# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.134 0.069 0.042 0.080 0.081 0.093 0.138 0.107 0.107 0.090 0.058 2 R 0.094 0.076 0.040 0.124 0.121 0.127 0.153 0.101 0.080 0.053 0.031 3 G 0.117 0.123 0.042 0.096 0.086 0.082 0.118 0.098 0.102 0.081 0.054 4 P 0.064 0.067 0.026 0.103 0.120 0.106 0.157 0.125 0.106 0.074 0.052 5 E 0.265 0.118 0.063 0.157 0.120 0.085 0.075 0.047 0.034 0.023 0.012 6 A 0.073 0.080 0.055 0.166 0.138 0.142 0.154 0.085 0.057 0.036 0.015 7 F 0.010 0.022 0.016 0.053 0.064 0.105 0.168 0.140 0.178 0.153 0.091 8 L 0.017 0.010 0.015 0.029 0.048 0.078 0.170 0.148 0.195 0.169 0.120 9 K 0.080 0.166 0.221 0.264 0.136 0.063 0.036 0.016 0.010 0.006 0.003 10 L 0.010 0.016 0.016 0.029 0.044 0.088 0.186 0.156 0.183 0.164 0.108 11 P 0.249 0.249 0.047 0.142 0.100 0.066 0.069 0.036 0.022 0.013 0.006 12 K 0.597 0.169 0.064 0.093 0.038 0.017 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 13 D 0.408 0.209 0.071 0.136 0.074 0.042 0.034 0.015 0.006 0.003 0.002 14 L 0.083 0.073 0.036 0.082 0.092 0.115 0.194 0.126 0.099 0.064 0.035 15 K 0.253 0.194 0.121 0.173 0.114 0.064 0.044 0.022 0.008 0.004 0.002 16 D 0.051 0.258 0.229 0.205 0.098 0.069 0.050 0.022 0.011 0.006 0.002 17 R 0.066 0.059 0.065 0.141 0.166 0.174 0.194 0.080 0.033 0.015 0.005 18 E 0.605 0.088 0.168 0.088 0.028 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 19 A 0.020 0.052 0.156 0.215 0.173 0.178 0.129 0.047 0.018 0.009 0.003 20 L 0.001 0.005 0.015 0.013 0.024 0.046 0.151 0.184 0.231 0.229 0.100 21 Q 0.011 0.020 0.149 0.150 0.196 0.220 0.172 0.050 0.020 0.009 0.002 22 D 0.011 0.025 0.844 0.089 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.003 0.005 0.022 0.035 0.063 0.198 0.344 0.163 0.095 0.055 0.017 24 M 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.015 0.072 0.113 0.257 0.296 0.233 25 Q 0.022 0.049 0.502 0.211 0.134 0.046 0.023 0.008 0.003 0.002 0.001 26 D 0.044 0.075 0.516 0.189 0.093 0.043 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 27 I 0.019 0.016 0.015 0.024 0.038 0.092 0.219 0.182 0.171 0.141 0.084 28 G 0.295 0.179 0.059 0.118 0.092 0.071 0.081 0.052 0.028 0.017 0.008 29 N 0.180 0.247 0.194 0.188 0.086 0.047 0.030 0.014 0.007 0.005 0.002 30 S 0.177 0.105 0.049 0.089 0.097 0.104 0.147 0.089 0.065 0.047 0.031 31 D 0.505 0.179 0.038 0.096 0.055 0.041 0.042 0.023 0.012 0.006 0.003 32 D 0.155 0.144 0.082 0.219 0.142 0.102 0.081 0.037 0.021 0.010 0.007 33 I 0.006 0.009 0.014 0.021 0.033 0.052 0.109 0.122 0.210 0.205 0.219 34 L 0.012 0.037 0.036 0.128 0.169 0.152 0.183 0.119 0.086 0.050 0.029 35 A 0.009 0.018 0.043 0.060 0.067 0.089 0.153 0.147 0.174 0.147 0.093 36 A 0.003 0.005 0.009 0.028 0.049 0.070 0.129 0.169 0.189 0.178 0.169 37 V 0.002 0.005 0.008 0.017 0.028 0.029 0.091 0.195 0.213 0.220 0.193 38 V 0.003 0.004 0.012 0.029 0.053 0.043 0.086 0.157 0.186 0.195 0.232 39 L 0.005 0.003 0.010 0.013 0.025 0.033 0.099 0.166 0.225 0.215 0.207 40 S 0.035 0.076 0.086 0.288 0.221 0.101 0.097 0.045 0.029 0.012 0.008 41 A 0.005 0.007 0.009 0.009 0.018 0.021 0.071 0.106 0.174 0.218 0.363 42 T 0.060 0.338 0.089 0.231 0.147 0.066 0.040 0.014 0.008 0.005 0.002 43 P 0.610 0.177 0.046 0.085 0.041 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 44 G 0.514 0.153 0.036 0.090 0.065 0.051 0.046 0.025 0.011 0.006 0.003 45 A 0.087 0.207 0.041 0.263 0.156 0.093 0.080 0.038 0.021 0.010 0.005 46 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.042 0.073 0.218 0.267 0.380 47 E 0.016 0.118 0.220 0.400 0.190 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.009 0.006 0.013 0.015 0.046 0.105 0.166 0.198 0.441 49 F 0.003 0.004 0.009 0.034 0.070 0.097 0.165 0.160 0.182 0.150 0.126 50 R 0.012 0.023 0.051 0.080 0.090 0.128 0.257 0.129 0.120 0.082 0.027 51 K 0.025 0.128 0.267 0.271 0.146 0.087 0.038 0.017 0.010 0.007 0.004 52 N 0.258 0.259 0.068 0.129 0.078 0.062 0.080 0.035 0.017 0.009 0.004 53 G 0.650 0.100 0.023 0.061 0.044 0.031 0.032 0.026 0.016 0.011 0.007 54 E 0.253 0.228 0.083 0.150 0.095 0.074 0.062 0.030 0.014 0.007 0.003 55 T 0.069 0.092 0.074 0.209 0.185 0.132 0.107 0.062 0.037 0.023 0.011 56 I 0.017 0.010 0.014 0.016 0.027 0.076 0.196 0.177 0.199 0.163 0.105 57 R 0.031 0.176 0.178 0.393 0.148 0.044 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 58 I 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.014 0.050 0.109 0.169 0.249 0.392 59 T 0.080 0.384 0.108 0.247 0.119 0.033 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 60 G 0.252 0.080 0.038 0.100 0.103 0.113 0.141 0.079 0.048 0.029 0.017 61 D 0.601 0.165 0.044 0.103 0.048 0.017 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 62 G 0.107 0.152 0.029 0.168 0.131 0.104 0.150 0.081 0.046 0.021 0.010 63 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.026 0.057 0.086 0.202 0.233 0.377 64 K 0.050 0.076 0.201 0.290 0.229 0.078 0.047 0.018 0.007 0.003 0.002 65 A 0.005 0.009 0.045 0.074 0.098 0.159 0.225 0.137 0.114 0.083 0.050 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.025 0.052 0.216 0.292 0.402 67 H 0.004 0.005 0.013 0.049 0.102 0.171 0.311 0.146 0.107 0.072 0.020 68 R 0.007 0.045 0.525 0.257 0.096 0.042 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 69 F 0.004 0.004 0.010 0.017 0.032 0.133 0.267 0.169 0.159 0.141 0.064 70 L 0.005 0.007 0.004 0.010 0.013 0.038 0.108 0.127 0.253 0.257 0.178 71 S 0.095 0.195 0.166 0.206 0.143 0.075 0.059 0.029 0.017 0.010 0.006 72 N 0.327 0.172 0.115 0.150 0.092 0.056 0.045 0.021 0.011 0.007 0.004 73 D 0.503 0.214 0.030 0.089 0.053 0.034 0.035 0.021 0.011 0.006 0.004 74 P 0.251 0.091 0.025 0.089 0.091 0.097 0.127 0.101 0.062 0.041 0.025 75 K 0.160 0.198 0.087 0.187 0.130 0.097 0.069 0.036 0.019 0.012 0.007 76 I 0.047 0.093 0.038 0.065 0.075 0.108 0.145 0.118 0.127 0.106 0.077 77 G 0.250 0.222 0.051 0.146 0.107 0.065 0.073 0.043 0.023 0.014 0.007 78 E 0.545 0.129 0.048 0.121 0.062 0.038 0.027 0.014 0.009 0.005 0.002 79 K 0.321 0.173 0.081 0.174 0.101 0.061 0.045 0.025 0.011 0.006 0.003 80 R 0.077 0.094 0.033 0.185 0.173 0.123 0.136 0.093 0.049 0.022 0.014 81 I 0.005 0.004 0.005 0.008 0.015 0.028 0.085 0.123 0.180 0.240 0.307 82 R 0.031 0.234 0.266 0.279 0.136 0.035 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 83 P 0.258 0.129 0.065 0.182 0.138 0.080 0.074 0.043 0.016 0.010 0.005 84 G 0.196 0.059 0.025 0.071 0.072 0.079 0.121 0.108 0.114 0.099 0.057 85 A 0.051 0.120 0.042 0.200 0.155 0.129 0.149 0.077 0.047 0.021 0.009 86 L 0.002 0.005 0.013 0.025 0.040 0.066 0.094 0.111 0.203 0.203 0.238 87 I 0.001 0.002 0.006 0.008 0.017 0.032 0.093 0.136 0.230 0.216 0.259 88 R 0.003 0.012 0.028 0.112 0.149 0.135 0.198 0.144 0.109 0.069 0.041 89 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.022 0.051 0.174 0.278 0.462 90 K 0.010 0.015 0.029 0.104 0.151 0.165 0.217 0.122 0.096 0.062 0.028 91 K 0.019 0.064 0.098 0.147 0.114 0.141 0.170 0.089 0.081 0.055 0.023 92 T 0.050 0.098 0.048 0.113 0.111 0.154 0.173 0.091 0.073 0.054 0.036 93 E 0.417 0.337 0.043 0.086 0.039 0.026 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 94 K 0.576 0.231 0.039 0.085 0.035 0.015 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 95 G 0.502 0.181 0.032 0.079 0.057 0.047 0.045 0.027 0.015 0.009 0.006 96 S 0.144 0.163 0.049 0.174 0.142 0.112 0.093 0.058 0.033 0.019 0.013 97 W 0.020 0.019 0.026 0.040 0.056 0.118 0.189 0.160 0.169 0.124 0.079 98 Q 0.036 0.084 0.099 0.252 0.177 0.124 0.111 0.056 0.035 0.017 0.009 99 I 0.004 0.004 0.012 0.015 0.021 0.034 0.084 0.127 0.227 0.224 0.245 100 V 0.023 0.034 0.043 0.120 0.147 0.129 0.153 0.124 0.103 0.070 0.053 101 Q 0.016 0.019 0.039 0.061 0.079 0.083 0.157 0.183 0.154 0.123 0.086 102 L 0.027 0.034 0.050 0.092 0.112 0.107 0.160 0.157 0.115 0.086 0.058 103 P 0.117 0.087 0.064 0.114 0.098 0.085 0.143 0.105 0.093 0.058 0.035