# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.082 0.035 0.060 0.048 0.064 0.067 0.011 0.633 2 R 0.057 0.022 0.037 0.037 0.073 0.147 0.011 0.617 3 G 0.064 0.011 0.039 0.023 0.045 0.171 0.006 0.642 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 5 E 0.020 0.016 0.031 0.024 0.051 0.134 0.003 0.721 6 A 0.161 0.046 0.033 0.022 0.039 0.110 0.008 0.582 7 F 0.414 0.119 0.041 0.020 0.055 0.040 0.020 0.290 8 L 0.198 0.192 0.170 0.089 0.101 0.045 0.010 0.196 9 K 0.076 0.115 0.082 0.049 0.090 0.067 0.018 0.501 10 L 0.155 0.087 0.084 0.036 0.070 0.096 0.022 0.451 11 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 12 K 0.016 0.007 0.020 0.009 0.014 0.095 0.003 0.836 13 D 0.089 0.015 0.018 0.005 0.007 0.098 0.005 0.763 14 L 0.254 0.056 0.018 0.005 0.010 0.076 0.009 0.572 15 K 0.075 0.093 0.013 0.003 0.005 0.377 0.007 0.428 16 D 0.120 0.125 0.004 0.001 0.003 0.386 0.012 0.349 17 R 0.154 0.489 0.011 0.001 0.002 0.040 0.011 0.293 18 E 0.017 0.449 0.008 0.001 0.001 0.147 0.004 0.374 19 A 0.030 0.507 0.002 0.001 0.001 0.257 0.005 0.197 20 L 0.032 0.908 0.004 0.001 0.001 0.010 0.002 0.044 21 Q 0.014 0.960 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 22 D 0.007 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 23 I 0.019 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 24 M 0.023 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 25 Q 0.052 0.897 0.007 0.001 0.001 0.006 0.016 0.020 26 D 0.237 0.620 0.008 0.001 0.001 0.004 0.076 0.054 27 I 0.427 0.366 0.021 0.001 0.001 0.007 0.078 0.099 28 G 0.107 0.258 0.031 0.012 0.005 0.106 0.046 0.436 29 N 0.113 0.079 0.030 0.010 0.011 0.117 0.031 0.609 30 S 0.217 0.102 0.069 0.013 0.009 0.078 0.024 0.489 31 D 0.045 0.046 0.014 0.007 0.004 0.234 0.010 0.640 32 D 0.133 0.044 0.013 0.005 0.005 0.404 0.013 0.382 33 I 0.328 0.190 0.053 0.012 0.017 0.107 0.027 0.266 34 L 0.062 0.214 0.058 0.115 0.110 0.138 0.007 0.296 35 A 0.022 0.126 0.042 0.039 0.088 0.052 0.004 0.627 36 A 0.036 0.173 0.105 0.135 0.273 0.017 0.008 0.252 37 V 0.061 0.203 0.166 0.200 0.219 0.041 0.008 0.102 38 V 0.017 0.159 0.157 0.247 0.271 0.012 0.004 0.132 39 L 0.009 0.091 0.225 0.236 0.382 0.009 0.003 0.046 40 S 0.027 0.030 0.056 0.255 0.297 0.011 0.008 0.316 41 A 0.038 0.036 0.104 0.146 0.334 0.047 0.015 0.280 42 T 0.051 0.020 0.057 0.145 0.244 0.117 0.018 0.349 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 44 G 0.019 0.004 0.014 0.034 0.049 0.457 0.008 0.416 45 A 0.641 0.002 0.004 0.009 0.011 0.137 0.018 0.177 46 V 0.082 0.029 0.039 0.303 0.341 0.032 0.005 0.171 47 E 0.006 0.013 0.053 0.366 0.411 0.060 0.001 0.090 48 A 0.010 0.007 0.022 0.339 0.382 0.005 0.001 0.234 49 F 0.002 0.022 0.036 0.263 0.649 0.006 0.001 0.021 50 R 0.004 0.016 0.014 0.334 0.522 0.007 0.001 0.101 51 K 0.009 0.031 0.032 0.263 0.461 0.050 0.006 0.147 52 N 0.029 0.018 0.038 0.120 0.200 0.107 0.038 0.448 53 G 0.305 0.004 0.018 0.027 0.042 0.042 0.259 0.303 54 E 0.144 0.003 0.043 0.084 0.034 0.582 0.019 0.092 55 T 0.009 0.001 0.017 0.030 0.061 0.061 0.003 0.818 56 I 0.005 0.001 0.012 0.373 0.568 0.014 0.001 0.027 57 R 0.006 0.001 0.047 0.249 0.407 0.025 0.001 0.265 58 I 0.005 0.001 0.054 0.395 0.443 0.018 0.001 0.083 59 T 0.003 0.003 0.049 0.217 0.456 0.066 0.001 0.205 60 G 0.007 0.004 0.030 0.063 0.150 0.076 0.002 0.667 61 D 0.009 0.003 0.009 0.011 0.024 0.310 0.003 0.631 62 G 0.041 0.005 0.003 0.001 0.003 0.717 0.005 0.224 63 L 0.222 0.150 0.013 0.011 0.022 0.154 0.014 0.415 64 K 0.018 0.341 0.014 0.008 0.017 0.246 0.002 0.353 65 A 0.025 0.471 0.008 0.004 0.011 0.150 0.003 0.328 66 A 0.019 0.933 0.008 0.001 0.006 0.004 0.002 0.027 67 H 0.014 0.942 0.005 0.002 0.004 0.004 0.003 0.027 68 R 0.023 0.913 0.004 0.001 0.002 0.003 0.008 0.046 69 F 0.120 0.800 0.010 0.001 0.003 0.002 0.027 0.036 70 L 0.148 0.686 0.016 0.004 0.005 0.012 0.052 0.078 71 S 0.188 0.415 0.033 0.017 0.012 0.046 0.082 0.209 72 N 0.167 0.080 0.023 0.004 0.005 0.036 0.052 0.632 73 D 0.205 0.051 0.041 0.013 0.008 0.163 0.046 0.475 74 P 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.973 75 K 0.065 0.028 0.019 0.012 0.014 0.438 0.012 0.412 76 I 0.507 0.027 0.017 0.011 0.013 0.104 0.019 0.302 77 G 0.076 0.027 0.014 0.008 0.010 0.048 0.006 0.812 78 E 0.026 0.014 0.016 0.013 0.015 0.078 0.007 0.832 79 K 0.280 0.016 0.027 0.024 0.025 0.058 0.021 0.550 80 R 0.202 0.023 0.066 0.073 0.072 0.080 0.012 0.471 81 I 0.034 0.016 0.107 0.104 0.169 0.035 0.003 0.532 82 R 0.022 0.007 0.088 0.125 0.190 0.092 0.002 0.474 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 G 0.014 0.003 0.048 0.136 0.463 0.094 0.007 0.234 85 A 0.565 0.001 0.022 0.152 0.078 0.061 0.005 0.117 86 L 0.020 0.004 0.050 0.263 0.333 0.010 0.002 0.318 87 I 0.001 0.001 0.012 0.496 0.484 0.003 0.001 0.004 88 R 0.001 0.001 0.019 0.394 0.541 0.003 0.001 0.042 89 V 0.001 0.001 0.011 0.328 0.627 0.002 0.001 0.032 90 K 0.001 0.001 0.007 0.353 0.612 0.003 0.001 0.023 91 K 0.001 0.001 0.006 0.273 0.594 0.009 0.001 0.116 92 T 0.002 0.001 0.009 0.287 0.604 0.036 0.001 0.059 93 E 0.019 0.003 0.015 0.087 0.165 0.150 0.008 0.554 94 K 0.021 0.003 0.009 0.024 0.031 0.328 0.024 0.561 95 G 0.367 0.005 0.009 0.015 0.025 0.122 0.209 0.248 96 S 0.365 0.006 0.035 0.042 0.051 0.304 0.045 0.152 97 W 0.007 0.002 0.032 0.178 0.251 0.028 0.001 0.501 98 Q 0.002 0.001 0.015 0.318 0.596 0.035 0.001 0.033 99 I 0.004 0.001 0.011 0.456 0.449 0.007 0.001 0.072 100 V 0.001 0.003 0.030 0.366 0.571 0.009 0.001 0.019 101 Q 0.008 0.004 0.038 0.249 0.536 0.020 0.001 0.144 102 L 0.009 0.004 0.068 0.274 0.521 0.024 0.001 0.098 103 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.987