# TARGET T0408 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0408.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 348 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.282 0.185 0.184 0.172 0.109 0.060 0.009 2 K 0.330 0.284 0.181 0.121 0.058 0.023 0.003 3 N 0.238 0.172 0.152 0.166 0.171 0.089 0.011 4 E 0.281 0.205 0.172 0.176 0.108 0.051 0.007 5 V 0.350 0.257 0.162 0.128 0.070 0.029 0.003 6 F 0.178 0.263 0.235 0.187 0.107 0.026 0.003 7 F 0.128 0.178 0.220 0.247 0.171 0.054 0.003 8 G 0.479 0.307 0.138 0.058 0.014 0.003 0.001 9 E 0.561 0.333 0.085 0.018 0.004 0.001 0.001 10 G 0.127 0.187 0.200 0.246 0.185 0.053 0.003 11 M 0.057 0.121 0.256 0.348 0.180 0.036 0.002 12 K 0.484 0.391 0.097 0.023 0.005 0.001 0.001 13 V 0.201 0.335 0.293 0.143 0.026 0.002 0.001 14 V 0.042 0.062 0.111 0.278 0.370 0.132 0.005 15 K 0.163 0.290 0.269 0.190 0.072 0.016 0.001 16 E 0.376 0.399 0.150 0.055 0.015 0.004 0.001 17 K 0.085 0.210 0.265 0.255 0.138 0.043 0.004 18 Y 0.027 0.085 0.178 0.281 0.288 0.129 0.013 19 P 0.199 0.300 0.219 0.164 0.083 0.030 0.004 20 D 0.086 0.208 0.261 0.258 0.143 0.039 0.005 21 L 0.011 0.023 0.046 0.134 0.325 0.400 0.061 22 Y 0.017 0.078 0.163 0.277 0.288 0.156 0.021 23 D 0.055 0.235 0.302 0.250 0.110 0.042 0.006 24 I 0.008 0.025 0.057 0.168 0.345 0.348 0.049 25 I 0.004 0.009 0.020 0.077 0.247 0.509 0.135 26 V 0.035 0.171 0.284 0.275 0.157 0.069 0.009 27 K 0.028 0.125 0.257 0.335 0.196 0.056 0.004 28 L 0.009 0.016 0.025 0.087 0.300 0.477 0.087 29 N 0.020 0.067 0.141 0.287 0.312 0.158 0.016 30 D 0.160 0.392 0.262 0.135 0.041 0.010 0.001 31 T 0.086 0.203 0.278 0.280 0.124 0.028 0.001 32 V 0.079 0.119 0.148 0.241 0.272 0.135 0.005 33 F 0.144 0.236 0.249 0.241 0.112 0.018 0.001 34 T 0.502 0.360 0.103 0.030 0.004 0.001 0.001 35 G 0.360 0.357 0.185 0.077 0.018 0.002 0.001 36 K 0.488 0.336 0.120 0.043 0.011 0.002 0.001 37 T 0.180 0.284 0.250 0.185 0.080 0.019 0.001 38 L 0.038 0.061 0.143 0.311 0.332 0.110 0.006 39 D 0.143 0.252 0.239 0.207 0.120 0.036 0.003 40 Y 0.178 0.288 0.247 0.183 0.078 0.023 0.003 41 K 0.103 0.170 0.204 0.241 0.189 0.081 0.012 42 T 0.022 0.066 0.111 0.214 0.316 0.230 0.041 43 Q 0.017 0.074 0.126 0.228 0.292 0.216 0.048 44 K 0.015 0.076 0.131 0.219 0.261 0.230 0.068 45 L 0.001 0.003 0.009 0.035 0.155 0.481 0.316 46 I 0.001 0.002 0.004 0.014 0.070 0.354 0.555 47 A 0.002 0.004 0.009 0.027 0.075 0.294 0.588 48 I 0.001 0.002 0.004 0.014 0.039 0.212 0.728 49 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.163 0.806 50 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.194 0.766 51 V 0.004 0.008 0.015 0.040 0.110 0.342 0.481 52 A 0.004 0.008 0.016 0.055 0.147 0.436 0.335 53 S 0.005 0.010 0.020 0.059 0.175 0.467 0.263 54 R 0.013 0.038 0.089 0.192 0.285 0.310 0.072 55 C 0.036 0.122 0.162 0.233 0.266 0.153 0.027 56 D 0.047 0.115 0.203 0.270 0.221 0.121 0.022 57 E 0.123 0.233 0.222 0.207 0.138 0.069 0.009 58 V 0.115 0.253 0.250 0.218 0.119 0.038 0.006 59 A 0.053 0.101 0.168 0.247 0.270 0.140 0.021 60 I 0.009 0.023 0.050 0.138 0.296 0.407 0.076 61 E 0.033 0.106 0.145 0.239 0.253 0.186 0.037 62 K 0.052 0.175 0.241 0.234 0.167 0.109 0.022 63 Q 0.018 0.045 0.100 0.228 0.312 0.247 0.050 64 M 0.019 0.027 0.031 0.076 0.240 0.483 0.124 65 K 0.020 0.080 0.193 0.361 0.271 0.072 0.004 66 S 0.178 0.446 0.258 0.092 0.023 0.004 0.001 67 A 0.140 0.261 0.310 0.217 0.063 0.009 0.001 68 M 0.155 0.143 0.175 0.269 0.213 0.043 0.001 69 K 0.519 0.360 0.095 0.022 0.003 0.001 0.001 70 E 0.762 0.203 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 71 L 0.350 0.343 0.214 0.080 0.012 0.001 0.001 72 G 0.502 0.341 0.113 0.033 0.010 0.002 0.001 73 I 0.094 0.162 0.278 0.315 0.136 0.014 0.001 74 T 0.231 0.385 0.229 0.116 0.035 0.005 0.001 75 K 0.398 0.427 0.141 0.031 0.003 0.001 0.001 76 E 0.493 0.403 0.087 0.015 0.001 0.001 0.001 77 E 0.079 0.167 0.239 0.324 0.169 0.021 0.001 78 I 0.059 0.105 0.177 0.301 0.265 0.087 0.007 79 A 0.074 0.255 0.251 0.247 0.136 0.034 0.003 80 D 0.050 0.137 0.213 0.281 0.222 0.087 0.009 81 V 0.003 0.007 0.010 0.030 0.120 0.494 0.337 82 L 0.003 0.005 0.013 0.048 0.127 0.390 0.414 83 R 0.005 0.015 0.036 0.087 0.169 0.343 0.345 84 V 0.003 0.006 0.013 0.047 0.162 0.381 0.389 85 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.200 0.755 86 L 0.001 0.002 0.007 0.020 0.046 0.208 0.715 87 L 0.003 0.006 0.011 0.032 0.085 0.231 0.632 88 T 0.003 0.008 0.016 0.038 0.099 0.258 0.580 89 S 0.003 0.007 0.017 0.054 0.113 0.309 0.497 90 G 0.002 0.006 0.012 0.036 0.117 0.337 0.490 91 M 0.001 0.007 0.014 0.050 0.158 0.366 0.404 92 P 0.003 0.016 0.037 0.132 0.276 0.362 0.174 93 A 0.001 0.002 0.011 0.054 0.174 0.425 0.333 94 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.273 0.694 95 T 0.001 0.006 0.024 0.120 0.279 0.421 0.149 96 K 0.001 0.010 0.054 0.207 0.306 0.329 0.093 97 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.039 0.375 0.578 98 M 0.001 0.005 0.016 0.075 0.239 0.532 0.132 99 K 0.012 0.123 0.282 0.332 0.178 0.066 0.006 100 I 0.006 0.022 0.072 0.287 0.408 0.195 0.009 101 L 0.007 0.028 0.059 0.177 0.426 0.285 0.017 102 E 0.111 0.344 0.312 0.172 0.049 0.010 0.001 103 K 0.326 0.400 0.182 0.075 0.015 0.002 0.001 104 L 0.137 0.199 0.230 0.232 0.162 0.037 0.002