# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.044 0.019 0.010 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.011 0.106 0.712 2 R 0.020 0.016 0.009 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.007 0.083 0.751 3 G 0.023 0.010 0.006 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.004 0.121 0.774 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 E 0.031 0.011 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.005 0.108 0.721 6 A 0.323 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.010 0.077 0.430 7 F 0.252 0.114 0.004 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.007 0.042 0.364 8 L 0.120 0.127 0.005 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.396 0.011 0.049 0.269 9 K 0.085 0.111 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.014 0.055 0.551 10 L 0.103 0.101 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.015 0.066 0.458 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 12 K 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.071 0.891 13 D 0.267 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.109 0.583 14 L 0.225 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.059 0.653 15 K 0.084 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.384 0.486 16 D 0.217 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.306 0.410 17 R 0.104 0.293 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.062 0.528 18 E 0.013 0.197 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.226 0.559 19 A 0.032 0.257 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.435 0.270 20 L 0.053 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.102 21 Q 0.008 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.040 22 D 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.037 23 I 0.031 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.033 24 M 0.036 0.933 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 25 Q 0.032 0.887 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.007 0.053 26 D 0.211 0.569 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.098 0.004 0.110 27 I 0.402 0.414 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.004 0.095 28 G 0.091 0.189 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 0.108 0.498 29 N 0.031 0.047 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.014 0.225 0.617 30 S 0.190 0.050 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.025 0.095 0.540 31 D 0.062 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.266 0.593 32 D 0.183 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.017 0.285 0.456 33 I 0.512 0.047 0.012 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.014 0.102 0.221 34 L 0.094 0.017 0.006 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.752 0.004 0.036 0.079 35 A 0.023 0.008 0.002 0.001 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.666 0.001 0.038 0.248 36 A 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.001 0.009 0.068 37 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.007 0.018 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.015 0.843 0.001 0.018 0.096 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.001 0.958 0.001 0.003 0.013 40 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.136 0.039 0.044 0.020 0.438 0.001 0.048 0.245 41 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.665 0.001 0.068 0.247 42 T 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.028 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.001 0.257 0.310 43 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.038 0.928 44 G 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.003 0.584 0.285 45 A 0.681 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.035 0.135 0.112 46 V 0.053 0.029 0.001 0.002 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.640 0.003 0.049 0.210 47 E 0.005 0.004 0.003 0.001 0.161 0.016 0.067 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.005 0.548 0.002 0.052 0.109 48 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.239 0.088 0.051 0.325 0.001 0.032 0.212 49 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.213 0.160 0.015 0.003 0.545 0.001 0.006 0.036 50 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.332 0.092 0.007 0.054 0.006 0.002 0.004 0.273 0.001 0.029 0.159 51 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.506 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.001 0.023 0.122 52 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.002 0.239 0.503 53 G 0.178 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.102 0.137 0.447 54 E 0.292 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.032 0.317 0.144 55 T 0.008 0.001 0.013 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.002 0.069 0.781 56 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.379 0.262 0.060 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.222 0.001 0.011 0.039 57 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.037 0.083 0.016 0.001 0.001 0.005 0.002 0.037 0.015 0.004 0.009 0.136 0.001 0.084 0.549 58 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.872 0.001 0.017 0.086 59 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.001 0.257 0.354 60 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.001 0.104 0.571 61 D 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.006 0.426 0.507 62 G 0.457 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.064 0.234 0.214 63 L 0.175 0.280 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.007 0.153 0.277 64 K 0.018 0.346 0.005 0.001 0.039 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.004 0.060 0.437 65 A 0.033 0.532 0.003 0.001 0.002 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.072 0.308 66 A 0.028 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.017 0.069 67 H 0.018 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.004 0.040 68 R 0.023 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.004 0.062 69 F 0.110 0.774 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.036 0.005 0.062 70 L 0.183 0.694 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 0.007 0.060 71 S 0.187 0.480 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.023 0.085 0.027 0.164 72 N 0.289 0.121 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.111 0.026 0.393 73 D 0.215 0.029 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.199 0.479 74 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.985 75 K 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.581 0.371 76 I 0.412 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 0.217 0.308 77 G 0.162 0.117 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.009 0.064 0.592 78 E 0.072 0.036 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.010 0.078 0.745 79 K 0.211 0.018 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.128 0.015 0.084 0.521 80 R 0.180 0.024 0.008 0.002 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.002 0.001 0.104 0.013 0.087 0.546 81 I 0.032 0.031 0.010 0.006 0.005 0.004 0.007 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.551 0.008 0.064 0.260 82 R 0.013 0.021 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.034 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.003 0.135 0.470 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 84 G 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.572 0.004 0.120 0.288 85 A 0.422 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.012 0.058 0.167 86 L 0.054 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.672 0.001 0.057 0.205 87 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.893 0.001 0.017 0.066 88 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.010 0.882 0.001 0.013 0.049 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.126 0.156 0.057 0.509 0.001 0.012 0.123 90 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.186 0.420 0.120 0.012 0.216 0.001 0.007 0.023 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.115 0.007 0.129 0.014 0.002 0.003 0.206 0.001 0.082 0.393 92 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.487 0.045 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.100 0.001 0.041 0.127 93 E 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.001 0.203 0.497 94 K 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.025 0.317 0.546 95 G 0.407 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.232 0.079 0.252 96 S 0.138 0.011 0.033 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.019 0.315 0.403 97 W 0.006 0.001 0.014 0.003 0.423 0.049 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.002 0.042 0.256 98 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.139 0.526 0.145 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.001 0.013 0.045 99 I 0.006 0.003 0.002 0.001 0.008 0.025 0.085 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.561 0.001 0.041 0.227 100 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.924 0.001 0.016 0.038 101 Q 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.573 0.004 0.050 0.341 102 L 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.004 0.006 0.003 0.695 0.003 0.044 0.212 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998