# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.013 0.019 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.019 0.170 0.687 2 R 0.007 0.040 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.025 0.127 0.644 3 G 0.239 0.289 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.075 0.071 0.281 4 P 0.248 0.322 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.105 0.056 0.227 5 E 0.181 0.087 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.100 0.080 0.503 6 A 0.180 0.074 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.081 0.092 0.402 7 F 0.105 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.066 0.101 0.639 8 L 0.015 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.030 0.159 0.644 9 K 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.024 0.098 0.819 10 L 0.200 0.115 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.103 0.104 0.435 11 P 0.326 0.108 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.061 0.083 0.401 12 K 0.042 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.039 0.120 0.700 13 D 0.179 0.163 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 0.067 0.535 14 L 0.182 0.318 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.052 0.078 0.344 15 K 0.014 0.462 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.043 0.057 0.406 16 D 0.028 0.897 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.045 17 R 0.040 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.005 0.018 18 E 0.016 0.856 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.074 0.008 0.040 19 A 0.009 0.930 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 0.020 20 L 0.013 0.939 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.009 21 Q 0.031 0.811 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.006 0.046 22 D 0.073 0.670 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.074 0.028 0.117 23 I 0.139 0.504 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.133 0.039 0.124 24 M 0.401 0.073 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.169 0.051 0.266 25 Q 0.058 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.074 0.828 26 D 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.106 0.850 27 I 0.081 0.016 0.004 0.001 0.005 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.081 0.168 0.610 28 G 0.020 0.013 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.027 0.146 0.761 29 N 0.240 0.096 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.059 0.078 0.508 30 S 0.285 0.089 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.092 0.070 0.437 31 D 0.060 0.092 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.036 0.131 0.637 32 D 0.024 0.082 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.137 0.040 0.128 0.540 33 I 0.055 0.067 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.025 0.007 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.148 0.083 0.131 0.436 34 L 0.052 0.073 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.019 0.005 0.024 0.011 0.011 0.004 0.290 0.076 0.103 0.318 35 A 0.015 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.021 0.015 0.007 0.288 0.060 0.086 0.429 36 A 0.009 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.003 0.646 0.073 0.040 0.198 37 V 0.035 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.669 0.087 0.035 0.136 38 V 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.656 0.064 0.034 0.222 39 L 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.586 0.023 0.051 0.305 40 S 0.012 0.008 0.003 0.001 0.111 0.045 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.040 0.096 0.447 41 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.016 0.130 0.605 42 T 0.549 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.096 0.044 0.172 43 P 0.094 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.033 0.189 0.574 44 G 0.010 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.026 0.123 0.560 45 A 0.031 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.007 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.233 0.065 0.102 0.398 46 V 0.016 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.005 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.521 0.070 0.065 0.233 47 E 0.023 0.024 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.111 0.016 0.023 0.007 0.501 0.073 0.040 0.137 48 A 0.007 0.016 0.003 0.002 0.025 0.156 0.105 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.028 0.016 0.273 0.144 0.031 0.152 49 F 0.007 0.002 0.024 0.003 0.412 0.053 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.231 0.099 0.035 0.123 50 R 0.411 0.001 0.012 0.001 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.062 0.040 0.260 51 K 0.334 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.065 0.053 0.515 52 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.020 0.180 0.766 53 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.027 0.133 0.722 54 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.388 0.181 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.048 0.027 0.138 55 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.040 0.052 0.004 0.014 0.003 0.001 0.002 0.228 0.049 0.063 0.507 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.283 0.121 0.038 0.006 0.402 0.017 0.019 0.104 57 R 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.039 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.241 0.221 0.047 0.169 0.034 0.025 0.130 58 I 0.010 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.004 0.606 0.053 0.045 0.246 59 T 0.134 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.102 0.084 0.417 60 G 0.146 0.190 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.040 0.101 0.447 61 D 0.013 0.290 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.013 0.083 0.558 62 G 0.020 0.720 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.029 0.034 0.161 63 L 0.039 0.859 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.014 0.041 64 K 0.025 0.855 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.014 0.030 0.012 0.049 65 A 0.035 0.766 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.008 0.002 0.015 0.047 0.018 0.081 66 A 0.065 0.778 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.040 0.015 0.065 67 H 0.169 0.367 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.147 0.033 0.227 68 R 0.116 0.117 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.168 0.082 0.461 69 F 0.133 0.069 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.165 0.122 0.443 70 L 0.193 0.016 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.069 0.132 0.552 71 S 0.031 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.031 0.115 0.792 72 N 0.028 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.120 0.805 73 D 0.338 0.039 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.103 0.081 0.421 74 P 0.111 0.043 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.036 0.153 0.628 75 K 0.023 0.013 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.013 0.124 0.783 76 I 0.389 0.032 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.058 0.082 0.380 77 G 0.252 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.081 0.094 0.486 78 E 0.065 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.054 0.100 0.718 79 K 0.044 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.248 0.063 0.116 0.490 80 R 0.006 0.002 0.002 0.001 0.015 0.007 0.002 0.001 0.009 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.310 0.047 0.121 0.456 81 I 0.008 0.001 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.399 0.034 0.093 0.418 82 R 0.242 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.366 0.115 0.056 0.205 83 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.036 0.182 0.551 84 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.521 0.020 0.108 0.349 85 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.030 0.010 0.037 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.726 0.024 0.035 0.193 87 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.966 0.004 0.003 0.021 88 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.004 0.005 0.826 0.069 0.013 0.052 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.117 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.591 0.029 0.026 0.188 90 K 0.005 0.003 0.001 0.001 0.042 0.286 0.104 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.374 0.041 0.028 0.104 91 K 0.017 0.002 0.006 0.003 0.191 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.068 0.071 0.427 92 T 0.379 0.004 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.082 0.047 0.419 93 E 0.157 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.052 0.071 0.694 94 K 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.016 0.115 0.831 95 G 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.033 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.047 0.093 0.530 96 S 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.505 0.098 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.056 0.035 0.031 0.107 97 W 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.085 0.013 0.166 0.065 0.024 0.007 0.176 0.076 0.060 0.296 98 Q 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.126 0.468 0.154 0.019 0.144 0.028 0.009 0.040 99 I 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.079 0.084 0.017 0.302 0.058 0.052 0.356 100 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.726 0.027 0.044 0.191 101 Q 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.038 0.116 0.529 102 L 0.025 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.061 0.099 0.519 103 P 0.057 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.060 0.107 0.618