# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.133 0.204 0.252 0.151 0.053 0.067 0.076 0.009 0.047 0.007 0.001 2 R 0.107 0.131 0.272 0.292 0.048 0.066 0.045 0.006 0.027 0.005 0.001 3 G 0.031 0.049 0.276 0.005 0.239 0.010 0.008 0.012 0.033 0.336 0.001 4 P 0.616 0.005 0.313 0.020 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 5 E 0.755 0.037 0.053 0.102 0.017 0.012 0.011 0.004 0.005 0.003 0.001 6 A 0.697 0.077 0.062 0.111 0.022 0.010 0.010 0.003 0.005 0.001 0.001 7 F 0.464 0.201 0.125 0.122 0.019 0.026 0.023 0.003 0.017 0.001 0.002 8 L 0.307 0.308 0.249 0.060 0.011 0.033 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 9 K 0.227 0.120 0.275 0.175 0.019 0.112 0.027 0.003 0.040 0.001 0.002 10 L 0.035 0.236 0.435 0.009 0.033 0.026 0.004 0.001 0.219 0.002 0.001 11 P 0.283 0.004 0.652 0.011 0.002 0.016 0.002 0.001 0.003 0.001 0.028 12 K 0.655 0.036 0.162 0.093 0.014 0.014 0.007 0.011 0.005 0.002 0.001 13 D 0.286 0.087 0.248 0.200 0.034 0.064 0.028 0.008 0.038 0.005 0.002 14 L 0.621 0.040 0.158 0.136 0.008 0.016 0.008 0.002 0.005 0.002 0.004 15 K 0.643 0.052 0.131 0.131 0.014 0.015 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 16 D 0.338 0.065 0.333 0.095 0.030 0.075 0.013 0.002 0.044 0.003 0.001 17 R 0.985 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.991 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.970 0.002 0.005 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.986 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 Q 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.962 0.002 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 M 0.958 0.005 0.007 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 25 Q 0.957 0.002 0.017 0.018 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.817 0.008 0.016 0.136 0.002 0.006 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 27 I 0.252 0.030 0.329 0.358 0.001 0.008 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 28 G 0.301 0.007 0.073 0.061 0.034 0.010 0.189 0.194 0.003 0.127 0.001 29 N 0.295 0.088 0.160 0.272 0.057 0.044 0.039 0.019 0.014 0.012 0.001 30 S 0.531 0.055 0.125 0.185 0.018 0.035 0.027 0.008 0.007 0.006 0.002 31 D 0.417 0.087 0.079 0.217 0.036 0.021 0.088 0.029 0.018 0.007 0.002 32 D 0.294 0.120 0.174 0.188 0.028 0.061 0.083 0.012 0.035 0.003 0.003 33 I 0.205 0.209 0.245 0.253 0.017 0.048 0.007 0.001 0.013 0.001 0.002 34 L 0.071 0.404 0.406 0.006 0.037 0.011 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 35 A 0.463 0.009 0.444 0.020 0.004 0.017 0.005 0.001 0.002 0.001 0.034 36 A 0.124 0.445 0.177 0.056 0.114 0.016 0.023 0.010 0.032 0.001 0.001 37 V 0.042 0.694 0.192 0.007 0.030 0.019 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 38 V 0.040 0.342 0.429 0.011 0.010 0.120 0.002 0.001 0.043 0.001 0.002 39 L 0.100 0.500 0.204 0.087 0.041 0.041 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 40 S 0.039 0.500 0.127 0.075 0.142 0.053 0.022 0.002 0.037 0.002 0.001 41 A 0.036 0.518 0.251 0.056 0.073 0.031 0.007 0.002 0.024 0.003 0.001 42 T 0.006 0.254 0.436 0.004 0.063 0.018 0.003 0.001 0.209 0.006 0.001 43 P 0.223 0.002 0.625 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 44 G 0.096 0.010 0.028 0.037 0.040 0.004 0.076 0.645 0.002 0.063 0.001 45 A 0.069 0.254 0.282 0.252 0.051 0.026 0.031 0.004 0.028 0.001 0.003 46 V 0.010 0.742 0.204 0.009 0.022 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 47 E 0.018 0.679 0.229 0.004 0.022 0.029 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 48 A 0.009 0.838 0.077 0.004 0.044 0.011 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 49 F 0.020 0.676 0.181 0.010 0.036 0.054 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 50 R 0.038 0.442 0.377 0.013 0.039 0.045 0.004 0.001 0.037 0.002 0.001 51 K 0.213 0.395 0.203 0.067 0.064 0.017 0.010 0.003 0.019 0.006 0.001 52 N 0.020 0.042 0.134 0.433 0.030 0.019 0.284 0.011 0.020 0.005 0.001 53 G 0.002 0.002 0.006 0.003 0.024 0.001 0.055 0.806 0.001 0.100 0.001 54 E 0.053 0.297 0.510 0.064 0.044 0.012 0.007 0.002 0.008 0.003 0.001 55 T 0.011 0.662 0.224 0.022 0.049 0.017 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 56 I 0.003 0.866 0.078 0.003 0.038 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 57 R 0.004 0.815 0.122 0.002 0.032 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 58 I 0.008 0.731 0.178 0.004 0.025 0.035 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 59 T 0.049 0.380 0.352 0.025 0.063 0.072 0.005 0.001 0.052 0.002 0.001 60 G 0.325 0.084 0.179 0.035 0.159 0.034 0.028 0.039 0.013 0.103 0.001 61 D 0.437 0.049 0.169 0.207 0.031 0.040 0.043 0.003 0.016 0.002 0.002 62 G 0.434 0.014 0.042 0.041 0.106 0.016 0.066 0.169 0.004 0.108 0.001 63 L 0.821 0.034 0.079 0.038 0.007 0.013 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 64 K 0.931 0.014 0.021 0.014 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 A 0.937 0.006 0.009 0.034 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.874 0.017 0.022 0.064 0.007 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 67 H 0.942 0.008 0.022 0.012 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 68 R 0.909 0.005 0.016 0.056 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 69 F 0.612 0.029 0.061 0.255 0.007 0.012 0.015 0.002 0.007 0.001 0.001 70 L 0.502 0.086 0.148 0.208 0.008 0.018 0.018 0.001 0.011 0.001 0.001 71 S 0.405 0.109 0.186 0.167 0.048 0.023 0.037 0.006 0.012 0.007 0.001 72 N 0.376 0.083 0.123 0.303 0.027 0.042 0.019 0.010 0.010 0.004 0.001 73 D 0.011 0.114 0.219 0.014 0.029 0.053 0.029 0.001 0.528 0.002 0.001 74 P 0.487 0.002 0.428 0.011 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 75 K 0.592 0.042 0.164 0.128 0.009 0.026 0.011 0.013 0.011 0.002 0.001 76 I 0.339 0.138 0.220 0.193 0.026 0.042 0.005 0.001 0.032 0.001 0.002 77 G 0.709 0.028 0.087 0.058 0.040 0.011 0.021 0.007 0.004 0.034 0.001 78 E 0.648 0.057 0.096 0.140 0.026 0.012 0.011 0.002 0.006 0.002 0.001 79 K 0.400 0.165 0.114 0.178 0.055 0.017 0.042 0.010 0.017 0.002 0.001 80 R 0.144 0.391 0.332 0.074 0.009 0.028 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 81 I 0.044 0.487 0.354 0.046 0.013 0.028 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 82 R 0.005 0.425 0.319 0.001 0.056 0.010 0.001 0.001 0.182 0.001 0.001 83 P 0.063 0.001 0.845 0.013 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.066 84 G 0.005 0.002 0.009 0.002 0.021 0.001 0.012 0.899 0.001 0.048 0.001 85 A 0.057 0.222 0.596 0.051 0.032 0.020 0.004 0.001 0.011 0.001 0.004 86 L 0.018 0.612 0.310 0.018 0.016 0.014 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 87 I 0.007 0.792 0.131 0.003 0.042 0.009 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 88 R 0.018 0.364 0.488 0.007 0.027 0.049 0.002 0.001 0.042 0.001 0.002 89 V 0.028 0.434 0.418 0.013 0.020 0.053 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 90 K 0.063 0.546 0.253 0.017 0.053 0.032 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 91 K 0.129 0.329 0.283 0.069 0.069 0.079 0.010 0.003 0.025 0.004 0.001 92 T 0.137 0.302 0.255 0.103 0.098 0.038 0.019 0.003 0.035 0.009 0.001 93 E 0.448 0.108 0.137 0.156 0.050 0.024 0.030 0.012 0.015 0.018 0.002 94 K 0.085 0.055 0.142 0.524 0.028 0.012 0.126 0.009 0.012 0.005 0.001 95 G 0.006 0.003 0.010 0.008 0.024 0.002 0.096 0.744 0.001 0.106 0.001 96 S 0.039 0.384 0.398 0.078 0.041 0.017 0.019 0.001 0.020 0.002 0.001 97 W 0.014 0.588 0.258 0.015 0.082 0.020 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 98 Q 0.017 0.691 0.196 0.005 0.039 0.032 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 99 I 0.072 0.524 0.311 0.019 0.021 0.034 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 100 V 0.099 0.601 0.118 0.053 0.092 0.018 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 101 Q 0.032 0.472 0.151 0.051 0.123 0.066 0.040 0.005 0.055 0.003 0.001 102 L 0.004 0.286 0.522 0.001 0.019 0.011 0.002 0.001 0.154 0.001 0.001 103 P 0.048 0.005 0.893 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029