# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.5932 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.304 0.131 0.133 0.129 0.118 0.084 0.049 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 2 R 0.361 0.190 0.133 0.117 0.081 0.052 0.037 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 3 G 0.216 0.123 0.139 0.142 0.137 0.102 0.070 0.036 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 4 P 0.360 0.184 0.119 0.114 0.088 0.056 0.038 0.019 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 5 E 0.369 0.183 0.118 0.103 0.088 0.053 0.035 0.021 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 6 A 0.097 0.061 0.095 0.145 0.158 0.148 0.115 0.083 0.048 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 7 F 0.053 0.048 0.087 0.116 0.155 0.157 0.137 0.113 0.059 0.043 0.018 0.008 0.004 0.001 8 L 0.113 0.096 0.116 0.131 0.145 0.129 0.091 0.079 0.047 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 9 K 0.221 0.196 0.151 0.136 0.107 0.071 0.054 0.029 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 10 L 0.091 0.085 0.128 0.160 0.173 0.150 0.103 0.062 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 11 P 0.315 0.196 0.148 0.120 0.094 0.053 0.043 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.622 0.201 0.079 0.047 0.029 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.590 0.222 0.080 0.052 0.031 0.013 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.344 0.181 0.172 0.142 0.085 0.042 0.023 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.664 0.166 0.077 0.050 0.026 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.604 0.174 0.093 0.062 0.034 0.016 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.214 0.200 0.233 0.173 0.100 0.048 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.739 0.192 0.047 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.167 0.301 0.224 0.143 0.096 0.042 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.017 0.012 0.029 0.075 0.212 0.220 0.196 0.162 0.054 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.116 0.202 0.234 0.253 0.115 0.053 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.783 0.163 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.035 0.060 0.126 0.240 0.257 0.168 0.067 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 M 0.047 0.030 0.068 0.116 0.226 0.208 0.162 0.096 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.607 0.245 0.076 0.042 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.587 0.203 0.106 0.058 0.028 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.114 0.088 0.148 0.232 0.189 0.130 0.065 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.419 0.196 0.146 0.101 0.076 0.033 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 N 0.530 0.223 0.098 0.069 0.040 0.021 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 S 0.118 0.102 0.141 0.215 0.193 0.117 0.059 0.030 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 31 D 0.144 0.223 0.178 0.200 0.106 0.072 0.042 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 D 0.066 0.121 0.172 0.164 0.162 0.137 0.086 0.050 0.026 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 33 I 0.006 0.006 0.013 0.027 0.061 0.127 0.198 0.211 0.160 0.088 0.057 0.030 0.013 0.004 34 L 0.003 0.006 0.013 0.040 0.077 0.098 0.125 0.179 0.176 0.136 0.081 0.037 0.017 0.011 35 A 0.003 0.002 0.004 0.007 0.013 0.024 0.043 0.067 0.134 0.205 0.185 0.164 0.077 0.072 36 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.020 0.036 0.090 0.174 0.203 0.224 0.163 0.073 37 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.041 0.082 0.163 0.197 0.192 0.162 0.093 0.044 38 V 0.001 0.002 0.002 0.005 0.011 0.020 0.044 0.076 0.144 0.200 0.201 0.139 0.067 0.086 39 L 0.004 0.008 0.013 0.016 0.032 0.046 0.084 0.104 0.135 0.149 0.148 0.130 0.076 0.055 40 S 0.009 0.018 0.047 0.120 0.176 0.156 0.121 0.126 0.109 0.059 0.032 0.016 0.008 0.004 41 A 0.003 0.007 0.020 0.049 0.099 0.149 0.179 0.171 0.167 0.092 0.038 0.016 0.006 0.003 42 T 0.044 0.089 0.132 0.152 0.145 0.180 0.105 0.074 0.045 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 43 P 0.110 0.211 0.173 0.143 0.116 0.088 0.074 0.034 0.028 0.012 0.007 0.002 0.002 0.001 44 G 0.051 0.105 0.119 0.159 0.157 0.128 0.105 0.074 0.062 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 45 A 0.025 0.040 0.064 0.127 0.231 0.162 0.156 0.098 0.055 0.021 0.011 0.005 0.004 0.002 46 V 0.007 0.008 0.013 0.016 0.034 0.064 0.131 0.158 0.164 0.162 0.122 0.070 0.043 0.009 47 E 0.028 0.027 0.040 0.097 0.158 0.118 0.115 0.171 0.123 0.062 0.034 0.016 0.008 0.004 48 A 0.006 0.005 0.008 0.013 0.022 0.034 0.051 0.089 0.142 0.221 0.212 0.128 0.048 0.022 49 F 0.016 0.026 0.039 0.060 0.093 0.123 0.135 0.161 0.120 0.106 0.065 0.031 0.018 0.007 50 R 0.049 0.075 0.099 0.144 0.141 0.132 0.127 0.087 0.067 0.041 0.021 0.010 0.004 0.002 51 K 0.096 0.111 0.117 0.152 0.175 0.123 0.098 0.055 0.041 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 52 N 0.302 0.248 0.145 0.112 0.077 0.047 0.038 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 53 G 0.262 0.174 0.157 0.151 0.105 0.064 0.042 0.020 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 54 E 0.398 0.180 0.126 0.104 0.076 0.045 0.036 0.015 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 55 T 0.153 0.110 0.124 0.158 0.168 0.120 0.078 0.044 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 56 I 0.050 0.039 0.059 0.085 0.127 0.158 0.171 0.127 0.078 0.050 0.033 0.015 0.006 0.002 57 R 0.106 0.101 0.115 0.150 0.174 0.115 0.083 0.073 0.042 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 58 I 0.038 0.023 0.033 0.050 0.093 0.113 0.105 0.132 0.137 0.107 0.083 0.055 0.023 0.007 59 T 0.075 0.071 0.092 0.137 0.150 0.146 0.133 0.088 0.051 0.030 0.016 0.007 0.003 0.002 60 G 0.091 0.072 0.085 0.118 0.136 0.124 0.104 0.090 0.075 0.053 0.030 0.013 0.007 0.003 61 D 0.171 0.199 0.136 0.152 0.114 0.082 0.061 0.036 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 62 G 0.053 0.063 0.090 0.133 0.163 0.169 0.133 0.088 0.057 0.028 0.013 0.006 0.004 0.001 63 L 0.017 0.021 0.037 0.063 0.132 0.159 0.213 0.161 0.100 0.052 0.027 0.012 0.005 0.002 64 K 0.220 0.167 0.149 0.132 0.111 0.074 0.054 0.041 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 65 A 0.055 0.037 0.066 0.125 0.158 0.159 0.119 0.108 0.076 0.040 0.027 0.019 0.008 0.003 66 A 0.021 0.018 0.025 0.044 0.082 0.148 0.196 0.206 0.120 0.086 0.033 0.012 0.005 0.003 67 H 0.088 0.147 0.185 0.184 0.136 0.105 0.062 0.045 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 68 R 0.324 0.264 0.145 0.097 0.065 0.038 0.028 0.017 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 69 F 0.029 0.034 0.078 0.145 0.197 0.211 0.149 0.093 0.035 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 70 L 0.041 0.044 0.090 0.141 0.202 0.189 0.150 0.093 0.030 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 71 S 0.476 0.244 0.111 0.074 0.043 0.022 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 N 0.499 0.162 0.130 0.098 0.058 0.028 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.527 0.186 0.102 0.088 0.051 0.023 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 P 0.580 0.175 0.105 0.065 0.042 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.695 0.157 0.062 0.041 0.023 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.352 0.170 0.162 0.133 0.093 0.046 0.028 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.525 0.167 0.104 0.097 0.053 0.028 0.017 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.551 0.221 0.104 0.058 0.030 0.016 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.157 0.158 0.181 0.177 0.149 0.088 0.050 0.022 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 80 R 0.042 0.052 0.111 0.145 0.210 0.179 0.116 0.085 0.035 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 81 I 0.036 0.031 0.043 0.070 0.142 0.166 0.162 0.141 0.091 0.058 0.033 0.016 0.009 0.002 82 R 0.089 0.094 0.115 0.150 0.131 0.110 0.102 0.075 0.056 0.037 0.024 0.012 0.004 0.002 83 P 0.029 0.031 0.047 0.084 0.124 0.121 0.116 0.125 0.113 0.087 0.060 0.034 0.018 0.010 84 G 0.008 0.016 0.023 0.039 0.073 0.109 0.133 0.143 0.129 0.114 0.095 0.072 0.034 0.013 85 A 0.009 0.015 0.024 0.048 0.075 0.095 0.127 0.159 0.167 0.119 0.080 0.042 0.027 0.013 86 L 0.003 0.003 0.004 0.013 0.029 0.046 0.082 0.134 0.165 0.161 0.168 0.116 0.044 0.032 87 I 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.012 0.031 0.055 0.106 0.202 0.248 0.198 0.099 0.037 88 R 0.005 0.006 0.013 0.039 0.068 0.070 0.092 0.178 0.161 0.154 0.105 0.068 0.030 0.012 89 V 0.001 0.003 0.004 0.006 0.013 0.023 0.042 0.080 0.156 0.283 0.201 0.100 0.058 0.029 90 K 0.020 0.035 0.058 0.110 0.134 0.172 0.159 0.144 0.079 0.046 0.025 0.011 0.005 0.003 91 K 0.090 0.128 0.133 0.146 0.130 0.106 0.110 0.053 0.050 0.031 0.015 0.005 0.002 0.002 92 T 0.164 0.151 0.151 0.169 0.153 0.087 0.058 0.029 0.026 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 93 E 0.505 0.225 0.110 0.076 0.044 0.018 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.503 0.227 0.120 0.072 0.035 0.018 0.016 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 G 0.312 0.240 0.179 0.117 0.065 0.039 0.029 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 S 0.137 0.148 0.155 0.144 0.145 0.108 0.088 0.038 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 97 W 0.017 0.017 0.033 0.060 0.128 0.164 0.177 0.161 0.104 0.064 0.038 0.022 0.012 0.004 98 Q 0.017 0.021 0.033 0.065 0.119 0.115 0.117 0.152 0.130 0.102 0.065 0.035 0.018 0.010 99 I 0.006 0.004 0.006 0.007 0.015 0.026 0.042 0.076 0.125 0.201 0.205 0.172 0.079 0.036 100 V 0.012 0.011 0.014 0.015 0.026 0.041 0.058 0.087 0.135 0.176 0.182 0.126 0.082 0.034 101 Q 0.023 0.018 0.023 0.036 0.060 0.066 0.083 0.121 0.150 0.152 0.126 0.078 0.042 0.023 102 L 0.022 0.023 0.029 0.059 0.102 0.105 0.113 0.132 0.127 0.119 0.084 0.046 0.020 0.017 103 P 0.059 0.071 0.084 0.105 0.123 0.128 0.119 0.101 0.075 0.060 0.038 0.021 0.009 0.006