# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.091 0.137 0.096 0.058 0.141 0.044 0.068 0.094 0.054 0.152 0.064 2 R 0.060 0.160 0.175 0.131 0.092 0.055 0.044 0.041 0.031 0.157 0.056 3 G 0.037 0.326 0.357 0.046 0.098 0.010 0.011 0.038 0.029 0.030 0.017 4 P 0.025 0.093 0.045 0.015 0.049 0.019 0.056 0.326 0.312 0.045 0.015 5 E 0.038 0.115 0.041 0.013 0.079 0.017 0.049 0.280 0.206 0.139 0.023 6 A 0.110 0.100 0.017 0.004 0.198 0.008 0.028 0.229 0.182 0.090 0.033 7 F 0.109 0.079 0.022 0.006 0.211 0.014 0.051 0.222 0.174 0.071 0.040 8 L 0.138 0.125 0.043 0.008 0.255 0.019 0.069 0.111 0.067 0.111 0.054 9 K 0.091 0.331 0.157 0.012 0.247 0.009 0.018 0.026 0.016 0.056 0.036 10 L 0.066 0.419 0.207 0.015 0.157 0.011 0.014 0.024 0.022 0.035 0.029 11 P 0.031 0.356 0.247 0.022 0.085 0.011 0.021 0.095 0.083 0.031 0.019 12 K 0.011 0.077 0.034 0.022 0.025 0.028 0.075 0.333 0.291 0.090 0.013 13 D 0.041 0.202 0.115 0.014 0.111 0.008 0.017 0.182 0.115 0.170 0.026 14 L 0.019 0.037 0.012 0.002 0.033 0.004 0.014 0.535 0.261 0.065 0.017 15 K 0.011 0.047 0.019 0.006 0.026 0.011 0.035 0.668 0.108 0.059 0.010 16 D 0.018 0.043 0.017 0.003 0.027 0.004 0.011 0.671 0.130 0.064 0.013 17 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.902 0.077 0.008 0.002 18 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.039 0.003 0.001 19 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.010 0.010 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.043 0.002 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.028 0.001 0.001 23 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.889 0.086 0.017 0.001 24 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.573 0.407 0.011 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.638 0.298 0.005 0.001 26 D 0.010 0.014 0.010 0.001 0.011 0.002 0.352 0.299 0.107 0.191 0.005 27 I 0.040 0.437 0.145 0.003 0.129 0.005 0.009 0.058 0.038 0.106 0.029 28 G 0.070 0.091 0.060 0.028 0.088 0.030 0.059 0.276 0.137 0.100 0.062 29 N 0.064 0.049 0.057 0.019 0.081 0.015 0.093 0.232 0.120 0.238 0.031 30 S 0.033 0.162 0.093 0.040 0.092 0.031 0.049 0.194 0.173 0.105 0.025 31 D 0.038 0.060 0.055 0.061 0.059 0.064 0.069 0.266 0.185 0.112 0.033 32 D 0.062 0.053 0.049 0.019 0.074 0.015 0.031 0.196 0.189 0.256 0.057 33 I 0.158 0.088 0.019 0.004 0.200 0.007 0.032 0.153 0.093 0.172 0.074 34 L 0.091 0.226 0.130 0.038 0.218 0.038 0.042 0.103 0.044 0.028 0.041 35 A 0.116 0.123 0.049 0.020 0.172 0.035 0.074 0.218 0.103 0.042 0.048 36 A 0.241 0.184 0.015 0.002 0.442 0.005 0.015 0.048 0.016 0.017 0.015 37 V 0.218 0.085 0.002 0.001 0.666 0.002 0.004 0.012 0.002 0.002 0.006 38 V 0.393 0.032 0.002 0.001 0.513 0.003 0.003 0.014 0.004 0.006 0.030 39 L 0.166 0.107 0.029 0.029 0.376 0.072 0.040 0.032 0.021 0.028 0.101 40 S 0.273 0.060 0.043 0.009 0.423 0.005 0.009 0.010 0.006 0.053 0.109 41 A 0.115 0.257 0.145 0.026 0.180 0.024 0.037 0.013 0.024 0.127 0.053 42 T 0.010 0.388 0.531 0.016 0.042 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 43 P 0.012 0.042 0.015 0.017 0.013 0.028 0.141 0.258 0.453 0.011 0.008 44 G 0.011 0.025 0.044 0.116 0.016 0.110 0.083 0.095 0.079 0.391 0.028 45 A 0.193 0.221 0.022 0.003 0.393 0.003 0.008 0.025 0.015 0.078 0.039 46 V 0.223 0.069 0.006 0.002 0.667 0.003 0.005 0.009 0.004 0.003 0.010 47 E 0.229 0.046 0.005 0.001 0.687 0.005 0.003 0.006 0.002 0.002 0.014 48 A 0.247 0.092 0.006 0.001 0.623 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.019 49 F 0.280 0.115 0.005 0.001 0.553 0.002 0.004 0.008 0.001 0.008 0.023 50 R 0.184 0.240 0.223 0.021 0.209 0.011 0.010 0.021 0.008 0.009 0.063 51 K 0.028 0.021 0.037 0.211 0.018 0.321 0.103 0.143 0.061 0.032 0.025 52 N 0.006 0.390 0.162 0.234 0.025 0.058 0.096 0.007 0.005 0.014 0.002 53 G 0.018 0.011 0.016 0.064 0.012 0.009 0.003 0.003 0.010 0.613 0.241 54 E 0.037 0.617 0.100 0.009 0.170 0.008 0.013 0.007 0.011 0.012 0.017 55 T 0.363 0.058 0.005 0.002 0.553 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 56 I 0.165 0.127 0.013 0.001 0.684 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 57 R 0.343 0.030 0.002 0.001 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 58 I 0.249 0.196 0.050 0.016 0.300 0.015 0.008 0.005 0.003 0.017 0.142 59 T 0.074 0.100 0.090 0.268 0.075 0.145 0.105 0.020 0.015 0.044 0.062 60 G 0.042 0.061 0.112 0.370 0.048 0.064 0.020 0.068 0.062 0.119 0.033 61 D 0.013 0.097 0.075 0.074 0.036 0.063 0.130 0.242 0.197 0.060 0.013 62 G 0.051 0.066 0.031 0.014 0.059 0.013 0.030 0.165 0.143 0.332 0.097 63 L 0.131 0.075 0.010 0.003 0.130 0.005 0.016 0.357 0.159 0.052 0.062 64 K 0.018 0.039 0.021 0.018 0.035 0.037 0.057 0.650 0.100 0.013 0.012 65 A 0.028 0.025 0.005 0.001 0.026 0.003 0.018 0.770 0.062 0.050 0.011 66 A 0.033 0.029 0.004 0.001 0.036 0.003 0.023 0.656 0.146 0.053 0.016 67 H 0.014 0.015 0.005 0.004 0.022 0.010 0.033 0.682 0.192 0.018 0.006 68 R 0.007 0.007 0.003 0.001 0.009 0.003 0.061 0.607 0.267 0.029 0.004 69 F 0.020 0.043 0.021 0.002 0.037 0.004 0.104 0.460 0.172 0.126 0.012 70 L 0.077 0.149 0.050 0.010 0.130 0.016 0.052 0.186 0.099 0.179 0.052 71 S 0.090 0.223 0.120 0.019 0.165 0.015 0.035 0.149 0.061 0.084 0.040 72 N 0.040 0.095 0.049 0.028 0.080 0.034 0.087 0.222 0.139 0.196 0.029 73 D 0.125 0.189 0.126 0.008 0.382 0.005 0.009 0.054 0.041 0.042 0.018 74 P 0.024 0.042 0.018 0.005 0.043 0.013 0.042 0.370 0.381 0.042 0.020 75 K 0.051 0.119 0.068 0.026 0.084 0.029 0.154 0.184 0.091 0.157 0.036 76 I 0.054 0.257 0.148 0.033 0.108 0.022 0.022 0.095 0.057 0.152 0.051 77 G 0.038 0.139 0.110 0.048 0.077 0.033 0.037 0.213 0.144 0.116 0.044 78 E 0.065 0.101 0.053 0.021 0.106 0.021 0.046 0.223 0.225 0.111 0.029 79 K 0.047 0.219 0.091 0.012 0.144 0.019 0.047 0.170 0.129 0.092 0.030 80 R 0.118 0.190 0.054 0.004 0.350 0.008 0.032 0.100 0.047 0.054 0.041 81 I 0.223 0.201 0.123 0.010 0.233 0.012 0.023 0.017 0.012 0.081 0.065 82 R 0.007 0.315 0.608 0.030 0.024 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 83 P 0.014 0.191 0.058 0.045 0.026 0.048 0.269 0.157 0.174 0.012 0.007 84 G 0.010 0.013 0.019 0.063 0.010 0.022 0.011 0.021 0.040 0.735 0.055 85 A 0.052 0.500 0.066 0.004 0.304 0.004 0.007 0.011 0.009 0.028 0.016 86 L 0.382 0.047 0.003 0.001 0.530 0.002 0.005 0.004 0.003 0.005 0.018 87 I 0.128 0.226 0.027 0.007 0.575 0.012 0.008 0.003 0.002 0.003 0.010 88 R 0.261 0.043 0.003 0.001 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 89 V 0.443 0.035 0.003 0.001 0.454 0.002 0.002 0.003 0.003 0.007 0.047 90 K 0.102 0.342 0.094 0.014 0.347 0.015 0.012 0.008 0.004 0.008 0.054 91 K 0.235 0.174 0.039 0.013 0.313 0.015 0.018 0.031 0.018 0.063 0.081 92 T 0.059 0.236 0.374 0.040 0.109 0.016 0.022 0.049 0.035 0.033 0.028 93 E 0.034 0.033 0.067 0.086 0.028 0.102 0.089 0.323 0.139 0.075 0.025 94 K 0.009 0.303 0.114 0.209 0.025 0.102 0.134 0.051 0.022 0.025 0.006 95 G 0.027 0.025 0.035 0.126 0.021 0.032 0.013 0.013 0.018 0.494 0.195 96 S 0.067 0.452 0.095 0.020 0.208 0.010 0.010 0.022 0.019 0.052 0.047 97 W 0.267 0.107 0.008 0.002 0.594 0.003 0.004 0.004 0.002 0.003 0.006 98 Q 0.253 0.115 0.011 0.002 0.573 0.004 0.004 0.006 0.004 0.004 0.025 99 I 0.387 0.050 0.007 0.003 0.441 0.010 0.011 0.010 0.011 0.010 0.059 100 V 0.173 0.180 0.033 0.008 0.471 0.018 0.022 0.013 0.010 0.021 0.051 101 Q 0.326 0.095 0.029 0.004 0.400 0.004 0.008 0.005 0.005 0.050 0.076 102 L 0.035 0.519 0.248 0.019 0.130 0.010 0.007 0.003 0.005 0.010 0.014 103 P 0.045 0.471 0.264 0.018 0.127 0.008 0.014 0.015 0.018 0.009 0.012