# TARGET T0408 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0408.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 155.123 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.217 0.136 0.052 0.094 0.067 0.062 0.079 0.082 0.083 0.073 0.054 2 K 0.189 0.133 0.045 0.102 0.103 0.093 0.106 0.076 0.063 0.053 0.036 3 N 0.164 0.151 0.061 0.138 0.123 0.106 0.105 0.063 0.049 0.028 0.014 4 E 0.203 0.098 0.053 0.142 0.140 0.104 0.104 0.064 0.048 0.030 0.014 5 V 0.192 0.108 0.093 0.166 0.116 0.077 0.087 0.057 0.048 0.033 0.023 6 F 0.041 0.079 0.077 0.116 0.120 0.118 0.154 0.107 0.093 0.062 0.033 7 F 0.018 0.045 0.037 0.073 0.085 0.122 0.192 0.151 0.130 0.090 0.057 8 G 0.201 0.160 0.150 0.188 0.131 0.076 0.055 0.020 0.012 0.005 0.003 9 E 0.452 0.153 0.150 0.131 0.059 0.028 0.017 0.005 0.003 0.002 0.001 10 G 0.041 0.085 0.051 0.106 0.090 0.104 0.152 0.105 0.118 0.089 0.059 11 M 0.003 0.005 0.009 0.021 0.041 0.101 0.224 0.187 0.193 0.133 0.084 12 K 0.113 0.101 0.524 0.179 0.054 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 13 V 0.018 0.055 0.203 0.147 0.161 0.165 0.149 0.052 0.029 0.013 0.008 14 V 0.003 0.003 0.004 0.007 0.011 0.029 0.105 0.146 0.229 0.243 0.220 15 K 0.021 0.033 0.059 0.146 0.205 0.203 0.213 0.065 0.036 0.014 0.005 16 E 0.119 0.088 0.681 0.083 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.036 0.080 0.064 0.150 0.167 0.202 0.188 0.061 0.029 0.015 0.007 18 Y 0.002 0.004 0.002 0.007 0.016 0.053 0.176 0.193 0.220 0.181 0.145 19 P 0.260 0.175 0.193 0.136 0.100 0.067 0.042 0.013 0.008 0.004 0.002 20 D 0.310 0.184 0.173 0.171 0.087 0.042 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 21 L 0.001 0.003 0.003 0.008 0.011 0.026 0.107 0.161 0.245 0.241 0.194 22 Y 0.004 0.003 0.008 0.039 0.090 0.204 0.258 0.143 0.127 0.073 0.050 23 D 0.075 0.079 0.536 0.186 0.070 0.033 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 24 I 0.001 0.002 0.010 0.030 0.053 0.143 0.321 0.212 0.131 0.072 0.026 25 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.027 0.077 0.188 0.308 0.392 26 V 0.003 0.008 0.112 0.157 0.191 0.213 0.174 0.067 0.042 0.021 0.011 27 K 0.004 0.027 0.308 0.207 0.183 0.143 0.085 0.024 0.011 0.005 0.002 28 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.019 0.094 0.135 0.221 0.266 0.252 29 N 0.018 0.019 0.014 0.053 0.082 0.126 0.266 0.186 0.133 0.066 0.035 30 D 0.164 0.156 0.326 0.208 0.082 0.038 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 31 T 0.039 0.071 0.064 0.126 0.151 0.192 0.206 0.077 0.043 0.022 0.010 32 V 0.011 0.009 0.007 0.016 0.017 0.026 0.082 0.126 0.214 0.232 0.260 33 F 0.014 0.025 0.026 0.056 0.096 0.146 0.210 0.136 0.126 0.089 0.075 34 T 0.105 0.222 0.176 0.209 0.116 0.066 0.054 0.024 0.015 0.007 0.004 35 G 0.311 0.094 0.042 0.114 0.119 0.106 0.102 0.053 0.031 0.018 0.010 36 K 0.476 0.194 0.053 0.121 0.068 0.039 0.026 0.010 0.006 0.004 0.002 37 T 0.122 0.123 0.053 0.159 0.142 0.130 0.138 0.058 0.042 0.023 0.012 38 L 0.016 0.010 0.005 0.017 0.024 0.042 0.113 0.143 0.206 0.223 0.201 39 D 0.163 0.300 0.099 0.206 0.101 0.056 0.043 0.016 0.009 0.005 0.003 40 Y 0.249 0.106 0.058 0.135 0.128 0.116 0.110 0.045 0.029 0.015 0.009 41 K 0.184 0.085 0.035 0.120 0.130 0.124 0.177 0.070 0.041 0.021 0.012 42 T 0.034 0.055 0.041 0.186 0.204 0.166 0.162 0.068 0.050 0.024 0.009 43 Q 0.057 0.026 0.046 0.081 0.127 0.157 0.244 0.119 0.080 0.045 0.019 44 K 0.020 0.030 0.121 0.190 0.172 0.166 0.176 0.068 0.035 0.016 0.006 45 L 0.004 0.009 0.043 0.017 0.016 0.026 0.142 0.188 0.235 0.223 0.098 46 I 0.003 0.004 0.039 0.029 0.028 0.030 0.113 0.172 0.205 0.222 0.153 47 A 0.002 0.006 0.116 0.019 0.023 0.045 0.152 0.145 0.192 0.173 0.128 48 I 0.002 0.003 0.129 0.025 0.014 0.014 0.077 0.148 0.223 0.233 0.132 49 G 0.001 0.001 0.024 0.007 0.007 0.016 0.105 0.161 0.244 0.249 0.185 50 I 0.002 0.003 0.103 0.011 0.008 0.016 0.090 0.109 0.201 0.232 0.226 51 V 0.001 0.002 0.064 0.021 0.023 0.033 0.115 0.159 0.231 0.193 0.158 52 A 0.001 0.002 0.012 0.006 0.008 0.021 0.104 0.136 0.240 0.253 0.216 53 S 0.004 0.004 0.021 0.016 0.017 0.027 0.100 0.135 0.251 0.232 0.191 54 R 0.013 0.021 0.034 0.068 0.097 0.142 0.241 0.153 0.121 0.071 0.039 55 C 0.023 0.052 0.059 0.089 0.120 0.133 0.180 0.128 0.107 0.072 0.038 56 D 0.014 0.068 0.032 0.077 0.092 0.118 0.181 0.132 0.127 0.094 0.065 57 E 0.140 0.089 0.044 0.137 0.159 0.156 0.147 0.056 0.038 0.021 0.013 58 V 0.426 0.182 0.070 0.122 0.070 0.050 0.044 0.017 0.011 0.005 0.003 59 A 0.011 0.016 0.015 0.073 0.080 0.114 0.205 0.175 0.147 0.098 0.067 60 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.058 0.111 0.228 0.284 0.296 61 E 0.002 0.007 0.088 0.181 0.222 0.219 0.169 0.061 0.031 0.013 0.005 62 K 0.008 0.028 0.375 0.257 0.154 0.095 0.052 0.015 0.009 0.004 0.001 63 Q 0.001 0.002 0.004 0.015 0.032 0.086 0.252 0.238 0.187 0.127 0.056 64 M 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.016 0.081 0.156 0.256 0.282 0.192 65 K 0.001 0.007 0.052 0.109 0.237 0.274 0.195 0.069 0.034 0.014 0.007 66 S 0.190 0.132 0.466 0.122 0.048 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 67 A 0.005 0.014 0.011 0.081 0.128 0.179 0.297 0.146 0.083 0.038 0.018 68 M 0.006 0.002 0.003 0.003 0.002 0.004 0.020 0.062 0.177 0.304 0.417 69 K 0.004 0.014 0.081 0.182 0.296 0.239 0.138 0.033 0.010 0.003 0.001 70 E 0.042 0.072 0.717 0.119 0.034 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.003 0.004 0.002 0.021 0.049 0.140 0.389 0.199 0.098 0.068 0.026 72 G 0.683 0.167 0.029 0.053 0.025 0.015 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 73 I 0.004 0.006 0.004 0.009 0.017 0.034 0.090 0.118 0.193 0.219 0.307 74 T 0.037 0.315 0.078 0.199 0.126 0.085 0.079 0.035 0.023 0.014 0.009 75 K 0.199 0.130 0.043 0.146 0.175 0.143 0.104 0.033 0.018 0.006 0.003 76 E 0.727 0.103 0.048 0.069 0.028 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 77 E 0.006 0.015 0.030 0.092 0.122 0.192 0.294 0.130 0.072 0.032 0.015 78 I 0.002 0.002 0.011 0.011 0.014 0.028 0.153 0.183 0.235 0.223 0.138 79 A 0.005 0.009 0.133 0.138 0.184 0.244 0.188 0.056 0.027 0.012 0.005 80 D 0.003 0.012 0.197 0.195 0.176 0.154 0.169 0.057 0.023 0.011 0.003 81 V 0.001 0.001 0.010 0.004 0.006 0.013 0.081 0.127 0.245 0.297 0.216 82 L 0.001 0.001 0.028 0.009 0.010 0.018 0.146 0.166 0.208 0.243 0.170 83 R 0.001 0.005 0.263 0.092 0.123 0.107 0.165 0.105 0.071 0.046 0.022 84 V 0.001 0.005 0.120 0.019 0.018 0.039 0.176 0.166 0.198 0.168 0.088 85 V 0.002 0.002 0.033 0.009 0.006 0.008 0.054 0.134 0.259 0.293 0.201 86 L 0.002 0.003 0.042 0.010 0.012 0.030 0.137 0.144 0.193 0.208 0.219 87 L 0.003 0.007 0.176 0.038 0.031 0.034 0.113 0.142 0.200 0.155 0.102 88 T 0.006 0.010 0.050 0.027 0.032 0.060 0.173 0.160 0.216 0.159 0.108 89 S 0.036 0.020 0.047 0.032 0.037 0.060 0.176 0.141 0.170 0.152 0.130 90 G 0.016 0.032 0.043 0.061 0.070 0.078 0.159 0.160 0.174 0.123 0.084 91 M 0.030 0.043 0.048 0.054 0.059 0.079 0.142 0.131 0.174 0.140 0.101 92 P 0.078 0.026 0.039 0.057 0.079 0.108 0.165 0.118 0.130 0.105 0.093 93 A 0.004 0.016 0.024 0.029 0.040 0.079 0.198 0.173 0.178 0.143 0.117 94 F 0.003 0.006 0.022 0.018 0.017 0.024 0.077 0.113 0.204 0.234 0.281 95 T 0.061 0.025 0.084 0.052 0.046 0.068 0.134 0.108 0.143 0.143 0.136 96 K 0.005 0.016 0.095 0.144 0.144 0.161 0.219 0.098 0.061 0.034 0.022 97 A 0.001 0.001 0.012 0.004 0.003 0.005 0.032 0.069 0.187 0.300 0.389 98 M 0.001 0.001 0.034 0.033 0.044 0.110 0.275 0.142 0.155 0.121 0.084 99 K 0.002 0.008 0.424 0.196 0.146 0.101 0.083 0.023 0.010 0.004 0.002 100 I 0.001 0.001 0.014 0.010 0.022 0.093 0.331 0.200 0.157 0.110 0.063 101 L 0.001 0.001 0.018 0.010 0.010 0.020 0.117 0.164 0.260 0.254 0.146 102 E 0.022 0.038 0.401 0.182 0.137 0.096 0.079 0.028 0.011 0.004 0.002 103 K 0.032 0.085 0.345 0.229 0.153 0.099 0.041 0.010 0.004 0.001 0.001 104 L 0.018 0.022 0.048 0.039 0.045 0.054 0.133 0.152 0.206 0.182 0.102