# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.003 0.003 0.044 0.036 0.074 0.002 0.084 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.035 0.053 0.071 0.271 0.283 0.001 2 R 0.002 0.002 0.059 0.031 0.085 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.084 0.045 0.134 0.069 0.172 0.286 0.001 3 G 0.001 0.001 0.034 0.025 0.041 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.022 0.043 0.019 0.201 0.573 0.001 4 P 0.001 0.001 0.016 0.014 0.082 0.001 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 0.031 0.370 0.027 0.109 0.261 0.001 5 E 0.001 0.001 0.022 0.019 0.020 0.009 0.217 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.048 0.014 0.438 0.023 0.031 0.065 0.001 6 A 0.003 0.004 0.011 0.016 0.031 0.019 0.518 0.160 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.011 0.087 0.048 0.035 0.040 0.001 7 F 0.006 0.006 0.022 0.029 0.099 0.008 0.220 0.080 0.004 0.003 0.004 0.003 0.005 0.005 0.044 0.041 0.138 0.140 0.087 0.056 0.001 8 L 0.013 0.016 0.076 0.064 0.065 0.007 0.193 0.044 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.054 0.022 0.165 0.043 0.082 0.134 0.002 9 K 0.007 0.006 0.028 0.036 0.130 0.008 0.127 0.014 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.044 0.046 0.135 0.148 0.122 0.128 0.001 10 L 0.001 0.001 0.021 0.017 0.038 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.015 0.057 0.029 0.137 0.633 0.001 11 P 0.001 0.001 0.005 0.004 0.037 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.039 0.116 0.041 0.255 0.458 0.001 12 K 0.001 0.001 0.007 0.005 0.006 0.002 0.051 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.013 0.695 0.027 0.039 0.080 0.001 13 D 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.004 0.351 0.174 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.074 0.053 0.116 0.189 0.001 14 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.002 0.062 0.119 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.014 0.574 0.082 0.052 0.053 0.001 15 K 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.004 0.110 0.539 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.154 0.024 0.022 0.116 0.001 16 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.004 0.097 0.656 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.066 0.047 0.049 0.058 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.523 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.444 0.006 0.004 0.005 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.964 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.045 0.751 0.052 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.009 0.003 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.082 0.717 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.021 0.014 0.024 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.061 0.249 0.380 0.044 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.180 0.045 0.007 0.015 0.001 26 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.029 0.463 0.088 0.044 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.153 0.095 0.048 0.049 0.001 27 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.012 0.002 0.056 0.028 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.091 0.147 0.337 0.298 0.001 28 G 0.001 0.001 0.008 0.003 0.012 0.006 0.049 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 0.466 0.104 0.119 0.161 0.001 29 N 0.001 0.001 0.008 0.005 0.019 0.009 0.185 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.123 0.101 0.186 0.277 0.001 30 S 0.001 0.001 0.010 0.008 0.013 0.001 0.043 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.017 0.377 0.073 0.172 0.200 0.001 31 D 0.001 0.001 0.012 0.008 0.019 0.010 0.121 0.075 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.015 0.539 0.048 0.043 0.083 0.001 32 D 0.002 0.003 0.019 0.022 0.023 0.038 0.410 0.113 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.017 0.107 0.100 0.059 0.051 0.001 33 I 0.010 0.014 0.029 0.031 0.183 0.003 0.091 0.044 0.008 0.004 0.002 0.003 0.005 0.009 0.053 0.060 0.171 0.106 0.090 0.082 0.002 34 L 0.037 0.048 0.123 0.084 0.088 0.004 0.053 0.035 0.004 0.001 0.004 0.006 0.013 0.027 0.120 0.050 0.118 0.023 0.048 0.108 0.005 35 A 0.089 0.196 0.038 0.042 0.177 0.007 0.045 0.028 0.003 0.001 0.009 0.009 0.029 0.083 0.052 0.056 0.052 0.022 0.010 0.025 0.024 36 A 0.145 0.216 0.030 0.031 0.086 0.001 0.013 0.016 0.001 0.001 0.027 0.027 0.056 0.177 0.052 0.067 0.006 0.006 0.008 0.008 0.027 37 V 0.153 0.233 0.045 0.025 0.023 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.019 0.020 0.073 0.241 0.086 0.015 0.003 0.001 0.002 0.002 0.052 38 V 0.181 0.168 0.013 0.027 0.035 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.073 0.069 0.102 0.214 0.023 0.030 0.001 0.001 0.003 0.002 0.051 39 L 0.188 0.240 0.030 0.027 0.069 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.023 0.075 0.169 0.081 0.036 0.004 0.002 0.002 0.002 0.029 40 S 0.118 0.143 0.080 0.213 0.069 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.031 0.027 0.049 0.056 0.042 0.074 0.004 0.011 0.032 0.027 0.015 41 A 0.032 0.027 0.022 0.022 0.540 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.014 0.053 0.108 0.039 0.030 0.032 0.058 0.003 42 T 0.003 0.003 0.084 0.086 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.008 0.005 0.004 0.214 0.541 0.001 43 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.862 0.007 0.008 0.039 0.001 44 G 0.003 0.003 0.019 0.015 0.011 0.007 0.831 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.029 0.020 0.011 0.022 0.001 45 A 0.027 0.039 0.054 0.046 0.197 0.002 0.176 0.019 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.007 0.024 0.059 0.027 0.206 0.049 0.047 0.005 46 V 0.168 0.212 0.075 0.045 0.245 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 0.013 0.011 0.028 0.009 0.032 0.059 0.009 0.010 0.024 0.023 0.011 47 E 0.328 0.378 0.096 0.058 0.047 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 0.008 0.022 0.006 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 A 0.367 0.430 0.009 0.023 0.072 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.018 0.011 0.036 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 49 F 0.271 0.464 0.026 0.051 0.048 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.022 0.019 0.038 0.012 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 50 R 0.258 0.365 0.052 0.190 0.073 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.008 0.006 0.014 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 51 K 0.169 0.100 0.048 0.130 0.365 0.002 0.008 0.002 0.013 0.010 0.004 0.003 0.009 0.001 0.013 0.008 0.087 0.005 0.006 0.014 0.002 52 N 0.038 0.095 0.038 0.152 0.127 0.002 0.379 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.004 0.031 0.035 0.020 0.051 0.002 53 G 0.026 0.033 0.017 0.010 0.567 0.001 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.050 0.012 0.140 0.024 0.031 0.001 54 E 0.026 0.022 0.632 0.225 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.036 0.001 0.003 0.008 0.015 0.011 0.002 55 T 0.074 0.075 0.007 0.006 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.022 0.003 0.004 0.029 0.001 0.004 0.008 0.003 0.026 56 I 0.114 0.095 0.435 0.221 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.022 0.003 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 57 R 0.113 0.152 0.005 0.017 0.482 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.023 0.048 0.015 0.004 0.088 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 58 I 0.140 0.122 0.145 0.255 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.036 0.070 0.019 0.120 0.008 0.002 0.002 0.007 0.008 0.005 59 T 0.085 0.099 0.032 0.071 0.372 0.001 0.010 0.012 0.001 0.001 0.012 0.015 0.051 0.017 0.037 0.049 0.045 0.013 0.028 0.043 0.007 60 G 0.046 0.032 0.092 0.134 0.109 0.006 0.059 0.023 0.005 0.002 0.009 0.008 0.011 0.004 0.094 0.016 0.197 0.039 0.048 0.064 0.002 61 D 0.008 0.011 0.026 0.025 0.044 0.012 0.207 0.124 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.029 0.014 0.338 0.048 0.025 0.073 0.001 62 G 0.006 0.009 0.018 0.019 0.100 0.009 0.202 0.175 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.015 0.016 0.099 0.167 0.067 0.084 0.001 63 L 0.005 0.005 0.023 0.019 0.029 0.005 0.032 0.227 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.008 0.453 0.028 0.053 0.063 0.001 64 K 0.003 0.006 0.014 0.009 0.012 0.017 0.019 0.737 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.133 0.005 0.005 0.025 0.001 65 A 0.002 0.004 0.001 0.003 0.013 0.024 0.062 0.829 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.036 0.005 0.003 0.003 0.001 66 A 0.003 0.005 0.003 0.004 0.015 0.004 0.029 0.784 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.099 0.011 0.005 0.006 0.001 67 H 0.003 0.003 0.006 0.006 0.008 0.018 0.055 0.764 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.091 0.005 0.004 0.013 0.001 68 R 0.002 0.005 0.003 0.003 0.021 0.039 0.140 0.666 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.058 0.016 0.004 0.010 0.001 69 F 0.003 0.003 0.008 0.013 0.014 0.027 0.259 0.307 0.064 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.142 0.048 0.035 0.025 0.001 70 L 0.003 0.002 0.014 0.011 0.041 0.011 0.182 0.086 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.277 0.120 0.112 0.086 0.001 71 S 0.001 0.001 0.018 0.015 0.020 0.014 0.142 0.035 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.143 0.118 0.158 0.284 0.001 72 N 0.001 0.001 0.005 0.005 0.052 0.002 0.128 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 0.353 0.123 0.089 0.193 0.001 73 D 0.001 0.001 0.021 0.014 0.013 0.004 0.087 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 0.062 0.108 0.338 0.312 0.001 74 P 0.001 0.001 0.015 0.011 0.042 0.004 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.032 0.256 0.077 0.223 0.288 0.001 75 K 0.001 0.001 0.030 0.020 0.068 0.004 0.162 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.039 0.170 0.079 0.184 0.182 0.001 76 I 0.001 0.001 0.038 0.030 0.041 0.001 0.056 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.028 0.054 0.049 0.219 0.436 0.001 77 G 0.001 0.001 0.016 0.022 0.102 0.001 0.058 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.043 0.333 0.053 0.104 0.221 0.001 78 E 0.003 0.004 0.026 0.033 0.089 0.011 0.398 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.039 0.050 0.102 0.077 0.063 0.081 0.001 79 K 0.011 0.014 0.182 0.133 0.108 0.010 0.105 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.003 0.041 0.026 0.037 0.095 0.121 0.085 0.002 80 R 0.017 0.018 0.053 0.051 0.360 0.001 0.044 0.005 0.001 0.001 0.006 0.005 0.012 0.008 0.051 0.093 0.053 0.054 0.097 0.063 0.007 81 I 0.038 0.035 0.239 0.196 0.115 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.005 0.122 0.020 0.015 0.021 0.084 0.080 0.002 82 R 0.024 0.017 0.119 0.116 0.142 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.025 0.021 0.029 0.004 0.080 0.411 0.001 83 P 0.014 0.027 0.018 0.039 0.246 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.059 0.029 0.441 0.010 0.011 0.061 0.004 84 G 0.054 0.119 0.029 0.029 0.153 0.001 0.483 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.008 0.019 0.044 0.007 0.019 0.007 0.007 0.004 85 A 0.229 0.158 0.359 0.132 0.022 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.017 0.006 0.033 0.007 0.002 0.004 0.004 0.004 0.008 86 L 0.276 0.473 0.008 0.009 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.037 0.012 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 87 I 0.516 0.377 0.017 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.028 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 88 R 0.396 0.493 0.013 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.024 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 89 V 0.387 0.340 0.002 0.005 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.042 0.081 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 90 K 0.345 0.298 0.096 0.125 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 0.057 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 91 K 0.210 0.197 0.009 0.035 0.456 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.019 0.002 0.004 0.033 0.001 0.003 0.003 0.003 0.004 92 T 0.093 0.082 0.193 0.326 0.104 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.002 0.084 0.007 0.009 0.006 0.028 0.041 0.001 93 E 0.025 0.019 0.057 0.118 0.282 0.002 0.017 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.020 0.018 0.177 0.018 0.051 0.176 0.001 94 K 0.016 0.020 0.054 0.057 0.177 0.004 0.307 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.007 0.152 0.059 0.030 0.085 0.001 95 G 0.017 0.021 0.065 0.047 0.191 0.004 0.329 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.015 0.018 0.040 0.134 0.041 0.049 0.002 96 S 0.067 0.085 0.281 0.191 0.132 0.002 0.023 0.009 0.001 0.001 0.006 0.004 0.012 0.002 0.040 0.006 0.024 0.033 0.040 0.033 0.007 97 W 0.162 0.237 0.052 0.043 0.333 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.018 0.012 0.029 0.006 0.014 0.018 0.008 0.007 0.010 0.013 0.016 98 Q 0.200 0.304 0.130 0.202 0.033 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.024 0.010 0.037 0.005 0.027 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.009 99 I 0.219 0.265 0.014 0.047 0.221 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.040 0.025 0.078 0.016 0.010 0.021 0.004 0.002 0.005 0.002 0.022 100 V 0.176 0.297 0.112 0.186 0.041 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.014 0.016 0.040 0.015 0.056 0.005 0.007 0.002 0.005 0.007 0.010 101 Q 0.110 0.145 0.027 0.060 0.396 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.011 0.012 0.026 0.011 0.027 0.062 0.024 0.018 0.018 0.023 0.009 102 L 0.060 0.059 0.178 0.181 0.104 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.006 0.076 0.014 0.037 0.011 0.051 0.185 0.003 103 P 0.015 0.018 0.029 0.029 0.401 0.001 0.021 0.010 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.020 0.052 0.070 0.025 0.079 0.213 0.002