# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.101 0.038 0.122 0.161 0.105 0.113 0.080 0.008 0.030 0.028 0.023 0.038 0.056 0.040 0.005 0.051 2 R 0.062 0.136 0.219 0.269 0.003 0.027 0.004 0.107 0.004 0.004 0.050 0.019 0.039 0.001 0.047 0.009 3 G 0.010 0.028 0.033 0.100 0.006 0.462 0.004 0.006 0.031 0.093 0.030 0.097 0.074 0.001 0.001 0.023 4 P 0.030 0.011 0.010 0.021 0.002 0.184 0.001 0.007 0.001 0.001 0.540 0.053 0.137 0.001 0.001 0.001 5 E 0.002 0.090 0.017 0.032 0.001 0.014 0.002 0.003 0.003 0.001 0.045 0.675 0.110 0.002 0.003 0.002 6 A 0.003 0.005 0.013 0.048 0.001 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.019 0.055 0.802 0.003 0.014 0.008 7 F 0.006 0.011 0.129 0.024 0.004 0.012 0.062 0.001 0.002 0.001 0.023 0.014 0.561 0.079 0.005 0.065 8 L 0.013 0.023 0.111 0.080 0.002 0.014 0.049 0.012 0.001 0.001 0.012 0.044 0.545 0.010 0.064 0.018 9 K 0.006 0.047 0.188 0.118 0.003 0.013 0.027 0.003 0.010 0.003 0.003 0.004 0.151 0.022 0.008 0.393 10 L 0.083 0.038 0.273 0.337 0.005 0.047 0.026 0.006 0.002 0.003 0.008 0.008 0.105 0.004 0.021 0.034 11 P 0.005 0.013 0.056 0.015 0.008 0.786 0.009 0.003 0.001 0.004 0.034 0.007 0.050 0.002 0.002 0.005 12 K 0.008 0.287 0.009 0.039 0.001 0.011 0.001 0.014 0.002 0.001 0.558 0.041 0.021 0.002 0.003 0.003 13 D 0.007 0.020 0.010 0.010 0.001 0.158 0.005 0.001 0.010 0.003 0.009 0.701 0.053 0.003 0.004 0.006 14 L 0.007 0.013 0.117 0.006 0.001 0.018 0.018 0.003 0.001 0.001 0.427 0.017 0.348 0.002 0.009 0.014 15 K 0.007 0.074 0.045 0.028 0.001 0.010 0.004 0.011 0.002 0.002 0.021 0.612 0.150 0.006 0.011 0.017 16 D 0.005 0.001 0.007 0.003 0.001 0.170 0.002 0.002 0.001 0.003 0.017 0.027 0.747 0.001 0.007 0.007 17 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.431 0.017 0.526 0.001 0.001 0.004 18 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.561 0.405 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.982 0.001 0.001 0.002 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.985 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.001 0.003 24 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.008 0.003 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.006 0.009 0.007 26 D 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.655 0.005 0.146 27 I 0.004 0.004 0.229 0.002 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.005 0.450 0.021 28 G 0.010 0.027 0.207 0.015 0.002 0.018 0.029 0.005 0.003 0.007 0.009 0.003 0.185 0.011 0.010 0.459 29 N 0.381 0.041 0.034 0.034 0.015 0.148 0.030 0.010 0.005 0.006 0.074 0.042 0.124 0.035 0.008 0.014 30 S 0.010 0.141 0.046 0.012 0.006 0.099 0.021 0.027 0.004 0.003 0.374 0.071 0.116 0.019 0.043 0.009 31 D 0.011 0.131 0.062 0.046 0.001 0.036 0.017 0.018 0.025 0.005 0.099 0.336 0.108 0.005 0.058 0.040 32 D 0.085 0.128 0.237 0.116 0.002 0.020 0.016 0.003 0.030 0.003 0.017 0.073 0.110 0.003 0.015 0.142 33 I 0.053 0.034 0.720 0.124 0.001 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.018 0.001 0.002 0.025 34 L 0.018 0.050 0.561 0.271 0.001 0.071 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.004 35 A 0.007 0.060 0.112 0.715 0.001 0.059 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 36 A 0.002 0.041 0.073 0.873 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 37 V 0.001 0.002 0.057 0.935 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 V 0.001 0.004 0.044 0.447 0.114 0.379 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.346 0.005 0.529 0.005 0.024 0.001 0.055 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.002 0.076 0.012 0.684 0.014 0.084 0.001 0.008 0.072 0.011 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.014 41 A 0.057 0.088 0.354 0.479 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 42 T 0.003 0.002 0.015 0.033 0.117 0.802 0.006 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 43 P 0.002 0.058 0.003 0.021 0.002 0.144 0.001 0.111 0.001 0.001 0.652 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 44 G 0.001 0.476 0.002 0.070 0.001 0.003 0.001 0.002 0.141 0.006 0.004 0.291 0.001 0.001 0.001 0.003 45 A 0.238 0.022 0.335 0.329 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.007 0.021 0.001 0.002 0.027 46 V 0.006 0.001 0.940 0.047 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 47 E 0.001 0.010 0.077 0.904 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.001 0.006 0.011 0.970 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.001 0.004 0.003 0.135 0.250 0.598 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.001 0.019 0.001 0.011 0.712 0.018 0.022 0.025 0.001 0.001 0.145 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 52 N 0.001 0.029 0.001 0.008 0.001 0.008 0.001 0.650 0.006 0.002 0.005 0.014 0.001 0.001 0.276 0.001 53 G 0.003 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.574 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.373 54 E 0.973 0.003 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 T 0.006 0.006 0.918 0.065 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 I 0.001 0.004 0.060 0.929 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.001 0.002 0.021 0.969 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 I 0.001 0.003 0.005 0.454 0.498 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.001 0.051 0.002 0.196 0.029 0.372 0.001 0.330 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 60 G 0.001 0.018 0.001 0.028 0.109 0.131 0.006 0.010 0.065 0.230 0.376 0.016 0.005 0.002 0.001 0.002 61 D 0.037 0.088 0.005 0.015 0.001 0.029 0.001 0.146 0.003 0.003 0.145 0.488 0.013 0.001 0.025 0.001 62 G 0.004 0.010 0.027 0.013 0.001 0.054 0.001 0.004 0.053 0.041 0.234 0.249 0.240 0.001 0.003 0.067 63 L 0.017 0.002 0.006 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.300 0.551 0.001 0.001 0.001 64 K 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.130 0.821 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.958 0.001 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.978 0.001 0.001 0.001 67 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.987 0.002 0.001 0.001 68 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.985 0.001 0.002 0.001 69 F 0.001 0.004 0.005 0.004 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.760 0.052 0.009 0.144 70 L 0.006 0.006 0.097 0.008 0.001 0.002 0.091 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.557 0.085 0.086 0.053 71 S 0.008 0.013 0.081 0.006 0.002 0.105 0.041 0.006 0.001 0.002 0.008 0.006 0.544 0.020 0.074 0.084 72 N 0.041 0.230 0.063 0.036 0.001 0.005 0.009 0.007 0.009 0.004 0.214 0.013 0.153 0.016 0.018 0.182 73 D 0.091 0.044 0.102 0.034 0.001 0.106 0.020 0.002 0.005 0.002 0.009 0.337 0.201 0.004 0.016 0.025 74 P 0.013 0.022 0.254 0.018 0.003 0.094 0.013 0.003 0.001 0.001 0.211 0.013 0.330 0.003 0.004 0.017 75 K 0.014 0.220 0.049 0.136 0.006 0.025 0.011 0.010 0.004 0.001 0.061 0.329 0.111 0.010 0.004 0.008 76 I 0.009 0.026 0.046 0.094 0.004 0.174 0.009 0.019 0.005 0.005 0.025 0.087 0.459 0.003 0.025 0.011 77 G 0.003 0.006 0.042 0.021 0.002 0.075 0.005 0.006 0.003 0.002 0.339 0.020 0.456 0.004 0.003 0.014 78 E 0.011 0.074 0.018 0.037 0.001 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.032 0.373 0.413 0.005 0.006 0.004 79 K 0.007 0.013 0.048 0.103 0.002 0.012 0.013 0.005 0.007 0.001 0.021 0.036 0.656 0.014 0.024 0.039 80 R 0.016 0.024 0.276 0.088 0.006 0.009 0.046 0.002 0.005 0.001 0.008 0.007 0.330 0.018 0.016 0.147 81 I 0.037 0.024 0.557 0.216 0.007 0.010 0.012 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.079 0.002 0.009 0.033 82 R 0.006 0.004 0.031 0.029 0.582 0.057 0.190 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.081 0.001 0.004 83 P 0.002 0.022 0.005 0.028 0.001 0.019 0.001 0.848 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.001 0.050 0.001 84 G 0.002 0.083 0.010 0.069 0.001 0.009 0.001 0.002 0.684 0.063 0.008 0.012 0.002 0.001 0.001 0.054 85 A 0.770 0.043 0.062 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.002 0.002 0.864 0.127 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 I 0.001 0.004 0.146 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.003 0.005 0.961 0.011 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.001 0.034 0.002 0.890 0.013 0.056 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.055 0.006 0.528 0.094 0.272 0.002 0.013 0.003 0.005 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 T 0.003 0.128 0.011 0.079 0.060 0.465 0.002 0.076 0.006 0.007 0.134 0.023 0.005 0.001 0.002 0.001 93 E 0.002 0.036 0.006 0.011 0.322 0.016 0.068 0.014 0.011 0.008 0.328 0.037 0.005 0.131 0.001 0.003 94 K 0.005 0.027 0.011 0.011 0.001 0.005 0.002 0.252 0.003 0.001 0.007 0.035 0.004 0.001 0.634 0.001 95 G 0.006 0.017 0.030 0.011 0.001 0.003 0.002 0.001 0.250 0.054 0.003 0.004 0.007 0.001 0.003 0.610 96 S 0.844 0.018 0.060 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 97 W 0.013 0.007 0.840 0.124 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 Q 0.004 0.025 0.090 0.764 0.003 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 99 I 0.001 0.014 0.013 0.848 0.006 0.050 0.001 0.003 0.001 0.001 0.060 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 100 V 0.001 0.039 0.041 0.874 0.011 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.004 0.011 0.043 0.902 0.008 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 102 L 0.010 0.012 0.112 0.409 0.209 0.198 0.024 0.003 0.001 0.005 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 103 P 0.004 0.095 0.017 0.163 0.126 0.385 0.008 0.117 0.001 0.004 0.068 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001