# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.001 0.027 0.758 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.020 0.118 0.019 0.019 0.021 2 R 0.001 0.027 0.788 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.014 0.122 0.016 0.007 0.015 3 G 0.001 0.017 0.757 0.002 0.008 0.023 0.001 0.001 0.009 0.150 0.022 0.004 0.008 4 P 0.001 0.009 0.252 0.003 0.114 0.456 0.001 0.001 0.006 0.070 0.079 0.002 0.008 5 E 0.001 0.004 0.048 0.004 0.386 0.422 0.001 0.001 0.003 0.021 0.104 0.003 0.004 6 A 0.003 0.005 0.076 0.003 0.361 0.419 0.001 0.001 0.007 0.022 0.084 0.008 0.010 7 F 0.013 0.012 0.095 0.004 0.257 0.416 0.003 0.001 0.010 0.033 0.114 0.008 0.034 8 L 0.016 0.025 0.224 0.006 0.090 0.254 0.003 0.001 0.015 0.081 0.222 0.040 0.022 9 K 0.008 0.050 0.349 0.004 0.074 0.095 0.002 0.001 0.016 0.120 0.203 0.015 0.064 10 L 0.001 0.016 0.653 0.001 0.012 0.021 0.001 0.001 0.009 0.223 0.036 0.012 0.014 11 P 0.001 0.007 0.699 0.002 0.030 0.029 0.001 0.001 0.005 0.115 0.103 0.002 0.007 12 K 0.001 0.008 0.179 0.001 0.161 0.056 0.001 0.001 0.003 0.148 0.438 0.002 0.002 13 D 0.001 0.012 0.375 0.001 0.206 0.081 0.001 0.001 0.005 0.168 0.147 0.001 0.003 14 L 0.001 0.017 0.203 0.001 0.208 0.351 0.001 0.001 0.004 0.102 0.111 0.001 0.003 15 K 0.001 0.038 0.298 0.001 0.106 0.279 0.001 0.001 0.004 0.111 0.155 0.003 0.004 16 D 0.001 0.016 0.281 0.001 0.098 0.481 0.001 0.001 0.002 0.070 0.047 0.001 0.004 17 R 0.001 0.001 0.012 0.001 0.027 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.049 0.596 0.001 0.001 0.001 0.005 0.342 0.001 0.001 26 D 0.001 0.002 0.012 0.001 0.053 0.349 0.001 0.001 0.001 0.023 0.559 0.001 0.001 27 I 0.001 0.006 0.552 0.001 0.023 0.115 0.001 0.001 0.003 0.204 0.095 0.001 0.001 28 G 0.001 0.012 0.380 0.001 0.135 0.063 0.001 0.001 0.005 0.126 0.273 0.001 0.004 29 N 0.001 0.016 0.276 0.001 0.097 0.026 0.001 0.001 0.004 0.228 0.348 0.002 0.002 30 S 0.001 0.007 0.284 0.001 0.241 0.078 0.001 0.001 0.005 0.198 0.181 0.001 0.003 31 D 0.001 0.008 0.097 0.003 0.242 0.126 0.001 0.001 0.004 0.126 0.390 0.002 0.002 32 D 0.001 0.021 0.180 0.004 0.203 0.091 0.001 0.001 0.010 0.168 0.290 0.012 0.018 33 I 0.011 0.034 0.430 0.012 0.073 0.049 0.002 0.002 0.026 0.129 0.092 0.019 0.121 34 L 0.041 0.020 0.428 0.061 0.028 0.033 0.005 0.002 0.033 0.153 0.028 0.112 0.057 35 A 0.131 0.009 0.175 0.075 0.028 0.043 0.016 0.005 0.044 0.067 0.049 0.072 0.284 36 A 0.420 0.003 0.044 0.043 0.012 0.032 0.054 0.017 0.039 0.015 0.012 0.119 0.190 37 V 0.423 0.002 0.016 0.015 0.004 0.032 0.152 0.058 0.060 0.004 0.003 0.142 0.089 38 V 0.491 0.002 0.018 0.010 0.004 0.019 0.081 0.057 0.056 0.002 0.003 0.109 0.147 39 L 0.407 0.002 0.048 0.045 0.007 0.022 0.044 0.014 0.072 0.012 0.015 0.203 0.109 40 S 0.150 0.017 0.128 0.014 0.015 0.020 0.020 0.005 0.048 0.069 0.127 0.098 0.289 41 A 0.050 0.040 0.209 0.006 0.007 0.006 0.006 0.003 0.021 0.213 0.067 0.159 0.213 42 T 0.008 0.008 0.555 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.124 0.013 0.065 0.215 43 P 0.002 0.001 0.040 0.012 0.096 0.013 0.001 0.001 0.001 0.076 0.737 0.004 0.019 44 G 0.004 0.002 0.026 0.030 0.075 0.006 0.001 0.001 0.001 0.113 0.712 0.027 0.004 45 A 0.140 0.005 0.183 0.011 0.034 0.006 0.005 0.001 0.003 0.085 0.051 0.035 0.439 46 V 0.651 0.002 0.030 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.005 0.001 0.189 0.099 47 E 0.821 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.070 48 A 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.055 49 F 0.893 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.062 50 R 0.589 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.002 0.119 0.247 51 K 0.121 0.001 0.060 0.037 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.040 0.153 0.437 0.141 52 N 0.004 0.001 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.801 0.018 0.055 53 G 0.001 0.001 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.386 0.556 0.016 0.003 54 E 0.053 0.031 0.428 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.118 0.011 0.262 0.079 55 T 0.077 0.014 0.070 0.002 0.001 0.001 0.021 0.003 0.011 0.006 0.003 0.021 0.769 56 I 0.254 0.006 0.029 0.045 0.001 0.001 0.046 0.007 0.014 0.004 0.001 0.541 0.052 57 R 0.340 0.005 0.014 0.011 0.001 0.001 0.098 0.008 0.028 0.002 0.001 0.109 0.384 58 I 0.253 0.009 0.039 0.014 0.001 0.001 0.070 0.015 0.045 0.005 0.002 0.352 0.195 59 T 0.062 0.014 0.323 0.028 0.003 0.006 0.023 0.009 0.073 0.072 0.031 0.092 0.263 60 G 0.013 0.009 0.322 0.010 0.024 0.050 0.003 0.001 0.014 0.243 0.204 0.035 0.073 61 D 0.004 0.007 0.097 0.008 0.097 0.183 0.001 0.001 0.003 0.141 0.427 0.015 0.017 62 G 0.005 0.013 0.122 0.003 0.163 0.367 0.001 0.001 0.004 0.101 0.190 0.008 0.021 63 L 0.004 0.007 0.079 0.001 0.087 0.746 0.001 0.001 0.003 0.032 0.028 0.003 0.009 64 K 0.003 0.003 0.016 0.002 0.060 0.868 0.001 0.001 0.001 0.010 0.031 0.003 0.003 65 A 0.003 0.003 0.014 0.002 0.062 0.850 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.002 0.006 66 A 0.002 0.002 0.016 0.002 0.056 0.884 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.001 0.004 67 H 0.002 0.001 0.016 0.003 0.078 0.858 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.003 0.003 68 R 0.002 0.002 0.022 0.003 0.165 0.692 0.001 0.001 0.001 0.014 0.090 0.003 0.005 69 F 0.002 0.003 0.025 0.001 0.104 0.671 0.001 0.001 0.002 0.024 0.159 0.002 0.005 70 L 0.001 0.006 0.106 0.001 0.047 0.507 0.001 0.001 0.003 0.065 0.254 0.003 0.005 71 S 0.001 0.009 0.231 0.001 0.060 0.287 0.001 0.001 0.004 0.087 0.310 0.007 0.004 72 N 0.001 0.017 0.227 0.001 0.040 0.169 0.001 0.001 0.004 0.260 0.269 0.003 0.008 73 D 0.001 0.009 0.531 0.001 0.015 0.045 0.001 0.001 0.004 0.321 0.065 0.004 0.004 74 P 0.001 0.009 0.377 0.001 0.051 0.091 0.001 0.001 0.004 0.168 0.290 0.002 0.005 75 K 0.001 0.017 0.433 0.002 0.058 0.098 0.001 0.001 0.006 0.183 0.195 0.005 0.003 76 I 0.001 0.016 0.456 0.002 0.100 0.186 0.001 0.001 0.006 0.153 0.065 0.004 0.011 77 G 0.002 0.016 0.262 0.005 0.224 0.293 0.001 0.001 0.007 0.070 0.104 0.005 0.010 78 E 0.004 0.010 0.149 0.008 0.381 0.226 0.001 0.001 0.005 0.052 0.143 0.008 0.011 79 K 0.012 0.014 0.167 0.007 0.220 0.185 0.002 0.001 0.008 0.084 0.245 0.023 0.033 80 R 0.026 0.035 0.269 0.004 0.097 0.150 0.006 0.001 0.016 0.066 0.188 0.042 0.102 81 I 0.022 0.084 0.496 0.005 0.030 0.050 0.004 0.003 0.021 0.088 0.041 0.042 0.115 82 R 0.002 0.004 0.790 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.096 0.010 0.054 0.022 83 P 0.001 0.001 0.103 0.010 0.030 0.005 0.001 0.001 0.003 0.067 0.744 0.003 0.033 84 G 0.001 0.001 0.081 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.297 0.570 0.022 0.002 85 A 0.070 0.007 0.371 0.013 0.003 0.001 0.005 0.002 0.028 0.095 0.004 0.144 0.257 86 L 0.303 0.003 0.019 0.003 0.001 0.001 0.049 0.010 0.053 0.002 0.001 0.058 0.500 87 I 0.679 0.001 0.003 0.065 0.001 0.001 0.061 0.007 0.007 0.001 0.001 0.134 0.043 88 R 0.715 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.031 0.002 0.007 0.001 0.001 0.118 0.121 89 V 0.764 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.051 0.162 90 K 0.501 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.431 0.045 91 K 0.212 0.003 0.017 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.055 0.701 92 T 0.084 0.008 0.202 0.016 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.047 0.052 0.355 0.226 93 E 0.010 0.002 0.090 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.532 0.070 0.121 94 K 0.002 0.001 0.024 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.796 0.015 0.019 95 G 0.005 0.004 0.091 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.428 0.036 0.017 96 S 0.053 0.032 0.476 0.009 0.004 0.002 0.003 0.001 0.003 0.080 0.022 0.107 0.211 97 W 0.217 0.023 0.089 0.009 0.002 0.002 0.018 0.001 0.006 0.009 0.003 0.166 0.455 98 Q 0.241 0.006 0.021 0.040 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.002 0.001 0.584 0.084 99 I 0.375 0.001 0.008 0.020 0.002 0.001 0.036 0.001 0.008 0.001 0.001 0.052 0.493 100 V 0.374 0.002 0.022 0.064 0.005 0.003 0.036 0.002 0.008 0.004 0.009 0.404 0.067 101 Q 0.188 0.006 0.056 0.006 0.007 0.003 0.020 0.002 0.011 0.018 0.032 0.086 0.565 102 L 0.035 0.012 0.321 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.096 0.013 0.415 0.087 103 P 0.003 0.013 0.803 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.061 0.008 0.017 0.082