# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.014 0.015 0.025 0.048 0.080 0.126 0.026 0.666 2 R 0.018 0.030 0.031 0.067 0.086 0.109 0.038 0.621 3 G 0.146 0.132 0.030 0.048 0.054 0.091 0.094 0.407 4 P 0.381 0.122 0.015 0.030 0.027 0.058 0.085 0.284 5 E 0.225 0.065 0.036 0.028 0.051 0.072 0.080 0.443 6 A 0.167 0.048 0.044 0.032 0.097 0.077 0.040 0.496 7 F 0.070 0.010 0.036 0.035 0.101 0.109 0.058 0.582 8 L 0.012 0.010 0.062 0.090 0.162 0.139 0.025 0.502 9 K 0.019 0.016 0.027 0.031 0.083 0.104 0.026 0.695 10 L 0.080 0.050 0.024 0.053 0.029 0.099 0.056 0.609 11 P 0.358 0.108 0.011 0.009 0.009 0.068 0.102 0.334 12 K 0.081 0.146 0.022 0.005 0.006 0.080 0.066 0.594 13 D 0.212 0.287 0.007 0.002 0.004 0.042 0.064 0.381 14 L 0.143 0.295 0.006 0.006 0.005 0.074 0.072 0.399 15 K 0.023 0.413 0.009 0.002 0.006 0.053 0.063 0.432 16 D 0.021 0.851 0.002 0.001 0.001 0.011 0.061 0.052 17 R 0.025 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.017 18 E 0.013 0.811 0.004 0.002 0.002 0.010 0.101 0.057 19 A 0.008 0.898 0.003 0.001 0.001 0.006 0.042 0.041 20 L 0.007 0.933 0.004 0.001 0.001 0.003 0.042 0.009 21 Q 0.017 0.890 0.004 0.002 0.001 0.006 0.047 0.033 22 D 0.072 0.713 0.006 0.002 0.002 0.013 0.077 0.116 23 I 0.105 0.466 0.036 0.006 0.004 0.040 0.113 0.230 24 M 0.423 0.077 0.036 0.005 0.004 0.060 0.127 0.268 25 Q 0.125 0.034 0.009 0.002 0.003 0.057 0.029 0.741 26 D 0.025 0.007 0.013 0.002 0.003 0.087 0.015 0.848 27 I 0.042 0.009 0.026 0.006 0.006 0.135 0.054 0.721 28 G 0.039 0.004 0.017 0.003 0.003 0.108 0.020 0.806 29 N 0.163 0.012 0.012 0.002 0.003 0.083 0.029 0.697 30 S 0.114 0.015 0.020 0.004 0.005 0.114 0.045 0.684 31 D 0.065 0.010 0.036 0.008 0.017 0.111 0.047 0.705 32 D 0.014 0.007 0.068 0.027 0.066 0.154 0.057 0.608 33 I 0.016 0.010 0.166 0.066 0.174 0.117 0.058 0.392 34 L 0.011 0.011 0.171 0.143 0.291 0.081 0.112 0.179 35 A 0.002 0.004 0.139 0.202 0.384 0.059 0.047 0.163 36 A 0.001 0.002 0.152 0.252 0.378 0.035 0.029 0.151 37 V 0.002 0.002 0.281 0.374 0.219 0.025 0.048 0.048 38 V 0.007 0.004 0.168 0.213 0.314 0.037 0.064 0.194 39 L 0.007 0.002 0.247 0.275 0.268 0.039 0.041 0.120 40 S 0.003 0.001 0.090 0.123 0.273 0.108 0.037 0.366 41 A 0.006 0.001 0.139 0.076 0.119 0.100 0.023 0.536 42 T 0.650 0.033 0.014 0.011 0.019 0.045 0.117 0.111 43 P 0.069 0.021 0.007 0.009 0.008 0.139 0.043 0.705 44 G 0.006 0.046 0.025 0.030 0.114 0.114 0.047 0.617 45 A 0.007 0.037 0.075 0.114 0.458 0.059 0.100 0.150 46 V 0.004 0.016 0.034 0.335 0.317 0.046 0.055 0.194 47 E 0.003 0.014 0.044 0.427 0.393 0.013 0.070 0.036 48 A 0.003 0.001 0.029 0.297 0.580 0.010 0.035 0.045 49 F 0.002 0.001 0.052 0.430 0.345 0.025 0.054 0.091 50 R 0.200 0.001 0.026 0.171 0.308 0.040 0.059 0.194 51 K 0.334 0.001 0.014 0.022 0.062 0.070 0.044 0.453 52 N 0.002 0.001 0.003 0.014 0.017 0.133 0.005 0.825 53 G 0.003 0.001 0.003 0.043 0.108 0.114 0.012 0.717 54 E 0.005 0.001 0.060 0.340 0.405 0.044 0.043 0.101 55 T 0.003 0.001 0.048 0.154 0.179 0.070 0.030 0.516 56 I 0.001 0.001 0.113 0.453 0.301 0.025 0.033 0.073 57 R 0.003 0.001 0.101 0.288 0.283 0.043 0.020 0.261 58 I 0.007 0.003 0.156 0.385 0.172 0.039 0.063 0.176 59 T 0.272 0.075 0.041 0.069 0.073 0.071 0.073 0.326 60 G 0.384 0.083 0.013 0.020 0.020 0.071 0.046 0.364 61 D 0.023 0.191 0.014 0.018 0.018 0.074 0.040 0.622 62 G 0.047 0.664 0.009 0.006 0.023 0.023 0.076 0.151 63 L 0.035 0.774 0.005 0.014 0.008 0.016 0.074 0.073 64 K 0.027 0.796 0.006 0.014 0.010 0.010 0.077 0.060 65 A 0.047 0.785 0.006 0.006 0.016 0.010 0.037 0.094 66 A 0.060 0.766 0.021 0.011 0.012 0.013 0.065 0.052 67 H 0.264 0.157 0.030 0.016 0.016 0.041 0.311 0.165 68 R 0.159 0.080 0.022 0.011 0.015 0.072 0.142 0.499 69 F 0.041 0.030 0.071 0.009 0.016 0.121 0.075 0.638 70 L 0.061 0.016 0.042 0.010 0.010 0.146 0.041 0.674 71 S 0.028 0.025 0.024 0.005 0.007 0.156 0.028 0.726 72 N 0.047 0.036 0.041 0.005 0.007 0.134 0.038 0.693 73 D 0.251 0.063 0.022 0.007 0.006 0.087 0.204 0.360 74 P 0.052 0.033 0.037 0.007 0.008 0.134 0.047 0.682 75 K 0.107 0.033 0.038 0.006 0.022 0.091 0.048 0.656 76 I 0.089 0.030 0.034 0.018 0.028 0.132 0.046 0.622 77 G 0.090 0.035 0.030 0.017 0.029 0.131 0.045 0.623 78 E 0.068 0.024 0.019 0.028 0.043 0.089 0.076 0.653 79 K 0.068 0.008 0.029 0.051 0.088 0.091 0.064 0.601 80 R 0.003 0.001 0.044 0.052 0.080 0.144 0.039 0.636 81 I 0.018 0.001 0.059 0.057 0.080 0.106 0.027 0.652 82 R 0.616 0.008 0.019 0.024 0.041 0.046 0.072 0.174 83 P 0.017 0.002 0.022 0.013 0.024 0.152 0.019 0.752 84 G 0.001 0.001 0.041 0.033 0.140 0.148 0.037 0.597 85 A 0.001 0.003 0.208 0.191 0.446 0.033 0.072 0.047 86 L 0.001 0.001 0.135 0.320 0.283 0.046 0.021 0.193 87 I 0.001 0.001 0.116 0.521 0.274 0.014 0.033 0.041 88 R 0.001 0.001 0.132 0.314 0.430 0.014 0.030 0.079 89 V 0.003 0.001 0.059 0.512 0.310 0.017 0.025 0.074 90 K 0.013 0.001 0.063 0.265 0.458 0.037 0.034 0.129 91 K 0.029 0.001 0.042 0.177 0.222 0.066 0.044 0.420 92 T 0.129 0.001 0.014 0.049 0.071 0.077 0.050 0.609 93 E 0.169 0.001 0.010 0.021 0.034 0.094 0.037 0.634 94 K 0.013 0.001 0.002 0.011 0.015 0.078 0.005 0.876 95 G 0.019 0.002 0.007 0.038 0.103 0.113 0.018 0.700 96 S 0.013 0.004 0.009 0.279 0.227 0.080 0.028 0.360 97 W 0.012 0.003 0.014 0.217 0.345 0.053 0.022 0.333 98 Q 0.022 0.005 0.034 0.364 0.446 0.020 0.032 0.078 99 I 0.026 0.001 0.017 0.226 0.349 0.045 0.027 0.309 100 V 0.005 0.002 0.053 0.270 0.451 0.040 0.017 0.163 101 Q 0.022 0.002 0.029 0.109 0.238 0.076 0.020 0.504 102 L 0.030 0.007 0.030 0.173 0.117 0.103 0.044 0.496 103 P 0.075 0.011 0.020 0.045 0.067 0.106 0.044 0.632