# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.005 0.017 0.539 0.004 0.022 0.037 0.001 0.001 0.027 0.162 0.064 0.081 0.039 2 R 0.004 0.054 0.526 0.003 0.019 0.047 0.002 0.001 0.022 0.145 0.066 0.014 0.098 3 G 0.001 0.020 0.754 0.002 0.014 0.021 0.001 0.001 0.008 0.104 0.009 0.032 0.032 4 P 0.001 0.004 0.341 0.005 0.127 0.325 0.001 0.001 0.005 0.065 0.093 0.006 0.028 5 E 0.001 0.002 0.016 0.003 0.455 0.390 0.001 0.001 0.001 0.016 0.114 0.001 0.002 6 A 0.001 0.002 0.045 0.002 0.427 0.420 0.001 0.001 0.003 0.018 0.068 0.003 0.010 7 F 0.004 0.008 0.087 0.004 0.344 0.416 0.001 0.001 0.006 0.023 0.078 0.006 0.023 8 L 0.007 0.025 0.142 0.004 0.138 0.323 0.004 0.001 0.032 0.067 0.191 0.033 0.033 9 K 0.007 0.030 0.359 0.003 0.057 0.117 0.002 0.002 0.027 0.126 0.198 0.025 0.047 10 L 0.001 0.017 0.663 0.001 0.009 0.024 0.001 0.001 0.006 0.214 0.037 0.014 0.013 11 P 0.001 0.005 0.767 0.001 0.022 0.035 0.001 0.001 0.004 0.116 0.041 0.002 0.009 12 K 0.001 0.008 0.146 0.001 0.288 0.129 0.001 0.001 0.003 0.158 0.264 0.002 0.001 13 D 0.001 0.006 0.516 0.001 0.206 0.072 0.001 0.001 0.002 0.116 0.077 0.001 0.004 14 L 0.001 0.006 0.075 0.001 0.531 0.295 0.001 0.001 0.001 0.026 0.063 0.001 0.002 15 K 0.001 0.008 0.107 0.001 0.104 0.394 0.001 0.001 0.003 0.082 0.299 0.001 0.002 16 D 0.001 0.005 0.170 0.001 0.109 0.573 0.001 0.001 0.002 0.068 0.070 0.001 0.003 17 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.017 0.954 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 0.717 0.001 0.001 0.001 0.004 0.224 0.001 0.001 26 D 0.001 0.003 0.042 0.001 0.043 0.549 0.001 0.001 0.002 0.039 0.315 0.001 0.004 27 I 0.001 0.014 0.335 0.001 0.027 0.246 0.001 0.001 0.003 0.215 0.148 0.005 0.006 28 G 0.001 0.011 0.402 0.001 0.022 0.085 0.001 0.001 0.006 0.189 0.276 0.003 0.004 29 N 0.001 0.016 0.380 0.001 0.057 0.075 0.001 0.001 0.007 0.157 0.301 0.002 0.004 30 S 0.001 0.014 0.245 0.002 0.094 0.084 0.001 0.001 0.004 0.165 0.381 0.003 0.007 31 D 0.001 0.010 0.103 0.003 0.081 0.052 0.001 0.001 0.004 0.220 0.519 0.004 0.003 32 D 0.001 0.023 0.341 0.003 0.100 0.062 0.001 0.001 0.009 0.205 0.216 0.010 0.028 33 I 0.012 0.036 0.525 0.022 0.030 0.034 0.002 0.001 0.022 0.097 0.033 0.032 0.152 34 L 0.051 0.016 0.213 0.086 0.026 0.034 0.006 0.003 0.045 0.086 0.057 0.287 0.092 35 A 0.142 0.005 0.089 0.056 0.019 0.029 0.018 0.008 0.044 0.028 0.073 0.045 0.444 36 A 0.517 0.003 0.034 0.040 0.004 0.009 0.045 0.018 0.021 0.008 0.006 0.178 0.118 37 V 0.631 0.002 0.006 0.007 0.001 0.004 0.111 0.024 0.029 0.002 0.001 0.104 0.078 38 V 0.714 0.001 0.006 0.008 0.001 0.003 0.082 0.016 0.017 0.001 0.002 0.054 0.095 39 L 0.591 0.002 0.012 0.031 0.001 0.003 0.054 0.008 0.023 0.004 0.002 0.170 0.100 40 S 0.291 0.004 0.051 0.009 0.002 0.004 0.018 0.003 0.032 0.012 0.007 0.156 0.412 41 A 0.117 0.037 0.214 0.023 0.004 0.007 0.011 0.002 0.030 0.081 0.016 0.142 0.315 42 T 0.004 0.001 0.781 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.007 0.074 0.066 43 P 0.001 0.001 0.009 0.006 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 0.929 0.001 0.008 44 G 0.003 0.001 0.014 0.006 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.102 0.820 0.012 0.003 45 A 0.087 0.008 0.227 0.009 0.032 0.023 0.003 0.001 0.005 0.080 0.033 0.051 0.441 46 V 0.347 0.011 0.054 0.011 0.002 0.006 0.021 0.002 0.022 0.005 0.004 0.112 0.404 47 E 0.434 0.003 0.005 0.014 0.001 0.004 0.046 0.002 0.006 0.001 0.001 0.391 0.094 48 A 0.744 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.037 0.002 0.002 0.001 0.001 0.069 0.133 49 F 0.765 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.095 0.105 50 R 0.380 0.003 0.023 0.011 0.001 0.001 0.008 0.002 0.005 0.004 0.004 0.167 0.391 51 K 0.182 0.004 0.059 0.068 0.006 0.003 0.004 0.001 0.005 0.064 0.204 0.251 0.149 52 N 0.006 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.876 0.027 0.010 53 G 0.015 0.004 0.090 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.485 0.013 0.042 54 E 0.022 0.005 0.222 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.061 0.012 0.608 0.050 55 T 0.144 0.004 0.017 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.002 0.002 0.011 0.796 56 I 0.260 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.648 0.031 57 R 0.373 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.064 0.003 0.007 0.001 0.001 0.093 0.446 58 I 0.366 0.004 0.021 0.008 0.001 0.003 0.072 0.006 0.010 0.004 0.004 0.207 0.295 59 T 0.108 0.010 0.185 0.059 0.007 0.016 0.018 0.005 0.031 0.066 0.058 0.217 0.220 60 G 0.018 0.006 0.126 0.010 0.066 0.051 0.001 0.001 0.004 0.251 0.372 0.043 0.052 61 D 0.003 0.008 0.080 0.005 0.066 0.067 0.001 0.001 0.002 0.162 0.588 0.008 0.011 62 G 0.004 0.030 0.142 0.003 0.060 0.182 0.001 0.001 0.002 0.269 0.286 0.009 0.013 63 L 0.003 0.017 0.292 0.002 0.024 0.523 0.001 0.001 0.002 0.079 0.035 0.007 0.016 64 K 0.002 0.009 0.056 0.002 0.036 0.790 0.001 0.001 0.003 0.052 0.035 0.005 0.010 65 A 0.002 0.002 0.019 0.001 0.033 0.866 0.001 0.001 0.001 0.009 0.057 0.002 0.009 66 A 0.003 0.003 0.010 0.002 0.035 0.917 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.002 0.004 67 H 0.003 0.002 0.009 0.001 0.111 0.831 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.003 0.007 68 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.058 0.800 0.001 0.001 0.001 0.002 0.131 0.001 0.002 69 F 0.001 0.003 0.019 0.002 0.105 0.725 0.001 0.001 0.001 0.012 0.127 0.002 0.003 70 L 0.002 0.012 0.093 0.002 0.044 0.541 0.001 0.001 0.003 0.054 0.234 0.004 0.011 71 S 0.001 0.008 0.303 0.002 0.024 0.160 0.001 0.001 0.005 0.202 0.276 0.012 0.006 72 N 0.001 0.009 0.217 0.001 0.019 0.080 0.001 0.001 0.002 0.209 0.456 0.002 0.004 73 D 0.001 0.015 0.493 0.001 0.042 0.038 0.001 0.001 0.003 0.243 0.157 0.003 0.005 74 P 0.001 0.018 0.284 0.002 0.150 0.069 0.001 0.001 0.006 0.218 0.241 0.003 0.008 75 K 0.001 0.030 0.294 0.003 0.141 0.076 0.001 0.001 0.013 0.149 0.269 0.006 0.018 76 I 0.001 0.044 0.430 0.005 0.110 0.045 0.001 0.001 0.018 0.217 0.081 0.020 0.026 77 G 0.002 0.016 0.539 0.011 0.030 0.035 0.001 0.001 0.021 0.183 0.120 0.017 0.025 78 E 0.003 0.021 0.295 0.011 0.139 0.037 0.001 0.001 0.011 0.196 0.248 0.012 0.027 79 K 0.013 0.024 0.366 0.023 0.096 0.052 0.006 0.002 0.028 0.147 0.127 0.049 0.067 80 R 0.036 0.062 0.255 0.008 0.053 0.036 0.023 0.011 0.081 0.063 0.054 0.096 0.220 81 I 0.051 0.081 0.399 0.008 0.010 0.006 0.010 0.016 0.073 0.053 0.011 0.076 0.208 82 R 0.006 0.003 0.617 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.060 0.006 0.245 0.039 83 P 0.004 0.001 0.044 0.020 0.029 0.004 0.001 0.001 0.003 0.050 0.759 0.006 0.080 84 G 0.034 0.001 0.071 0.058 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.105 0.605 0.060 0.044 85 A 0.273 0.002 0.084 0.011 0.006 0.001 0.002 0.001 0.005 0.030 0.017 0.386 0.182 86 L 0.423 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.549 87 I 0.768 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.026 88 R 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.047 89 V 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.120 90 K 0.472 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.379 0.130 91 K 0.193 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.715 92 T 0.045 0.004 0.148 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.024 0.376 0.356 93 E 0.004 0.002 0.060 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.706 0.036 0.037 94 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.869 0.004 0.002 95 G 0.001 0.012 0.064 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.648 0.256 0.007 0.005 96 S 0.023 0.047 0.471 0.012 0.004 0.001 0.004 0.001 0.008 0.133 0.027 0.106 0.164 97 W 0.202 0.054 0.092 0.027 0.002 0.002 0.032 0.008 0.062 0.010 0.003 0.094 0.412 98 Q 0.218 0.007 0.026 0.040 0.002 0.004 0.083 0.011 0.029 0.003 0.002 0.478 0.097 99 I 0.318 0.005 0.018 0.034 0.009 0.003 0.152 0.016 0.017 0.003 0.002 0.054 0.371 100 V 0.272 0.003 0.035 0.037 0.009 0.004 0.072 0.008 0.031 0.010 0.008 0.420 0.089 101 Q 0.146 0.013 0.150 0.012 0.008 0.005 0.018 0.005 0.062 0.047 0.029 0.068 0.437 102 L 0.011 0.021 0.625 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.015 0.153 0.008 0.108 0.047 103 P 0.001 0.001 0.911 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.003 0.008 0.022