# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.089 0.314 0.235 0.103 0.101 0.040 0.058 0.011 0.033 0.010 0.005 2 R 0.085 0.248 0.371 0.137 0.033 0.023 0.056 0.004 0.032 0.004 0.005 3 G 0.006 0.033 0.384 0.003 0.174 0.020 0.011 0.012 0.102 0.255 0.001 4 P 0.299 0.002 0.621 0.014 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 5 E 0.703 0.073 0.120 0.072 0.009 0.007 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 6 A 0.589 0.135 0.120 0.085 0.033 0.013 0.009 0.004 0.010 0.001 0.001 7 F 0.331 0.202 0.136 0.252 0.028 0.023 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 8 L 0.179 0.496 0.185 0.056 0.023 0.020 0.016 0.001 0.022 0.001 0.001 9 K 0.166 0.256 0.325 0.092 0.031 0.062 0.032 0.003 0.028 0.002 0.004 10 L 0.015 0.208 0.521 0.005 0.039 0.023 0.004 0.001 0.180 0.003 0.001 11 P 0.138 0.003 0.772 0.009 0.002 0.025 0.001 0.001 0.002 0.004 0.042 12 K 0.564 0.052 0.231 0.099 0.017 0.014 0.006 0.006 0.006 0.003 0.002 13 D 0.146 0.115 0.348 0.198 0.032 0.091 0.023 0.007 0.035 0.005 0.001 14 L 0.591 0.048 0.198 0.115 0.013 0.016 0.008 0.002 0.006 0.002 0.003 15 K 0.689 0.068 0.102 0.104 0.009 0.010 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 16 D 0.330 0.093 0.263 0.125 0.052 0.066 0.014 0.003 0.051 0.004 0.001 17 R 0.957 0.001 0.024 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.982 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.958 0.008 0.012 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.987 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Q 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.963 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 M 0.952 0.001 0.005 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.963 0.004 0.008 0.017 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.773 0.006 0.009 0.196 0.002 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 27 I 0.393 0.053 0.143 0.318 0.007 0.011 0.036 0.001 0.037 0.001 0.001 28 G 0.472 0.010 0.125 0.044 0.023 0.015 0.088 0.085 0.007 0.127 0.006 29 N 0.329 0.054 0.142 0.344 0.027 0.033 0.036 0.013 0.011 0.009 0.002 30 S 0.468 0.071 0.122 0.262 0.021 0.012 0.016 0.007 0.013 0.004 0.002 31 D 0.290 0.060 0.081 0.321 0.028 0.018 0.153 0.029 0.012 0.006 0.002 32 D 0.170 0.116 0.182 0.199 0.037 0.047 0.200 0.025 0.018 0.004 0.001 33 I 0.145 0.235 0.383 0.149 0.016 0.036 0.021 0.001 0.012 0.001 0.001 34 L 0.117 0.382 0.391 0.033 0.019 0.028 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 35 A 0.178 0.292 0.335 0.069 0.063 0.030 0.014 0.001 0.014 0.001 0.002 36 A 0.012 0.527 0.107 0.010 0.317 0.010 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 37 V 0.004 0.777 0.141 0.001 0.022 0.041 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 38 V 0.014 0.475 0.359 0.003 0.008 0.126 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 39 L 0.081 0.640 0.099 0.064 0.042 0.052 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 40 S 0.029 0.453 0.158 0.033 0.224 0.034 0.030 0.002 0.033 0.002 0.001 41 A 0.046 0.369 0.296 0.073 0.147 0.035 0.005 0.002 0.021 0.003 0.003 42 T 0.006 0.150 0.306 0.002 0.021 0.035 0.004 0.001 0.474 0.002 0.001 43 P 0.665 0.001 0.281 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 44 G 0.478 0.034 0.077 0.109 0.034 0.007 0.069 0.173 0.006 0.012 0.001 45 A 0.396 0.165 0.158 0.204 0.037 0.013 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 46 V 0.172 0.576 0.185 0.023 0.020 0.011 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 47 E 0.259 0.510 0.137 0.015 0.027 0.030 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 48 A 0.033 0.668 0.116 0.013 0.133 0.009 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 49 F 0.089 0.567 0.183 0.029 0.028 0.070 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 50 R 0.095 0.462 0.300 0.022 0.041 0.024 0.010 0.001 0.042 0.001 0.001 51 K 0.417 0.237 0.148 0.091 0.032 0.015 0.022 0.003 0.022 0.009 0.004 52 N 0.008 0.017 0.036 0.503 0.017 0.006 0.386 0.017 0.006 0.003 0.001 53 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.001 0.064 0.836 0.001 0.078 0.001 54 E 0.014 0.320 0.575 0.047 0.016 0.019 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 55 T 0.006 0.725 0.179 0.031 0.038 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 56 I 0.001 0.780 0.060 0.003 0.145 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 57 R 0.001 0.805 0.090 0.001 0.077 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 58 I 0.002 0.819 0.097 0.002 0.023 0.035 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 59 T 0.027 0.460 0.348 0.023 0.036 0.058 0.007 0.001 0.039 0.002 0.001 60 G 0.317 0.046 0.137 0.033 0.120 0.016 0.014 0.029 0.013 0.271 0.003 61 D 0.382 0.046 0.104 0.388 0.012 0.007 0.051 0.001 0.007 0.001 0.002 62 G 0.134 0.008 0.020 0.028 0.130 0.006 0.047 0.481 0.003 0.144 0.001 63 L 0.765 0.064 0.092 0.058 0.003 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 64 K 0.888 0.041 0.047 0.007 0.003 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 65 A 0.897 0.034 0.025 0.026 0.006 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 A 0.895 0.012 0.023 0.057 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 H 0.917 0.026 0.028 0.014 0.002 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 68 R 0.945 0.010 0.012 0.022 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 F 0.750 0.019 0.044 0.162 0.008 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 70 L 0.523 0.084 0.093 0.246 0.012 0.011 0.012 0.002 0.016 0.001 0.001 71 S 0.323 0.083 0.153 0.247 0.035 0.032 0.088 0.010 0.017 0.010 0.003 72 N 0.277 0.060 0.157 0.379 0.020 0.033 0.034 0.015 0.015 0.006 0.003 73 D 0.063 0.112 0.458 0.023 0.032 0.032 0.032 0.003 0.234 0.010 0.001 74 P 0.652 0.004 0.295 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 75 K 0.486 0.101 0.158 0.178 0.012 0.014 0.029 0.010 0.011 0.002 0.002 76 I 0.139 0.154 0.305 0.137 0.120 0.017 0.048 0.015 0.047 0.016 0.002 77 G 0.365 0.029 0.241 0.052 0.054 0.018 0.042 0.078 0.009 0.098 0.014 78 E 0.350 0.153 0.245 0.154 0.039 0.020 0.016 0.007 0.011 0.003 0.003 79 K 0.213 0.265 0.219 0.225 0.029 0.021 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 80 R 0.085 0.535 0.219 0.067 0.028 0.023 0.016 0.001 0.026 0.001 0.001 81 I 0.023 0.569 0.306 0.027 0.017 0.031 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 82 R 0.001 0.373 0.271 0.001 0.107 0.013 0.001 0.001 0.230 0.004 0.001 83 P 0.012 0.002 0.846 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 84 G 0.005 0.022 0.045 0.011 0.094 0.009 0.065 0.703 0.006 0.040 0.001 85 A 0.011 0.397 0.483 0.020 0.056 0.014 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 86 L 0.005 0.693 0.235 0.011 0.016 0.028 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 87 I 0.003 0.759 0.133 0.004 0.068 0.025 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 88 R 0.002 0.711 0.163 0.002 0.073 0.032 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 89 V 0.004 0.563 0.261 0.002 0.017 0.137 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 90 K 0.017 0.719 0.134 0.007 0.066 0.027 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 91 K 0.052 0.358 0.367 0.019 0.079 0.071 0.007 0.001 0.037 0.004 0.004 92 T 0.110 0.380 0.245 0.092 0.073 0.042 0.013 0.003 0.036 0.004 0.003 93 E 0.267 0.222 0.204 0.119 0.046 0.025 0.032 0.009 0.054 0.017 0.005 94 K 0.121 0.094 0.198 0.350 0.028 0.009 0.170 0.008 0.014 0.005 0.003 95 G 0.008 0.009 0.023 0.013 0.091 0.003 0.122 0.619 0.002 0.109 0.001 96 S 0.026 0.415 0.400 0.063 0.057 0.014 0.012 0.002 0.008 0.001 0.001 97 W 0.014 0.552 0.255 0.027 0.112 0.024 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 98 Q 0.004 0.784 0.098 0.003 0.085 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 99 I 0.013 0.691 0.223 0.005 0.013 0.043 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 100 V 0.060 0.672 0.099 0.065 0.054 0.031 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 101 Q 0.025 0.604 0.177 0.035 0.079 0.029 0.020 0.001 0.030 0.001 0.001 102 L 0.005 0.498 0.222 0.001 0.029 0.022 0.004 0.001 0.219 0.001 0.001 103 P 0.045 0.003 0.883 0.004 0.003 0.022 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034