# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.042 0.005 0.002 0.028 0.032 0.062 0.078 0.001 0.001 0.002 0.748 2 R 0.012 0.001 0.001 0.010 0.006 0.015 0.037 0.001 0.001 0.001 0.917 3 G 0.012 0.001 0.001 0.009 0.006 0.009 0.091 0.001 0.001 0.001 0.871 4 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.978 5 E 0.019 0.004 0.001 0.023 0.027 0.065 0.136 0.001 0.001 0.003 0.722 6 A 0.094 0.025 0.001 0.025 0.039 0.047 0.151 0.001 0.001 0.007 0.611 7 F 0.173 0.081 0.001 0.043 0.068 0.100 0.043 0.002 0.001 0.005 0.485 8 L 0.139 0.171 0.003 0.063 0.122 0.163 0.055 0.002 0.001 0.005 0.276 9 K 0.075 0.093 0.005 0.030 0.064 0.108 0.070 0.007 0.001 0.008 0.540 10 L 0.125 0.053 0.010 0.044 0.055 0.097 0.066 0.008 0.001 0.003 0.539 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.983 12 K 0.008 0.002 0.001 0.005 0.004 0.008 0.173 0.001 0.001 0.002 0.796 13 D 0.223 0.018 0.003 0.014 0.006 0.013 0.173 0.002 0.001 0.012 0.537 14 L 0.338 0.050 0.005 0.026 0.006 0.013 0.059 0.002 0.001 0.012 0.489 15 K 0.064 0.073 0.009 0.016 0.006 0.007 0.430 0.001 0.001 0.010 0.384 16 D 0.117 0.096 0.005 0.011 0.002 0.007 0.374 0.002 0.001 0.011 0.375 17 R 0.069 0.176 0.005 0.012 0.001 0.005 0.030 0.002 0.001 0.009 0.690 18 E 0.012 0.120 0.010 0.002 0.001 0.002 0.425 0.001 0.001 0.004 0.424 19 A 0.118 0.295 0.005 0.002 0.001 0.001 0.357 0.002 0.001 0.006 0.213 20 L 0.029 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.054 21 Q 0.005 0.953 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 22 D 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 23 I 0.015 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.019 24 M 0.024 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.015 25 Q 0.034 0.908 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.030 26 D 0.161 0.619 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.133 0.001 0.001 0.070 27 I 0.289 0.471 0.042 0.004 0.001 0.001 0.003 0.109 0.001 0.001 0.081 28 G 0.073 0.210 0.093 0.013 0.003 0.002 0.032 0.065 0.001 0.002 0.506 29 N 0.064 0.057 0.127 0.014 0.005 0.006 0.121 0.027 0.001 0.003 0.577 30 S 0.255 0.042 0.010 0.033 0.007 0.017 0.078 0.005 0.001 0.005 0.548 31 D 0.038 0.027 0.005 0.014 0.007 0.008 0.356 0.002 0.001 0.013 0.530 32 D 0.166 0.025 0.011 0.023 0.009 0.012 0.385 0.002 0.001 0.028 0.339 33 I 0.356 0.076 0.025 0.049 0.019 0.034 0.234 0.003 0.001 0.014 0.191 34 L 0.101 0.076 0.013 0.090 0.246 0.233 0.110 0.001 0.001 0.009 0.120 35 A 0.009 0.024 0.002 0.039 0.096 0.165 0.041 0.002 0.001 0.001 0.619 36 A 0.017 0.017 0.002 0.044 0.274 0.512 0.018 0.001 0.001 0.001 0.113 37 V 0.014 0.019 0.001 0.037 0.527 0.356 0.015 0.001 0.001 0.001 0.030 38 V 0.005 0.014 0.001 0.033 0.441 0.428 0.008 0.001 0.001 0.001 0.069 39 L 0.002 0.003 0.001 0.033 0.356 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 40 S 0.009 0.007 0.001 0.049 0.290 0.537 0.012 0.001 0.001 0.001 0.095 41 A 0.009 0.008 0.001 0.040 0.315 0.492 0.015 0.001 0.001 0.002 0.118 42 T 0.008 0.005 0.001 0.046 0.256 0.335 0.137 0.001 0.001 0.002 0.209 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.993 44 G 0.005 0.001 0.001 0.018 0.154 0.361 0.128 0.001 0.001 0.006 0.326 45 A 0.609 0.003 0.001 0.013 0.036 0.052 0.065 0.001 0.001 0.016 0.204 46 V 0.098 0.031 0.004 0.035 0.302 0.355 0.037 0.001 0.001 0.007 0.131 47 E 0.022 0.005 0.001 0.045 0.379 0.498 0.014 0.001 0.001 0.001 0.034 48 A 0.002 0.005 0.001 0.025 0.457 0.426 0.011 0.001 0.001 0.001 0.072 49 F 0.003 0.004 0.001 0.026 0.357 0.584 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 50 R 0.002 0.004 0.001 0.008 0.525 0.434 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 51 K 0.001 0.005 0.001 0.017 0.319 0.539 0.021 0.001 0.001 0.001 0.097 52 N 0.017 0.005 0.001 0.032 0.186 0.370 0.098 0.001 0.001 0.013 0.277 53 G 0.193 0.003 0.005 0.027 0.058 0.098 0.094 0.002 0.001 0.128 0.391 54 E 0.188 0.001 0.013 0.027 0.044 0.039 0.331 0.001 0.001 0.011 0.344 55 T 0.006 0.001 0.001 0.008 0.012 0.016 0.077 0.001 0.001 0.001 0.879 56 I 0.016 0.001 0.001 0.041 0.284 0.619 0.007 0.001 0.001 0.001 0.032 57 R 0.008 0.001 0.001 0.066 0.109 0.208 0.064 0.001 0.001 0.001 0.544 58 I 0.012 0.001 0.001 0.103 0.336 0.414 0.021 0.001 0.001 0.002 0.110 59 T 0.008 0.002 0.001 0.041 0.134 0.270 0.094 0.001 0.001 0.001 0.450 60 G 0.007 0.002 0.001 0.055 0.070 0.173 0.149 0.001 0.001 0.004 0.538 61 D 0.009 0.004 0.001 0.012 0.013 0.023 0.433 0.001 0.001 0.007 0.500 62 G 0.086 0.008 0.001 0.011 0.004 0.011 0.410 0.001 0.001 0.036 0.432 63 L 0.194 0.175 0.012 0.028 0.009 0.030 0.213 0.001 0.001 0.012 0.326 64 K 0.038 0.315 0.004 0.015 0.025 0.029 0.146 0.001 0.001 0.013 0.414 65 A 0.030 0.406 0.005 0.005 0.008 0.012 0.093 0.002 0.001 0.003 0.437 66 A 0.057 0.795 0.003 0.004 0.003 0.014 0.009 0.006 0.001 0.001 0.108 67 H 0.035 0.861 0.003 0.004 0.007 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.071 68 R 0.039 0.744 0.005 0.003 0.003 0.004 0.006 0.013 0.001 0.001 0.181 69 F 0.137 0.687 0.007 0.004 0.002 0.004 0.006 0.041 0.001 0.001 0.110 70 L 0.141 0.704 0.011 0.006 0.004 0.005 0.006 0.049 0.001 0.001 0.074 71 S 0.112 0.541 0.027 0.012 0.009 0.013 0.016 0.069 0.001 0.002 0.199 72 N 0.263 0.195 0.038 0.018 0.004 0.009 0.030 0.065 0.001 0.007 0.371 73 D 0.263 0.093 0.072 0.026 0.005 0.007 0.183 0.027 0.001 0.009 0.315 74 P 0.009 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.003 0.953 75 K 0.016 0.010 0.029 0.013 0.004 0.006 0.588 0.001 0.001 0.008 0.325 76 I 0.137 0.017 0.003 0.013 0.004 0.008 0.401 0.002 0.001 0.012 0.403 77 G 0.109 0.148 0.005 0.050 0.018 0.058 0.053 0.002 0.001 0.004 0.554 78 E 0.021 0.123 0.004 0.039 0.021 0.029 0.140 0.001 0.001 0.004 0.618 79 K 0.166 0.205 0.001 0.031 0.046 0.036 0.208 0.004 0.001 0.006 0.296 80 R 0.291 0.380 0.002 0.020 0.023 0.036 0.014 0.012 0.001 0.002 0.220 81 I 0.108 0.261 0.036 0.135 0.064 0.102 0.041 0.010 0.001 0.005 0.238 82 R 0.075 0.067 0.016 0.114 0.291 0.152 0.064 0.006 0.001 0.003 0.212 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 84 G 0.019 0.004 0.002 0.062 0.239 0.467 0.038 0.001 0.001 0.004 0.164 85 A 0.424 0.002 0.004 0.081 0.196 0.141 0.032 0.001 0.001 0.005 0.115 86 L 0.017 0.001 0.003 0.081 0.302 0.274 0.053 0.001 0.001 0.003 0.267 87 I 0.004 0.001 0.001 0.084 0.350 0.553 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 88 R 0.001 0.001 0.001 0.099 0.340 0.500 0.013 0.001 0.001 0.001 0.046 89 V 0.001 0.001 0.001 0.060 0.373 0.536 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 90 K 0.001 0.001 0.001 0.020 0.435 0.522 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 91 K 0.001 0.001 0.001 0.016 0.329 0.475 0.031 0.001 0.001 0.001 0.147 92 T 0.006 0.001 0.001 0.009 0.233 0.659 0.014 0.001 0.001 0.001 0.079 93 E 0.022 0.001 0.001 0.012 0.051 0.109 0.170 0.001 0.001 0.007 0.627 94 K 0.019 0.002 0.001 0.006 0.018 0.025 0.450 0.001 0.001 0.010 0.470 95 G 0.281 0.006 0.002 0.013 0.051 0.075 0.101 0.001 0.001 0.120 0.351 96 S 0.274 0.003 0.016 0.010 0.038 0.036 0.229 0.001 0.001 0.007 0.386 97 W 0.017 0.001 0.002 0.007 0.128 0.166 0.088 0.001 0.001 0.002 0.589 98 Q 0.015 0.001 0.001 0.011 0.282 0.629 0.017 0.001 0.001 0.001 0.043 99 I 0.011 0.004 0.001 0.018 0.426 0.438 0.019 0.001 0.001 0.001 0.082 100 V 0.002 0.003 0.001 0.014 0.404 0.549 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 101 Q 0.003 0.004 0.001 0.007 0.261 0.642 0.012 0.001 0.001 0.001 0.070 102 L 0.009 0.003 0.001 0.014 0.347 0.532 0.017 0.001 0.001 0.001 0.077 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.980