003 0.008 0.017 0.043 0.074 0.100 0.202 0.237 0.312 64 K 0.035 0.068 0.186 0.276 0.234 0.095 0.063 0.026 0.011 0.004 0.002 65 A 0.006 0.010 0.036 0.063 0.091 0.132 0.196 0.146 0.134 0.109 0.078 66 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.032 0.057 0.217 0.290 0.383 67 H 0.007 0.010 0.020 0.066 0.123 0.169 0.291 0.140 0.096 0.060 0.018 68 R 0.011 0.053 0.440 0.288 0.111 0.052 0.023 0.011 0.006 0.004 0.002 69 F 0.005 0.005 0.011 0.018 0.033 0.132 0.235 0.145 0.167 0.165 0.083 70 L 0.008 0.011 0.007 0.017 0.022 0.054 0.123 0.125 0.241 0.225 0.168 71 S 0.103 0.176 0.144 0.193 0.144 0.081 0.074 0.039 0.023 0.014 0.008 72 N 0.295 0.159 0.103 0.150 0.097 0.067 0.062 0.031 0.018 0.011 0.007 73 D 0.488 0.241 0.033 0.090 0.048 0.029 0.033 0.020 0.010 0.006 0.003 74 P 0.247 0.101 0.028 0.108 0.101 0.100 0.115 0.090 0.053 0.035 0.021 75 K 0.220 0.175 0.079 0.152 0.113 0.095 0.074 0.043 0.025 0.016 0.009 76 I 0.064 0.150 0.047 0.113 0.111 0.135 0.137 0.091 0.072 0.051 0.029 77 G 0.178 0.141 0.038 0.102 0.098 0.087 0.134 0.092 0.063 0.044 0.023 78 E 0.498 0.145 0.054 0.136 0.070 0.039 0.028 0.015 0.008 0.005 0.002 79 K 0.259 0.157 0.096 0.187 0.107 0.073 0.058 0.034 0.016 0.009 0.004 80 R 0.068 0.088 0.034 0.178 0.169 0.128 0.142 0.096 0.054 0.026 0.017 81 I 0.004 0.004 0.004 0.008 0.015 0.028 0.077 0.109 0.185 0.249 0.317 82 R 0.033 0.201 0.254 0.278 0.158 0.041 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 83 P 0.218 0.143 0.078 0.190 0.135 0.080 0.080 0.044 0.017 0.010 0.005 84 G 0.212 0.063 0.026 0.074 0.070 0.077 0.122 0.106 0.105 0.090 0.054 85 A 0.084 0.146 0.047 0.193 0.141 0.112 0.131 0.074 0.043 0.020 0.009 86 L 0.005 0.010 0.018 0.045 0.066 0.094 0.116 0.124 0.185 0.171 0.165 87 I 0.003 0.004 0.008 0.012 0.026 0.046 0.105 0.135 0.220 0.211 0.229 88 R 0.005 0.018 0.034 0.131 0.180 0.150 0.190 0.126 0.084 0.053 0.028 89 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.024 0.049 0.175 0.296 0.437 90 K 0.009 0.013 0.024 0.085 0.148 0.160 0.222 0.129 0.108 0.070 0.032 91 K 0.033 0.092 0.122 0.173 0.119 0.124 0.149 0.073 0.062 0.037 0.015 92 T 0.060 0.114 0.060 0.129 0.118 0.144 0.167 0.083 0.059 0.040 0.027 93 E 0.441 0.309 0.044 0.083 0.038 0.026 0.029 0.015 0.008 0.005 0.002 94 K 0.606 0.230 0.034 0.074 0.028 0.012 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 95 G 0.465 0.170 0.035 0.084 0.064 0.054 0.054 0.034 0.020 0.013 0.008 96 S 0.158 0.165 0.056 0.169 0.136 0.108 0.091 0.056 0.031 0.019 0.011 97 W 0.026 0.027 0.035 0.058 0.074 0.150 0.199 0.149 0.138 0.094 0.050 98 Q 0.042 0.086 0.097 0.215 0.155 0.124 0.132 0.071 0.044 0.022 0.010 99 I 0.007 0.008 0.016 0.025 0.032 0.044 0.098 0.139 0.220 0.208 0.203 100 V 0.033 0.042 0.048 0.114 0.135 0.120 0.143 0.126 0.109 0.075 0.054 101 Q 0.023 0.027 0.039 0.071 0.099 0.089 0.159 0.186 0.137 0.100 0.069 102 L 0.034 0.036 0.041 0.078 0.108 0.091 0.158 0.181 0.123 0.092 0.057 103 P 0.206 0.124 0.072 0.131 0.099 0.075 0.110 0.071 0.060 0.034 0.018