# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.094 0.044 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.010 0.078 0.601 2 R 0.016 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.003 0.074 0.730 3 G 0.035 0.011 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.005 0.132 0.715 4 P 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.023 0.946 5 E 0.040 0.035 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.005 0.178 0.657 6 A 0.281 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.049 0.580 7 F 0.389 0.269 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.009 0.027 0.263 8 L 0.329 0.337 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.020 0.031 0.214 9 K 0.342 0.189 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.035 0.036 0.326 10 L 0.289 0.071 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.024 0.053 0.455 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 K 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.042 0.930 13 D 0.193 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.082 0.697 14 L 0.398 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.008 0.047 0.465 15 K 0.072 0.067 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.364 0.473 16 D 0.171 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.312 0.427 17 R 0.101 0.318 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.033 0.525 18 E 0.018 0.238 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.158 0.579 19 A 0.024 0.407 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.308 20 L 0.012 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.050 21 Q 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 22 D 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 23 I 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.012 24 M 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 25 Q 0.037 0.907 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.026 26 D 0.387 0.484 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 0.065 27 I 0.573 0.279 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.001 0.035 28 G 0.123 0.131 0.100 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.019 0.068 0.506 29 N 0.041 0.014 0.071 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.298 0.533 30 S 0.037 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.008 0.106 0.765 31 D 0.050 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.395 0.493 32 D 0.085 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.615 0.259 33 I 0.244 0.096 0.008 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.014 0.213 0.302 34 L 0.053 0.056 0.004 0.002 0.009 0.012 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.386 0.007 0.182 0.269 35 A 0.043 0.031 0.002 0.001 0.013 0.043 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.408 0.008 0.102 0.305 36 A 0.020 0.021 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.822 0.003 0.034 0.065 37 V 0.007 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.895 0.002 0.018 0.044 38 V 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.903 0.002 0.015 0.048 39 L 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.040 0.013 0.004 0.850 0.002 0.014 0.052 40 S 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.091 0.025 0.025 0.010 0.631 0.004 0.028 0.154 41 A 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.672 0.006 0.053 0.224 42 T 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.009 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.003 0.265 0.239 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 G 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.018 0.178 0.445 45 A 0.789 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.068 0.120 46 V 0.029 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.601 0.001 0.046 0.291 47 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.290 0.103 0.040 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.441 0.001 0.025 0.062 48 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.024 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.289 0.193 0.020 0.255 0.001 0.020 0.138 49 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.057 0.003 0.491 0.096 0.028 0.024 0.236 0.001 0.008 0.032 50 R 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.545 0.019 0.005 0.013 0.003 0.001 0.003 0.243 0.002 0.009 0.127 51 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.727 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.062 0.112 52 N 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.012 0.253 0.525 53 G 0.152 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.328 0.064 0.325 54 E 0.260 0.001 0.099 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.016 0.346 0.210 55 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.022 0.952 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.473 0.282 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.001 0.012 0.019 57 R 0.005 0.003 0.001 0.002 0.024 0.080 0.044 0.030 0.001 0.001 0.003 0.002 0.025 0.067 0.067 0.022 0.187 0.002 0.046 0.390 58 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.023 0.011 0.006 0.008 0.816 0.001 0.019 0.089 59 T 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.023 0.015 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.370 0.002 0.132 0.402 60 G 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.421 0.001 0.063 0.490 61 D 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.176 0.789 62 G 0.154 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.040 0.242 0.539 63 L 0.135 0.145 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.008 0.161 0.488 64 K 0.025 0.343 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 0.213 0.367 65 A 0.049 0.469 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.017 0.447 66 A 0.054 0.838 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.004 0.079 67 H 0.032 0.889 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 0.063 68 R 0.046 0.745 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.002 0.184 69 F 0.205 0.653 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.003 0.089 70 L 0.298 0.567 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 0.007 0.065 71 S 0.184 0.472 0.060 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.044 0.022 0.171 72 N 0.131 0.224 0.067 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.029 0.046 0.454 73 D 0.129 0.086 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.032 0.202 0.506 74 P 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.972 75 K 0.021 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.006 0.341 0.538 76 I 0.291 0.036 0.006 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.030 0.196 0.356 77 G 0.103 0.087 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.019 0.073 0.645 78 E 0.079 0.040 0.009 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.014 0.221 0.570 79 K 0.108 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.020 0.012 0.032 0.805 80 R 0.362 0.030 0.006 0.002 0.004 0.003 0.010 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.003 0.005 0.002 0.089 0.018 0.039 0.411 81 I 0.139 0.051 0.015 0.007 0.007 0.015 0.007 0.008 0.003 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.015 0.048 0.341 82 R 0.014 0.008 0.002 0.001 0.003 0.007 0.012 0.004 0.079 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.003 0.252 0.341 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 G 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.538 0.006 0.127 0.294 85 A 0.586 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.003 0.088 0.147 86 L 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.400 0.001 0.037 0.547 87 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.001 0.013 0.034 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.878 0.001 0.013 0.071 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.083 0.136 0.035 0.622 0.001 0.015 0.082 90 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.154 0.527 0.168 0.013 0.113 0.001 0.004 0.014 91 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.280 0.004 0.281 0.038 0.021 0.009 0.075 0.001 0.023 0.247 92 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.813 0.045 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.014 0.034 93 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.480 0.021 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.194 0.251 94 K 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.044 0.446 0.462 95 G 0.252 0.004 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.388 0.113 0.201 96 S 0.257 0.007 0.086 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.009 0.399 0.186 97 W 0.004 0.002 0.002 0.006 0.170 0.026 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.001 0.082 0.539 98 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.266 0.549 0.055 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.001 0.013 0.019 99 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.178 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.361 0.002 0.034 0.355 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.932 0.001 0.009 0.033 101 Q 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 0.006 0.419 0.004 0.045 0.481 102 L 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.005 0.005 0.005 0.723 0.001 0.054 0.185 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996