# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.009 0.015 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.111 0.025 0.145 0.664 2 R 0.012 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.143 0.026 0.150 0.620 3 G 0.186 0.196 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.045 0.151 0.081 0.323 4 P 0.361 0.219 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.056 0.061 0.271 5 E 0.087 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.046 0.103 0.643 6 A 0.121 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.064 0.100 0.384 7 F 0.094 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.045 0.137 0.580 8 L 0.017 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.029 0.151 0.500 9 K 0.017 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.026 0.141 0.673 10 L 0.054 0.060 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.075 0.143 0.569 11 P 0.300 0.183 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.104 0.060 0.332 12 K 0.067 0.133 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.079 0.077 0.622 13 D 0.085 0.335 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.110 0.047 0.404 14 L 0.097 0.484 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.056 0.050 0.293 15 K 0.014 0.490 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.044 0.058 0.379 16 D 0.021 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.004 0.035 17 R 0.027 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.003 0.018 18 E 0.009 0.823 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.007 0.055 19 A 0.012 0.891 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.005 0.040 20 L 0.007 0.943 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.014 21 Q 0.028 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.215 0.011 0.049 22 D 0.054 0.591 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.106 0.012 0.222 23 I 0.125 0.460 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.148 0.048 0.202 24 M 0.257 0.149 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.192 0.102 0.285 25 Q 0.075 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.097 0.756 26 D 0.031 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 0.093 0.816 27 I 0.056 0.017 0.003 0.001 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.107 0.236 0.536 28 G 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.030 0.210 0.695 29 N 0.379 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.068 0.065 0.444 30 S 0.457 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.086 0.080 0.333 31 D 0.038 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.042 0.167 0.693 32 D 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.043 0.198 0.603 33 I 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.043 0.207 0.571 34 L 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.010 0.003 0.005 0.002 0.456 0.064 0.143 0.295 35 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.012 0.003 0.565 0.091 0.066 0.235 36 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.808 0.086 0.024 0.068 37 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.039 0.011 0.037 38 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.044 0.020 0.089 39 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.727 0.034 0.045 0.168 40 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 0.035 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.052 0.116 0.389 41 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.013 0.179 0.668 42 T 0.733 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.107 0.025 0.116 43 P 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.033 0.145 0.721 44 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.020 0.177 0.608 45 A 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.018 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.497 0.076 0.065 0.223 46 V 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 0.005 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.536 0.067 0.058 0.263 47 E 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.108 0.029 0.037 0.024 0.603 0.038 0.016 0.104 48 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.015 0.217 0.056 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.082 0.062 0.017 0.344 0.063 0.014 0.092 49 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.748 0.029 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.026 0.006 0.034 50 R 0.271 0.001 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.101 0.033 0.245 51 K 0.376 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.090 0.063 0.437 52 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.005 0.091 0.773 53 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.013 0.096 0.810 54 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.523 0.276 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.018 0.010 0.048 55 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.033 0.035 0.007 0.021 0.003 0.002 0.004 0.191 0.032 0.057 0.592 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.418 0.207 0.087 0.011 0.210 0.008 0.005 0.041 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.035 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.119 0.297 0.032 0.181 0.015 0.023 0.175 58 I 0.004 0.007 0.001 0.001 0.021 0.005 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.628 0.037 0.045 0.226 59 T 0.367 0.222 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.157 0.022 0.127 60 G 0.225 0.494 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.040 0.034 0.163 61 D 0.017 0.507 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.033 0.054 0.347 62 G 0.038 0.783 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.045 0.015 0.069 63 L 0.056 0.756 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.067 0.017 0.067 64 K 0.030 0.733 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.015 0.059 0.019 0.115 65 A 0.034 0.834 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.033 0.009 0.070 66 A 0.079 0.760 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.058 0.016 0.070 67 H 0.084 0.235 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.430 0.041 0.187 68 R 0.093 0.173 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.228 0.088 0.385 69 F 0.170 0.092 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.182 0.106 0.394 70 L 0.232 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.055 0.137 0.528 71 S 0.017 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.125 0.808 72 N 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.024 0.231 0.694 73 D 0.265 0.164 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.097 0.100 0.355 74 P 0.115 0.162 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.055 0.140 0.513 75 K 0.049 0.214 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.045 0.120 0.517 76 I 0.191 0.203 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.109 0.080 0.381 77 G 0.562 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.043 0.055 0.206 78 E 0.096 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.034 0.107 0.692 79 K 0.033 0.016 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.279 0.036 0.109 0.514 80 R 0.008 0.004 0.004 0.001 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.031 0.131 0.690 81 I 0.032 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.034 0.132 0.571 82 R 0.538 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.095 0.047 0.244 83 P 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.059 0.129 0.660 84 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.355 0.016 0.114 0.512 85 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.020 0.014 0.061 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.778 0.061 0.017 0.126 87 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.008 0.004 0.005 0.878 0.025 0.006 0.057 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.012 0.012 0.833 0.035 0.008 0.051 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.057 0.132 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.578 0.026 0.022 0.140 90 K 0.010 0.001 0.001 0.001 0.092 0.430 0.112 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.049 0.016 0.059 91 K 0.027 0.002 0.006 0.001 0.199 0.012 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.080 0.064 0.412 92 T 0.333 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.114 0.057 0.442 93 E 0.160 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.044 0.093 0.682 94 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.106 0.852 95 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.066 0.041 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.097 0.033 0.101 0.555 96 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.511 0.180 0.006 0.008 0.006 0.003 0.001 0.049 0.025 0.017 0.090 97 W 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.070 0.011 0.175 0.078 0.023 0.005 0.222 0.066 0.042 0.275 98 Q 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.188 0.433 0.080 0.009 0.152 0.034 0.012 0.075 99 I 0.037 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.116 0.029 0.417 0.104 0.035 0.202 100 V 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.541 0.029 0.066 0.334 101 Q 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.017 0.112 0.600 102 L 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.023 0.159 0.468 103 P 0.081 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.053 0.146 0.640