# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.016 0.006 0.001 0.068 0.035 0.041 0.155 0.002 0.001 0.023 0.651 2 R 0.006 0.018 0.002 0.027 0.021 0.021 0.185 0.002 0.001 0.014 0.704 3 G 0.236 0.221 0.004 0.015 0.024 0.026 0.107 0.025 0.002 0.046 0.293 4 P 0.577 0.184 0.002 0.008 0.007 0.008 0.031 0.013 0.001 0.027 0.141 5 E 0.215 0.170 0.006 0.024 0.015 0.020 0.067 0.011 0.002 0.048 0.422 6 A 0.156 0.077 0.005 0.025 0.022 0.064 0.085 0.019 0.002 0.045 0.497 7 F 0.130 0.020 0.003 0.032 0.050 0.072 0.082 0.016 0.002 0.067 0.526 8 L 0.021 0.011 0.002 0.062 0.116 0.082 0.117 0.004 0.001 0.028 0.556 9 K 0.014 0.018 0.002 0.034 0.064 0.052 0.127 0.005 0.001 0.024 0.659 10 L 0.134 0.049 0.003 0.020 0.032 0.026 0.105 0.020 0.002 0.036 0.574 11 P 0.387 0.103 0.002 0.013 0.007 0.008 0.089 0.011 0.002 0.037 0.341 12 K 0.135 0.132 0.004 0.014 0.007 0.008 0.079 0.011 0.002 0.033 0.577 13 D 0.225 0.221 0.002 0.008 0.004 0.007 0.062 0.017 0.001 0.037 0.416 14 L 0.202 0.332 0.002 0.009 0.004 0.004 0.046 0.014 0.001 0.047 0.340 15 K 0.028 0.421 0.002 0.006 0.004 0.003 0.053 0.008 0.001 0.041 0.432 16 D 0.019 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.008 0.042 17 R 0.067 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.025 0.034 18 E 0.013 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.030 0.030 19 A 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 20 L 0.009 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.013 21 Q 0.032 0.840 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.066 0.037 22 D 0.074 0.702 0.024 0.001 0.002 0.002 0.016 0.007 0.012 0.098 0.062 23 I 0.248 0.298 0.033 0.003 0.003 0.003 0.039 0.019 0.016 0.118 0.221 24 M 0.451 0.047 0.018 0.008 0.002 0.005 0.048 0.016 0.018 0.084 0.303 25 Q 0.073 0.008 0.004 0.009 0.003 0.004 0.073 0.004 0.003 0.020 0.800 26 D 0.020 0.003 0.001 0.009 0.003 0.004 0.075 0.003 0.001 0.017 0.865 27 I 0.062 0.003 0.001 0.013 0.003 0.004 0.257 0.004 0.001 0.045 0.607 28 G 0.029 0.004 0.001 0.015 0.003 0.003 0.130 0.002 0.001 0.023 0.790 29 N 0.165 0.015 0.001 0.011 0.003 0.004 0.089 0.008 0.001 0.016 0.686 30 S 0.289 0.047 0.001 0.010 0.004 0.006 0.051 0.007 0.001 0.018 0.567 31 D 0.096 0.015 0.001 0.026 0.016 0.028 0.132 0.003 0.001 0.086 0.597 32 D 0.036 0.026 0.003 0.029 0.026 0.076 0.186 0.003 0.001 0.084 0.530 33 I 0.040 0.018 0.002 0.024 0.088 0.090 0.090 0.002 0.001 0.052 0.594 34 L 0.036 0.010 0.001 0.031 0.178 0.202 0.121 0.001 0.001 0.070 0.351 35 A 0.002 0.004 0.001 0.041 0.159 0.403 0.070 0.001 0.001 0.051 0.269 36 A 0.001 0.001 0.001 0.049 0.333 0.397 0.034 0.001 0.001 0.076 0.109 37 V 0.001 0.001 0.001 0.077 0.285 0.543 0.012 0.001 0.001 0.048 0.034 38 V 0.001 0.001 0.001 0.101 0.355 0.370 0.016 0.001 0.001 0.081 0.075 39 L 0.002 0.001 0.001 0.176 0.355 0.318 0.017 0.001 0.001 0.048 0.084 40 S 0.003 0.002 0.001 0.188 0.184 0.291 0.083 0.001 0.001 0.039 0.209 41 A 0.009 0.006 0.003 0.039 0.071 0.100 0.150 0.001 0.001 0.040 0.581 42 T 0.491 0.056 0.002 0.010 0.031 0.042 0.083 0.007 0.001 0.058 0.219 43 P 0.141 0.032 0.001 0.008 0.017 0.028 0.098 0.002 0.001 0.054 0.619 44 G 0.015 0.045 0.001 0.029 0.068 0.107 0.115 0.001 0.001 0.032 0.587 45 A 0.010 0.019 0.001 0.029 0.084 0.543 0.044 0.002 0.001 0.033 0.234 46 V 0.002 0.010 0.001 0.024 0.498 0.297 0.041 0.001 0.001 0.019 0.108 47 E 0.002 0.004 0.001 0.041 0.304 0.590 0.013 0.001 0.001 0.014 0.032 48 A 0.001 0.003 0.001 0.043 0.504 0.364 0.011 0.001 0.001 0.018 0.054 49 F 0.008 0.002 0.002 0.035 0.247 0.566 0.039 0.001 0.001 0.038 0.062 50 R 0.242 0.003 0.002 0.024 0.145 0.344 0.021 0.002 0.001 0.050 0.167 51 K 0.162 0.001 0.001 0.016 0.045 0.054 0.097 0.001 0.001 0.031 0.594 52 N 0.004 0.001 0.001 0.008 0.024 0.056 0.088 0.001 0.001 0.010 0.809 53 G 0.003 0.001 0.001 0.009 0.036 0.100 0.172 0.001 0.001 0.027 0.653 54 E 0.003 0.001 0.001 0.036 0.206 0.446 0.053 0.001 0.001 0.033 0.221 55 T 0.001 0.001 0.001 0.038 0.214 0.314 0.059 0.001 0.001 0.040 0.334 56 I 0.001 0.001 0.001 0.154 0.317 0.383 0.021 0.001 0.001 0.026 0.098 57 R 0.001 0.001 0.001 0.203 0.186 0.358 0.051 0.001 0.001 0.041 0.158 58 I 0.005 0.011 0.001 0.128 0.275 0.334 0.046 0.001 0.001 0.046 0.153 59 T 0.147 0.107 0.001 0.044 0.104 0.189 0.081 0.004 0.001 0.040 0.282 60 G 0.237 0.339 0.001 0.022 0.024 0.044 0.040 0.004 0.001 0.036 0.252 61 D 0.039 0.346 0.001 0.018 0.019 0.027 0.075 0.003 0.001 0.034 0.438 62 G 0.018 0.758 0.002 0.006 0.009 0.025 0.020 0.005 0.001 0.022 0.133 63 L 0.051 0.710 0.002 0.003 0.016 0.012 0.023 0.008 0.001 0.047 0.127 64 K 0.029 0.754 0.005 0.005 0.019 0.014 0.014 0.005 0.002 0.078 0.075 65 A 0.033 0.704 0.008 0.004 0.010 0.010 0.025 0.004 0.003 0.067 0.131 66 A 0.094 0.664 0.014 0.005 0.009 0.013 0.020 0.010 0.006 0.061 0.105 67 H 0.211 0.166 0.013 0.010 0.017 0.023 0.054 0.013 0.007 0.203 0.284 68 R 0.100 0.087 0.015 0.017 0.018 0.028 0.101 0.012 0.007 0.187 0.427 69 F 0.125 0.024 0.007 0.025 0.018 0.022 0.088 0.012 0.004 0.092 0.582 70 L 0.083 0.005 0.003 0.047 0.014 0.017 0.102 0.006 0.002 0.068 0.652 71 S 0.015 0.004 0.001 0.023 0.007 0.010 0.131 0.002 0.001 0.021 0.786 72 N 0.033 0.011 0.001 0.013 0.008 0.007 0.125 0.006 0.001 0.018 0.775 73 D 0.444 0.019 0.002 0.019 0.007 0.010 0.086 0.014 0.001 0.051 0.348 74 P 0.075 0.015 0.001 0.018 0.006 0.007 0.123 0.003 0.001 0.025 0.727 75 K 0.048 0.019 0.003 0.022 0.006 0.012 0.142 0.004 0.001 0.028 0.713 76 I 0.188 0.043 0.005 0.017 0.012 0.019 0.090 0.013 0.002 0.035 0.578 77 G 0.307 0.037 0.004 0.020 0.027 0.033 0.116 0.015 0.001 0.043 0.395 78 E 0.099 0.013 0.001 0.034 0.041 0.079 0.092 0.005 0.001 0.032 0.604 79 K 0.015 0.003 0.001 0.126 0.116 0.147 0.083 0.001 0.001 0.035 0.471 80 R 0.003 0.002 0.004 0.080 0.085 0.163 0.285 0.001 0.001 0.030 0.346 81 I 0.028 0.005 0.006 0.059 0.141 0.132 0.081 0.004 0.001 0.035 0.507 82 R 0.686 0.003 0.001 0.029 0.039 0.041 0.055 0.005 0.001 0.037 0.105 83 P 0.009 0.003 0.001 0.033 0.035 0.054 0.093 0.001 0.001 0.023 0.750 84 G 0.001 0.002 0.001 0.100 0.087 0.149 0.156 0.001 0.001 0.033 0.472 85 A 0.001 0.001 0.001 0.093 0.102 0.723 0.014 0.001 0.001 0.019 0.047 86 L 0.001 0.001 0.001 0.052 0.438 0.349 0.022 0.001 0.001 0.027 0.112 87 I 0.001 0.001 0.001 0.129 0.465 0.364 0.005 0.001 0.001 0.014 0.023 88 R 0.001 0.001 0.001 0.153 0.296 0.465 0.011 0.001 0.001 0.032 0.042 89 V 0.002 0.001 0.001 0.124 0.321 0.379 0.018 0.001 0.001 0.036 0.118 90 K 0.012 0.002 0.001 0.074 0.225 0.413 0.058 0.001 0.001 0.043 0.172 91 K 0.033 0.007 0.002 0.032 0.104 0.235 0.125 0.001 0.001 0.058 0.402 92 T 0.296 0.009 0.001 0.012 0.036 0.065 0.066 0.003 0.001 0.060 0.453 93 E 0.192 0.007 0.001 0.009 0.018 0.025 0.126 0.001 0.001 0.041 0.579 94 K 0.008 0.003 0.001 0.007 0.015 0.027 0.105 0.001 0.001 0.017 0.817 95 G 0.012 0.009 0.001 0.014 0.071 0.191 0.163 0.001 0.001 0.030 0.508 96 S 0.006 0.008 0.001 0.025 0.248 0.380 0.063 0.001 0.001 0.024 0.245 97 W 0.003 0.004 0.001 0.028 0.336 0.468 0.030 0.001 0.001 0.014 0.117 98 Q 0.014 0.005 0.001 0.027 0.252 0.580 0.019 0.001 0.001 0.011 0.091 99 I 0.023 0.002 0.001 0.036 0.284 0.356 0.033 0.001 0.001 0.026 0.239 100 V 0.006 0.002 0.001 0.065 0.232 0.371 0.053 0.001 0.001 0.018 0.252 101 Q 0.005 0.002 0.001 0.032 0.102 0.217 0.086 0.001 0.001 0.018 0.537 102 L 0.040 0.006 0.001 0.032 0.124 0.146 0.118 0.003 0.001 0.039 0.489 103 P 0.101 0.016 0.001 0.035 0.043 0.059 0.132 0.003 0.001 0.041 0.570