# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.091 0.025 0.034 0.036 0.054 0.066 0.011 0.682 2 R 0.047 0.017 0.031 0.031 0.053 0.095 0.011 0.715 3 G 0.040 0.008 0.021 0.019 0.034 0.060 0.005 0.812 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.991 5 E 0.029 0.007 0.019 0.021 0.039 0.228 0.005 0.651 6 A 0.304 0.047 0.036 0.034 0.048 0.108 0.013 0.409 7 F 0.149 0.159 0.071 0.084 0.136 0.065 0.007 0.329 8 L 0.092 0.182 0.074 0.105 0.157 0.054 0.010 0.326 9 K 0.122 0.171 0.050 0.063 0.116 0.052 0.020 0.406 10 L 0.094 0.099 0.038 0.053 0.098 0.061 0.016 0.540 11 P 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.982 12 K 0.028 0.016 0.013 0.006 0.012 0.160 0.008 0.759 13 D 0.239 0.040 0.012 0.004 0.007 0.132 0.015 0.551 14 L 0.180 0.126 0.025 0.005 0.013 0.079 0.010 0.562 15 K 0.082 0.107 0.017 0.003 0.006 0.317 0.010 0.458 16 D 0.170 0.193 0.014 0.002 0.008 0.172 0.017 0.423 17 R 0.050 0.492 0.006 0.001 0.004 0.028 0.004 0.414 18 E 0.022 0.413 0.004 0.001 0.002 0.189 0.005 0.365 19 A 0.069 0.478 0.007 0.001 0.001 0.230 0.011 0.205 20 L 0.047 0.898 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.040 21 Q 0.014 0.946 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.034 22 D 0.009 0.925 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.056 23 I 0.030 0.910 0.002 0.001 0.001 0.012 0.010 0.035 24 M 0.058 0.902 0.003 0.001 0.001 0.012 0.009 0.016 25 Q 0.145 0.776 0.009 0.001 0.001 0.008 0.026 0.035 26 D 0.269 0.528 0.009 0.001 0.001 0.005 0.098 0.090 27 I 0.368 0.378 0.022 0.004 0.003 0.007 0.089 0.129 28 G 0.105 0.118 0.081 0.009 0.004 0.050 0.044 0.589 29 N 0.066 0.039 0.102 0.014 0.007 0.322 0.033 0.418 30 S 0.296 0.058 0.096 0.011 0.018 0.111 0.030 0.380 31 D 0.027 0.019 0.012 0.004 0.003 0.193 0.011 0.731 32 D 0.237 0.010 0.022 0.007 0.007 0.356 0.038 0.323 33 I 0.277 0.120 0.059 0.029 0.032 0.140 0.012 0.330 34 L 0.054 0.083 0.077 0.201 0.215 0.134 0.006 0.229 35 A 0.037 0.082 0.043 0.072 0.139 0.101 0.007 0.519 36 A 0.043 0.058 0.105 0.165 0.415 0.018 0.010 0.186 37 V 0.060 0.032 0.164 0.322 0.278 0.038 0.010 0.098 38 V 0.009 0.016 0.211 0.246 0.241 0.023 0.004 0.250 39 L 0.002 0.002 0.149 0.447 0.372 0.004 0.001 0.023 40 S 0.007 0.008 0.073 0.194 0.319 0.022 0.003 0.373 41 A 0.010 0.004 0.172 0.194 0.350 0.053 0.005 0.211 42 T 0.007 0.003 0.042 0.214 0.256 0.191 0.003 0.284 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 44 G 0.007 0.001 0.015 0.040 0.069 0.597 0.005 0.264 45 A 0.722 0.001 0.016 0.014 0.023 0.055 0.040 0.128 46 V 0.104 0.021 0.079 0.290 0.253 0.051 0.006 0.196 47 E 0.002 0.001 0.058 0.471 0.422 0.018 0.001 0.028 48 A 0.003 0.003 0.034 0.375 0.472 0.020 0.001 0.092 49 F 0.001 0.001 0.041 0.313 0.616 0.004 0.001 0.023 50 R 0.001 0.003 0.032 0.422 0.489 0.011 0.001 0.041 51 K 0.005 0.008 0.045 0.408 0.353 0.047 0.006 0.128 52 N 0.019 0.008 0.029 0.114 0.180 0.230 0.025 0.396 53 G 0.217 0.004 0.029 0.048 0.150 0.077 0.177 0.297 54 E 0.350 0.002 0.052 0.063 0.050 0.386 0.027 0.070 55 T 0.004 0.001 0.024 0.034 0.045 0.098 0.001 0.794 56 I 0.001 0.001 0.035 0.287 0.636 0.011 0.001 0.030 57 R 0.002 0.001 0.101 0.117 0.258 0.041 0.001 0.479 58 I 0.003 0.001 0.145 0.311 0.394 0.025 0.001 0.121 59 T 0.004 0.002 0.086 0.090 0.177 0.096 0.002 0.543 60 G 0.016 0.003 0.163 0.037 0.113 0.062 0.008 0.598 61 D 0.040 0.004 0.059 0.016 0.029 0.311 0.012 0.529 62 G 0.093 0.007 0.041 0.007 0.019 0.230 0.018 0.585 63 L 0.120 0.056 0.067 0.019 0.052 0.230 0.007 0.448 64 K 0.040 0.097 0.040 0.012 0.036 0.262 0.004 0.510 65 A 0.060 0.203 0.017 0.006 0.023 0.087 0.006 0.599 66 A 0.162 0.497 0.026 0.006 0.027 0.057 0.008 0.217 67 H 0.125 0.611 0.012 0.008 0.013 0.054 0.010 0.166 68 R 0.126 0.564 0.009 0.005 0.006 0.028 0.020 0.242 69 F 0.286 0.456 0.016 0.005 0.010 0.018 0.027 0.182 70 L 0.322 0.410 0.023 0.010 0.009 0.038 0.043 0.145 71 S 0.248 0.272 0.057 0.016 0.016 0.062 0.046 0.283 72 N 0.142 0.077 0.035 0.007 0.008 0.052 0.035 0.644 73 D 0.146 0.050 0.035 0.015 0.015 0.130 0.014 0.595 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 75 K 0.042 0.028 0.017 0.016 0.022 0.260 0.007 0.608 76 I 0.429 0.062 0.021 0.016 0.024 0.066 0.013 0.368 77 G 0.061 0.060 0.019 0.014 0.018 0.034 0.007 0.787 78 E 0.079 0.036 0.023 0.019 0.033 0.094 0.022 0.696 79 K 0.484 0.022 0.019 0.028 0.023 0.043 0.033 0.347 80 R 0.164 0.027 0.082 0.124 0.095 0.087 0.017 0.404 81 I 0.030 0.011 0.158 0.148 0.182 0.053 0.007 0.412 82 R 0.027 0.006 0.083 0.248 0.276 0.084 0.003 0.272 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 G 0.005 0.001 0.081 0.114 0.349 0.103 0.003 0.343 85 A 0.298 0.002 0.053 0.120 0.110 0.048 0.018 0.351 86 L 0.035 0.002 0.072 0.204 0.276 0.046 0.004 0.360 87 I 0.002 0.001 0.045 0.488 0.413 0.007 0.001 0.044 88 R 0.002 0.001 0.069 0.342 0.498 0.012 0.001 0.075 89 V 0.001 0.001 0.046 0.316 0.533 0.009 0.001 0.093 90 K 0.001 0.001 0.041 0.325 0.582 0.007 0.001 0.044 91 K 0.003 0.001 0.018 0.240 0.272 0.032 0.002 0.432 92 T 0.008 0.002 0.035 0.198 0.372 0.113 0.004 0.269 93 E 0.012 0.003 0.011 0.059 0.097 0.120 0.007 0.691 94 K 0.043 0.005 0.010 0.027 0.060 0.312 0.020 0.524 95 G 0.302 0.004 0.015 0.041 0.057 0.165 0.059 0.358 96 S 0.187 0.004 0.025 0.060 0.057 0.286 0.015 0.366 97 W 0.014 0.001 0.049 0.197 0.270 0.071 0.003 0.394 98 Q 0.004 0.001 0.052 0.368 0.468 0.035 0.001 0.071 99 I 0.004 0.001 0.056 0.263 0.380 0.023 0.001 0.271 100 V 0.001 0.001 0.065 0.372 0.530 0.007 0.001 0.025 101 Q 0.008 0.003 0.067 0.199 0.366 0.031 0.004 0.321 102 L 0.013 0.004 0.105 0.255 0.414 0.041 0.003 0.165 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998