# TARGET T0408 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0408.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 904 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.679 0.196 0.074 0.035 0.013 0.003 0.001 2 K 0.778 0.159 0.044 0.015 0.003 0.001 0.001 3 N 0.746 0.183 0.052 0.016 0.003 0.001 0.001 4 E 0.581 0.268 0.109 0.034 0.007 0.001 0.001 5 V 0.500 0.313 0.126 0.046 0.012 0.002 0.001 6 F 0.124 0.238 0.274 0.242 0.104 0.017 0.001 7 F 0.076 0.144 0.242 0.315 0.180 0.041 0.002 8 G 0.487 0.294 0.131 0.061 0.021 0.005 0.001 9 E 0.395 0.373 0.163 0.054 0.013 0.002 0.001 10 G 0.095 0.104 0.154 0.291 0.264 0.087 0.004 11 M 0.062 0.128 0.231 0.329 0.199 0.050 0.002 12 K 0.264 0.493 0.187 0.047 0.008 0.001 0.001 13 V 0.091 0.281 0.340 0.223 0.056 0.008 0.001 14 V 0.015 0.036 0.103 0.316 0.406 0.122 0.003 15 K 0.174 0.355 0.303 0.136 0.029 0.003 0.001 16 E 0.609 0.296 0.072 0.018 0.004 0.001 0.001 17 K 0.137 0.371 0.311 0.138 0.037 0.006 0.001 18 Y 0.024 0.102 0.216 0.348 0.236 0.071 0.003 19 P 0.220 0.264 0.218 0.167 0.098 0.030 0.003 20 D 0.232 0.360 0.238 0.115 0.041 0.012 0.002 21 L 0.016 0.023 0.056 0.201 0.373 0.300 0.031 22 Y 0.029 0.106 0.204 0.303 0.229 0.118 0.011 23 D 0.112 0.375 0.305 0.145 0.047 0.013 0.002 24 I 0.019 0.035 0.105 0.274 0.369 0.183 0.014 25 I 0.010 0.015 0.028 0.076 0.254 0.489 0.127 26 V 0.049 0.150 0.235 0.273 0.178 0.101 0.014 27 K 0.086 0.248 0.294 0.234 0.106 0.028 0.003 28 L 0.021 0.034 0.074 0.185 0.338 0.297 0.050 29 N 0.064 0.110 0.164 0.246 0.237 0.159 0.020 30 D 0.184 0.318 0.263 0.147 0.067 0.019 0.003 31 T 0.153 0.223 0.238 0.224 0.123 0.035 0.003 32 V 0.081 0.087 0.114 0.219 0.289 0.192 0.017 33 F 0.088 0.111 0.176 0.296 0.244 0.081 0.005 34 T 0.374 0.355 0.182 0.069 0.017 0.003 0.001 35 G 0.285 0.334 0.227 0.116 0.032 0.005 0.001 36 K 0.645 0.247 0.074 0.025 0.007 0.002 0.001 37 T 0.170 0.241 0.246 0.192 0.107 0.040 0.005 38 L 0.036 0.046 0.094 0.242 0.345 0.220 0.017 39 D 0.127 0.275 0.269 0.199 0.091 0.033 0.004 40 Y 0.116 0.216 0.246 0.223 0.132 0.058 0.009 41 K 0.039 0.080 0.183 0.271 0.262 0.146 0.020 42 T 0.169 0.238 0.196 0.149 0.125 0.093 0.031 43 Q 0.027 0.099 0.218 0.316 0.239 0.090 0.012 44 K 0.019 0.099 0.184 0.266 0.234 0.165 0.032 45 L 0.002 0.007 0.018 0.063 0.221 0.484 0.206 46 I 0.001 0.005 0.014 0.063 0.173 0.430 0.313 47 A 0.002 0.005 0.012 0.034 0.095 0.331 0.522 48 I 0.001 0.002 0.003 0.010 0.045 0.264 0.675 49 G 0.002 0.004 0.010 0.035 0.090 0.300 0.561 50 I 0.005 0.010 0.017 0.039 0.104 0.338 0.487 51 V 0.006 0.014 0.024 0.071 0.164 0.387 0.333 52 A 0.005 0.019 0.046 0.119 0.241 0.400 0.170 53 S 0.025 0.081 0.115 0.199 0.254 0.264 0.061 54 R 0.038 0.200 0.272 0.261 0.151 0.068 0.010 55 C 0.021 0.068 0.165 0.300 0.312 0.121 0.013 56 D 0.258 0.367 0.226 0.100 0.035 0.012 0.003 57 E 0.202 0.346 0.244 0.134 0.054 0.017 0.002 58 V 0.063 0.123 0.189 0.233 0.230 0.139 0.025 59 A 0.027 0.112 0.171 0.237 0.232 0.183 0.038 60 I 0.003 0.008 0.027 0.118 0.319 0.424 0.101 61 E 0.012 0.116 0.275 0.314 0.193 0.083 0.008 62 K 0.009 0.105 0.299 0.320 0.212 0.050 0.005 63 Q 0.001 0.003 0.012 0.051 0.237 0.591 0.105 64 M 0.001 0.002 0.006 0.039 0.246 0.563 0.143 65 K 0.013 0.137 0.317 0.348 0.137 0.044 0.003 66 S 0.006 0.103 0.325 0.375 0.160 0.030 0.002 67 A 0.002 0.004 0.010 0.073 0.323 0.529 0.060 68 M 0.007 0.039 0.148 0.393 0.354 0.058 0.001 69 K 0.190 0.534 0.212 0.052 0.010 0.002 0.001 70 E 0.105 0.319 0.361 0.171 0.037 0.006 0.001 71 L 0.025 0.085 0.187 0.332 0.268 0.098 0.005 72 G 0.266 0.325 0.206 0.129 0.054 0.018 0.002 73 I 0.035 0.038 0.096 0.264 0.369 0.184 0.014 74 T 0.239 0.393 0.202 0.079 0.049 0.031 0.006 75 K 0.095 0.253 0.298 0.235 0.092 0.024 0.002 76 E 0.249 0.335 0.214 0.113 0.061 0.022 0.006 77 E 0.004 0.067 0.238 0.365 0.240 0.077 0.009 78 I 0.001 0.001 0.005 0.056 0.303 0.512 0.122 79 A 0.004 0.074 0.226 0.342 0.255 0.086 0.012 80 D 0.004 0.033 0.097 0.223 0.299 0.286 0.057 81 V 0.001 0.003 0.006 0.016 0.063 0.355 0.557 82 L 0.001 0.001 0.003 0.015 0.087 0.341 0.553 83 R 0.001 0.004 0.025 0.113 0.254 0.319 0.284 84 V 0.001 0.002 0.005 0.015 0.069 0.342 0.566 85 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.167 0.808 86 L 0.002 0.006 0.014 0.035 0.071 0.180 0.692 87 L 0.003 0.008 0.016 0.038 0.078 0.202 0.655 88 T 0.004 0.008 0.013 0.033 0.078 0.255 0.609 89 S 0.007 0.019 0.034 0.076 0.120 0.304 0.440 90 G 0.012 0.021 0.034 0.076 0.139 0.300 0.419 91 M 0.022 0.045 0.060 0.087 0.129 0.281 0.376 92 P 0.012 0.036 0.076 0.156 0.218 0.288 0.214 93 A 0.008 0.020 0.044 0.109 0.196 0.343 0.280 94 F 0.012 0.022 0.024 0.043 0.093 0.328 0.477 95 T 0.016 0.046 0.100 0.224 0.306 0.259 0.048 96 K 0.012 0.044 0.133 0.299 0.309 0.169 0.033 97 A 0.008 0.007 0.009 0.026 0.104 0.503 0.342 98 M 0.024 0.043 0.063 0.160 0.298 0.362 0.048 99 K 0.047 0.191 0.307 0.287 0.129 0.035 0.005 100 I 0.041 0.059 0.130 0.277 0.297 0.180 0.015 101 L 0.136 0.104 0.114 0.170 0.261 0.201 0.014 102 E 0.361 0.341 0.177 0.087 0.028 0.006 0.001 103 K 0.452 0.307 0.163 0.062 0.014 0.002 0.001 104 L 0.265 0.171 0.213 0.201 0.119 0.028 0.002