# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.039 0.012 0.046 0.025 0.042 0.085 0.008 0.744 2 R 0.017 0.017 0.029 0.022 0.033 0.059 0.007 0.815 3 G 0.035 0.011 0.022 0.023 0.028 0.058 0.005 0.818 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 5 E 0.015 0.010 0.021 0.025 0.069 0.155 0.002 0.704 6 A 0.175 0.124 0.034 0.036 0.051 0.136 0.008 0.435 7 F 0.267 0.210 0.026 0.028 0.062 0.075 0.016 0.317 8 L 0.302 0.328 0.067 0.054 0.049 0.024 0.016 0.161 9 K 0.167 0.220 0.076 0.045 0.056 0.054 0.056 0.326 10 L 0.272 0.105 0.083 0.045 0.085 0.056 0.026 0.329 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 K 0.010 0.007 0.011 0.008 0.024 0.163 0.004 0.774 13 D 0.290 0.025 0.009 0.002 0.003 0.173 0.015 0.482 14 L 0.494 0.069 0.013 0.004 0.008 0.037 0.008 0.367 15 K 0.123 0.056 0.023 0.004 0.006 0.388 0.007 0.394 16 D 0.115 0.064 0.012 0.002 0.005 0.453 0.008 0.341 17 R 0.114 0.263 0.009 0.002 0.009 0.044 0.006 0.554 18 E 0.019 0.150 0.006 0.001 0.003 0.292 0.005 0.524 19 A 0.040 0.184 0.002 0.001 0.001 0.519 0.004 0.250 20 L 0.047 0.876 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.062 21 Q 0.005 0.929 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 0.053 22 D 0.014 0.808 0.003 0.001 0.002 0.014 0.004 0.154 23 I 0.027 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.035 24 M 0.020 0.946 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.027 25 Q 0.070 0.814 0.003 0.002 0.002 0.006 0.018 0.085 26 D 0.389 0.374 0.013 0.002 0.001 0.005 0.099 0.118 27 I 0.448 0.290 0.066 0.004 0.005 0.006 0.055 0.125 28 G 0.027 0.099 0.085 0.010 0.010 0.058 0.017 0.694 29 N 0.052 0.039 0.057 0.009 0.014 0.156 0.017 0.655 30 S 0.139 0.044 0.075 0.005 0.009 0.106 0.012 0.610 31 D 0.038 0.022 0.025 0.003 0.004 0.496 0.007 0.406 32 D 0.125 0.026 0.011 0.003 0.003 0.471 0.012 0.349 33 I 0.205 0.181 0.029 0.011 0.019 0.306 0.012 0.238 34 L 0.070 0.242 0.043 0.039 0.077 0.198 0.014 0.318 35 A 0.025 0.159 0.031 0.030 0.052 0.101 0.015 0.586 36 A 0.115 0.249 0.081 0.132 0.166 0.076 0.025 0.155 37 V 0.097 0.169 0.087 0.209 0.277 0.042 0.023 0.096 38 V 0.036 0.046 0.139 0.205 0.382 0.039 0.008 0.146 39 L 0.017 0.023 0.095 0.442 0.352 0.020 0.004 0.048 40 S 0.022 0.017 0.035 0.359 0.323 0.017 0.009 0.217 41 A 0.019 0.005 0.114 0.166 0.374 0.025 0.011 0.285 42 T 0.012 0.003 0.017 0.142 0.243 0.224 0.004 0.355 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 G 0.006 0.001 0.007 0.044 0.070 0.379 0.007 0.485 45 A 0.777 0.001 0.003 0.005 0.009 0.122 0.013 0.071 46 V 0.282 0.017 0.068 0.219 0.190 0.093 0.004 0.126 47 E 0.009 0.002 0.048 0.417 0.467 0.021 0.001 0.036 48 A 0.003 0.002 0.023 0.348 0.509 0.009 0.001 0.106 49 F 0.003 0.002 0.052 0.314 0.601 0.006 0.001 0.021 50 R 0.002 0.004 0.030 0.540 0.367 0.010 0.001 0.045 51 K 0.004 0.005 0.048 0.195 0.545 0.034 0.005 0.164 52 N 0.013 0.003 0.022 0.069 0.144 0.162 0.021 0.567 53 G 0.143 0.005 0.031 0.084 0.037 0.082 0.183 0.435 54 E 0.446 0.001 0.028 0.020 0.051 0.388 0.008 0.059 55 T 0.003 0.001 0.008 0.054 0.041 0.026 0.001 0.867 56 I 0.004 0.001 0.058 0.371 0.534 0.011 0.001 0.021 57 R 0.003 0.001 0.048 0.146 0.209 0.012 0.001 0.580 58 I 0.002 0.001 0.140 0.279 0.473 0.013 0.001 0.092 59 T 0.003 0.002 0.046 0.141 0.322 0.054 0.001 0.432 60 G 0.010 0.005 0.043 0.041 0.205 0.082 0.003 0.610 61 D 0.063 0.009 0.023 0.016 0.037 0.391 0.006 0.455 62 G 0.135 0.028 0.013 0.012 0.016 0.272 0.016 0.508 63 L 0.219 0.216 0.043 0.022 0.052 0.127 0.013 0.307 64 K 0.045 0.282 0.024 0.014 0.036 0.184 0.010 0.405 65 A 0.072 0.480 0.007 0.007 0.015 0.072 0.008 0.338 66 A 0.063 0.717 0.007 0.004 0.012 0.026 0.009 0.163 67 H 0.028 0.836 0.005 0.004 0.008 0.015 0.006 0.099 68 R 0.030 0.818 0.006 0.003 0.004 0.009 0.011 0.118 69 F 0.143 0.720 0.012 0.005 0.006 0.009 0.020 0.085 70 L 0.129 0.705 0.028 0.008 0.007 0.017 0.033 0.073 71 S 0.096 0.533 0.112 0.015 0.017 0.043 0.043 0.140 72 N 0.252 0.193 0.081 0.009 0.012 0.036 0.067 0.349 73 D 0.148 0.045 0.034 0.006 0.008 0.428 0.019 0.313 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 75 K 0.004 0.008 0.010 0.005 0.010 0.754 0.002 0.206 76 I 0.254 0.017 0.005 0.003 0.006 0.483 0.008 0.225 77 G 0.199 0.355 0.011 0.010 0.026 0.055 0.003 0.342 78 E 0.060 0.241 0.021 0.019 0.037 0.207 0.009 0.407 79 K 0.198 0.297 0.018 0.027 0.026 0.080 0.028 0.326 80 R 0.325 0.250 0.013 0.025 0.047 0.030 0.041 0.270 81 I 0.101 0.251 0.104 0.116 0.148 0.029 0.055 0.196 82 R 0.049 0.075 0.082 0.190 0.187 0.078 0.023 0.317 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 G 0.026 0.017 0.076 0.204 0.228 0.110 0.029 0.310 85 A 0.768 0.001 0.029 0.034 0.039 0.053 0.014 0.063 86 L 0.015 0.001 0.043 0.106 0.091 0.033 0.002 0.709 87 I 0.009 0.001 0.054 0.443 0.470 0.009 0.001 0.016 88 R 0.003 0.001 0.031 0.335 0.370 0.012 0.001 0.247 89 V 0.001 0.001 0.031 0.350 0.577 0.007 0.001 0.033 90 K 0.002 0.001 0.031 0.379 0.535 0.016 0.001 0.036 91 K 0.003 0.001 0.012 0.335 0.506 0.023 0.001 0.119 92 T 0.008 0.003 0.018 0.161 0.556 0.051 0.003 0.199 93 E 0.043 0.005 0.013 0.064 0.114 0.163 0.018 0.582 94 K 0.051 0.004 0.005 0.020 0.020 0.399 0.050 0.451 95 G 0.244 0.017 0.017 0.074 0.023 0.068 0.208 0.348 96 S 0.432 0.002 0.035 0.022 0.067 0.300 0.011 0.132 97 W 0.011 0.001 0.020 0.153 0.140 0.074 0.002 0.599 98 Q 0.011 0.001 0.025 0.312 0.604 0.028 0.001 0.019 99 I 0.010 0.001 0.020 0.239 0.515 0.019 0.001 0.196 100 V 0.002 0.001 0.031 0.368 0.580 0.005 0.001 0.013 101 Q 0.007 0.002 0.019 0.276 0.562 0.016 0.002 0.117 102 L 0.009 0.001 0.056 0.304 0.507 0.019 0.002 0.102 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998