# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.184 0.233 0.222 0.192 0.060 0.025 0.034 0.004 0.037 0.006 0.002 2 R 0.055 0.049 0.250 0.113 0.095 0.046 0.129 0.108 0.012 0.143 0.001 3 G 0.049 0.057 0.310 0.013 0.108 0.025 0.032 0.042 0.059 0.305 0.001 4 P 0.911 0.002 0.068 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 5 E 0.784 0.024 0.054 0.087 0.022 0.014 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 6 A 0.733 0.064 0.067 0.095 0.018 0.008 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 7 F 0.675 0.126 0.072 0.087 0.018 0.007 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 8 L 0.458 0.211 0.123 0.124 0.037 0.019 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 9 K 0.204 0.208 0.375 0.072 0.035 0.046 0.013 0.001 0.044 0.002 0.002 10 L 0.071 0.079 0.711 0.009 0.009 0.031 0.003 0.001 0.083 0.001 0.001 11 P 0.605 0.003 0.329 0.022 0.002 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 12 K 0.563 0.044 0.130 0.199 0.017 0.025 0.009 0.004 0.007 0.001 0.001 13 D 0.326 0.073 0.254 0.168 0.033 0.076 0.025 0.003 0.036 0.005 0.001 14 L 0.829 0.011 0.091 0.042 0.003 0.013 0.006 0.001 0.003 0.001 0.002 15 K 0.830 0.010 0.035 0.098 0.004 0.014 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 16 D 0.580 0.033 0.070 0.234 0.009 0.048 0.012 0.001 0.012 0.001 0.001 17 R 0.966 0.003 0.013 0.010 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 M 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.949 0.001 0.002 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.820 0.004 0.010 0.140 0.002 0.003 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 27 I 0.303 0.029 0.054 0.566 0.003 0.009 0.026 0.001 0.009 0.001 0.001 28 G 0.283 0.025 0.093 0.092 0.022 0.028 0.369 0.048 0.011 0.028 0.001 29 N 0.247 0.105 0.160 0.347 0.028 0.057 0.030 0.005 0.015 0.005 0.001 30 S 0.450 0.077 0.167 0.203 0.020 0.028 0.018 0.005 0.021 0.008 0.001 31 D 0.646 0.023 0.112 0.146 0.012 0.013 0.029 0.005 0.005 0.007 0.001 32 D 0.415 0.030 0.092 0.180 0.034 0.035 0.126 0.059 0.009 0.019 0.001 33 I 0.381 0.163 0.192 0.195 0.019 0.019 0.009 0.004 0.017 0.001 0.001 34 L 0.218 0.295 0.373 0.025 0.021 0.021 0.013 0.001 0.031 0.002 0.001 35 A 0.453 0.147 0.295 0.047 0.023 0.015 0.008 0.001 0.008 0.001 0.003 36 A 0.160 0.258 0.081 0.046 0.412 0.013 0.007 0.004 0.018 0.002 0.001 37 V 0.042 0.822 0.076 0.009 0.031 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 38 V 0.060 0.428 0.323 0.009 0.011 0.161 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 39 L 0.129 0.574 0.135 0.044 0.036 0.038 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 40 S 0.092 0.346 0.223 0.067 0.121 0.061 0.036 0.001 0.050 0.002 0.001 41 A 0.123 0.285 0.307 0.122 0.057 0.048 0.021 0.005 0.022 0.007 0.002 42 T 0.012 0.269 0.355 0.006 0.032 0.023 0.008 0.001 0.282 0.012 0.001 43 P 0.459 0.002 0.385 0.023 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.004 0.114 44 G 0.174 0.008 0.031 0.162 0.039 0.013 0.077 0.458 0.002 0.036 0.001 45 A 0.109 0.327 0.214 0.213 0.060 0.028 0.017 0.005 0.026 0.001 0.001 46 V 0.030 0.616 0.292 0.015 0.019 0.015 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 47 E 0.031 0.763 0.118 0.008 0.043 0.028 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 48 A 0.013 0.852 0.055 0.004 0.053 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 49 F 0.018 0.674 0.184 0.006 0.047 0.057 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 50 R 0.025 0.505 0.369 0.005 0.020 0.057 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 51 K 0.375 0.329 0.161 0.032 0.026 0.032 0.013 0.001 0.026 0.002 0.003 52 N 0.039 0.024 0.079 0.409 0.025 0.014 0.387 0.008 0.009 0.007 0.001 53 G 0.002 0.004 0.008 0.004 0.014 0.001 0.156 0.752 0.001 0.059 0.001 54 E 0.011 0.346 0.568 0.013 0.039 0.010 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 55 T 0.012 0.599 0.304 0.013 0.032 0.024 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 56 I 0.004 0.812 0.121 0.003 0.043 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 57 R 0.004 0.766 0.156 0.002 0.026 0.034 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 58 I 0.007 0.665 0.218 0.004 0.039 0.047 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 59 T 0.032 0.568 0.218 0.026 0.088 0.032 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 60 G 0.084 0.112 0.116 0.030 0.353 0.037 0.062 0.054 0.024 0.128 0.001 61 D 0.558 0.067 0.160 0.118 0.042 0.018 0.023 0.002 0.007 0.005 0.001 62 G 0.550 0.057 0.055 0.108 0.095 0.019 0.029 0.050 0.009 0.027 0.001 63 L 0.777 0.085 0.087 0.025 0.011 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 64 K 0.907 0.037 0.025 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 A 0.899 0.025 0.019 0.030 0.016 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 66 A 0.902 0.022 0.017 0.043 0.007 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 67 H 0.891 0.025 0.034 0.030 0.007 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 68 R 0.883 0.018 0.031 0.052 0.004 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 69 F 0.582 0.042 0.062 0.243 0.022 0.015 0.015 0.002 0.016 0.001 0.001 70 L 0.501 0.121 0.124 0.191 0.012 0.016 0.014 0.001 0.017 0.001 0.001 71 S 0.320 0.069 0.205 0.143 0.035 0.084 0.106 0.006 0.024 0.008 0.001 72 N 0.393 0.066 0.112 0.358 0.018 0.024 0.013 0.003 0.009 0.003 0.002 73 D 0.149 0.105 0.315 0.055 0.054 0.037 0.048 0.004 0.206 0.027 0.001 74 P 0.818 0.003 0.126 0.030 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 75 K 0.577 0.045 0.080 0.232 0.014 0.021 0.011 0.006 0.010 0.002 0.001 76 I 0.201 0.093 0.319 0.266 0.026 0.029 0.035 0.005 0.021 0.004 0.001 77 G 0.186 0.040 0.135 0.066 0.055 0.021 0.120 0.225 0.008 0.144 0.001 78 E 0.519 0.078 0.169 0.158 0.030 0.015 0.015 0.003 0.007 0.004 0.002 79 K 0.267 0.172 0.222 0.188 0.053 0.025 0.035 0.007 0.025 0.005 0.001 80 R 0.120 0.330 0.347 0.090 0.036 0.036 0.017 0.001 0.018 0.001 0.004 81 I 0.072 0.408 0.385 0.040 0.021 0.047 0.006 0.001 0.016 0.001 0.003 82 R 0.006 0.392 0.362 0.002 0.022 0.013 0.002 0.001 0.198 0.003 0.001 83 P 0.151 0.002 0.720 0.016 0.003 0.008 0.004 0.001 0.002 0.002 0.092 84 G 0.022 0.011 0.029 0.029 0.064 0.005 0.025 0.757 0.002 0.056 0.001 85 A 0.047 0.395 0.372 0.067 0.074 0.022 0.007 0.002 0.010 0.002 0.001 86 L 0.019 0.706 0.196 0.015 0.026 0.026 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 87 I 0.011 0.834 0.093 0.006 0.034 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 88 R 0.007 0.617 0.253 0.004 0.036 0.067 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 89 V 0.020 0.634 0.233 0.008 0.035 0.041 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 90 K 0.028 0.687 0.154 0.008 0.064 0.015 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 91 K 0.089 0.272 0.420 0.038 0.065 0.079 0.011 0.001 0.020 0.002 0.004 92 T 0.146 0.267 0.310 0.082 0.088 0.037 0.021 0.005 0.034 0.010 0.001 93 E 0.470 0.118 0.153 0.120 0.039 0.026 0.027 0.004 0.026 0.013 0.004 94 K 0.115 0.049 0.140 0.464 0.024 0.015 0.166 0.009 0.011 0.007 0.001 95 G 0.018 0.008 0.023 0.016 0.022 0.004 0.114 0.672 0.001 0.122 0.001 96 S 0.086 0.260 0.462 0.078 0.054 0.025 0.014 0.003 0.015 0.002 0.001 97 W 0.043 0.521 0.323 0.025 0.041 0.023 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 98 Q 0.036 0.624 0.230 0.014 0.053 0.029 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 99 I 0.049 0.711 0.165 0.014 0.028 0.022 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 100 V 0.060 0.709 0.086 0.032 0.078 0.012 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 101 Q 0.026 0.419 0.309 0.027 0.091 0.058 0.023 0.001 0.043 0.001 0.001 102 L 0.007 0.248 0.589 0.002 0.015 0.017 0.002 0.001 0.116 0.001 0.001 103 P 0.060 0.004 0.850 0.005 0.002 0.033 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040