# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.036 0.011 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.010 0.072 0.797 2 R 0.070 0.017 0.009 0.002 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.013 0.141 0.478 3 G 0.027 0.015 0.005 0.001 0.004 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.005 0.178 0.671 4 P 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.014 0.944 5 E 0.016 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.003 0.281 0.619 6 A 0.289 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.016 0.142 0.429 7 F 0.275 0.373 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.010 0.030 0.251 8 L 0.186 0.361 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.150 0.017 0.033 0.230 9 K 0.158 0.288 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.028 0.048 0.368 10 L 0.189 0.174 0.025 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.111 0.040 0.036 0.404 11 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.988 12 K 0.019 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.003 0.079 0.841 13 D 0.078 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.117 0.764 14 L 0.434 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.033 0.476 15 K 0.040 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.420 0.473 16 D 0.206 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.410 0.310 17 R 0.086 0.299 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.039 0.553 18 E 0.009 0.183 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.228 0.573 19 A 0.030 0.150 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.486 0.320 20 L 0.027 0.889 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.068 21 Q 0.017 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.055 22 D 0.014 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.072 23 I 0.039 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.085 24 M 0.034 0.859 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.078 25 Q 0.066 0.813 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.011 0.081 26 D 0.215 0.535 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 0.007 0.156 27 I 0.470 0.332 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.082 0.003 0.094 28 G 0.117 0.144 0.065 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.043 0.049 0.550 29 N 0.032 0.035 0.076 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.185 0.613 30 S 0.161 0.056 0.011 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.009 0.092 0.560 31 D 0.045 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.223 0.661 32 D 0.184 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.035 0.353 0.370 33 I 0.495 0.037 0.027 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.013 0.129 0.238 34 L 0.054 0.041 0.009 0.002 0.006 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.573 0.005 0.105 0.190 35 A 0.013 0.013 0.002 0.001 0.028 0.010 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.484 0.003 0.066 0.345 36 A 0.011 0.008 0.002 0.001 0.002 0.009 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.626 0.006 0.030 0.270 37 V 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.009 0.013 38 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.006 0.834 0.001 0.015 0.116 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.027 0.006 0.884 0.001 0.008 0.028 40 S 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.054 0.036 0.025 0.005 0.625 0.001 0.027 0.207 41 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.020 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.621 0.004 0.093 0.206 42 T 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.215 0.003 0.245 0.360 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.026 0.952 44 G 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.014 0.296 0.384 45 A 0.649 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.020 0.131 0.135 46 V 0.022 0.039 0.003 0.003 0.053 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.641 0.011 0.034 0.182 47 E 0.008 0.008 0.001 0.001 0.086 0.098 0.022 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.636 0.004 0.036 0.068 48 A 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.015 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.146 0.137 0.064 0.454 0.001 0.015 0.111 49 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.275 0.206 0.027 0.008 0.447 0.001 0.005 0.014 50 R 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.332 0.072 0.006 0.155 0.037 0.013 0.006 0.262 0.002 0.014 0.075 51 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.622 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.002 0.029 0.088 52 N 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.004 0.132 0.596 53 G 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.182 0.045 0.538 54 E 0.203 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.013 0.490 0.225 55 T 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.001 0.029 0.856 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.556 0.176 0.039 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.001 0.031 0.018 57 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.085 0.075 0.110 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.009 0.111 0.001 0.038 0.524 58 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.836 0.001 0.029 0.107 59 T 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.282 0.001 0.131 0.539 60 G 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.002 0.090 0.670 61 D 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.003 0.297 0.633 62 G 0.230 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.021 0.329 0.370 63 L 0.142 0.142 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.014 0.200 0.418 64 K 0.024 0.320 0.003 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.007 0.116 0.403 65 A 0.021 0.527 0.003 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 0.043 0.358 66 A 0.026 0.828 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 0.013 0.096 67 H 0.028 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.007 0.046 68 R 0.023 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.054 69 F 0.133 0.743 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.028 0.006 0.078 70 L 0.144 0.696 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.014 0.090 71 S 0.114 0.550 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.068 0.028 0.200 72 N 0.326 0.098 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.143 0.013 0.366 73 D 0.187 0.032 0.069 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.425 0.254 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 75 K 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 0.732 0.213 76 I 0.341 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.377 0.259 77 G 0.137 0.091 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.002 0.024 0.679 78 E 0.034 0.095 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.005 0.257 0.484 79 K 0.405 0.064 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.023 0.121 0.303 80 R 0.304 0.275 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.045 0.020 0.039 0.283 81 I 0.124 0.254 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.279 0.023 0.042 0.240 82 R 0.056 0.059 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.019 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.013 0.268 0.447 83 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.002 0.973 84 G 0.025 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.588 0.017 0.230 0.122 85 A 0.623 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.018 0.061 0.123 86 L 0.037 0.003 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.567 0.002 0.071 0.301 87 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.010 0.020 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.009 0.920 0.001 0.013 0.029 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.134 0.038 0.690 0.001 0.014 0.082 90 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.159 0.332 0.226 0.022 0.223 0.001 0.008 0.021 91 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.195 0.011 0.216 0.084 0.019 0.004 0.159 0.001 0.031 0.264 92 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.637 0.127 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.041 0.001 0.026 0.062 93 E 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.115 0.690 94 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.411 0.562 95 G 0.456 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.283 0.028 0.197 96 S 0.231 0.008 0.035 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.444 0.232 97 W 0.002 0.003 0.004 0.012 0.315 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.005 0.039 0.495 98 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.826 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.012 0.013 99 I 0.005 0.003 0.002 0.001 0.015 0.075 0.127 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.320 0.001 0.037 0.381 100 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.892 0.001 0.034 0.041 101 Q 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.520 0.006 0.069 0.334 102 L 0.043 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.002 0.005 0.004 0.004 0.572 0.003 0.084 0.261 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.006 0.972