# TARGET T0408 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0408.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 904 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.144 0.153 0.048 0.019 0.213 0.015 0.025 0.128 0.060 0.103 0.091 2 K 0.020 0.062 0.048 0.047 0.032 0.084 0.119 0.328 0.154 0.085 0.020 3 N 0.053 0.093 0.072 0.019 0.095 0.007 0.014 0.194 0.223 0.177 0.053 4 E 0.057 0.058 0.013 0.004 0.089 0.007 0.027 0.303 0.323 0.085 0.035 5 V 0.042 0.089 0.031 0.009 0.090 0.017 0.096 0.364 0.157 0.078 0.028 6 F 0.120 0.089 0.029 0.012 0.115 0.020 0.070 0.227 0.073 0.169 0.074 7 F 0.079 0.147 0.097 0.059 0.088 0.029 0.027 0.122 0.064 0.215 0.073 8 G 0.006 0.086 0.133 0.153 0.025 0.074 0.029 0.324 0.106 0.055 0.010 9 E 0.006 0.023 0.021 0.006 0.010 0.007 0.038 0.661 0.186 0.036 0.006 10 G 0.003 0.013 0.011 0.008 0.005 0.006 0.015 0.726 0.127 0.079 0.007 11 M 0.005 0.014 0.002 0.001 0.011 0.002 0.009 0.761 0.166 0.025 0.004 12 K 0.001 0.006 0.002 0.002 0.004 0.008 0.032 0.803 0.132 0.009 0.002 13 V 0.003 0.006 0.005 0.002 0.003 0.002 0.021 0.766 0.138 0.051 0.003 14 V 0.006 0.006 0.003 0.001 0.005 0.002 0.011 0.615 0.266 0.078 0.006 15 K 0.002 0.024 0.008 0.004 0.009 0.009 0.029 0.477 0.421 0.015 0.003 16 E 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.148 0.693 0.128 0.013 0.002 17 K 0.002 0.008 0.011 0.011 0.005 0.050 0.285 0.056 0.084 0.474 0.013 18 Y 0.415 0.066 0.010 0.001 0.336 0.001 0.002 0.016 0.013 0.013 0.127 19 P 0.001 0.025 0.014 0.003 0.005 0.023 0.020 0.512 0.388 0.009 0.001 20 D 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.020 0.736 0.156 0.074 0.003 21 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.765 0.171 0.054 0.002 22 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.092 0.004 0.001 23 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.966 0.027 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.032 0.006 0.001 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.065 0.006 0.001 26 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.895 0.086 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.869 0.051 0.017 0.001 28 L 0.002 0.009 0.015 0.008 0.003 0.014 0.071 0.700 0.106 0.070 0.002 29 N 0.027 0.078 0.014 0.009 0.045 0.008 0.019 0.556 0.161 0.063 0.021 30 D 0.006 0.014 0.005 0.007 0.010 0.015 0.043 0.512 0.301 0.077 0.011 31 T 0.036 0.024 0.015 0.007 0.066 0.012 0.110 0.457 0.170 0.080 0.022 32 V 0.053 0.052 0.021 0.008 0.079 0.020 0.067 0.407 0.182 0.085 0.025 33 F 0.089 0.069 0.030 0.028 0.084 0.036 0.110 0.236 0.076 0.180 0.062 34 T 0.018 0.125 0.134 0.146 0.037 0.085 0.061 0.067 0.070 0.227 0.030 35 G 0.033 0.130 0.142 0.181 0.079 0.064 0.039 0.086 0.086 0.112 0.049 36 K 0.022 0.036 0.025 0.017 0.034 0.014 0.032 0.182 0.318 0.282 0.037 37 T 0.042 0.210 0.067 0.006 0.165 0.009 0.059 0.211 0.108 0.107 0.015 38 L 0.109 0.262 0.084 0.012 0.218 0.012 0.020 0.063 0.050 0.106 0.064 39 D 0.188 0.195 0.086 0.008 0.385 0.004 0.011 0.046 0.016 0.014 0.048 40 Y 0.005 0.008 0.005 0.001 0.007 0.001 0.003 0.503 0.440 0.024 0.002 41 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.032 0.784 0.149 0.022 0.001 42 T 0.005 0.011 0.005 0.004 0.009 0.003 0.017 0.782 0.132 0.030 0.003 43 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.877 0.090 0.004 0.001 44 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.915 0.070 0.002 0.001 45 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.905 0.082 0.002 0.001 46 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.932 0.062 0.001 0.001 47 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.029 0.001 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.024 0.001 0.001 49 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.950 0.033 0.001 0.001 50 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.902 0.072 0.002 0.001 51 V 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.055 0.781 0.122 0.025 0.002 52 A 0.012 0.030 0.006 0.003 0.017 0.013 0.125 0.503 0.153 0.125 0.013 53 S 0.022 0.246 0.066 0.018 0.084 0.040 0.134 0.192 0.092 0.085 0.021 54 R 0.067 0.062 0.051 0.026 0.067 0.032 0.068 0.117 0.099 0.291 0.122 55 C 0.068 0.215 0.120 0.034 0.160 0.019 0.041 0.144 0.072 0.084 0.044 56 D 0.021 0.126 0.063 0.015 0.050 0.015 0.035 0.414 0.150 0.092 0.019 57 E 0.019 0.057 0.022 0.005 0.048 0.005 0.016 0.705 0.093 0.021 0.009 58 V 0.002 0.010 0.004 0.001 0.007 0.002 0.004 0.878 0.076 0.013 0.003 59 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.033 0.009 0.001 60 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.029 0.003 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.014 0.001 0.001 62 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 63 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 65 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 66 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.002 0.001 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.002 0.001 68 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.001 0.001 69 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.876 0.105 0.003 0.001 70 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.083 0.832 0.070 0.009 0.001 71 L 0.003 0.741 0.192 0.001 0.058 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 72 G 0.084 0.002 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 0.254 0.641 73 I 0.046 0.580 0.072 0.002 0.272 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.015 74 T 0.003 0.684 0.269 0.001 0.029 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.805 0.191 0.003 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 77 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.018 0.004 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.029 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.049 0.001 0.001 83 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 84 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.047 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.063 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.868 0.072 0.003 0.001 88 T 0.003 0.005 0.002 0.003 0.004 0.015 0.175 0.580 0.119 0.088 0.005 89 S 0.008 0.119 0.062 0.024 0.025 0.044 0.172 0.305 0.147 0.077 0.018 90 G 0.009 0.022 0.020 0.028 0.007 0.010 0.022 0.084 0.111 0.654 0.033 91 M 0.005 0.141 0.084 0.015 0.022 0.009 0.021 0.474 0.197 0.025 0.006 92 P 0.001 0.028 0.007 0.001 0.008 0.002 0.016 0.799 0.131 0.003 0.002 93 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.812 0.150 0.015 0.001 94 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.820 0.145 0.025 0.001 95 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.887 0.102 0.002 0.001 96 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.921 0.067 0.008 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.888 0.091 0.017 0.001 98 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.087 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.962 0.031 0.001 0.001 100 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.903 0.064 0.024 0.001 101 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.788 0.195 0.008 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.798 0.179 0.003 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.063 0.699 0.145 0.085 0.001 104 L 0.031 0.072 0.034 0.006 0.054 0.010 0.053 0.450 0.153 0.115 0.023