# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.062 0.041 0.128 0.128 0.082 0.074 0.235 0.014 0.026 0.010 0.020 0.037 0.047 0.049 0.022 0.025 2 R 0.018 0.089 0.230 0.562 0.001 0.003 0.001 0.052 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.013 0.016 3 G 0.046 0.004 0.023 0.115 0.003 0.362 0.002 0.001 0.024 0.364 0.007 0.010 0.032 0.001 0.001 0.008 4 P 0.011 0.013 0.005 0.025 0.010 0.101 0.001 0.002 0.001 0.001 0.771 0.009 0.049 0.001 0.001 0.001 5 E 0.001 0.167 0.003 0.118 0.001 0.008 0.001 0.006 0.002 0.001 0.037 0.638 0.015 0.002 0.002 0.001 6 A 0.004 0.017 0.093 0.080 0.003 0.032 0.035 0.002 0.010 0.001 0.012 0.114 0.485 0.006 0.053 0.054 7 F 0.008 0.015 0.188 0.052 0.005 0.024 0.057 0.002 0.003 0.001 0.031 0.013 0.457 0.017 0.004 0.124 8 L 0.031 0.053 0.107 0.144 0.003 0.018 0.019 0.019 0.002 0.002 0.008 0.030 0.469 0.010 0.060 0.024 9 K 0.005 0.056 0.242 0.270 0.004 0.021 0.006 0.002 0.013 0.001 0.004 0.003 0.066 0.004 0.003 0.299 10 L 0.170 0.033 0.167 0.328 0.008 0.099 0.013 0.008 0.004 0.003 0.019 0.011 0.099 0.005 0.008 0.026 11 P 0.011 0.054 0.089 0.052 0.028 0.560 0.016 0.010 0.003 0.003 0.059 0.018 0.073 0.011 0.004 0.008 12 K 0.011 0.231 0.020 0.200 0.003 0.037 0.003 0.035 0.004 0.001 0.314 0.072 0.042 0.002 0.015 0.009 13 D 0.011 0.029 0.024 0.024 0.004 0.219 0.011 0.002 0.014 0.010 0.030 0.505 0.090 0.004 0.005 0.020 14 L 0.020 0.015 0.039 0.012 0.004 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.491 0.038 0.313 0.006 0.008 0.016 15 K 0.003 0.072 0.040 0.017 0.001 0.021 0.007 0.006 0.002 0.002 0.024 0.626 0.148 0.006 0.011 0.014 16 D 0.004 0.002 0.011 0.002 0.001 0.067 0.008 0.001 0.001 0.001 0.050 0.043 0.787 0.003 0.007 0.013 17 R 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.056 0.644 0.001 0.002 0.004 18 E 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.371 0.595 0.001 0.002 0.002 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.002 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 24 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.018 0.001 0.003 25 Q 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.897 0.014 0.065 0.011 26 D 0.001 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.055 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.325 0.242 0.009 0.343 27 I 0.063 0.003 0.082 0.004 0.001 0.003 0.049 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.306 0.021 0.415 0.038 28 G 0.011 0.029 0.178 0.019 0.003 0.035 0.034 0.006 0.009 0.011 0.014 0.010 0.202 0.016 0.026 0.399 29 N 0.163 0.034 0.016 0.015 0.022 0.135 0.068 0.007 0.007 0.007 0.094 0.041 0.296 0.054 0.012 0.030 30 S 0.015 0.069 0.045 0.014 0.009 0.077 0.018 0.068 0.003 0.002 0.264 0.124 0.206 0.023 0.056 0.010 31 D 0.012 0.072 0.040 0.018 0.001 0.036 0.013 0.012 0.028 0.010 0.168 0.360 0.136 0.007 0.040 0.047 32 D 0.086 0.042 0.166 0.035 0.001 0.013 0.021 0.003 0.013 0.001 0.051 0.163 0.292 0.005 0.022 0.085 33 I 0.063 0.032 0.425 0.072 0.001 0.026 0.016 0.002 0.003 0.001 0.018 0.053 0.219 0.004 0.008 0.057 34 L 0.017 0.050 0.313 0.121 0.001 0.100 0.016 0.003 0.002 0.001 0.012 0.030 0.311 0.004 0.005 0.015 35 A 0.006 0.103 0.064 0.667 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 0.111 0.001 0.003 0.007 36 A 0.006 0.023 0.119 0.762 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.040 0.001 0.001 0.009 37 V 0.007 0.014 0.219 0.717 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 38 V 0.001 0.014 0.060 0.650 0.044 0.189 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.005 0.001 0.002 39 L 0.002 0.144 0.026 0.747 0.004 0.015 0.001 0.028 0.001 0.001 0.007 0.002 0.017 0.001 0.005 0.001 40 S 0.003 0.043 0.018 0.763 0.025 0.093 0.003 0.002 0.019 0.004 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.012 41 A 0.070 0.067 0.312 0.429 0.013 0.038 0.005 0.013 0.002 0.001 0.025 0.006 0.011 0.001 0.003 0.005 42 T 0.003 0.028 0.024 0.058 0.261 0.519 0.039 0.010 0.003 0.015 0.009 0.010 0.008 0.011 0.001 0.002 43 P 0.006 0.072 0.009 0.084 0.003 0.073 0.002 0.274 0.002 0.001 0.419 0.009 0.014 0.001 0.029 0.001 44 G 0.004 0.280 0.011 0.074 0.001 0.010 0.001 0.006 0.152 0.040 0.025 0.357 0.011 0.001 0.004 0.022 45 A 0.263 0.040 0.313 0.288 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.013 0.016 0.001 0.002 0.043 46 V 0.015 0.004 0.811 0.086 0.001 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.003 47 E 0.001 0.138 0.097 0.741 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 48 A 0.001 0.003 0.004 0.972 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 49 F 0.001 0.019 0.179 0.774 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 50 R 0.001 0.002 0.003 0.116 0.466 0.395 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.001 0.017 0.002 0.012 0.752 0.005 0.022 0.042 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 52 N 0.001 0.016 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.519 0.010 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 0.417 0.001 53 G 0.004 0.020 0.025 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.366 0.027 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.537 54 E 0.970 0.009 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 T 0.004 0.003 0.965 0.021 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 I 0.002 0.017 0.076 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.001 0.002 0.008 0.984 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 I 0.001 0.001 0.008 0.575 0.376 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.001 0.032 0.001 0.174 0.057 0.492 0.001 0.222 0.001 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 60 G 0.001 0.026 0.001 0.036 0.301 0.072 0.010 0.021 0.035 0.089 0.373 0.028 0.002 0.005 0.001 0.001 61 D 0.028 0.051 0.007 0.015 0.005 0.052 0.001 0.392 0.003 0.005 0.113 0.260 0.009 0.001 0.058 0.001 62 G 0.007 0.017 0.038 0.019 0.002 0.024 0.005 0.003 0.148 0.061 0.252 0.174 0.105 0.003 0.003 0.140 63 L 0.292 0.013 0.046 0.020 0.001 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.036 0.270 0.278 0.001 0.013 0.004 64 K 0.001 0.010 0.036 0.014 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.067 0.795 0.001 0.002 0.006 65 A 0.002 0.004 0.006 0.074 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.038 0.815 0.001 0.001 0.002 66 A 0.001 0.005 0.010 0.039 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.043 0.880 0.003 0.001 0.001 67 H 0.001 0.002 0.003 0.014 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.959 0.003 0.001 0.002 68 R 0.001 0.002 0.006 0.026 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.935 0.003 0.005 0.007 69 F 0.005 0.009 0.023 0.036 0.004 0.017 0.021 0.001 0.004 0.001 0.008 0.018 0.719 0.040 0.009 0.086 70 L 0.021 0.028 0.083 0.043 0.011 0.013 0.080 0.009 0.002 0.001 0.018 0.012 0.478 0.090 0.046 0.066 71 S 0.009 0.051 0.094 0.044 0.012 0.099 0.046 0.044 0.005 0.005 0.014 0.012 0.276 0.053 0.153 0.081 72 N 0.031 0.160 0.100 0.070 0.002 0.019 0.015 0.014 0.033 0.010 0.070 0.015 0.174 0.013 0.039 0.235 73 D 0.214 0.055 0.098 0.046 0.012 0.199 0.035 0.007 0.018 0.006 0.019 0.093 0.122 0.013 0.014 0.049 74 P 0.046 0.014 0.199 0.028 0.017 0.070 0.027 0.015 0.001 0.002 0.422 0.018 0.100 0.011 0.018 0.012 75 K 0.005 0.247 0.034 0.036 0.094 0.030 0.127 0.012 0.008 0.004 0.031 0.240 0.020 0.086 0.010 0.016 76 I 0.027 0.027 0.072 0.105 0.009 0.032 0.039 0.138 0.008 0.004 0.036 0.030 0.105 0.005 0.345 0.018 77 G 0.016 0.034 0.138 0.070 0.006 0.045 0.010 0.010 0.210 0.094 0.057 0.032 0.077 0.011 0.005 0.186 78 E 0.399 0.087 0.043 0.237 0.003 0.034 0.004 0.009 0.025 0.003 0.038 0.051 0.046 0.004 0.009 0.011 79 K 0.019 0.051 0.424 0.366 0.001 0.013 0.002 0.003 0.007 0.003 0.014 0.029 0.036 0.002 0.004 0.028 80 R 0.022 0.023 0.247 0.651 0.003 0.019 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.018 81 I 0.004 0.016 0.443 0.515 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 82 R 0.001 0.001 0.007 0.017 0.940 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 83 P 0.001 0.006 0.002 0.052 0.004 0.057 0.001 0.831 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 84 G 0.001 0.157 0.003 0.047 0.001 0.005 0.001 0.004 0.636 0.064 0.015 0.062 0.001 0.001 0.001 0.005 85 A 0.687 0.044 0.034 0.218 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 86 L 0.005 0.003 0.935 0.046 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 I 0.001 0.025 0.131 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.007 0.986 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.005 0.011 0.913 0.012 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.001 0.051 0.002 0.876 0.013 0.048 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.002 0.107 0.006 0.666 0.030 0.144 0.001 0.013 0.004 0.003 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 92 T 0.006 0.036 0.012 0.047 0.086 0.674 0.003 0.020 0.005 0.005 0.072 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 93 E 0.004 0.051 0.006 0.009 0.321 0.024 0.064 0.018 0.004 0.003 0.345 0.030 0.005 0.112 0.002 0.002 94 K 0.004 0.040 0.010 0.007 0.001 0.005 0.003 0.330 0.003 0.001 0.008 0.046 0.004 0.001 0.534 0.003 95 G 0.008 0.013 0.094 0.013 0.001 0.005 0.014 0.002 0.270 0.086 0.014 0.010 0.014 0.003 0.005 0.446 96 S 0.884 0.011 0.064 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.004 97 W 0.013 0.013 0.783 0.141 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 98 Q 0.012 0.049 0.111 0.736 0.007 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 99 I 0.004 0.025 0.026 0.793 0.012 0.125 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 100 V 0.001 0.110 0.055 0.795 0.005 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.001 0.014 0.030 0.924 0.009 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 102 L 0.017 0.014 0.129 0.532 0.143 0.122 0.010 0.009 0.002 0.002 0.005 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 103 P 0.004 0.076 0.039 0.295 0.049 0.359 0.005 0.111 0.003 0.006 0.034 0.006 0.007 0.001 0.004 0.001