# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.3911 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.131 0.093 0.115 0.134 0.165 0.123 0.092 0.065 0.040 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 2 R 0.147 0.102 0.112 0.150 0.152 0.123 0.082 0.060 0.033 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 3 G 0.181 0.117 0.125 0.132 0.138 0.097 0.070 0.059 0.042 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 4 P 0.065 0.049 0.057 0.113 0.145 0.152 0.116 0.113 0.080 0.066 0.027 0.010 0.004 0.002 5 E 0.186 0.186 0.160 0.152 0.115 0.070 0.051 0.029 0.022 0.011 0.011 0.004 0.001 0.001 6 A 0.157 0.114 0.133 0.145 0.118 0.109 0.079 0.054 0.039 0.024 0.019 0.005 0.002 0.001 7 F 0.040 0.037 0.058 0.095 0.160 0.166 0.158 0.137 0.082 0.034 0.019 0.008 0.003 0.002 8 L 0.042 0.034 0.046 0.086 0.120 0.169 0.146 0.160 0.069 0.066 0.038 0.013 0.009 0.002 9 K 0.284 0.213 0.172 0.135 0.092 0.041 0.031 0.015 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 10 L 0.080 0.062 0.095 0.159 0.160 0.177 0.113 0.060 0.048 0.027 0.014 0.003 0.001 0.001 11 P 0.258 0.181 0.153 0.139 0.121 0.071 0.036 0.018 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 12 K 0.509 0.242 0.125 0.074 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.536 0.234 0.133 0.048 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.298 0.149 0.136 0.156 0.144 0.065 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.572 0.253 0.106 0.044 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.604 0.207 0.098 0.044 0.027 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.231 0.211 0.184 0.188 0.114 0.044 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.807 0.150 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.280 0.274 0.210 0.125 0.071 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.019 0.016 0.036 0.110 0.219 0.271 0.174 0.081 0.058 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.252 0.296 0.231 0.134 0.059 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.797 0.170 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.035 0.064 0.104 0.196 0.311 0.176 0.072 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 M 0.017 0.027 0.064 0.130 0.215 0.166 0.201 0.126 0.041 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.571 0.284 0.095 0.031 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.512 0.271 0.139 0.045 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.059 0.058 0.102 0.197 0.282 0.159 0.080 0.039 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.225 0.208 0.186 0.158 0.112 0.058 0.031 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 N 0.511 0.208 0.134 0.072 0.038 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 S 0.147 0.124 0.132 0.203 0.199 0.107 0.046 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 31 D 0.201 0.189 0.178 0.151 0.118 0.073 0.046 0.025 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 32 D 0.083 0.101 0.123 0.155 0.191 0.149 0.091 0.053 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 33 I 0.013 0.013 0.022 0.050 0.096 0.148 0.162 0.160 0.124 0.092 0.063 0.032 0.021 0.006 34 L 0.011 0.015 0.026 0.069 0.099 0.133 0.170 0.121 0.121 0.099 0.062 0.044 0.016 0.013 35 A 0.005 0.004 0.007 0.015 0.024 0.047 0.076 0.095 0.167 0.166 0.187 0.125 0.047 0.034 36 A 0.003 0.002 0.004 0.007 0.015 0.029 0.054 0.120 0.172 0.147 0.170 0.133 0.094 0.051 37 V 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.017 0.036 0.087 0.119 0.178 0.191 0.157 0.118 0.081 38 V 0.002 0.002 0.004 0.008 0.020 0.034 0.065 0.125 0.151 0.187 0.141 0.124 0.080 0.055 39 L 0.010 0.007 0.010 0.021 0.033 0.061 0.083 0.117 0.131 0.156 0.155 0.101 0.072 0.042 40 S 0.014 0.028 0.044 0.126 0.171 0.150 0.180 0.093 0.092 0.052 0.026 0.014 0.005 0.007 41 A 0.010 0.015 0.025 0.061 0.099 0.171 0.175 0.168 0.140 0.074 0.041 0.014 0.007 0.002 42 T 0.055 0.117 0.174 0.191 0.179 0.124 0.078 0.044 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 43 P 0.138 0.172 0.168 0.155 0.157 0.079 0.053 0.040 0.020 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 44 G 0.107 0.118 0.148 0.156 0.172 0.133 0.073 0.044 0.025 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 45 A 0.044 0.055 0.068 0.159 0.232 0.145 0.105 0.069 0.064 0.038 0.012 0.005 0.002 0.002 46 V 0.016 0.010 0.019 0.038 0.062 0.108 0.160 0.191 0.152 0.112 0.065 0.039 0.023 0.006 47 E 0.042 0.046 0.068 0.118 0.132 0.123 0.118 0.147 0.085 0.048 0.040 0.018 0.010 0.006 48 A 0.016 0.009 0.016 0.029 0.051 0.084 0.094 0.128 0.139 0.166 0.114 0.093 0.045 0.016 49 F 0.027 0.021 0.029 0.075 0.127 0.136 0.146 0.158 0.120 0.084 0.035 0.026 0.011 0.004 50 R 0.059 0.075 0.098 0.178 0.162 0.132 0.117 0.060 0.058 0.029 0.021 0.007 0.002 0.002 51 K 0.127 0.107 0.137 0.160 0.156 0.133 0.077 0.040 0.036 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 52 N 0.332 0.235 0.168 0.109 0.078 0.037 0.019 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 53 G 0.280 0.211 0.163 0.138 0.101 0.048 0.024 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 54 E 0.333 0.177 0.144 0.117 0.108 0.058 0.030 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 55 T 0.127 0.127 0.146 0.177 0.205 0.090 0.056 0.035 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 56 I 0.100 0.040 0.054 0.105 0.132 0.180 0.147 0.105 0.054 0.048 0.019 0.009 0.005 0.002 57 R 0.133 0.117 0.135 0.187 0.194 0.092 0.063 0.035 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 58 I 0.062 0.020 0.034 0.068 0.094 0.162 0.130 0.123 0.097 0.103 0.052 0.035 0.018 0.003 59 T 0.144 0.115 0.130 0.181 0.163 0.118 0.072 0.033 0.025 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 60 G 0.195 0.108 0.107 0.150 0.143 0.105 0.072 0.048 0.031 0.021 0.014 0.004 0.002 0.001 61 D 0.228 0.214 0.156 0.149 0.099 0.069 0.042 0.021 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 62 G 0.102 0.110 0.121 0.127 0.143 0.142 0.106 0.071 0.051 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 63 L 0.022 0.035 0.061 0.108 0.194 0.211 0.167 0.102 0.052 0.029 0.013 0.004 0.002 0.001 64 K 0.301 0.224 0.184 0.108 0.073 0.048 0.029 0.015 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 65 A 0.047 0.048 0.077 0.132 0.193 0.162 0.139 0.105 0.049 0.025 0.012 0.006 0.002 0.002 66 A 0.013 0.011 0.021 0.043 0.081 0.149 0.218 0.223 0.145 0.057 0.022 0.010 0.005 0.001 67 H 0.117 0.182 0.184 0.199 0.144 0.076 0.050 0.027 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 68 R 0.336 0.257 0.183 0.096 0.058 0.032 0.019 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 69 F 0.031 0.032 0.068 0.153 0.229 0.205 0.145 0.090 0.030 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 70 L 0.045 0.060 0.118 0.169 0.201 0.174 0.134 0.063 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 71 S 0.498 0.193 0.115 0.085 0.058 0.027 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 N 0.464 0.231 0.131 0.099 0.043 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.491 0.223 0.140 0.068 0.041 0.021 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 P 0.237 0.167 0.170 0.151 0.134 0.075 0.038 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 75 K 0.643 0.209 0.085 0.035 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.281 0.209 0.197 0.115 0.106 0.051 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.041 0.033 0.050 0.112 0.198 0.198 0.160 0.126 0.050 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 78 E 0.169 0.216 0.195 0.179 0.128 0.058 0.030 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 79 K 0.388 0.230 0.152 0.104 0.059 0.033 0.016 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 80 R 0.040 0.055 0.099 0.184 0.217 0.165 0.129 0.068 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 81 I 0.012 0.016 0.033 0.065 0.119 0.175 0.202 0.218 0.085 0.048 0.017 0.006 0.004 0.001 82 R 0.066 0.116 0.145 0.188 0.154 0.120 0.089 0.061 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 83 P 0.032 0.040 0.073 0.107 0.169 0.159 0.124 0.072 0.083 0.072 0.040 0.018 0.008 0.005 84 G 0.006 0.011 0.020 0.050 0.092 0.128 0.146 0.136 0.156 0.126 0.066 0.031 0.021 0.011 85 A 0.005 0.008 0.017 0.040 0.066 0.100 0.134 0.116 0.134 0.135 0.119 0.059 0.027 0.041 86 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.028 0.044 0.084 0.129 0.171 0.235 0.147 0.090 0.049 87 I 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.027 0.053 0.104 0.128 0.224 0.229 0.145 0.067 88 R 0.001 0.002 0.004 0.012 0.021 0.033 0.078 0.247 0.182 0.169 0.130 0.066 0.035 0.021 89 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.022 0.033 0.144 0.149 0.206 0.205 0.127 0.079 0.019 90 K 0.012 0.029 0.057 0.119 0.170 0.154 0.131 0.118 0.091 0.070 0.025 0.014 0.005 0.005 91 K 0.062 0.078 0.089 0.158 0.214 0.119 0.074 0.055 0.079 0.045 0.017 0.006 0.001 0.001 92 T 0.085 0.141 0.175 0.230 0.148 0.100 0.054 0.031 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 93 E 0.341 0.322 0.145 0.099 0.043 0.023 0.012 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.345 0.317 0.200 0.074 0.038 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 G 0.394 0.249 0.172 0.069 0.051 0.033 0.017 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 96 S 0.073 0.101 0.110 0.143 0.252 0.136 0.083 0.044 0.029 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 97 W 0.017 0.018 0.026 0.063 0.096 0.119 0.170 0.172 0.118 0.085 0.063 0.033 0.014 0.006 98 Q 0.019 0.018 0.028 0.050 0.069 0.105 0.121 0.178 0.145 0.100 0.079 0.053 0.022 0.013 99 I 0.006 0.003 0.004 0.007 0.014 0.027 0.037 0.101 0.137 0.172 0.175 0.194 0.096 0.027 100 V 0.016 0.011 0.015 0.029 0.040 0.065 0.082 0.125 0.137 0.166 0.112 0.122 0.061 0.021 101 Q 0.043 0.040 0.048 0.078 0.097 0.102 0.120 0.095 0.116 0.092 0.085 0.052 0.017 0.015 102 L 0.029 0.032 0.049 0.079 0.104 0.145 0.159 0.124 0.110 0.076 0.057 0.023 0.008 0.005 103 P 0.088 0.094 0.101 0.107 0.128 0.137 0.120 0.090 0.065 0.035 0.021 0.008 0.004 0.002