# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.170 0.149 0.051 0.012 0.263 0.016 0.056 0.068 0.050 0.084 0.080 2 R 0.060 0.103 0.068 0.094 0.091 0.063 0.083 0.083 0.050 0.250 0.055 3 G 0.012 0.169 0.568 0.173 0.029 0.007 0.003 0.009 0.006 0.017 0.007 4 P 0.057 0.238 0.071 0.014 0.147 0.010 0.020 0.260 0.141 0.025 0.016 5 E 0.010 0.033 0.012 0.005 0.020 0.017 0.038 0.462 0.350 0.042 0.010 6 A 0.028 0.049 0.019 0.009 0.040 0.014 0.059 0.431 0.197 0.132 0.022 7 F 0.072 0.047 0.018 0.007 0.090 0.020 0.035 0.283 0.175 0.226 0.028 8 L 0.088 0.139 0.042 0.016 0.154 0.028 0.064 0.243 0.136 0.059 0.031 9 K 0.091 0.105 0.064 0.015 0.130 0.017 0.084 0.162 0.083 0.194 0.055 10 L 0.042 0.376 0.310 0.015 0.127 0.007 0.015 0.028 0.017 0.033 0.030 11 P 0.083 0.419 0.150 0.017 0.158 0.008 0.013 0.069 0.039 0.019 0.026 12 K 0.009 0.042 0.020 0.009 0.024 0.028 0.142 0.392 0.290 0.037 0.008 13 D 0.044 0.068 0.042 0.010 0.088 0.013 0.042 0.229 0.135 0.281 0.049 14 L 0.042 0.052 0.014 0.003 0.056 0.005 0.019 0.405 0.239 0.136 0.029 15 K 0.013 0.107 0.075 0.020 0.034 0.066 0.056 0.310 0.130 0.169 0.019 16 D 0.136 0.227 0.050 0.004 0.188 0.003 0.007 0.220 0.027 0.114 0.023 17 R 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.757 0.219 0.010 0.002 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.054 0.001 0.001 19 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.037 0.015 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.046 0.026 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.055 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.972 0.016 0.002 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.936 0.047 0.011 0.001 24 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.744 0.231 0.012 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.697 0.237 0.022 0.001 26 D 0.007 0.009 0.010 0.002 0.013 0.008 0.107 0.377 0.122 0.341 0.005 27 I 0.058 0.329 0.065 0.006 0.159 0.008 0.056 0.119 0.084 0.089 0.028 28 G 0.073 0.094 0.098 0.046 0.091 0.045 0.064 0.144 0.094 0.178 0.072 29 N 0.178 0.108 0.111 0.029 0.153 0.017 0.027 0.108 0.066 0.142 0.062 30 S 0.037 0.075 0.029 0.014 0.072 0.020 0.047 0.290 0.308 0.085 0.023 31 D 0.018 0.041 0.029 0.031 0.025 0.054 0.072 0.328 0.244 0.132 0.026 32 D 0.046 0.092 0.039 0.012 0.088 0.011 0.041 0.316 0.136 0.180 0.040 33 I 0.139 0.062 0.022 0.008 0.128 0.012 0.021 0.237 0.135 0.177 0.059 34 L 0.061 0.273 0.079 0.041 0.157 0.033 0.055 0.185 0.073 0.023 0.019 35 A 0.172 0.052 0.041 0.036 0.159 0.029 0.041 0.188 0.086 0.123 0.072 36 A 0.108 0.190 0.013 0.006 0.544 0.009 0.017 0.064 0.027 0.012 0.012 37 V 0.324 0.060 0.006 0.003 0.513 0.003 0.024 0.036 0.009 0.007 0.016 38 V 0.430 0.049 0.007 0.003 0.419 0.003 0.008 0.015 0.008 0.011 0.046 39 L 0.120 0.237 0.053 0.014 0.428 0.021 0.024 0.022 0.016 0.014 0.052 40 S 0.260 0.149 0.046 0.007 0.340 0.006 0.012 0.021 0.018 0.049 0.094 41 A 0.115 0.291 0.102 0.025 0.218 0.019 0.050 0.045 0.031 0.057 0.047 42 T 0.013 0.272 0.599 0.043 0.044 0.004 0.003 0.006 0.005 0.003 0.008 43 P 0.020 0.066 0.023 0.026 0.031 0.045 0.211 0.441 0.116 0.014 0.008 44 G 0.012 0.033 0.055 0.045 0.013 0.083 0.085 0.175 0.142 0.318 0.039 45 A 0.149 0.143 0.025 0.009 0.313 0.010 0.033 0.105 0.051 0.113 0.050 46 V 0.306 0.107 0.010 0.002 0.508 0.003 0.003 0.027 0.008 0.008 0.018 47 E 0.164 0.153 0.021 0.003 0.571 0.009 0.013 0.033 0.008 0.002 0.022 48 A 0.514 0.060 0.010 0.002 0.327 0.002 0.009 0.026 0.005 0.007 0.037 49 F 0.170 0.149 0.018 0.007 0.495 0.011 0.027 0.056 0.014 0.025 0.029 50 R 0.294 0.134 0.131 0.007 0.282 0.006 0.010 0.028 0.012 0.008 0.089 51 K 0.047 0.065 0.038 0.110 0.065 0.217 0.085 0.188 0.085 0.063 0.037 52 N 0.004 0.158 0.178 0.373 0.015 0.089 0.149 0.012 0.009 0.008 0.004 53 G 0.022 0.004 0.007 0.035 0.005 0.013 0.004 0.003 0.007 0.669 0.232 54 E 0.044 0.538 0.045 0.011 0.269 0.028 0.027 0.006 0.006 0.013 0.013 55 T 0.413 0.029 0.002 0.001 0.521 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.021 56 I 0.180 0.121 0.006 0.001 0.677 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 57 R 0.200 0.078 0.019 0.001 0.659 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 58 I 0.382 0.126 0.018 0.005 0.304 0.009 0.006 0.007 0.005 0.021 0.117 59 T 0.048 0.142 0.172 0.173 0.102 0.122 0.072 0.044 0.027 0.049 0.048 60 G 0.047 0.052 0.063 0.209 0.043 0.101 0.076 0.167 0.076 0.127 0.040 61 D 0.013 0.140 0.137 0.141 0.027 0.090 0.072 0.134 0.070 0.153 0.024 62 G 0.038 0.090 0.091 0.064 0.039 0.021 0.010 0.122 0.070 0.369 0.086 63 L 0.045 0.117 0.040 0.012 0.095 0.013 0.019 0.453 0.136 0.050 0.021 64 K 0.031 0.077 0.035 0.011 0.046 0.019 0.036 0.604 0.100 0.027 0.014 65 A 0.018 0.038 0.014 0.004 0.017 0.005 0.020 0.710 0.113 0.049 0.010 66 A 0.011 0.018 0.007 0.002 0.015 0.008 0.009 0.632 0.186 0.106 0.006 67 H 0.013 0.034 0.009 0.004 0.022 0.008 0.020 0.690 0.173 0.019 0.006 68 R 0.011 0.026 0.012 0.003 0.023 0.010 0.044 0.589 0.212 0.062 0.008 69 F 0.026 0.025 0.012 0.003 0.043 0.008 0.058 0.473 0.204 0.138 0.011 70 L 0.064 0.061 0.024 0.011 0.076 0.028 0.072 0.236 0.166 0.220 0.042 71 S 0.058 0.167 0.075 0.023 0.126 0.026 0.093 0.223 0.082 0.091 0.036 72 N 0.034 0.086 0.061 0.036 0.073 0.052 0.095 0.165 0.129 0.236 0.033 73 D 0.176 0.160 0.124 0.014 0.361 0.005 0.007 0.037 0.032 0.038 0.046 74 P 0.019 0.024 0.007 0.003 0.032 0.005 0.025 0.369 0.453 0.053 0.010 75 K 0.030 0.064 0.032 0.015 0.044 0.032 0.109 0.275 0.140 0.228 0.030 76 I 0.065 0.290 0.102 0.059 0.135 0.024 0.031 0.111 0.039 0.107 0.037 77 G 0.081 0.111 0.126 0.084 0.094 0.037 0.037 0.179 0.109 0.093 0.049 78 E 0.071 0.073 0.026 0.018 0.106 0.026 0.038 0.265 0.269 0.077 0.031 79 K 0.062 0.161 0.046 0.017 0.186 0.025 0.074 0.178 0.132 0.084 0.034 80 R 0.196 0.083 0.027 0.006 0.260 0.008 0.027 0.057 0.040 0.210 0.088 81 I 0.133 0.335 0.079 0.027 0.291 0.010 0.016 0.024 0.018 0.033 0.033 82 R 0.024 0.167 0.569 0.134 0.059 0.011 0.005 0.010 0.009 0.004 0.007 83 P 0.018 0.073 0.042 0.035 0.034 0.055 0.534 0.125 0.066 0.012 0.007 84 G 0.049 0.017 0.031 0.042 0.019 0.027 0.020 0.013 0.021 0.586 0.175 85 A 0.054 0.437 0.017 0.004 0.427 0.010 0.017 0.006 0.004 0.009 0.014 86 L 0.378 0.021 0.001 0.001 0.585 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 87 I 0.200 0.066 0.002 0.001 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 R 0.278 0.042 0.011 0.001 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 89 V 0.442 0.108 0.008 0.002 0.377 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.050 90 K 0.126 0.241 0.099 0.003 0.432 0.006 0.009 0.007 0.004 0.005 0.067 91 K 0.266 0.233 0.048 0.006 0.300 0.008 0.013 0.022 0.012 0.023 0.069 92 T 0.067 0.163 0.242 0.122 0.078 0.062 0.064 0.080 0.044 0.040 0.038 93 E 0.015 0.048 0.075 0.287 0.024 0.169 0.088 0.155 0.086 0.040 0.013 94 K 0.010 0.264 0.181 0.197 0.023 0.072 0.122 0.053 0.036 0.031 0.010 95 G 0.015 0.018 0.033 0.076 0.009 0.030 0.016 0.015 0.023 0.573 0.191 96 S 0.095 0.404 0.049 0.008 0.336 0.006 0.012 0.013 0.012 0.032 0.033 97 W 0.254 0.159 0.009 0.002 0.518 0.004 0.005 0.006 0.005 0.010 0.029 98 Q 0.164 0.194 0.016 0.002 0.593 0.004 0.004 0.003 0.002 0.002 0.015 99 I 0.405 0.049 0.008 0.006 0.431 0.010 0.007 0.011 0.011 0.019 0.044 100 V 0.176 0.155 0.027 0.012 0.493 0.020 0.026 0.018 0.017 0.019 0.037 101 Q 0.215 0.137 0.061 0.010 0.391 0.009 0.015 0.014 0.012 0.042 0.095 102 L 0.090 0.410 0.170 0.012 0.228 0.005 0.007 0.010 0.009 0.013 0.047 103 P 0.070 0.397 0.181 0.020 0.174 0.015 0.027 0.035 0.030 0.017 0.034