# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.066 0.013 0.005 0.049 0.031 0.054 0.084 0.002 0.001 0.006 0.689 2 R 0.069 0.012 0.011 0.034 0.027 0.045 0.112 0.002 0.001 0.009 0.679 3 G 0.025 0.008 0.006 0.015 0.013 0.029 0.102 0.001 0.001 0.003 0.799 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.992 5 E 0.022 0.018 0.001 0.010 0.009 0.019 0.292 0.001 0.001 0.005 0.622 6 A 0.454 0.084 0.002 0.017 0.007 0.012 0.099 0.003 0.001 0.004 0.318 7 F 0.375 0.336 0.003 0.026 0.027 0.033 0.026 0.003 0.001 0.003 0.170 8 L 0.150 0.364 0.022 0.042 0.043 0.046 0.036 0.007 0.001 0.004 0.286 9 K 0.120 0.212 0.033 0.050 0.032 0.047 0.057 0.016 0.001 0.005 0.428 10 L 0.104 0.131 0.017 0.040 0.024 0.046 0.080 0.015 0.001 0.004 0.540 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 12 K 0.021 0.013 0.003 0.010 0.007 0.016 0.105 0.001 0.001 0.003 0.819 13 D 0.193 0.038 0.002 0.008 0.004 0.007 0.090 0.002 0.001 0.005 0.650 14 L 0.197 0.094 0.003 0.009 0.004 0.009 0.076 0.002 0.001 0.002 0.604 15 K 0.094 0.124 0.003 0.006 0.004 0.006 0.280 0.003 0.001 0.003 0.477 16 D 0.184 0.137 0.004 0.004 0.002 0.004 0.234 0.004 0.001 0.004 0.422 17 R 0.077 0.498 0.003 0.003 0.002 0.004 0.061 0.004 0.001 0.002 0.346 18 E 0.039 0.420 0.003 0.002 0.002 0.002 0.130 0.003 0.001 0.002 0.397 19 A 0.043 0.575 0.005 0.002 0.001 0.001 0.170 0.003 0.001 0.001 0.200 20 L 0.030 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.036 21 Q 0.017 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.044 22 D 0.006 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.044 23 I 0.021 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.029 24 M 0.023 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 25 Q 0.097 0.816 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.050 0.001 0.001 0.022 26 D 0.303 0.394 0.016 0.002 0.001 0.001 0.005 0.208 0.001 0.001 0.069 27 I 0.491 0.194 0.136 0.004 0.002 0.003 0.004 0.083 0.001 0.002 0.082 28 G 0.031 0.044 0.157 0.020 0.005 0.004 0.087 0.018 0.001 0.001 0.633 29 N 0.039 0.014 0.027 0.019 0.014 0.013 0.224 0.012 0.001 0.009 0.630 30 S 0.151 0.052 0.024 0.043 0.008 0.016 0.070 0.005 0.001 0.012 0.619 31 D 0.020 0.010 0.002 0.009 0.005 0.003 0.558 0.001 0.001 0.004 0.388 32 D 0.186 0.007 0.005 0.015 0.003 0.004 0.392 0.001 0.001 0.047 0.340 33 I 0.401 0.050 0.005 0.046 0.018 0.038 0.153 0.005 0.001 0.014 0.269 34 L 0.092 0.050 0.019 0.068 0.127 0.132 0.181 0.003 0.001 0.011 0.318 35 A 0.016 0.023 0.007 0.086 0.120 0.163 0.054 0.002 0.001 0.003 0.527 36 A 0.023 0.011 0.001 0.041 0.301 0.460 0.012 0.001 0.001 0.001 0.149 37 V 0.011 0.013 0.001 0.051 0.412 0.446 0.008 0.001 0.001 0.001 0.057 38 V 0.004 0.015 0.001 0.039 0.398 0.463 0.006 0.001 0.001 0.001 0.073 39 L 0.002 0.003 0.001 0.042 0.380 0.553 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 40 S 0.003 0.004 0.001 0.026 0.292 0.582 0.007 0.001 0.001 0.001 0.085 41 A 0.014 0.001 0.001 0.035 0.263 0.549 0.010 0.001 0.001 0.001 0.126 42 T 0.008 0.003 0.001 0.024 0.235 0.312 0.202 0.001 0.001 0.004 0.209 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 44 G 0.008 0.001 0.001 0.017 0.056 0.137 0.249 0.001 0.001 0.010 0.522 45 A 0.612 0.001 0.004 0.008 0.008 0.019 0.122 0.001 0.001 0.021 0.205 46 V 0.069 0.012 0.004 0.085 0.191 0.252 0.064 0.001 0.001 0.005 0.317 47 E 0.003 0.003 0.002 0.040 0.535 0.357 0.013 0.001 0.001 0.002 0.046 48 A 0.004 0.003 0.001 0.047 0.411 0.392 0.012 0.001 0.001 0.001 0.131 49 F 0.005 0.001 0.001 0.031 0.325 0.560 0.007 0.001 0.001 0.001 0.071 50 R 0.001 0.002 0.001 0.037 0.455 0.452 0.013 0.001 0.001 0.002 0.038 51 K 0.003 0.005 0.001 0.042 0.280 0.364 0.046 0.001 0.001 0.002 0.257 52 N 0.008 0.004 0.001 0.052 0.108 0.288 0.211 0.003 0.001 0.012 0.314 53 G 0.199 0.001 0.009 0.016 0.037 0.032 0.087 0.001 0.001 0.177 0.441 54 E 0.238 0.001 0.039 0.014 0.017 0.009 0.435 0.001 0.001 0.036 0.211 55 T 0.003 0.001 0.002 0.018 0.011 0.020 0.066 0.001 0.001 0.005 0.874 56 I 0.004 0.001 0.001 0.064 0.305 0.538 0.025 0.001 0.001 0.003 0.059 57 R 0.007 0.003 0.001 0.092 0.169 0.268 0.065 0.001 0.001 0.002 0.393 58 I 0.012 0.003 0.001 0.128 0.259 0.430 0.036 0.001 0.001 0.001 0.131 59 T 0.005 0.005 0.001 0.094 0.129 0.350 0.109 0.001 0.001 0.004 0.302 60 G 0.008 0.003 0.001 0.047 0.040 0.076 0.049 0.001 0.001 0.006 0.770 61 D 0.025 0.004 0.002 0.027 0.018 0.020 0.408 0.001 0.001 0.010 0.485 62 G 0.065 0.006 0.004 0.020 0.006 0.020 0.489 0.001 0.001 0.022 0.367 63 L 0.158 0.089 0.006 0.042 0.039 0.120 0.189 0.002 0.001 0.011 0.345 64 K 0.029 0.228 0.005 0.024 0.053 0.061 0.124 0.001 0.001 0.004 0.472 65 A 0.031 0.417 0.004 0.015 0.013 0.018 0.087 0.003 0.001 0.003 0.409 66 A 0.113 0.669 0.002 0.010 0.013 0.031 0.025 0.004 0.001 0.002 0.131 67 H 0.047 0.840 0.002 0.006 0.008 0.016 0.018 0.007 0.001 0.001 0.055 68 R 0.041 0.800 0.007 0.005 0.006 0.008 0.012 0.009 0.001 0.001 0.112 69 F 0.149 0.657 0.007 0.007 0.007 0.012 0.015 0.038 0.001 0.002 0.106 70 L 0.204 0.577 0.018 0.012 0.005 0.010 0.021 0.045 0.001 0.002 0.105 71 S 0.134 0.355 0.038 0.016 0.020 0.032 0.088 0.051 0.001 0.003 0.263 72 N 0.128 0.107 0.078 0.021 0.006 0.014 0.037 0.024 0.001 0.008 0.577 73 D 0.152 0.073 0.013 0.018 0.011 0.009 0.212 0.020 0.001 0.007 0.484 74 P 0.032 0.011 0.009 0.005 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.004 0.888 75 K 0.057 0.022 0.005 0.019 0.007 0.011 0.557 0.004 0.001 0.006 0.313 76 I 0.290 0.035 0.009 0.018 0.012 0.017 0.162 0.004 0.001 0.017 0.436 77 G 0.057 0.069 0.005 0.021 0.007 0.018 0.057 0.002 0.001 0.003 0.761 78 E 0.032 0.035 0.007 0.021 0.018 0.027 0.174 0.004 0.001 0.005 0.676 79 K 0.331 0.061 0.007 0.029 0.030 0.027 0.067 0.004 0.001 0.014 0.429 80 R 0.260 0.086 0.011 0.056 0.063 0.072 0.069 0.007 0.001 0.005 0.370 81 I 0.116 0.063 0.029 0.082 0.127 0.235 0.046 0.005 0.001 0.008 0.291 82 R 0.026 0.037 0.006 0.105 0.211 0.247 0.126 0.003 0.001 0.004 0.235 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 G 0.008 0.002 0.001 0.043 0.151 0.382 0.041 0.001 0.001 0.012 0.360 85 A 0.634 0.001 0.011 0.033 0.069 0.079 0.044 0.001 0.001 0.014 0.114 86 L 0.020 0.004 0.002 0.070 0.169 0.280 0.057 0.001 0.001 0.002 0.396 87 I 0.002 0.001 0.001 0.026 0.413 0.546 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 88 R 0.001 0.001 0.001 0.027 0.356 0.538 0.008 0.001 0.001 0.001 0.069 89 V 0.002 0.001 0.001 0.013 0.411 0.548 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 90 K 0.001 0.001 0.001 0.012 0.388 0.570 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 91 K 0.002 0.001 0.001 0.009 0.345 0.489 0.014 0.001 0.001 0.001 0.139 92 T 0.005 0.002 0.001 0.013 0.374 0.466 0.039 0.001 0.001 0.003 0.098 93 E 0.043 0.003 0.003 0.009 0.068 0.134 0.097 0.001 0.001 0.024 0.619 94 K 0.014 0.003 0.001 0.005 0.025 0.035 0.435 0.001 0.001 0.016 0.465 95 G 0.308 0.002 0.008 0.006 0.027 0.048 0.122 0.001 0.001 0.173 0.305 96 S 0.252 0.005 0.034 0.015 0.040 0.058 0.254 0.001 0.001 0.030 0.310 97 W 0.007 0.003 0.014 0.024 0.293 0.265 0.082 0.001 0.001 0.008 0.305 98 Q 0.003 0.001 0.001 0.027 0.313 0.572 0.031 0.001 0.001 0.003 0.048 99 I 0.009 0.004 0.001 0.035 0.287 0.452 0.023 0.001 0.001 0.001 0.189 100 V 0.007 0.002 0.001 0.040 0.351 0.535 0.007 0.001 0.001 0.001 0.058 101 Q 0.015 0.008 0.001 0.046 0.202 0.379 0.053 0.003 0.001 0.004 0.289 102 L 0.031 0.004 0.001 0.053 0.260 0.425 0.031 0.001 0.001 0.001 0.194 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997