# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.300 0.177 0.173 0.162 0.121 0.055 0.011 2 R 0.270 0.228 0.183 0.154 0.101 0.054 0.010 3 G 0.149 0.146 0.155 0.174 0.190 0.147 0.038 4 P 0.092 0.113 0.124 0.173 0.212 0.215 0.071 5 E 0.137 0.177 0.224 0.201 0.153 0.086 0.021 6 A 0.133 0.225 0.228 0.215 0.127 0.061 0.011 7 F 0.056 0.098 0.140 0.205 0.269 0.203 0.029 8 L 0.047 0.067 0.131 0.234 0.295 0.204 0.023 9 K 0.226 0.386 0.238 0.107 0.033 0.009 0.001 10 L 0.089 0.126 0.210 0.304 0.211 0.057 0.002 11 P 0.340 0.303 0.187 0.111 0.050 0.009 0.001 12 K 0.636 0.284 0.057 0.017 0.005 0.001 0.001 13 D 0.508 0.325 0.118 0.039 0.008 0.001 0.001 14 L 0.216 0.195 0.339 0.192 0.052 0.006 0.001 15 K 0.554 0.295 0.108 0.035 0.007 0.001 0.001 16 D 0.686 0.246 0.049 0.014 0.004 0.001 0.001 17 R 0.339 0.311 0.190 0.121 0.034 0.005 0.001 18 E 0.609 0.341 0.041 0.007 0.002 0.001 0.001 19 A 0.101 0.323 0.349 0.187 0.036 0.004 0.001 20 L 0.022 0.047 0.108 0.212 0.448 0.157 0.006 21 Q 0.017 0.143 0.331 0.388 0.103 0.018 0.001 22 D 0.258 0.509 0.153 0.058 0.019 0.003 0.001 23 I 0.009 0.056 0.208 0.446 0.227 0.053 0.001 24 M 0.016 0.040 0.103 0.214 0.453 0.169 0.005 25 Q 0.164 0.431 0.277 0.100 0.025 0.003 0.001 26 D 0.257 0.418 0.202 0.094 0.026 0.004 0.001 27 I 0.087 0.150 0.281 0.311 0.148 0.024 0.001 28 G 0.377 0.334 0.180 0.079 0.026 0.003 0.001 29 N 0.477 0.354 0.124 0.037 0.007 0.001 0.001 30 S 0.194 0.184 0.260 0.257 0.089 0.016 0.001 31 D 0.621 0.295 0.063 0.017 0.004 0.001 0.001 32 D 0.235 0.394 0.239 0.097 0.028 0.006 0.001 33 I 0.024 0.038 0.079 0.201 0.408 0.214 0.036 34 L 0.010 0.067 0.175 0.326 0.254 0.154 0.015 35 A 0.010 0.042 0.085 0.146 0.274 0.357 0.085 36 A 0.003 0.011 0.038 0.101 0.211 0.423 0.213 37 V 0.001 0.006 0.015 0.046 0.169 0.466 0.298 38 V 0.005 0.020 0.050 0.095 0.206 0.392 0.232 39 L 0.008 0.045 0.127 0.226 0.330 0.233 0.031 40 S 0.057 0.276 0.310 0.221 0.105 0.029 0.001 41 A 0.022 0.054 0.163 0.350 0.319 0.089 0.003 42 T 0.441 0.399 0.101 0.038 0.018 0.002 0.001 43 P 0.591 0.339 0.051 0.015 0.003 0.001 0.001 44 G 0.369 0.373 0.170 0.074 0.013 0.001 0.001 45 A 0.123 0.356 0.318 0.151 0.044 0.009 0.001 46 V 0.015 0.030 0.078 0.218 0.468 0.181 0.010 47 E 0.018 0.166 0.334 0.332 0.122 0.027 0.001 48 A 0.007 0.032 0.070 0.127 0.292 0.437 0.036 49 F 0.005 0.036 0.141 0.284 0.331 0.190 0.012 50 R 0.034 0.124 0.281 0.340 0.181 0.038 0.002 51 K 0.232 0.380 0.225 0.114 0.042 0.006 0.001 52 N 0.510 0.362 0.078 0.034 0.014 0.002 0.001 53 G 0.405 0.349 0.147 0.073 0.022 0.004 0.001 54 E 0.349 0.419 0.154 0.059 0.017 0.002 0.001 55 T 0.142 0.369 0.310 0.143 0.032 0.005 0.001 56 I 0.021 0.058 0.162 0.303 0.378 0.075 0.002 57 R 0.054 0.293 0.343 0.228 0.070 0.011 0.001 58 I 0.020 0.051 0.133 0.285 0.376 0.130 0.005 59 T 0.125 0.422 0.247 0.143 0.052 0.010 0.001 60 G 0.068 0.180 0.305 0.319 0.105 0.022 0.001 61 D 0.135 0.322 0.340 0.161 0.034 0.006 0.001 62 G 0.045 0.137 0.214 0.295 0.207 0.093 0.008 63 L 0.011 0.022 0.061 0.158 0.404 0.306 0.039 64 K 0.040 0.209 0.344 0.277 0.091 0.036 0.003 65 A 0.013 0.050 0.127 0.197 0.322 0.233 0.058 66 A 0.003 0.010 0.014 0.037 0.166 0.532 0.239 67 H 0.015 0.079 0.200 0.345 0.248 0.102 0.011 68 R 0.053 0.257 0.298 0.243 0.101 0.044 0.004 69 F 0.017 0.048 0.148 0.273 0.352 0.155 0.006 70 L 0.039 0.083 0.182 0.298 0.297 0.099 0.003 71 S 0.308 0.409 0.204 0.058 0.018 0.003 0.001 72 N 0.569 0.289 0.092 0.041 0.008 0.001 0.001 73 D 0.709 0.224 0.046 0.015 0.005 0.001 0.001 74 P 0.526 0.274 0.122 0.058 0.018 0.002 0.001 75 K 0.673 0.280 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 76 I 0.325 0.394 0.190 0.075 0.014 0.002 0.001 77 G 0.082 0.122 0.290 0.321 0.157 0.028 0.001 78 E 0.271 0.380 0.243 0.084 0.020 0.003 0.001 79 K 0.394 0.407 0.124 0.059 0.014 0.002 0.001 80 R 0.021 0.118 0.270 0.398 0.153 0.038 0.001 81 I 0.038 0.052 0.115 0.273 0.343 0.169 0.011 82 R 0.087 0.299 0.311 0.203 0.081 0.018 0.001 83 P 0.139 0.304 0.211 0.190 0.113 0.037 0.004 84 G 0.016 0.067 0.158 0.268 0.302 0.170 0.019 85 A 0.013 0.071 0.149 0.255 0.297 0.187 0.028 86 L 0.005 0.015 0.052 0.129 0.276 0.378 0.145 87 I 0.002 0.007 0.017 0.047 0.197 0.502 0.228 88 R 0.004 0.022 0.073 0.154 0.300 0.342 0.104 89 V 0.004 0.017 0.038 0.079 0.246 0.492 0.124 90 K 0.017 0.104 0.263 0.283 0.237 0.091 0.005 91 K 0.086 0.251 0.315 0.249 0.081 0.017 0.001 92 T 0.237 0.275 0.263 0.158 0.059 0.008 0.001 93 E 0.637 0.258 0.069 0.028 0.007 0.001 0.001 94 K 0.748 0.219 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 95 G 0.508 0.347 0.105 0.036 0.004 0.001 0.001 96 S 0.255 0.487 0.189 0.053 0.014 0.002 0.001 97 W 0.032 0.064 0.140 0.337 0.338 0.085 0.004 98 Q 0.034 0.176 0.297 0.304 0.141 0.047 0.002 99 I 0.020 0.040 0.070 0.131 0.238 0.422 0.079 100 V 0.026 0.073 0.165 0.257 0.259 0.182 0.037 101 Q 0.050 0.093 0.145 0.215 0.251 0.195 0.051 102 L 0.099 0.137 0.188 0.212 0.183 0.141 0.039 103 P 0.331 0.240 0.152 0.128 0.088 0.049 0.010