# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.012 0.009 0.001 0.053 0.033 0.072 0.147 0.001 0.001 0.023 0.648 2 R 0.011 0.023 0.002 0.048 0.054 0.072 0.118 0.002 0.001 0.012 0.658 3 G 0.229 0.131 0.006 0.021 0.041 0.030 0.082 0.022 0.003 0.053 0.383 4 P 0.334 0.228 0.002 0.014 0.020 0.031 0.060 0.039 0.001 0.031 0.238 5 E 0.162 0.106 0.010 0.018 0.018 0.045 0.073 0.011 0.003 0.049 0.505 6 A 0.125 0.044 0.006 0.056 0.068 0.142 0.081 0.008 0.002 0.055 0.413 7 F 0.105 0.010 0.001 0.030 0.036 0.081 0.087 0.005 0.001 0.063 0.580 8 L 0.011 0.005 0.001 0.079 0.123 0.108 0.089 0.001 0.001 0.024 0.558 9 K 0.008 0.013 0.001 0.053 0.029 0.089 0.090 0.001 0.001 0.019 0.696 10 L 0.082 0.031 0.001 0.025 0.027 0.022 0.106 0.006 0.001 0.029 0.671 11 P 0.445 0.121 0.001 0.011 0.008 0.009 0.060 0.019 0.001 0.028 0.296 12 K 0.059 0.107 0.001 0.008 0.004 0.007 0.071 0.005 0.001 0.023 0.715 13 D 0.123 0.302 0.002 0.008 0.004 0.006 0.042 0.006 0.001 0.030 0.476 14 L 0.125 0.257 0.002 0.015 0.013 0.011 0.087 0.006 0.001 0.027 0.456 15 K 0.016 0.455 0.004 0.008 0.006 0.003 0.045 0.002 0.001 0.016 0.443 16 D 0.021 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.018 17 R 0.022 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.009 18 E 0.007 0.915 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.033 0.032 19 A 0.009 0.923 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.017 0.039 20 L 0.014 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.004 21 Q 0.032 0.720 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.175 0.050 22 D 0.036 0.638 0.067 0.002 0.002 0.002 0.020 0.008 0.011 0.066 0.149 23 I 0.393 0.311 0.020 0.004 0.002 0.003 0.032 0.090 0.005 0.029 0.111 24 M 0.402 0.067 0.035 0.005 0.004 0.005 0.057 0.021 0.009 0.086 0.310 25 Q 0.030 0.020 0.002 0.008 0.002 0.005 0.094 0.002 0.001 0.024 0.812 26 D 0.022 0.010 0.001 0.009 0.002 0.005 0.087 0.002 0.001 0.035 0.827 27 I 0.082 0.011 0.006 0.011 0.020 0.013 0.185 0.005 0.001 0.069 0.598 28 G 0.039 0.011 0.002 0.016 0.004 0.005 0.139 0.002 0.001 0.026 0.755 29 N 0.163 0.041 0.002 0.013 0.004 0.006 0.087 0.010 0.001 0.031 0.643 30 S 0.167 0.080 0.002 0.015 0.004 0.007 0.091 0.011 0.001 0.035 0.588 31 D 0.072 0.065 0.002 0.020 0.009 0.014 0.118 0.003 0.001 0.095 0.601 32 D 0.026 0.101 0.003 0.047 0.026 0.041 0.130 0.003 0.001 0.122 0.498 33 I 0.035 0.134 0.004 0.030 0.038 0.047 0.146 0.008 0.001 0.105 0.452 34 L 0.042 0.185 0.005 0.056 0.071 0.093 0.109 0.009 0.001 0.110 0.319 35 A 0.015 0.088 0.003 0.092 0.094 0.262 0.082 0.005 0.001 0.152 0.207 36 A 0.014 0.038 0.004 0.112 0.094 0.345 0.063 0.004 0.002 0.147 0.178 37 V 0.015 0.018 0.003 0.150 0.179 0.444 0.033 0.003 0.001 0.068 0.086 38 V 0.025 0.009 0.002 0.103 0.200 0.347 0.045 0.004 0.001 0.068 0.195 39 L 0.010 0.001 0.001 0.165 0.239 0.353 0.040 0.001 0.001 0.033 0.156 40 S 0.005 0.003 0.002 0.077 0.105 0.320 0.109 0.001 0.001 0.037 0.341 41 A 0.008 0.009 0.002 0.054 0.072 0.109 0.107 0.002 0.001 0.022 0.614 42 T 0.811 0.030 0.001 0.003 0.012 0.011 0.016 0.013 0.001 0.030 0.073 43 P 0.110 0.030 0.001 0.008 0.007 0.021 0.118 0.005 0.001 0.047 0.653 44 G 0.010 0.029 0.002 0.020 0.044 0.161 0.086 0.002 0.001 0.029 0.616 45 A 0.009 0.012 0.001 0.037 0.132 0.494 0.037 0.002 0.001 0.054 0.223 46 V 0.005 0.021 0.001 0.030 0.227 0.418 0.032 0.001 0.001 0.056 0.209 47 E 0.006 0.008 0.001 0.032 0.402 0.366 0.015 0.001 0.001 0.045 0.125 48 A 0.005 0.004 0.001 0.043 0.319 0.436 0.017 0.001 0.001 0.031 0.143 49 F 0.004 0.001 0.015 0.042 0.266 0.470 0.020 0.001 0.017 0.082 0.082 50 R 0.216 0.002 0.002 0.027 0.131 0.196 0.040 0.004 0.002 0.051 0.329 51 K 0.715 0.001 0.001 0.005 0.013 0.013 0.022 0.002 0.001 0.025 0.203 52 N 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.017 0.086 0.001 0.001 0.003 0.884 53 G 0.003 0.001 0.001 0.008 0.010 0.040 0.113 0.001 0.001 0.019 0.806 54 E 0.001 0.001 0.001 0.011 0.620 0.300 0.013 0.001 0.001 0.011 0.044 55 T 0.002 0.001 0.001 0.069 0.121 0.346 0.027 0.001 0.001 0.064 0.369 56 I 0.001 0.001 0.001 0.032 0.549 0.346 0.007 0.001 0.001 0.012 0.053 57 R 0.002 0.001 0.001 0.110 0.273 0.374 0.025 0.001 0.001 0.030 0.184 58 I 0.006 0.007 0.001 0.077 0.381 0.227 0.029 0.001 0.001 0.038 0.233 59 T 0.139 0.169 0.001 0.040 0.104 0.085 0.042 0.012 0.001 0.077 0.330 60 G 0.107 0.286 0.001 0.016 0.037 0.049 0.060 0.007 0.001 0.049 0.388 61 D 0.017 0.396 0.003 0.016 0.053 0.029 0.059 0.002 0.001 0.037 0.387 62 G 0.023 0.705 0.001 0.009 0.012 0.020 0.031 0.004 0.001 0.063 0.130 63 L 0.024 0.867 0.001 0.004 0.005 0.005 0.015 0.007 0.001 0.036 0.036 64 K 0.027 0.729 0.004 0.009 0.014 0.015 0.017 0.003 0.001 0.108 0.074 65 A 0.030 0.683 0.011 0.008 0.009 0.014 0.025 0.005 0.001 0.097 0.118 66 A 0.091 0.666 0.009 0.006 0.008 0.010 0.032 0.048 0.002 0.041 0.085 67 H 0.110 0.193 0.021 0.018 0.013 0.026 0.061 0.011 0.009 0.271 0.267 68 R 0.100 0.078 0.012 0.015 0.015 0.026 0.113 0.007 0.005 0.147 0.482 69 F 0.079 0.029 0.006 0.016 0.009 0.017 0.125 0.012 0.002 0.058 0.646 70 L 0.178 0.007 0.006 0.017 0.018 0.020 0.137 0.004 0.001 0.053 0.560 71 S 0.010 0.004 0.001 0.009 0.004 0.011 0.110 0.001 0.001 0.013 0.838 72 N 0.015 0.009 0.001 0.008 0.004 0.006 0.110 0.001 0.001 0.010 0.834 73 D 0.266 0.078 0.003 0.012 0.014 0.010 0.106 0.013 0.001 0.047 0.450 74 P 0.083 0.085 0.001 0.008 0.003 0.005 0.116 0.006 0.001 0.027 0.665 75 K 0.058 0.170 0.004 0.030 0.015 0.026 0.102 0.006 0.001 0.034 0.554 76 I 0.138 0.177 0.006 0.025 0.034 0.037 0.077 0.012 0.001 0.064 0.430 77 G 0.188 0.184 0.006 0.024 0.020 0.033 0.081 0.028 0.002 0.061 0.372 78 E 0.079 0.098 0.003 0.032 0.037 0.071 0.084 0.015 0.001 0.071 0.509 79 K 0.050 0.012 0.004 0.026 0.083 0.112 0.068 0.002 0.001 0.102 0.541 80 R 0.019 0.004 0.004 0.025 0.054 0.088 0.128 0.002 0.003 0.111 0.563 81 I 0.022 0.003 0.003 0.028 0.056 0.063 0.100 0.002 0.002 0.032 0.690 82 R 0.651 0.003 0.001 0.006 0.018 0.018 0.042 0.002 0.001 0.030 0.229 83 P 0.007 0.002 0.001 0.006 0.008 0.031 0.114 0.001 0.001 0.010 0.823 84 G 0.005 0.002 0.001 0.015 0.027 0.106 0.163 0.001 0.001 0.015 0.666 85 A 0.001 0.001 0.001 0.040 0.317 0.528 0.025 0.001 0.001 0.017 0.070 86 L 0.002 0.001 0.001 0.059 0.186 0.365 0.034 0.001 0.001 0.049 0.302 87 I 0.001 0.001 0.001 0.056 0.432 0.434 0.007 0.001 0.001 0.016 0.052 88 R 0.001 0.001 0.001 0.039 0.334 0.551 0.007 0.001 0.001 0.026 0.042 89 V 0.002 0.001 0.001 0.045 0.381 0.433 0.013 0.001 0.001 0.033 0.092 90 K 0.002 0.001 0.001 0.039 0.441 0.416 0.012 0.001 0.001 0.016 0.073 91 K 0.042 0.003 0.003 0.027 0.268 0.334 0.035 0.002 0.004 0.052 0.229 92 T 0.285 0.004 0.001 0.018 0.047 0.068 0.064 0.005 0.001 0.083 0.424 93 E 0.125 0.003 0.001 0.005 0.013 0.022 0.076 0.002 0.001 0.028 0.726 94 K 0.008 0.002 0.001 0.003 0.005 0.013 0.101 0.001 0.001 0.009 0.859 95 G 0.009 0.007 0.001 0.013 0.095 0.139 0.112 0.002 0.001 0.022 0.601 96 S 0.004 0.004 0.001 0.015 0.217 0.519 0.041 0.001 0.001 0.018 0.180 97 W 0.003 0.003 0.001 0.019 0.263 0.431 0.030 0.001 0.001 0.019 0.229 98 Q 0.006 0.002 0.001 0.029 0.327 0.494 0.015 0.001 0.001 0.021 0.104 99 I 0.011 0.002 0.001 0.033 0.319 0.347 0.024 0.001 0.001 0.048 0.214 100 V 0.002 0.001 0.001 0.047 0.377 0.441 0.017 0.001 0.001 0.021 0.093 101 Q 0.003 0.002 0.001 0.031 0.240 0.378 0.032 0.001 0.001 0.031 0.282 102 L 0.011 0.003 0.001 0.033 0.354 0.189 0.044 0.002 0.001 0.038 0.324 103 P 0.138 0.014 0.002 0.027 0.139 0.087 0.069 0.007 0.001 0.065 0.450