# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.124 0.122 0.070 0.030 0.211 0.032 0.064 0.129 0.065 0.097 0.057 2 R 0.077 0.158 0.095 0.063 0.121 0.052 0.066 0.046 0.058 0.229 0.036 3 G 0.042 0.274 0.373 0.087 0.094 0.017 0.009 0.037 0.021 0.027 0.018 4 P 0.095 0.152 0.048 0.016 0.181 0.011 0.029 0.231 0.159 0.047 0.030 5 E 0.038 0.041 0.010 0.004 0.062 0.018 0.044 0.388 0.335 0.044 0.017 6 A 0.052 0.083 0.020 0.005 0.113 0.013 0.051 0.358 0.201 0.076 0.028 7 F 0.144 0.062 0.016 0.005 0.193 0.010 0.040 0.225 0.149 0.119 0.038 8 L 0.088 0.219 0.038 0.008 0.264 0.019 0.045 0.135 0.076 0.068 0.040 9 K 0.112 0.127 0.071 0.014 0.182 0.017 0.043 0.057 0.055 0.249 0.074 10 L 0.024 0.466 0.316 0.008 0.125 0.003 0.007 0.018 0.014 0.013 0.006 11 P 0.056 0.364 0.131 0.009 0.166 0.009 0.023 0.114 0.090 0.020 0.017 12 K 0.009 0.039 0.014 0.005 0.018 0.016 0.108 0.343 0.377 0.062 0.009 13 D 0.052 0.112 0.042 0.008 0.091 0.007 0.031 0.262 0.111 0.223 0.061 14 L 0.032 0.070 0.021 0.004 0.060 0.007 0.020 0.403 0.188 0.161 0.033 15 K 0.011 0.067 0.041 0.010 0.024 0.019 0.056 0.616 0.096 0.048 0.012 16 D 0.030 0.136 0.050 0.007 0.044 0.005 0.010 0.443 0.083 0.166 0.026 17 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.839 0.137 0.009 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.066 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.025 0.007 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.041 0.004 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.082 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.042 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.911 0.058 0.006 0.001 24 M 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.010 0.690 0.228 0.052 0.005 25 Q 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.046 0.759 0.166 0.011 0.001 26 D 0.005 0.004 0.005 0.002 0.005 0.003 0.062 0.196 0.114 0.581 0.023 27 I 0.047 0.447 0.174 0.007 0.195 0.006 0.015 0.032 0.025 0.036 0.017 28 G 0.036 0.129 0.075 0.051 0.039 0.091 0.142 0.166 0.093 0.115 0.063 29 N 0.035 0.052 0.041 0.031 0.035 0.011 0.034 0.066 0.070 0.551 0.075 30 S 0.052 0.218 0.085 0.023 0.183 0.016 0.015 0.147 0.148 0.080 0.032 31 D 0.009 0.023 0.019 0.021 0.012 0.048 0.072 0.411 0.292 0.085 0.009 32 D 0.013 0.028 0.021 0.007 0.024 0.005 0.024 0.376 0.180 0.309 0.013 33 I 0.100 0.053 0.017 0.005 0.094 0.005 0.011 0.357 0.179 0.143 0.038 34 L 0.049 0.111 0.056 0.007 0.106 0.019 0.022 0.490 0.108 0.021 0.011 35 A 0.040 0.049 0.012 0.006 0.061 0.019 0.091 0.536 0.143 0.030 0.013 36 A 0.119 0.068 0.015 0.005 0.248 0.009 0.051 0.346 0.081 0.038 0.019 37 V 0.145 0.086 0.008 0.003 0.396 0.006 0.023 0.231 0.057 0.019 0.026 38 V 0.348 0.048 0.007 0.003 0.297 0.008 0.018 0.115 0.067 0.020 0.070 39 L 0.063 0.300 0.080 0.014 0.206 0.054 0.099 0.061 0.042 0.045 0.036 40 S 0.264 0.110 0.034 0.009 0.262 0.007 0.032 0.030 0.016 0.136 0.100 41 A 0.104 0.281 0.086 0.029 0.266 0.024 0.024 0.013 0.036 0.100 0.038 42 T 0.048 0.293 0.504 0.010 0.133 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 43 P 0.007 0.014 0.005 0.007 0.014 0.014 0.089 0.251 0.587 0.008 0.004 44 G 0.010 0.038 0.040 0.049 0.016 0.067 0.161 0.217 0.144 0.241 0.016 45 A 0.079 0.066 0.009 0.004 0.100 0.004 0.013 0.049 0.040 0.496 0.142 46 V 0.398 0.045 0.003 0.001 0.465 0.002 0.004 0.036 0.018 0.008 0.020 47 E 0.157 0.105 0.009 0.005 0.527 0.026 0.036 0.077 0.026 0.012 0.021 48 A 0.380 0.051 0.006 0.002 0.513 0.001 0.002 0.009 0.003 0.005 0.029 49 F 0.140 0.125 0.018 0.017 0.479 0.020 0.039 0.053 0.011 0.043 0.053 50 R 0.238 0.169 0.223 0.029 0.184 0.007 0.012 0.056 0.029 0.015 0.039 51 K 0.005 0.005 0.016 0.052 0.005 0.143 0.203 0.347 0.201 0.014 0.008 52 N 0.006 0.362 0.124 0.157 0.019 0.057 0.214 0.023 0.017 0.018 0.002 53 G 0.009 0.001 0.002 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.603 0.364 54 E 0.015 0.685 0.083 0.003 0.179 0.004 0.017 0.003 0.003 0.005 0.004 55 T 0.498 0.033 0.002 0.001 0.416 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.040 56 I 0.130 0.154 0.017 0.005 0.683 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 57 R 0.249 0.046 0.002 0.001 0.689 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 58 I 0.404 0.102 0.017 0.007 0.284 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.175 59 T 0.103 0.127 0.115 0.189 0.114 0.132 0.089 0.014 0.007 0.041 0.069 60 G 0.044 0.062 0.110 0.203 0.084 0.053 0.035 0.112 0.122 0.127 0.048 61 D 0.022 0.127 0.096 0.106 0.043 0.077 0.044 0.190 0.122 0.149 0.022 62 G 0.041 0.092 0.051 0.021 0.058 0.013 0.015 0.137 0.075 0.433 0.066 63 L 0.084 0.054 0.012 0.005 0.108 0.006 0.008 0.442 0.209 0.040 0.033 64 K 0.010 0.016 0.010 0.006 0.015 0.022 0.027 0.718 0.155 0.017 0.005 65 A 0.013 0.016 0.008 0.003 0.017 0.003 0.017 0.762 0.108 0.048 0.006 66 A 0.015 0.008 0.003 0.002 0.015 0.002 0.009 0.771 0.136 0.031 0.007 67 H 0.007 0.011 0.005 0.001 0.017 0.003 0.007 0.755 0.179 0.011 0.003 68 R 0.006 0.012 0.004 0.001 0.011 0.005 0.042 0.772 0.128 0.016 0.003 69 F 0.026 0.022 0.011 0.004 0.031 0.006 0.096 0.582 0.144 0.065 0.012 70 L 0.039 0.065 0.029 0.013 0.067 0.016 0.036 0.342 0.224 0.135 0.033 71 S 0.031 0.091 0.046 0.016 0.060 0.023 0.084 0.396 0.173 0.061 0.019 72 N 0.020 0.049 0.032 0.014 0.031 0.024 0.125 0.163 0.190 0.325 0.027 73 D 0.079 0.304 0.172 0.010 0.250 0.006 0.012 0.040 0.028 0.066 0.034 74 P 0.067 0.166 0.035 0.008 0.135 0.014 0.039 0.213 0.176 0.105 0.042 75 K 0.046 0.149 0.137 0.022 0.105 0.030 0.081 0.167 0.128 0.111 0.025 76 I 0.110 0.200 0.111 0.022 0.139 0.022 0.043 0.162 0.080 0.071 0.041 77 G 0.044 0.086 0.035 0.027 0.069 0.028 0.045 0.280 0.220 0.129 0.036 78 E 0.037 0.077 0.032 0.019 0.060 0.026 0.049 0.297 0.271 0.103 0.028 79 K 0.081 0.151 0.047 0.008 0.237 0.012 0.035 0.132 0.108 0.138 0.050 80 R 0.164 0.155 0.017 0.004 0.380 0.006 0.030 0.095 0.045 0.068 0.036 81 I 0.183 0.174 0.086 0.020 0.270 0.022 0.022 0.037 0.050 0.078 0.058 82 R 0.038 0.169 0.625 0.025 0.091 0.023 0.009 0.007 0.004 0.003 0.004 83 P 0.022 0.141 0.031 0.029 0.033 0.037 0.364 0.140 0.177 0.017 0.008 84 G 0.029 0.021 0.024 0.040 0.019 0.017 0.015 0.013 0.022 0.647 0.154 85 A 0.049 0.477 0.042 0.004 0.355 0.006 0.025 0.005 0.005 0.017 0.016 86 L 0.453 0.023 0.001 0.001 0.482 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.032 87 I 0.142 0.177 0.014 0.006 0.628 0.008 0.006 0.001 0.001 0.002 0.015 88 R 0.301 0.030 0.002 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 89 V 0.334 0.105 0.009 0.004 0.331 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.207 90 K 0.205 0.181 0.059 0.016 0.401 0.018 0.016 0.006 0.004 0.013 0.081 91 K 0.135 0.226 0.080 0.038 0.345 0.030 0.027 0.024 0.022 0.039 0.033 92 T 0.134 0.260 0.207 0.058 0.124 0.029 0.030 0.057 0.045 0.026 0.030 93 E 0.021 0.012 0.033 0.046 0.020 0.106 0.176 0.303 0.182 0.066 0.036 94 K 0.021 0.488 0.195 0.084 0.054 0.033 0.059 0.020 0.019 0.022 0.006 95 G 0.026 0.013 0.024 0.086 0.019 0.040 0.011 0.022 0.030 0.486 0.243 96 S 0.072 0.459 0.084 0.013 0.237 0.007 0.035 0.021 0.020 0.031 0.022 97 W 0.246 0.097 0.009 0.002 0.599 0.006 0.008 0.007 0.005 0.005 0.016 98 Q 0.175 0.117 0.009 0.004 0.640 0.006 0.014 0.011 0.007 0.003 0.013 99 I 0.419 0.048 0.004 0.001 0.486 0.002 0.002 0.005 0.004 0.004 0.025 100 V 0.140 0.165 0.024 0.009 0.506 0.017 0.026 0.025 0.013 0.025 0.049 101 Q 0.239 0.089 0.023 0.007 0.339 0.004 0.012 0.011 0.018 0.140 0.119 102 L 0.036 0.449 0.278 0.017 0.172 0.007 0.007 0.006 0.006 0.012 0.009 103 P 0.094 0.427 0.150 0.011 0.248 0.007 0.010 0.013 0.014 0.010 0.018