# TARGET T0409 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0409.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.6872 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.159 0.097 0.092 0.119 0.149 0.140 0.094 0.065 0.039 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 2 R 0.209 0.113 0.123 0.122 0.139 0.094 0.074 0.052 0.032 0.023 0.011 0.004 0.001 0.001 3 G 0.142 0.098 0.097 0.131 0.144 0.118 0.096 0.073 0.045 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 4 P 0.071 0.060 0.072 0.110 0.144 0.143 0.119 0.096 0.086 0.051 0.025 0.015 0.005 0.003 5 E 0.230 0.149 0.156 0.131 0.102 0.077 0.061 0.037 0.028 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 6 A 0.247 0.158 0.140 0.135 0.107 0.085 0.052 0.033 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 7 F 0.056 0.069 0.074 0.142 0.192 0.160 0.124 0.084 0.056 0.025 0.010 0.005 0.003 0.001 8 L 0.073 0.066 0.069 0.129 0.165 0.160 0.120 0.104 0.060 0.028 0.013 0.009 0.003 0.001 9 K 0.414 0.245 0.141 0.075 0.044 0.041 0.021 0.007 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 10 L 0.119 0.115 0.135 0.190 0.178 0.132 0.064 0.036 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 11 P 0.253 0.170 0.210 0.136 0.107 0.055 0.041 0.012 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.577 0.172 0.114 0.066 0.033 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.634 0.154 0.111 0.046 0.028 0.012 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.246 0.160 0.140 0.159 0.148 0.075 0.044 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.626 0.184 0.098 0.045 0.028 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.596 0.217 0.061 0.040 0.028 0.036 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.280 0.153 0.160 0.145 0.131 0.067 0.050 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.706 0.152 0.083 0.027 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.348 0.247 0.184 0.104 0.059 0.040 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.019 0.024 0.037 0.131 0.263 0.228 0.161 0.072 0.053 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 21 Q 0.200 0.236 0.288 0.125 0.075 0.047 0.016 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.629 0.243 0.083 0.023 0.008 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 I 0.018 0.049 0.079 0.224 0.278 0.191 0.098 0.041 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 M 0.019 0.034 0.050 0.144 0.234 0.194 0.158 0.107 0.045 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 25 Q 0.504 0.286 0.103 0.051 0.022 0.024 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.547 0.165 0.178 0.051 0.028 0.020 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 I 0.098 0.107 0.154 0.214 0.202 0.131 0.059 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.368 0.178 0.149 0.142 0.088 0.040 0.025 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 N 0.511 0.193 0.146 0.061 0.040 0.027 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 S 0.173 0.143 0.163 0.182 0.160 0.087 0.050 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 31 D 0.214 0.227 0.177 0.151 0.086 0.069 0.046 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 D 0.055 0.118 0.110 0.218 0.198 0.146 0.074 0.048 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 33 I 0.005 0.010 0.014 0.039 0.083 0.132 0.183 0.203 0.133 0.089 0.052 0.032 0.018 0.006 34 L 0.003 0.006 0.013 0.028 0.064 0.101 0.150 0.189 0.168 0.116 0.083 0.044 0.019 0.017 35 A 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.024 0.053 0.079 0.153 0.193 0.173 0.163 0.089 0.046 36 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.027 0.047 0.134 0.173 0.185 0.200 0.131 0.077 37 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.025 0.045 0.118 0.196 0.221 0.192 0.113 0.075 38 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.023 0.054 0.105 0.163 0.183 0.189 0.109 0.084 0.070 39 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.028 0.057 0.091 0.142 0.200 0.193 0.130 0.094 0.039 40 S 0.004 0.019 0.030 0.072 0.099 0.146 0.156 0.178 0.124 0.079 0.043 0.028 0.011 0.012 41 A 0.003 0.009 0.015 0.033 0.071 0.115 0.160 0.196 0.149 0.094 0.096 0.030 0.019 0.009 42 T 0.028 0.095 0.134 0.209 0.177 0.155 0.080 0.055 0.044 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 43 P 0.088 0.135 0.188 0.172 0.138 0.118 0.065 0.035 0.039 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 44 G 0.080 0.131 0.175 0.178 0.147 0.110 0.080 0.044 0.034 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 45 A 0.059 0.093 0.088 0.153 0.183 0.172 0.106 0.068 0.044 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 46 V 0.013 0.013 0.014 0.032 0.061 0.114 0.166 0.168 0.148 0.121 0.077 0.042 0.025 0.006 47 E 0.033 0.037 0.054 0.087 0.133 0.131 0.149 0.165 0.089 0.055 0.042 0.015 0.006 0.006 48 A 0.016 0.012 0.019 0.029 0.044 0.061 0.093 0.126 0.155 0.151 0.142 0.088 0.046 0.018 49 F 0.025 0.029 0.031 0.070 0.102 0.139 0.125 0.150 0.123 0.083 0.058 0.037 0.019 0.010 50 R 0.046 0.072 0.074 0.128 0.156 0.143 0.134 0.098 0.070 0.038 0.025 0.009 0.004 0.003 51 K 0.092 0.117 0.117 0.166 0.180 0.129 0.080 0.057 0.035 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 52 N 0.242 0.188 0.228 0.118 0.079 0.066 0.034 0.015 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 53 G 0.258 0.174 0.158 0.143 0.099 0.067 0.058 0.017 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 54 E 0.311 0.196 0.175 0.108 0.070 0.060 0.045 0.014 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 55 T 0.128 0.130 0.121 0.160 0.170 0.124 0.077 0.041 0.028 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 56 I 0.048 0.041 0.053 0.097 0.138 0.158 0.151 0.147 0.073 0.048 0.027 0.013 0.005 0.001 57 R 0.119 0.113 0.126 0.154 0.162 0.122 0.075 0.055 0.040 0.017 0.012 0.004 0.001 0.001 58 I 0.066 0.036 0.043 0.072 0.103 0.122 0.112 0.146 0.112 0.079 0.047 0.038 0.021 0.004 59 T 0.126 0.127 0.133 0.166 0.143 0.116 0.078 0.050 0.034 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 60 G 0.119 0.097 0.116 0.160 0.151 0.131 0.091 0.060 0.038 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 61 D 0.417 0.169 0.196 0.076 0.050 0.030 0.032 0.012 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 62 G 0.128 0.134 0.144 0.180 0.148 0.134 0.062 0.028 0.028 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 63 L 0.024 0.041 0.039 0.116 0.170 0.205 0.183 0.138 0.044 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 64 K 0.240 0.214 0.198 0.143 0.099 0.048 0.027 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 65 A 0.059 0.066 0.091 0.141 0.165 0.141 0.117 0.117 0.057 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 66 A 0.010 0.013 0.018 0.053 0.109 0.167 0.229 0.191 0.119 0.038 0.034 0.010 0.006 0.003 67 H 0.089 0.173 0.177 0.212 0.159 0.101 0.044 0.020 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 68 R 0.331 0.299 0.140 0.099 0.054 0.052 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 F 0.025 0.037 0.058 0.161 0.240 0.202 0.143 0.082 0.035 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 70 L 0.036 0.059 0.070 0.172 0.262 0.183 0.113 0.065 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 71 S 0.493 0.292 0.105 0.049 0.026 0.024 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 N 0.471 0.172 0.162 0.084 0.054 0.035 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.420 0.178 0.207 0.080 0.052 0.033 0.021 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 P 0.487 0.165 0.104 0.097 0.073 0.040 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.541 0.173 0.107 0.072 0.055 0.027 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.179 0.139 0.116 0.184 0.188 0.105 0.045 0.024 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.387 0.185 0.158 0.101 0.070 0.048 0.028 0.008 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.394 0.198 0.155 0.097 0.062 0.047 0.028 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.301 0.192 0.132 0.124 0.089 0.077 0.052 0.015 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 80 R 0.062 0.078 0.081 0.173 0.214 0.189 0.088 0.063 0.028 0.015 0.004 0.003 0.002 0.001 81 I 0.035 0.027 0.029 0.070 0.122 0.155 0.164 0.161 0.094 0.066 0.039 0.025 0.011 0.003 82 R 0.084 0.096 0.130 0.144 0.142 0.122 0.083 0.072 0.059 0.026 0.029 0.008 0.002 0.002 83 P 0.037 0.041 0.048 0.091 0.127 0.115 0.114 0.121 0.096 0.083 0.062 0.037 0.019 0.010 84 G 0.006 0.012 0.018 0.038 0.067 0.107 0.121 0.144 0.159 0.112 0.114 0.050 0.031 0.023 85 A 0.006 0.010 0.019 0.036 0.072 0.092 0.120 0.154 0.164 0.150 0.081 0.055 0.022 0.019 86 L 0.002 0.003 0.004 0.010 0.027 0.041 0.079 0.115 0.178 0.188 0.159 0.095 0.055 0.044 87 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.027 0.047 0.120 0.197 0.293 0.155 0.108 0.032 88 R 0.003 0.006 0.011 0.024 0.039 0.059 0.119 0.185 0.134 0.140 0.130 0.072 0.035 0.043 89 V 0.002 0.003 0.004 0.007 0.010 0.027 0.043 0.078 0.192 0.214 0.174 0.140 0.083 0.022 90 K 0.014 0.035 0.040 0.114 0.123 0.162 0.156 0.182 0.074 0.050 0.027 0.011 0.007 0.006 91 K 0.042 0.102 0.126 0.182 0.154 0.141 0.086 0.074 0.048 0.020 0.017 0.005 0.001 0.002 92 T 0.103 0.164 0.180 0.208 0.156 0.099 0.041 0.027 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 93 E 0.371 0.209 0.266 0.082 0.032 0.019 0.012 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.415 0.200 0.229 0.073 0.037 0.018 0.018 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 G 0.228 0.221 0.287 0.116 0.058 0.040 0.031 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 S 0.105 0.130 0.112 0.165 0.180 0.128 0.094 0.039 0.026 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 97 W 0.021 0.020 0.026 0.057 0.098 0.152 0.190 0.181 0.108 0.071 0.037 0.023 0.013 0.003 98 Q 0.033 0.019 0.033 0.058 0.108 0.117 0.126 0.160 0.115 0.086 0.067 0.054 0.015 0.008 99 I 0.015 0.006 0.008 0.015 0.025 0.040 0.063 0.095 0.149 0.167 0.139 0.167 0.087 0.024 100 V 0.022 0.015 0.015 0.027 0.044 0.067 0.095 0.122 0.130 0.132 0.150 0.106 0.049 0.025 101 Q 0.031 0.026 0.031 0.044 0.080 0.091 0.135 0.137 0.119 0.113 0.104 0.046 0.024 0.020 102 L 0.028 0.026 0.030 0.056 0.092 0.114 0.126 0.148 0.127 0.107 0.074 0.038 0.023 0.011 103 P 0.076 0.068 0.078 0.117 0.148 0.134 0.117 0.094 0.070 0.052 0.024 0.014 0.006 0.003