# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.127 0.020 0.011 0.071 0.051 0.078 0.082 0.003 0.001 0.007 0.550 2 R 0.044 0.014 0.007 0.060 0.026 0.051 0.074 0.002 0.001 0.003 0.719 3 G 0.021 0.008 0.002 0.036 0.038 0.036 0.137 0.001 0.001 0.002 0.720 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 5 E 0.022 0.014 0.001 0.040 0.020 0.124 0.210 0.001 0.001 0.004 0.565 6 A 0.331 0.045 0.002 0.023 0.008 0.014 0.173 0.001 0.001 0.011 0.392 7 F 0.477 0.232 0.003 0.013 0.009 0.015 0.024 0.004 0.001 0.002 0.221 8 L 0.236 0.395 0.019 0.055 0.030 0.061 0.031 0.012 0.001 0.003 0.158 9 K 0.139 0.237 0.008 0.035 0.018 0.038 0.047 0.027 0.001 0.003 0.447 10 L 0.206 0.188 0.019 0.024 0.043 0.053 0.051 0.022 0.001 0.003 0.392 11 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 12 K 0.019 0.005 0.004 0.015 0.004 0.015 0.148 0.001 0.001 0.001 0.789 13 D 0.143 0.015 0.002 0.008 0.002 0.003 0.149 0.001 0.001 0.005 0.672 14 L 0.390 0.052 0.006 0.007 0.002 0.003 0.046 0.001 0.001 0.003 0.489 15 K 0.068 0.082 0.006 0.011 0.002 0.006 0.330 0.002 0.001 0.005 0.489 16 D 0.147 0.092 0.003 0.005 0.002 0.003 0.296 0.002 0.001 0.005 0.444 17 R 0.086 0.283 0.003 0.008 0.001 0.004 0.065 0.003 0.001 0.002 0.545 18 E 0.022 0.302 0.004 0.003 0.001 0.003 0.197 0.002 0.001 0.002 0.464 19 A 0.047 0.469 0.003 0.002 0.001 0.001 0.241 0.002 0.001 0.001 0.234 20 L 0.021 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.041 21 Q 0.007 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 22 D 0.010 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.062 23 I 0.042 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.043 24 M 0.058 0.902 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.022 25 Q 0.032 0.885 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.036 26 D 0.204 0.607 0.012 0.002 0.001 0.002 0.006 0.058 0.001 0.001 0.108 27 I 0.474 0.361 0.029 0.003 0.002 0.003 0.003 0.046 0.001 0.001 0.077 28 G 0.075 0.121 0.018 0.011 0.007 0.010 0.040 0.029 0.001 0.001 0.687 29 N 0.081 0.044 0.050 0.012 0.006 0.010 0.167 0.011 0.001 0.004 0.614 30 S 0.244 0.080 0.024 0.037 0.007 0.011 0.084 0.006 0.001 0.011 0.495 31 D 0.050 0.034 0.008 0.015 0.007 0.009 0.213 0.002 0.001 0.016 0.646 32 D 0.144 0.014 0.015 0.015 0.010 0.014 0.444 0.001 0.001 0.028 0.314 33 I 0.299 0.062 0.028 0.052 0.030 0.046 0.161 0.003 0.001 0.019 0.300 34 L 0.039 0.059 0.013 0.128 0.164 0.231 0.123 0.002 0.001 0.004 0.237 35 A 0.010 0.018 0.001 0.176 0.136 0.158 0.079 0.001 0.001 0.002 0.420 36 A 0.025 0.017 0.002 0.140 0.228 0.312 0.028 0.001 0.001 0.002 0.244 37 V 0.013 0.019 0.002 0.221 0.310 0.339 0.022 0.001 0.001 0.001 0.072 38 V 0.003 0.010 0.002 0.080 0.300 0.489 0.015 0.001 0.001 0.001 0.099 39 L 0.002 0.005 0.001 0.126 0.423 0.383 0.008 0.001 0.001 0.001 0.051 40 S 0.004 0.005 0.005 0.063 0.290 0.379 0.018 0.001 0.001 0.002 0.233 41 A 0.006 0.003 0.009 0.091 0.213 0.471 0.032 0.001 0.001 0.002 0.171 42 T 0.003 0.001 0.002 0.036 0.255 0.136 0.223 0.001 0.001 0.002 0.341 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 44 G 0.007 0.001 0.001 0.019 0.048 0.219 0.269 0.001 0.001 0.011 0.425 45 A 0.677 0.002 0.001 0.006 0.014 0.012 0.104 0.001 0.001 0.021 0.164 46 V 0.129 0.047 0.004 0.040 0.254 0.258 0.033 0.001 0.001 0.002 0.233 47 E 0.003 0.005 0.002 0.022 0.424 0.497 0.015 0.001 0.001 0.001 0.031 48 A 0.003 0.007 0.001 0.031 0.367 0.461 0.008 0.001 0.001 0.001 0.121 49 F 0.002 0.004 0.001 0.019 0.420 0.504 0.004 0.001 0.001 0.001 0.046 50 R 0.002 0.002 0.001 0.036 0.285 0.600 0.006 0.001 0.001 0.001 0.068 51 K 0.002 0.002 0.001 0.051 0.314 0.441 0.044 0.001 0.001 0.001 0.144 52 N 0.009 0.004 0.003 0.057 0.191 0.309 0.080 0.001 0.001 0.010 0.336 53 G 0.202 0.001 0.008 0.015 0.055 0.160 0.074 0.001 0.001 0.122 0.362 54 E 0.327 0.001 0.004 0.036 0.024 0.022 0.308 0.001 0.001 0.012 0.266 55 T 0.014 0.001 0.001 0.026 0.041 0.061 0.064 0.001 0.001 0.001 0.792 56 I 0.011 0.001 0.002 0.069 0.393 0.417 0.016 0.001 0.001 0.001 0.088 57 R 0.002 0.001 0.001 0.156 0.103 0.214 0.054 0.001 0.001 0.001 0.470 58 I 0.003 0.001 0.001 0.126 0.331 0.411 0.026 0.001 0.001 0.001 0.101 59 T 0.003 0.001 0.001 0.103 0.178 0.361 0.086 0.001 0.001 0.002 0.265 60 G 0.010 0.001 0.001 0.063 0.049 0.144 0.118 0.001 0.001 0.006 0.608 61 D 0.040 0.003 0.001 0.024 0.011 0.029 0.324 0.001 0.001 0.013 0.553 62 G 0.212 0.007 0.001 0.009 0.006 0.011 0.394 0.001 0.001 0.015 0.345 63 L 0.270 0.117 0.015 0.019 0.016 0.038 0.188 0.001 0.001 0.009 0.326 64 K 0.019 0.148 0.002 0.013 0.026 0.066 0.148 0.001 0.001 0.002 0.574 65 A 0.031 0.180 0.002 0.008 0.009 0.015 0.185 0.001 0.001 0.001 0.568 66 A 0.074 0.622 0.002 0.006 0.008 0.019 0.028 0.003 0.001 0.001 0.236 67 H 0.038 0.797 0.005 0.007 0.008 0.019 0.019 0.004 0.001 0.001 0.102 68 R 0.035 0.803 0.002 0.009 0.003 0.005 0.013 0.006 0.001 0.001 0.123 69 F 0.160 0.755 0.004 0.003 0.004 0.006 0.004 0.015 0.001 0.001 0.048 70 L 0.123 0.798 0.006 0.004 0.003 0.005 0.004 0.026 0.001 0.001 0.030 71 S 0.219 0.531 0.024 0.009 0.009 0.018 0.014 0.084 0.001 0.002 0.090 72 N 0.301 0.159 0.029 0.011 0.004 0.011 0.023 0.063 0.001 0.002 0.397 73 D 0.175 0.077 0.051 0.014 0.011 0.014 0.162 0.027 0.001 0.006 0.463 74 P 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.953 75 K 0.010 0.011 0.005 0.010 0.004 0.010 0.585 0.001 0.001 0.009 0.355 76 I 0.369 0.027 0.011 0.011 0.006 0.006 0.168 0.002 0.001 0.026 0.373 77 G 0.069 0.160 0.007 0.019 0.010 0.016 0.131 0.002 0.001 0.003 0.582 78 E 0.033 0.028 0.005 0.030 0.018 0.032 0.073 0.001 0.001 0.004 0.777 79 K 0.165 0.032 0.002 0.053 0.043 0.065 0.061 0.003 0.001 0.007 0.568 80 R 0.267 0.045 0.011 0.043 0.049 0.054 0.072 0.009 0.001 0.005 0.446 81 I 0.130 0.037 0.087 0.159 0.053 0.163 0.037 0.007 0.001 0.003 0.324 82 R 0.019 0.008 0.007 0.095 0.273 0.141 0.172 0.002 0.001 0.002 0.281 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 84 G 0.010 0.001 0.002 0.049 0.096 0.652 0.049 0.001 0.001 0.007 0.136 85 A 0.682 0.001 0.002 0.040 0.045 0.031 0.123 0.001 0.001 0.013 0.064 86 L 0.022 0.002 0.001 0.129 0.167 0.286 0.045 0.001 0.001 0.001 0.347 87 I 0.002 0.001 0.001 0.122 0.364 0.474 0.011 0.001 0.001 0.001 0.025 88 R 0.001 0.001 0.001 0.132 0.298 0.399 0.019 0.001 0.001 0.001 0.150 89 V 0.001 0.001 0.001 0.082 0.408 0.450 0.006 0.001 0.001 0.001 0.053 90 K 0.001 0.001 0.001 0.069 0.385 0.452 0.017 0.001 0.001 0.001 0.074 91 K 0.001 0.001 0.001 0.031 0.247 0.382 0.037 0.001 0.001 0.002 0.300 92 T 0.002 0.001 0.001 0.034 0.208 0.370 0.086 0.001 0.001 0.002 0.296 93 E 0.011 0.001 0.002 0.023 0.072 0.101 0.168 0.001 0.001 0.011 0.612 94 K 0.019 0.002 0.001 0.015 0.007 0.011 0.207 0.001 0.001 0.038 0.700 95 G 0.348 0.002 0.004 0.007 0.020 0.024 0.147 0.001 0.001 0.149 0.299 96 S 0.406 0.004 0.006 0.020 0.032 0.022 0.184 0.001 0.001 0.025 0.300 97 W 0.024 0.006 0.003 0.028 0.184 0.286 0.047 0.001 0.001 0.003 0.419 98 Q 0.003 0.002 0.001 0.039 0.355 0.495 0.035 0.001 0.001 0.001 0.070 99 I 0.007 0.003 0.001 0.047 0.216 0.483 0.013 0.001 0.001 0.001 0.229 100 V 0.006 0.007 0.001 0.102 0.343 0.468 0.015 0.001 0.001 0.001 0.057 101 Q 0.019 0.006 0.002 0.079 0.184 0.358 0.039 0.001 0.001 0.005 0.306 102 L 0.032 0.007 0.004 0.067 0.315 0.347 0.032 0.001 0.001 0.003 0.192 103 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.051 0.008 0.001 0.001 0.001 0.918