# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.164 0.157 0.165 0.224 0.177 0.097 0.016 2 R 0.208 0.221 0.217 0.176 0.106 0.063 0.010 3 G 0.099 0.126 0.175 0.217 0.202 0.149 0.032 4 P 0.077 0.098 0.111 0.168 0.207 0.262 0.076 5 E 0.114 0.184 0.256 0.227 0.140 0.060 0.019 6 A 0.080 0.212 0.243 0.251 0.129 0.068 0.017 7 F 0.032 0.053 0.127 0.213 0.315 0.238 0.022 8 L 0.024 0.046 0.081 0.213 0.347 0.262 0.028 9 K 0.161 0.362 0.312 0.116 0.037 0.011 0.001 10 L 0.067 0.120 0.201 0.350 0.209 0.051 0.002 11 P 0.274 0.328 0.239 0.120 0.030 0.008 0.001 12 K 0.693 0.217 0.068 0.018 0.003 0.001 0.001 13 D 0.598 0.311 0.070 0.017 0.004 0.001 0.001 14 L 0.208 0.280 0.240 0.198 0.066 0.008 0.001 15 K 0.520 0.306 0.125 0.043 0.006 0.001 0.001 16 D 0.610 0.295 0.067 0.022 0.006 0.001 0.001 17 R 0.279 0.320 0.213 0.146 0.037 0.004 0.001 18 E 0.537 0.286 0.131 0.036 0.008 0.001 0.001 19 A 0.108 0.359 0.302 0.176 0.048 0.007 0.001 20 L 0.008 0.020 0.054 0.169 0.490 0.253 0.007 21 Q 0.024 0.135 0.328 0.362 0.126 0.024 0.001 22 D 0.200 0.495 0.225 0.059 0.016 0.004 0.001 23 I 0.013 0.068 0.260 0.383 0.236 0.039 0.001 24 M 0.007 0.012 0.036 0.169 0.477 0.284 0.015 25 Q 0.191 0.392 0.314 0.082 0.018 0.003 0.001 26 D 0.257 0.480 0.183 0.060 0.017 0.003 0.001 27 I 0.058 0.122 0.201 0.351 0.210 0.056 0.002 28 G 0.328 0.336 0.180 0.117 0.031 0.007 0.001 29 N 0.487 0.322 0.117 0.051 0.019 0.003 0.001 30 S 0.310 0.225 0.202 0.166 0.074 0.021 0.002 31 D 0.432 0.278 0.170 0.077 0.031 0.012 0.001 32 D 0.128 0.244 0.259 0.198 0.115 0.046 0.010 33 I 0.020 0.038 0.078 0.126 0.219 0.401 0.118 34 L 0.013 0.049 0.097 0.210 0.279 0.252 0.100 35 A 0.010 0.036 0.076 0.164 0.268 0.280 0.166 36 A 0.003 0.005 0.019 0.033 0.126 0.410 0.403 37 V 0.001 0.003 0.009 0.026 0.095 0.461 0.404 38 V 0.004 0.009 0.028 0.062 0.181 0.460 0.257 39 L 0.005 0.017 0.035 0.112 0.248 0.464 0.120 40 S 0.019 0.165 0.326 0.271 0.140 0.071 0.008 41 A 0.008 0.024 0.091 0.342 0.364 0.163 0.007 42 T 0.174 0.388 0.238 0.141 0.047 0.012 0.001 43 P 0.532 0.304 0.115 0.040 0.008 0.001 0.001 44 G 0.478 0.307 0.165 0.038 0.010 0.001 0.001 45 A 0.154 0.399 0.292 0.121 0.026 0.008 0.001 46 V 0.006 0.027 0.076 0.294 0.460 0.134 0.003 47 E 0.054 0.231 0.389 0.237 0.072 0.016 0.001 48 A 0.016 0.046 0.085 0.148 0.287 0.383 0.035 49 F 0.016 0.043 0.098 0.248 0.346 0.234 0.014 50 R 0.062 0.179 0.245 0.314 0.158 0.040 0.003 51 K 0.336 0.299 0.227 0.101 0.031 0.006 0.001 52 N 0.499 0.316 0.134 0.036 0.012 0.003 0.001 53 G 0.384 0.341 0.159 0.093 0.018 0.004 0.001 54 E 0.505 0.289 0.150 0.039 0.014 0.002 0.001 55 T 0.131 0.355 0.254 0.201 0.049 0.009 0.001 56 I 0.021 0.053 0.108 0.266 0.403 0.147 0.003 57 R 0.070 0.299 0.297 0.238 0.077 0.018 0.001 58 I 0.019 0.036 0.082 0.223 0.389 0.234 0.017 59 T 0.086 0.258 0.271 0.247 0.109 0.027 0.003 60 G 0.136 0.207 0.239 0.272 0.108 0.036 0.003 61 D 0.434 0.303 0.195 0.045 0.017 0.007 0.001 62 G 0.061 0.192 0.223 0.226 0.161 0.111 0.026 63 L 0.007 0.024 0.069 0.177 0.352 0.323 0.048 64 K 0.045 0.224 0.326 0.253 0.105 0.040 0.007 65 A 0.008 0.028 0.085 0.192 0.337 0.287 0.063 66 A 0.003 0.006 0.015 0.046 0.238 0.533 0.160 67 H 0.008 0.053 0.165 0.292 0.296 0.153 0.032 68 R 0.026 0.245 0.314 0.261 0.108 0.038 0.006 69 F 0.011 0.037 0.104 0.250 0.350 0.234 0.013 70 L 0.025 0.065 0.132 0.284 0.348 0.137 0.009 71 S 0.259 0.370 0.229 0.108 0.028 0.006 0.001 72 N 0.454 0.295 0.171 0.059 0.019 0.003 0.001 73 D 0.553 0.319 0.100 0.024 0.004 0.001 0.001 74 P 0.516 0.275 0.132 0.061 0.015 0.002 0.001 75 K 0.606 0.283 0.080 0.025 0.005 0.001 0.001 76 I 0.252 0.239 0.245 0.206 0.052 0.006 0.001 77 G 0.691 0.215 0.079 0.012 0.002 0.001 0.001 78 E 0.581 0.310 0.077 0.028 0.004 0.001 0.001 79 K 0.393 0.365 0.163 0.061 0.016 0.002 0.001 80 R 0.056 0.155 0.302 0.306 0.156 0.025 0.001 81 I 0.019 0.038 0.118 0.265 0.436 0.121 0.004 82 R 0.144 0.438 0.250 0.127 0.035 0.006 0.001 83 P 0.140 0.328 0.241 0.167 0.095 0.026 0.003 84 G 0.043 0.169 0.258 0.287 0.157 0.078 0.007 85 A 0.022 0.104 0.232 0.290 0.219 0.113 0.020 86 L 0.004 0.021 0.073 0.165 0.379 0.295 0.063 87 I 0.003 0.011 0.028 0.060 0.184 0.531 0.182 88 R 0.005 0.027 0.098 0.223 0.293 0.293 0.061 89 V 0.003 0.006 0.016 0.053 0.271 0.544 0.107 90 K 0.016 0.081 0.218 0.333 0.239 0.105 0.009 91 K 0.137 0.316 0.299 0.161 0.063 0.021 0.001 92 T 0.159 0.208 0.281 0.258 0.078 0.016 0.001 93 E 0.673 0.221 0.084 0.018 0.003 0.001 0.001 94 K 0.760 0.192 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 95 G 0.681 0.228 0.071 0.016 0.004 0.001 0.001 96 S 0.234 0.390 0.201 0.128 0.036 0.010 0.001 97 W 0.036 0.063 0.142 0.252 0.380 0.122 0.005 98 Q 0.070 0.168 0.208 0.303 0.172 0.070 0.010 99 I 0.025 0.028 0.057 0.085 0.224 0.470 0.112 100 V 0.065 0.091 0.150 0.242 0.227 0.175 0.050 101 Q 0.097 0.116 0.166 0.203 0.214 0.154 0.050 102 L 0.159 0.150 0.179 0.207 0.176 0.106 0.023 103 P 0.415 0.263 0.154 0.095 0.044 0.024 0.004