# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.211 0.073 0.039 0.085 0.083 0.108 0.136 0.090 0.083 0.060 0.033 2 R 0.137 0.119 0.053 0.128 0.121 0.113 0.123 0.075 0.062 0.044 0.024 3 G 0.148 0.125 0.052 0.094 0.086 0.087 0.130 0.098 0.083 0.061 0.037 4 P 0.090 0.074 0.038 0.090 0.114 0.105 0.154 0.122 0.095 0.071 0.046 5 E 0.187 0.130 0.072 0.183 0.130 0.101 0.077 0.044 0.035 0.025 0.014 6 A 0.087 0.073 0.062 0.191 0.164 0.131 0.142 0.070 0.044 0.025 0.012 7 F 0.019 0.041 0.032 0.101 0.108 0.100 0.174 0.130 0.137 0.092 0.066 8 L 0.005 0.007 0.013 0.026 0.032 0.072 0.155 0.166 0.210 0.174 0.141 9 K 0.059 0.112 0.260 0.301 0.170 0.044 0.028 0.012 0.007 0.006 0.002 10 L 0.006 0.020 0.022 0.040 0.047 0.099 0.204 0.190 0.159 0.124 0.088 11 P 0.156 0.175 0.061 0.184 0.139 0.079 0.091 0.047 0.032 0.025 0.010 12 K 0.628 0.162 0.072 0.065 0.032 0.013 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 13 D 0.206 0.269 0.099 0.171 0.116 0.067 0.042 0.015 0.009 0.006 0.002 14 L 0.055 0.043 0.026 0.072 0.076 0.122 0.243 0.140 0.109 0.071 0.042 15 K 0.332 0.231 0.152 0.133 0.066 0.032 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 16 D 0.103 0.413 0.189 0.130 0.057 0.043 0.040 0.012 0.007 0.004 0.001 17 R 0.048 0.039 0.031 0.088 0.136 0.250 0.248 0.101 0.037 0.015 0.008 18 E 0.795 0.037 0.115 0.037 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.006 0.024 0.125 0.257 0.226 0.202 0.112 0.032 0.011 0.005 0.001 20 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.009 0.058 0.144 0.253 0.269 0.253 21 Q 0.002 0.006 0.121 0.157 0.294 0.246 0.137 0.023 0.008 0.005 0.001 22 D 0.016 0.014 0.911 0.044 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.004 0.018 0.034 0.063 0.155 0.356 0.193 0.104 0.046 0.025 24 M 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.006 0.035 0.093 0.194 0.333 0.329 25 Q 0.003 0.011 0.348 0.234 0.270 0.079 0.036 0.010 0.004 0.003 0.001 26 D 0.035 0.069 0.642 0.137 0.060 0.035 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 27 I 0.013 0.009 0.010 0.021 0.031 0.081 0.240 0.209 0.176 0.134 0.077 28 G 0.502 0.196 0.040 0.049 0.033 0.039 0.056 0.032 0.026 0.017 0.008 29 N 0.207 0.274 0.159 0.156 0.077 0.042 0.033 0.016 0.015 0.012 0.008 30 S 0.156 0.084 0.042 0.095 0.104 0.135 0.151 0.095 0.066 0.035 0.037 31 D 0.421 0.250 0.044 0.108 0.071 0.036 0.034 0.014 0.011 0.008 0.004 32 D 0.134 0.153 0.049 0.253 0.188 0.110 0.063 0.025 0.014 0.006 0.005 33 I 0.003 0.003 0.005 0.008 0.012 0.022 0.059 0.114 0.194 0.234 0.347 34 L 0.006 0.027 0.033 0.155 0.182 0.223 0.201 0.077 0.054 0.029 0.014 35 A 0.002 0.010 0.036 0.044 0.048 0.075 0.138 0.155 0.201 0.175 0.116 36 A 0.001 0.003 0.009 0.013 0.020 0.039 0.093 0.173 0.206 0.259 0.186 37 V 0.002 0.004 0.010 0.016 0.015 0.030 0.082 0.188 0.204 0.266 0.182 38 V 0.001 0.003 0.009 0.018 0.017 0.033 0.079 0.127 0.220 0.272 0.221 39 L 0.003 0.006 0.011 0.018 0.026 0.060 0.147 0.147 0.219 0.215 0.148 40 S 0.036 0.081 0.068 0.232 0.238 0.103 0.110 0.053 0.036 0.029 0.013 41 A 0.004 0.005 0.003 0.012 0.015 0.035 0.089 0.159 0.207 0.232 0.239 42 T 0.044 0.604 0.041 0.149 0.098 0.025 0.020 0.008 0.005 0.005 0.002 43 P 0.601 0.260 0.020 0.059 0.035 0.009 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 44 G 0.684 0.160 0.025 0.061 0.033 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 45 A 0.037 0.168 0.028 0.288 0.212 0.113 0.091 0.029 0.020 0.009 0.004 46 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.027 0.109 0.205 0.234 0.201 0.206 47 E 0.026 0.078 0.144 0.480 0.227 0.029 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 48 A 0.001 0.004 0.019 0.019 0.013 0.030 0.081 0.082 0.255 0.246 0.249 49 F 0.008 0.015 0.019 0.081 0.087 0.083 0.231 0.113 0.174 0.105 0.084 50 R 0.006 0.021 0.070 0.122 0.131 0.166 0.211 0.104 0.090 0.051 0.027 51 K 0.043 0.115 0.180 0.233 0.186 0.108 0.074 0.028 0.017 0.011 0.005 52 N 0.231 0.301 0.057 0.137 0.089 0.057 0.076 0.026 0.014 0.008 0.003 53 G 0.655 0.132 0.016 0.056 0.046 0.025 0.026 0.020 0.012 0.008 0.005 54 E 0.295 0.316 0.064 0.162 0.082 0.039 0.024 0.009 0.005 0.003 0.001 55 T 0.060 0.117 0.048 0.230 0.167 0.125 0.119 0.063 0.043 0.018 0.011 56 I 0.006 0.009 0.007 0.020 0.039 0.098 0.194 0.218 0.177 0.133 0.099 57 R 0.052 0.148 0.141 0.410 0.171 0.047 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 58 I 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.012 0.038 0.128 0.208 0.267 0.331 59 T 0.056 0.283 0.076 0.273 0.191 0.045 0.038 0.014 0.011 0.010 0.004 60 G 0.187 0.140 0.063 0.156 0.121 0.094 0.094 0.052 0.043 0.029 0.022 61 D 0.317 0.285 0.074 0.171 0.095 0.029 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 62 G 0.071 0.101 0.024 0.134 0.136 0.103 0.183 0.105 0.085 0.039 0.019 63 L 0.002 0.003 0.004 0.014 0.022 0.049 0.122 0.133 0.234 0.231 0.186 64 K 0.030 0.073 0.151 0.381 0.197 0.092 0.049 0.015 0.007 0.004 0.001 65 A 0.002 0.013 0.044 0.064 0.065 0.095 0.200 0.178 0.161 0.105 0.073 66 A 0.001 0.002 0.005 0.009 0.010 0.017 0.072 0.108 0.223 0.238 0.315 67 H 0.004 0.009 0.059 0.097 0.105 0.208 0.242 0.116 0.082 0.053 0.026 68 R 0.019 0.031 0.304 0.293 0.191 0.084 0.047 0.016 0.008 0.005 0.002 69 F 0.005 0.010 0.020 0.029 0.034 0.090 0.221 0.203 0.179 0.140 0.070 70 L 0.020 0.030 0.025 0.039 0.040 0.064 0.158 0.173 0.174 0.179 0.097 71 S 0.122 0.157 0.173 0.185 0.119 0.075 0.074 0.041 0.025 0.020 0.010 72 N 0.285 0.158 0.134 0.126 0.098 0.062 0.061 0.033 0.021 0.014 0.008 73 D 0.317 0.415 0.042 0.095 0.056 0.026 0.026 0.010 0.007 0.005 0.002 74 P 0.049 0.026 0.011 0.056 0.070 0.148 0.212 0.162 0.129 0.073 0.063 75 K 0.516 0.179 0.129 0.103 0.037 0.016 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 76 I 0.044 0.176 0.089 0.222 0.164 0.123 0.103 0.041 0.021 0.014 0.005 77 G 0.011 0.016 0.012 0.022 0.029 0.061 0.154 0.193 0.196 0.153 0.153 78 E 0.110 0.134 0.120 0.300 0.149 0.113 0.049 0.015 0.007 0.004 0.001 79 K 0.236 0.116 0.311 0.174 0.071 0.041 0.028 0.011 0.007 0.005 0.002 80 R 0.037 0.072 0.034 0.157 0.221 0.145 0.159 0.085 0.051 0.025 0.014 81 I 0.002 0.002 0.005 0.008 0.008 0.022 0.068 0.097 0.228 0.260 0.301 82 R 0.047 0.158 0.256 0.302 0.169 0.036 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 83 P 0.128 0.270 0.145 0.170 0.117 0.064 0.056 0.022 0.016 0.007 0.005 84 G 0.245 0.082 0.024 0.107 0.120 0.114 0.119 0.056 0.061 0.046 0.026 85 A 0.030 0.088 0.037 0.143 0.150 0.169 0.195 0.086 0.060 0.028 0.013 86 L 0.008 0.026 0.047 0.146 0.163 0.125 0.160 0.141 0.094 0.057 0.034 87 I 0.001 0.004 0.011 0.016 0.024 0.052 0.142 0.185 0.210 0.214 0.140 88 R 0.003 0.023 0.057 0.197 0.210 0.118 0.155 0.117 0.066 0.038 0.017 89 V 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.013 0.051 0.111 0.232 0.317 0.259 90 K 0.006 0.014 0.047 0.134 0.178 0.124 0.206 0.099 0.094 0.069 0.028 91 K 0.030 0.091 0.127 0.173 0.156 0.114 0.141 0.069 0.048 0.035 0.015 92 T 0.058 0.064 0.041 0.132 0.152 0.156 0.185 0.089 0.057 0.040 0.024 93 E 0.424 0.296 0.058 0.091 0.049 0.024 0.026 0.014 0.009 0.006 0.003 94 K 0.509 0.284 0.031 0.086 0.050 0.016 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 95 G 0.525 0.140 0.034 0.084 0.066 0.050 0.047 0.026 0.016 0.008 0.005 96 S 0.131 0.152 0.055 0.214 0.194 0.111 0.077 0.030 0.021 0.010 0.005 97 W 0.007 0.011 0.014 0.031 0.041 0.085 0.178 0.191 0.204 0.136 0.101 98 Q 0.019 0.046 0.058 0.145 0.174 0.159 0.168 0.092 0.072 0.044 0.023 99 I 0.003 0.006 0.016 0.015 0.019 0.024 0.067 0.148 0.214 0.251 0.236 100 V 0.015 0.022 0.048 0.084 0.093 0.105 0.161 0.139 0.137 0.128 0.069 101 Q 0.012 0.015 0.034 0.046 0.047 0.066 0.138 0.188 0.181 0.164 0.109 102 L 0.017 0.022 0.035 0.070 0.076 0.104 0.169 0.159 0.150 0.129 0.070 103 P 0.109 0.068 0.067 0.110 0.099 0.115 0.137 0.095 0.092 0.072 0.036