# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.007 0.009 0.018 0.034 0.053 0.131 0.015 0.734 2 R 0.025 0.035 0.031 0.045 0.061 0.140 0.028 0.635 3 G 0.125 0.251 0.035 0.040 0.029 0.079 0.067 0.373 4 P 0.273 0.409 0.017 0.014 0.017 0.038 0.062 0.171 5 E 0.222 0.129 0.053 0.025 0.029 0.055 0.114 0.373 6 A 0.158 0.082 0.048 0.041 0.073 0.098 0.060 0.440 7 F 0.103 0.016 0.043 0.015 0.041 0.101 0.061 0.621 8 L 0.019 0.018 0.040 0.050 0.072 0.174 0.029 0.598 9 K 0.009 0.013 0.019 0.011 0.024 0.084 0.015 0.825 10 L 0.140 0.107 0.018 0.023 0.018 0.115 0.073 0.507 11 P 0.404 0.206 0.015 0.009 0.007 0.057 0.056 0.245 12 K 0.161 0.143 0.014 0.005 0.006 0.067 0.069 0.536 13 D 0.116 0.350 0.011 0.002 0.003 0.057 0.062 0.397 14 L 0.093 0.442 0.007 0.003 0.003 0.070 0.034 0.347 15 K 0.021 0.548 0.004 0.002 0.002 0.041 0.032 0.349 16 D 0.015 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.012 17 R 0.015 0.892 0.001 0.001 0.001 0.003 0.075 0.013 18 E 0.004 0.924 0.002 0.001 0.001 0.003 0.049 0.016 19 A 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 20 L 0.015 0.944 0.003 0.001 0.001 0.002 0.030 0.006 21 Q 0.030 0.836 0.010 0.001 0.001 0.005 0.093 0.025 22 D 0.048 0.644 0.023 0.001 0.001 0.017 0.130 0.136 23 I 0.218 0.516 0.033 0.002 0.001 0.027 0.080 0.123 24 M 0.491 0.120 0.024 0.001 0.001 0.038 0.065 0.260 25 Q 0.039 0.022 0.009 0.001 0.001 0.051 0.040 0.838 26 D 0.032 0.022 0.016 0.001 0.001 0.078 0.089 0.760 27 I 0.068 0.028 0.028 0.005 0.004 0.203 0.088 0.576 28 G 0.057 0.012 0.022 0.003 0.003 0.129 0.026 0.749 29 N 0.174 0.075 0.013 0.002 0.002 0.074 0.048 0.611 30 S 0.181 0.148 0.017 0.003 0.004 0.098 0.055 0.494 31 D 0.071 0.099 0.040 0.013 0.018 0.124 0.102 0.533 32 D 0.021 0.091 0.053 0.024 0.048 0.137 0.129 0.497 33 I 0.052 0.069 0.117 0.033 0.057 0.148 0.161 0.365 34 L 0.128 0.100 0.097 0.092 0.097 0.093 0.123 0.271 35 A 0.023 0.048 0.088 0.043 0.125 0.095 0.069 0.510 36 A 0.003 0.008 0.220 0.080 0.337 0.070 0.119 0.164 37 V 0.011 0.003 0.155 0.308 0.363 0.024 0.065 0.071 38 V 0.011 0.002 0.149 0.331 0.305 0.025 0.044 0.135 39 L 0.006 0.002 0.130 0.201 0.308 0.053 0.029 0.272 40 S 0.004 0.001 0.077 0.191 0.387 0.076 0.030 0.233 41 A 0.016 0.001 0.037 0.035 0.039 0.089 0.021 0.763 42 T 0.706 0.019 0.009 0.032 0.025 0.033 0.050 0.126 43 P 0.091 0.017 0.014 0.010 0.022 0.104 0.017 0.727 44 G 0.013 0.019 0.047 0.048 0.223 0.109 0.017 0.524 45 A 0.010 0.024 0.038 0.122 0.344 0.056 0.048 0.359 46 V 0.005 0.019 0.039 0.380 0.314 0.033 0.044 0.166 47 E 0.004 0.005 0.043 0.495 0.376 0.009 0.016 0.051 48 A 0.004 0.002 0.037 0.435 0.402 0.010 0.045 0.064 49 F 0.003 0.001 0.114 0.305 0.442 0.013 0.052 0.070 50 R 0.275 0.001 0.039 0.156 0.247 0.027 0.054 0.201 51 K 0.365 0.001 0.005 0.025 0.019 0.031 0.020 0.535 52 N 0.008 0.001 0.007 0.008 0.054 0.107 0.004 0.812 53 G 0.002 0.001 0.018 0.011 0.114 0.089 0.012 0.754 54 E 0.003 0.001 0.056 0.435 0.361 0.025 0.022 0.099 55 T 0.001 0.001 0.083 0.290 0.246 0.016 0.032 0.332 56 I 0.001 0.001 0.115 0.470 0.330 0.009 0.008 0.068 57 R 0.002 0.001 0.280 0.230 0.267 0.016 0.015 0.190 58 I 0.009 0.004 0.189 0.383 0.123 0.030 0.039 0.223 59 T 0.127 0.161 0.086 0.041 0.057 0.051 0.061 0.417 60 G 0.248 0.300 0.025 0.018 0.019 0.046 0.078 0.267 61 D 0.029 0.340 0.061 0.037 0.030 0.069 0.060 0.373 62 G 0.036 0.853 0.005 0.003 0.006 0.011 0.025 0.061 63 L 0.061 0.840 0.011 0.006 0.005 0.010 0.030 0.038 64 K 0.026 0.805 0.015 0.015 0.012 0.014 0.030 0.084 65 A 0.034 0.745 0.020 0.004 0.008 0.018 0.045 0.126 66 A 0.092 0.598 0.051 0.009 0.011 0.028 0.136 0.075 67 H 0.205 0.157 0.054 0.017 0.014 0.034 0.333 0.186 68 R 0.041 0.072 0.034 0.008 0.011 0.067 0.219 0.550 69 F 0.077 0.065 0.063 0.013 0.021 0.116 0.100 0.544 70 L 0.201 0.031 0.029 0.014 0.016 0.123 0.067 0.519 71 S 0.026 0.012 0.009 0.005 0.006 0.079 0.031 0.831 72 N 0.040 0.031 0.012 0.005 0.008 0.104 0.030 0.770 73 D 0.212 0.120 0.012 0.009 0.008 0.124 0.060 0.456 74 P 0.091 0.094 0.020 0.006 0.007 0.116 0.041 0.624 75 K 0.056 0.135 0.023 0.009 0.012 0.102 0.043 0.621 76 I 0.151 0.245 0.018 0.011 0.015 0.070 0.092 0.398 77 G 0.168 0.210 0.024 0.018 0.025 0.077 0.143 0.336 78 E 0.073 0.081 0.027 0.043 0.073 0.078 0.080 0.545 79 K 0.051 0.027 0.029 0.082 0.112 0.086 0.062 0.550 80 R 0.008 0.005 0.054 0.091 0.201 0.126 0.060 0.454 81 I 0.057 0.002 0.060 0.037 0.084 0.138 0.056 0.566 82 R 0.579 0.005 0.015 0.040 0.027 0.050 0.048 0.236 83 P 0.026 0.004 0.011 0.008 0.033 0.113 0.008 0.798 84 G 0.006 0.002 0.041 0.024 0.193 0.122 0.018 0.594 85 A 0.003 0.002 0.090 0.364 0.430 0.025 0.021 0.067 86 L 0.001 0.002 0.088 0.249 0.378 0.017 0.030 0.234 87 I 0.002 0.001 0.099 0.480 0.354 0.006 0.009 0.048 88 R 0.002 0.001 0.083 0.481 0.373 0.007 0.018 0.035 89 V 0.010 0.002 0.077 0.318 0.317 0.031 0.041 0.203 90 K 0.016 0.003 0.051 0.291 0.391 0.036 0.032 0.179 91 K 0.036 0.001 0.013 0.065 0.096 0.068 0.027 0.692 92 T 0.421 0.006 0.007 0.029 0.029 0.047 0.063 0.399 93 E 0.134 0.010 0.004 0.020 0.031 0.091 0.019 0.690 94 K 0.011 0.004 0.006 0.009 0.039 0.117 0.006 0.810 95 G 0.020 0.023 0.018 0.074 0.150 0.078 0.022 0.614 96 S 0.027 0.043 0.028 0.171 0.241 0.075 0.069 0.347 97 W 0.006 0.014 0.088 0.272 0.311 0.025 0.089 0.194 98 Q 0.021 0.008 0.039 0.401 0.411 0.016 0.025 0.079 99 I 0.089 0.003 0.063 0.230 0.287 0.034 0.031 0.264 100 V 0.004 0.001 0.026 0.234 0.511 0.034 0.014 0.176 101 Q 0.004 0.001 0.014 0.074 0.268 0.054 0.015 0.571 102 L 0.033 0.002 0.014 0.221 0.164 0.117 0.034 0.415 103 P 0.053 0.004 0.010 0.056 0.070 0.079 0.030 0.698