# TARGET T0408 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0408.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 348 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.133 0.107 0.063 0.024 0.188 0.011 0.015 0.158 0.095 0.138 0.068 2 K 0.056 0.150 0.069 0.038 0.119 0.060 0.091 0.223 0.093 0.068 0.032 3 N 0.147 0.139 0.051 0.023 0.246 0.013 0.019 0.127 0.080 0.105 0.051 4 E 0.036 0.058 0.024 0.022 0.066 0.022 0.049 0.282 0.259 0.152 0.029 5 V 0.051 0.099 0.060 0.031 0.099 0.030 0.058 0.287 0.115 0.129 0.041 6 F 0.091 0.097 0.030 0.014 0.133 0.011 0.031 0.252 0.120 0.153 0.068 7 F 0.044 0.268 0.155 0.021 0.106 0.008 0.013 0.240 0.077 0.050 0.017 8 G 0.005 0.020 0.011 0.007 0.013 0.006 0.014 0.680 0.214 0.024 0.005 9 E 0.003 0.007 0.004 0.002 0.005 0.003 0.020 0.848 0.097 0.009 0.002 10 G 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.839 0.107 0.033 0.002 11 M 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.847 0.115 0.015 0.002 12 K 0.001 0.007 0.003 0.004 0.003 0.007 0.013 0.847 0.106 0.007 0.002 13 V 0.004 0.006 0.004 0.002 0.007 0.002 0.022 0.820 0.093 0.036 0.004 14 V 0.005 0.016 0.009 0.003 0.009 0.002 0.011 0.635 0.222 0.081 0.006 15 K 0.004 0.022 0.004 0.002 0.010 0.004 0.020 0.624 0.281 0.025 0.003 16 E 0.002 0.012 0.003 0.004 0.008 0.009 0.107 0.670 0.158 0.024 0.003 17 K 0.009 0.017 0.029 0.012 0.013 0.028 0.106 0.229 0.110 0.424 0.021 18 Y 0.172 0.207 0.037 0.003 0.216 0.002 0.004 0.174 0.067 0.047 0.071 19 P 0.001 0.012 0.005 0.003 0.004 0.010 0.011 0.720 0.224 0.009 0.001 20 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 0.866 0.094 0.017 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.870 0.106 0.019 0.001 22 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.934 0.058 0.002 0.001 23 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.051 0.002 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.938 0.048 0.006 0.001 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.905 0.081 0.006 0.001 26 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.889 0.081 0.003 0.001 27 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.060 0.854 0.050 0.016 0.002 28 L 0.009 0.009 0.006 0.005 0.011 0.017 0.065 0.715 0.111 0.046 0.006 29 N 0.020 0.065 0.021 0.013 0.032 0.012 0.038 0.569 0.153 0.060 0.016 30 D 0.011 0.036 0.026 0.020 0.022 0.017 0.030 0.519 0.178 0.125 0.016 31 T 0.025 0.034 0.014 0.007 0.051 0.016 0.069 0.578 0.150 0.046 0.011 32 V 0.049 0.043 0.010 0.007 0.090 0.017 0.083 0.495 0.132 0.056 0.016 33 F 0.073 0.064 0.025 0.022 0.092 0.028 0.074 0.326 0.128 0.125 0.042 34 T 0.042 0.122 0.116 0.093 0.089 0.049 0.067 0.173 0.089 0.134 0.026 35 G 0.026 0.318 0.134 0.071 0.101 0.044 0.070 0.111 0.066 0.046 0.013 36 K 0.019 0.044 0.049 0.056 0.028 0.045 0.064 0.125 0.133 0.351 0.085 37 T 0.061 0.152 0.101 0.026 0.096 0.018 0.043 0.087 0.093 0.260 0.064 38 L 0.047 0.423 0.210 0.015 0.158 0.007 0.007 0.023 0.019 0.067 0.024 39 D 0.053 0.500 0.175 0.006 0.212 0.002 0.002 0.017 0.009 0.008 0.014 40 Y 0.004 0.008 0.004 0.003 0.011 0.005 0.008 0.577 0.351 0.025 0.004 41 K 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.016 0.797 0.139 0.031 0.002 42 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.819 0.132 0.037 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.069 0.001 0.001 44 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.049 0.001 0.001 45 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.051 0.001 0.001 46 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 47 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.024 0.001 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.021 0.001 0.001 49 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 50 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.968 0.025 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.889 0.093 0.007 0.001 53 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.791 0.129 0.019 0.001 54 R 0.002 0.566 0.061 0.006 0.035 0.019 0.130 0.135 0.031 0.013 0.001 55 C 0.058 0.025 0.015 0.018 0.024 0.027 0.041 0.035 0.025 0.477 0.256 56 D 0.293 0.116 0.055 0.012 0.258 0.010 0.014 0.046 0.031 0.039 0.125 57 E 0.012 0.052 0.015 0.012 0.031 0.024 0.020 0.533 0.248 0.042 0.011 58 V 0.003 0.015 0.009 0.003 0.008 0.008 0.028 0.733 0.149 0.038 0.005 59 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.794 0.149 0.037 0.002 60 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.874 0.109 0.008 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.073 0.003 0.001 62 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.937 0.047 0.001 0.001 63 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.031 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.043 0.003 0.001 65 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.002 0.001 66 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.031 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.033 0.001 0.001 68 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.931 0.052 0.007 0.001 69 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.828 0.135 0.008 0.001 70 E 0.001 0.015 0.002 0.002 0.003 0.011 0.086 0.723 0.116 0.039 0.001 71 L 0.001 0.616 0.340 0.004 0.021 0.005 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 72 G 0.058 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.537 0.387 73 I 0.006 0.554 0.347 0.008 0.069 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 74 T 0.002 0.736 0.248 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.824 0.164 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.043 0.001 0.001 77 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.068 0.009 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.036 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.055 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.056 0.001 0.001 83 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.960 0.036 0.001 0.001 84 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.960 0.030 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.939 0.056 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.913 0.075 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.882 0.064 0.007 0.001 88 T 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.034 0.252 0.554 0.112 0.036 0.001 89 S 0.004 0.098 0.040 0.022 0.016 0.025 0.136 0.447 0.153 0.053 0.005 90 G 0.012 0.024 0.028 0.053 0.012 0.033 0.024 0.196 0.113 0.457 0.048 91 M 0.003 0.095 0.092 0.032 0.018 0.027 0.034 0.527 0.154 0.015 0.002 92 P 0.003 0.009 0.004 0.002 0.004 0.002 0.008 0.807 0.139 0.017 0.005 93 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.869 0.111 0.008 0.001 94 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.074 0.003 0.001 95 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.931 0.050 0.003 0.001 96 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.052 0.009 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.075 0.003 0.001 98 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.935 0.058 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.931 0.053 0.002 0.001 100 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.898 0.082 0.009 0.001 101 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.743 0.219 0.018 0.002 102 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.006 0.050 0.753 0.173 0.009 0.001 103 K 0.005 0.007 0.003 0.002 0.010 0.008 0.103 0.639 0.108 0.110 0.006 104 L 0.073 0.087 0.032 0.012 0.125 0.020 0.055 0.306 0.120 0.128 0.042