# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.434 0.207 0.173 0.120 0.052 0.013 0.001 2 R 0.472 0.308 0.126 0.061 0.024 0.007 0.001 3 G 0.218 0.157 0.177 0.223 0.150 0.068 0.008 4 P 0.293 0.297 0.206 0.127 0.058 0.017 0.001 5 E 0.383 0.373 0.150 0.067 0.020 0.006 0.001 6 A 0.073 0.115 0.169 0.270 0.266 0.099 0.008 7 F 0.051 0.102 0.147 0.213 0.295 0.182 0.011 8 L 0.069 0.165 0.286 0.272 0.154 0.051 0.002 9 K 0.221 0.338 0.256 0.135 0.043 0.008 0.001 10 L 0.146 0.179 0.240 0.270 0.138 0.027 0.001 11 P 0.478 0.283 0.144 0.067 0.025 0.004 0.001 12 K 0.700 0.244 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 13 D 0.614 0.291 0.070 0.021 0.004 0.001 0.001 14 L 0.343 0.245 0.265 0.122 0.023 0.002 0.001 15 K 0.618 0.285 0.073 0.020 0.004 0.001 0.001 16 D 0.531 0.296 0.113 0.046 0.012 0.002 0.001 17 R 0.267 0.320 0.224 0.135 0.046 0.007 0.001 18 E 0.467 0.413 0.089 0.024 0.006 0.001 0.001 19 A 0.052 0.201 0.365 0.290 0.081 0.010 0.001 20 L 0.018 0.037 0.070 0.136 0.416 0.306 0.017 21 Q 0.015 0.123 0.323 0.405 0.113 0.021 0.001 22 D 0.213 0.500 0.178 0.080 0.024 0.004 0.001 23 I 0.008 0.047 0.188 0.421 0.265 0.071 0.001 24 M 0.015 0.037 0.093 0.216 0.448 0.186 0.005 25 Q 0.186 0.467 0.244 0.079 0.021 0.003 0.001 26 D 0.223 0.425 0.218 0.106 0.025 0.003 0.001 27 I 0.072 0.121 0.276 0.325 0.179 0.028 0.001 28 G 0.401 0.335 0.168 0.073 0.021 0.002 0.001 29 N 0.512 0.346 0.105 0.031 0.006 0.001 0.001 30 S 0.237 0.205 0.242 0.229 0.074 0.013 0.001 31 D 0.597 0.306 0.071 0.020 0.005 0.001 0.001 32 D 0.251 0.393 0.224 0.096 0.028 0.007 0.001 33 I 0.026 0.037 0.076 0.188 0.403 0.232 0.040 34 L 0.010 0.061 0.153 0.291 0.267 0.194 0.024 35 A 0.005 0.019 0.044 0.086 0.222 0.453 0.170 36 A 0.002 0.006 0.023 0.058 0.156 0.413 0.342 37 V 0.001 0.003 0.007 0.022 0.106 0.427 0.435 38 V 0.002 0.009 0.024 0.054 0.143 0.396 0.372 39 L 0.004 0.020 0.061 0.134 0.293 0.403 0.086 40 S 0.040 0.213 0.299 0.263 0.138 0.043 0.003 41 A 0.015 0.040 0.127 0.302 0.365 0.146 0.005 42 T 0.331 0.407 0.149 0.070 0.037 0.006 0.001 43 P 0.526 0.382 0.065 0.021 0.005 0.001 0.001 44 G 0.291 0.380 0.205 0.102 0.020 0.003 0.001 45 A 0.098 0.292 0.323 0.201 0.067 0.017 0.001 46 V 0.015 0.029 0.071 0.188 0.451 0.232 0.014 47 E 0.021 0.159 0.331 0.337 0.122 0.029 0.001 48 A 0.007 0.028 0.060 0.105 0.276 0.476 0.048 49 F 0.006 0.033 0.119 0.233 0.334 0.253 0.021 50 R 0.032 0.116 0.273 0.364 0.174 0.039 0.002 51 K 0.235 0.373 0.225 0.116 0.042 0.007 0.001 52 N 0.490 0.363 0.086 0.041 0.017 0.003 0.001 53 G 0.382 0.354 0.149 0.080 0.030 0.005 0.001 54 E 0.314 0.426 0.167 0.069 0.021 0.003 0.001 55 T 0.123 0.336 0.326 0.169 0.039 0.007 0.001 56 I 0.021 0.056 0.149 0.269 0.404 0.098 0.003 57 R 0.048 0.266 0.326 0.256 0.089 0.015 0.001 58 I 0.019 0.050 0.121 0.260 0.395 0.148 0.006 59 T 0.099 0.371 0.273 0.177 0.066 0.014 0.001 60 G 0.076 0.203 0.307 0.298 0.094 0.021 0.001 61 D 0.094 0.254 0.385 0.216 0.042 0.008 0.001 62 G 0.051 0.138 0.207 0.282 0.210 0.104 0.009 63 L 0.013 0.020 0.044 0.123 0.377 0.365 0.058 64 K 0.030 0.164 0.325 0.311 0.115 0.051 0.005 65 A 0.012 0.037 0.090 0.147 0.315 0.298 0.100 66 A 0.002 0.006 0.009 0.019 0.106 0.503 0.355 67 H 0.012 0.064 0.170 0.317 0.277 0.138 0.023 68 R 0.030 0.172 0.278 0.300 0.143 0.071 0.008 69 F 0.010 0.034 0.100 0.195 0.404 0.246 0.011 70 L 0.022 0.060 0.143 0.289 0.348 0.135 0.004 71 S 0.215 0.391 0.265 0.096 0.028 0.005 0.001 72 N 0.452 0.297 0.154 0.081 0.014 0.002 0.001 73 D 0.757 0.186 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001 74 P 0.685 0.233 0.057 0.020 0.004 0.001 0.001 75 K 0.749 0.225 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 76 I 0.367 0.317 0.191 0.100 0.022 0.003 0.001 77 G 0.393 0.272 0.217 0.092 0.023 0.003 0.001 78 E 0.463 0.340 0.146 0.040 0.010 0.001 0.001 79 K 0.369 0.365 0.153 0.086 0.023 0.003 0.001 80 R 0.023 0.150 0.303 0.365 0.124 0.035 0.001 81 I 0.037 0.059 0.118 0.255 0.332 0.188 0.012 82 R 0.052 0.201 0.294 0.291 0.126 0.034 0.001 83 P 0.128 0.274 0.201 0.198 0.137 0.056 0.006 84 G 0.019 0.073 0.169 0.274 0.287 0.160 0.018 85 A 0.014 0.081 0.139 0.249 0.309 0.182 0.025 86 L 0.004 0.017 0.054 0.126 0.282 0.388 0.130 87 I 0.003 0.008 0.019 0.050 0.201 0.510 0.209 88 R 0.005 0.024 0.077 0.156 0.293 0.344 0.101 89 V 0.005 0.018 0.041 0.082 0.243 0.488 0.123 90 K 0.023 0.103 0.257 0.271 0.237 0.103 0.006 91 K 0.104 0.252 0.301 0.249 0.076 0.017 0.001 92 T 0.326 0.287 0.218 0.121 0.042 0.006 0.001 93 E 0.677 0.232 0.057 0.025 0.007 0.001 0.001 94 K 0.759 0.209 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 95 G 0.524 0.331 0.102 0.037 0.005 0.001 0.001 96 S 0.312 0.442 0.173 0.054 0.015 0.003 0.001 97 W 0.044 0.086 0.170 0.325 0.291 0.079 0.004 98 Q 0.038 0.148 0.261 0.300 0.180 0.071 0.003 99 I 0.027 0.044 0.075 0.121 0.229 0.421 0.083 100 V 0.033 0.077 0.165 0.245 0.246 0.192 0.041 101 Q 0.059 0.101 0.161 0.239 0.232 0.172 0.036 102 L 0.111 0.130 0.195 0.241 0.181 0.122 0.021 103 P 0.508 0.262 0.106 0.069 0.037 0.015 0.002