# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.008 0.009 0.042 0.052 0.110 0.006 0.062 0.014 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.040 0.037 0.126 0.068 0.173 0.233 0.002 2 R 0.004 0.004 0.054 0.040 0.062 0.002 0.037 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.057 0.019 0.141 0.101 0.086 0.375 0.001 3 G 0.001 0.002 0.017 0.017 0.052 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.025 0.016 0.225 0.595 0.001 4 P 0.001 0.001 0.027 0.007 0.020 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.775 0.044 0.025 0.041 0.001 5 E 0.001 0.004 0.014 0.010 0.022 0.046 0.357 0.298 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.011 0.153 0.012 0.021 0.024 0.001 6 A 0.003 0.011 0.016 0.030 0.034 0.024 0.336 0.280 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.036 0.020 0.094 0.041 0.025 0.036 0.001 7 F 0.015 0.021 0.027 0.032 0.116 0.008 0.158 0.139 0.007 0.003 0.005 0.004 0.010 0.008 0.045 0.055 0.152 0.079 0.055 0.057 0.002 8 L 0.031 0.023 0.129 0.135 0.045 0.011 0.091 0.051 0.006 0.001 0.007 0.008 0.012 0.012 0.074 0.022 0.128 0.032 0.086 0.095 0.003 9 K 0.011 0.012 0.019 0.026 0.177 0.005 0.159 0.015 0.005 0.002 0.002 0.003 0.007 0.007 0.034 0.072 0.122 0.106 0.116 0.100 0.001 10 L 0.003 0.003 0.064 0.051 0.014 0.001 0.018 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.066 0.011 0.060 0.044 0.187 0.464 0.001 11 P 0.001 0.001 0.005 0.005 0.055 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.033 0.069 0.061 0.217 0.522 0.001 12 K 0.001 0.001 0.032 0.008 0.004 0.003 0.039 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.006 0.539 0.083 0.048 0.186 0.001 13 D 0.001 0.001 0.004 0.004 0.021 0.014 0.220 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.045 0.045 0.214 0.344 0.001 14 L 0.001 0.001 0.014 0.003 0.003 0.001 0.033 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.660 0.098 0.066 0.047 0.001 15 K 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.018 0.210 0.486 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.119 0.032 0.027 0.077 0.001 16 D 0.001 0.001 0.004 0.004 0.020 0.004 0.148 0.427 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.072 0.040 0.133 0.124 0.001 17 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.008 0.467 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.472 0.023 0.006 0.007 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.001 0.002 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.008 0.004 0.002 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.924 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.866 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.003 0.001 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.045 0.749 0.021 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.117 0.017 0.011 0.009 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.078 0.210 0.453 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.191 0.007 0.004 0.020 0.001 26 D 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.019 0.496 0.105 0.057 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.158 0.088 0.025 0.015 0.001 27 I 0.001 0.001 0.006 0.006 0.007 0.002 0.075 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.136 0.064 0.457 0.186 0.001 28 G 0.001 0.001 0.009 0.003 0.015 0.010 0.081 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.013 0.389 0.096 0.074 0.254 0.001 29 N 0.001 0.001 0.008 0.005 0.026 0.009 0.110 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.059 0.111 0.166 0.169 0.301 0.001 30 S 0.001 0.001 0.038 0.009 0.014 0.001 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.011 0.223 0.051 0.186 0.394 0.001 31 D 0.001 0.001 0.023 0.013 0.029 0.015 0.214 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.020 0.418 0.069 0.039 0.103 0.001 32 D 0.002 0.005 0.049 0.039 0.036 0.024 0.438 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 0.030 0.108 0.082 0.058 0.062 0.001 33 I 0.013 0.027 0.039 0.050 0.342 0.002 0.062 0.011 0.001 0.002 0.005 0.004 0.007 0.003 0.020 0.049 0.064 0.068 0.138 0.092 0.002 34 L 0.026 0.059 0.330 0.124 0.050 0.002 0.015 0.016 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.004 0.145 0.012 0.104 0.017 0.019 0.058 0.003 35 A 0.083 0.229 0.018 0.083 0.268 0.003 0.027 0.009 0.001 0.001 0.024 0.019 0.037 0.028 0.032 0.052 0.016 0.006 0.020 0.021 0.022 36 A 0.195 0.390 0.043 0.033 0.067 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.016 0.016 0.062 0.035 0.091 0.015 0.003 0.002 0.004 0.003 0.012 37 V 0.392 0.267 0.045 0.056 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.025 0.066 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 38 V 0.356 0.269 0.020 0.017 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.046 0.069 0.035 0.013 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.071 39 L 0.233 0.388 0.033 0.066 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.095 0.042 0.058 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 40 S 0.255 0.253 0.038 0.112 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.021 0.042 0.031 0.017 0.014 0.002 0.003 0.010 0.006 0.041 41 A 0.150 0.169 0.088 0.091 0.263 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.028 0.015 0.066 0.036 0.015 0.016 0.016 0.022 0.004 42 T 0.045 0.051 0.146 0.235 0.087 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.006 0.007 0.058 0.020 0.015 0.013 0.065 0.228 0.003 43 P 0.008 0.005 0.029 0.025 0.385 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 0.336 0.019 0.022 0.123 0.001 44 G 0.011 0.028 0.051 0.049 0.097 0.012 0.550 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.009 0.056 0.062 0.010 0.035 0.001 45 A 0.149 0.271 0.087 0.153 0.125 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.020 0.005 0.024 0.013 0.014 0.015 0.020 0.027 0.010 46 V 0.268 0.388 0.016 0.014 0.224 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.034 0.002 0.004 0.006 0.001 0.002 0.006 0.001 0.011 47 E 0.468 0.366 0.063 0.036 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.026 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 A 0.410 0.368 0.011 0.024 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 49 F 0.328 0.547 0.012 0.021 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.036 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 50 R 0.356 0.411 0.036 0.144 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 51 K 0.260 0.149 0.036 0.045 0.387 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.002 0.004 0.007 0.002 0.015 0.013 0.054 0.003 0.002 0.006 0.002 52 N 0.026 0.046 0.026 0.047 0.126 0.001 0.468 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.085 0.013 0.041 0.003 0.011 0.096 0.002 53 G 0.024 0.031 0.047 0.020 0.243 0.001 0.155 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.005 0.018 0.021 0.007 0.368 0.014 0.029 0.004 54 E 0.043 0.060 0.478 0.157 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.016 0.008 0.068 0.026 0.010 0.007 0.023 0.033 0.016 55 T 0.066 0.096 0.012 0.008 0.625 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.017 0.039 0.010 0.018 0.022 0.003 0.002 0.012 0.003 0.037 56 I 0.095 0.118 0.203 0.122 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.023 0.057 0.026 0.262 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.020 57 R 0.089 0.128 0.011 0.040 0.303 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.079 0.028 0.105 0.055 0.023 0.070 0.004 0.004 0.009 0.005 0.045 58 I 0.100 0.098 0.095 0.081 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 0.047 0.090 0.093 0.246 0.029 0.007 0.005 0.011 0.008 0.011 59 T 0.092 0.098 0.052 0.083 0.258 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.014 0.011 0.026 0.028 0.053 0.093 0.026 0.016 0.049 0.073 0.008 60 G 0.035 0.029 0.069 0.103 0.087 0.002 0.028 0.009 0.003 0.001 0.005 0.005 0.009 0.014 0.218 0.034 0.147 0.042 0.050 0.106 0.004 61 D 0.009 0.011 0.032 0.018 0.048 0.015 0.165 0.092 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.008 0.029 0.021 0.402 0.050 0.033 0.052 0.001 62 G 0.008 0.012 0.034 0.023 0.041 0.017 0.300 0.204 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.024 0.021 0.128 0.076 0.032 0.064 0.001 63 L 0.008 0.011 0.015 0.013 0.050 0.004 0.058 0.397 0.005 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.026 0.024 0.227 0.069 0.042 0.035 0.001 64 K 0.005 0.006 0.027 0.012 0.005 0.008 0.027 0.746 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.003 0.113 0.006 0.008 0.010 0.001 65 A 0.003 0.006 0.003 0.008 0.018 0.020 0.076 0.770 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.049 0.009 0.007 0.007 0.001 66 A 0.004 0.007 0.008 0.011 0.009 0.005 0.075 0.710 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.005 0.100 0.012 0.010 0.007 0.001 67 H 0.004 0.005 0.012 0.010 0.008 0.006 0.035 0.704 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.003 0.151 0.010 0.015 0.009 0.001 68 R 0.001 0.003 0.003 0.009 0.013 0.042 0.108 0.593 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.008 0.143 0.014 0.005 0.013 0.001 69 F 0.001 0.002 0.006 0.005 0.010 0.022 0.186 0.436 0.012 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.007 0.201 0.034 0.013 0.029 0.001 70 L 0.002 0.001 0.015 0.019 0.015 0.016 0.118 0.153 0.037 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.016 0.287 0.094 0.077 0.113 0.001 71 S 0.001 0.001 0.007 0.009 0.018 0.019 0.278 0.048 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.024 0.240 0.039 0.088 0.198 0.001 72 N 0.001 0.001 0.011 0.008 0.012 0.004 0.305 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.186 0.200 0.078 0.150 0.001 73 D 0.001 0.001 0.007 0.004 0.009 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.024 0.037 0.409 0.475 0.001 74 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.804 0.047 0.027 0.068 0.001 75 K 0.001 0.001 0.010 0.008 0.013 0.047 0.304 0.247 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.014 0.116 0.044 0.045 0.122 0.001 76 I 0.001 0.001 0.018 0.012 0.040 0.005 0.098 0.213 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.023 0.154 0.059 0.154 0.196 0.001 77 G 0.001 0.002 0.025 0.014 0.031 0.003 0.054 0.190 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 0.473 0.062 0.052 0.049 0.001 78 E 0.002 0.003 0.017 0.016 0.026 0.015 0.354 0.276 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.011 0.168 0.019 0.034 0.033 0.001 79 K 0.003 0.005 0.028 0.040 0.043 0.077 0.333 0.195 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.008 0.119 0.043 0.024 0.052 0.001 80 R 0.009 0.008 0.025 0.045 0.154 0.013 0.192 0.060 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.023 0.154 0.103 0.127 0.053 0.001 81 I 0.014 0.011 0.095 0.138 0.100 0.001 0.033 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.056 0.010 0.051 0.049 0.205 0.214 0.001 82 R 0.003 0.003 0.058 0.049 0.057 0.001 0.005 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.026 0.023 0.165 0.565 0.001 83 P 0.001 0.001 0.012 0.012 0.082 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.711 0.009 0.023 0.108 0.001 84 G 0.004 0.012 0.022 0.017 0.170 0.003 0.637 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.012 0.008 0.049 0.021 0.030 0.001 85 A 0.051 0.081 0.416 0.261 0.037 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.003 0.032 0.012 0.009 0.020 0.018 0.026 0.006 86 L 0.094 0.173 0.012 0.023 0.528 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.035 0.010 0.011 0.045 0.003 0.002 0.008 0.003 0.025 87 I 0.279 0.441 0.043 0.043 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.021 0.070 0.014 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 R 0.299 0.405 0.024 0.089 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.016 0.055 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 89 V 0.334 0.328 0.016 0.011 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.028 0.052 0.006 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 90 K 0.367 0.345 0.073 0.112 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.021 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 91 K 0.251 0.129 0.013 0.032 0.540 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.006 0.003 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 92 T 0.138 0.152 0.212 0.236 0.107 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.002 0.047 0.003 0.010 0.007 0.024 0.022 0.004 93 E 0.055 0.034 0.063 0.101 0.311 0.001 0.019 0.002 0.009 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.010 0.280 0.028 0.012 0.038 0.001 94 K 0.010 0.013 0.030 0.055 0.186 0.002 0.475 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.058 0.012 0.019 0.116 0.001 95 G 0.012 0.028 0.048 0.049 0.165 0.002 0.228 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.008 0.020 0.359 0.018 0.047 0.001 96 S 0.084 0.117 0.240 0.143 0.224 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.013 0.001 0.015 0.019 0.027 0.016 0.031 0.042 0.007 97 W 0.171 0.242 0.042 0.020 0.407 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.038 0.003 0.011 0.006 0.003 0.002 0.010 0.003 0.014 98 Q 0.250 0.332 0.132 0.140 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.013 0.032 0.004 0.022 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.015 99 I 0.293 0.314 0.017 0.030 0.173 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.020 0.064 0.007 0.009 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.027 100 V 0.192 0.314 0.129 0.165 0.016 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.019 0.045 0.011 0.064 0.002 0.003 0.001 0.002 0.004 0.012 101 Q 0.160 0.307 0.015 0.045 0.342 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.025 0.005 0.009 0.020 0.006 0.008 0.006 0.006 0.014 102 L 0.119 0.109 0.262 0.239 0.031 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.020 0.005 0.075 0.004 0.007 0.006 0.029 0.060 0.006 103 P 0.015 0.022 0.029 0.036 0.418 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.017 0.048 0.041 0.024 0.072 0.254 0.002