# TARGET T0406 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.002 0.636 0.046 0.313 2 Y 0.003 0.001 0.002 0.931 0.012 0.052 3 Q 0.004 0.001 0.003 0.959 0.009 0.023 4 T 0.004 0.001 0.006 0.964 0.006 0.020 5 I 0.002 0.001 0.002 0.984 0.003 0.008 6 E 0.002 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 7 G 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.005 8 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 9 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.007 0.008 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.977 0.013 0.009 11 S 0.001 0.001 0.001 0.953 0.014 0.031 12 W 0.001 0.001 0.001 0.946 0.013 0.040 13 T 0.001 0.001 0.001 0.972 0.011 0.015 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.984 0.009 0.006 15 E 0.001 0.001 0.002 0.983 0.009 0.005 16 T 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.005 17 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.005 18 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.006 19 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 20 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 21 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 22 M 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 23 L 0.001 0.001 0.010 0.981 0.005 0.003 24 D 0.001 0.001 0.028 0.939 0.020 0.013 25 V 0.001 0.001 0.033 0.736 0.107 0.123 26 L 0.005 0.004 0.006 0.087 0.249 0.649 27 T 0.004 0.006 0.003 0.045 0.287 0.655 28 D 0.007 0.002 0.181 0.346 0.386 0.078 29 E 0.016 0.003 0.225 0.369 0.319 0.067 30 S 0.017 0.001 0.309 0.446 0.189 0.039 31 L 0.057 0.006 0.128 0.427 0.157 0.225 32 S 0.055 0.018 0.070 0.350 0.269 0.238 33 Q 0.018 0.010 0.057 0.355 0.220 0.340 34 E 0.018 0.013 0.033 0.086 0.337 0.512 35 I 0.010 0.013 0.059 0.121 0.419 0.377 36 A 0.006 0.011 0.074 0.069 0.705 0.135 37 P 0.004 0.004 0.111 0.052 0.768 0.062 38 G 0.008 0.005 0.132 0.076 0.688 0.091 39 H 0.011 0.012 0.063 0.100 0.636 0.178 40 W 0.011 0.021 0.035 0.149 0.369 0.415 41 T 0.015 0.033 0.013 0.166 0.145 0.627 42 L 0.001 0.001 0.008 0.974 0.010 0.007 43 G 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.002 44 R 0.001 0.001 0.006 0.981 0.009 0.003 45 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 47 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 48 H 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 49 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 50 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.005 51 T 0.001 0.001 0.002 0.983 0.004 0.010 52 A 0.003 0.001 0.003 0.974 0.005 0.013 53 I 0.002 0.001 0.003 0.977 0.005 0.012 54 P 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.006 55 V 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.003 56 I 0.001 0.001 0.007 0.982 0.006 0.003 57 L 0.003 0.001 0.009 0.972 0.011 0.004 58 S 0.002 0.001 0.011 0.958 0.019 0.009 59 G 0.004 0.001 0.017 0.912 0.039 0.028 60 T 0.011 0.007 0.027 0.816 0.080 0.059 61 G 0.019 0.007 0.037 0.586 0.180 0.171 62 L 0.022 0.004 0.033 0.242 0.270 0.429 63 K 0.039 0.010 0.023 0.082 0.295 0.551 64 F 0.070 0.015 0.020 0.055 0.244 0.594 65 E 0.060 0.017 0.025 0.048 0.286 0.564 66 G 0.039 0.011 0.027 0.040 0.229 0.653 67 E 0.053 0.015 0.068 0.069 0.308 0.488 68 T 0.040 0.011 0.061 0.071 0.320 0.497 69 K 0.047 0.020 0.072 0.079 0.351 0.430 70 D 0.034 0.014 0.070 0.095 0.352 0.435 71 Y 0.024 0.008 0.040 0.086 0.327 0.515 72 P 0.022 0.012 0.044 0.109 0.312 0.501 73 V 0.017 0.011 0.025 0.097 0.306 0.544 74 P 0.020 0.007 0.026 0.173 0.251 0.523 75 T 0.026 0.007 0.027 0.336 0.233 0.370 76 S 0.016 0.007 0.025 0.424 0.174 0.354 77 A 0.012 0.005 0.022 0.532 0.084 0.344 78 K 0.002 0.001 0.010 0.944 0.016 0.027 79 T 0.002 0.001 0.006 0.957 0.018 0.016 80 I 0.001 0.001 0.006 0.967 0.013 0.013 81 A 0.001 0.001 0.002 0.973 0.010 0.013 82 D 0.001 0.001 0.001 0.984 0.008 0.006 83 G 0.001 0.001 0.001 0.973 0.015 0.011 84 Y 0.001 0.001 0.002 0.959 0.019 0.019 85 R 0.001 0.001 0.003 0.943 0.025 0.027 86 K 0.001 0.001 0.004 0.929 0.039 0.028 87 V 0.001 0.001 0.004 0.908 0.043 0.044 88 N 0.001 0.001 0.004 0.861 0.043 0.090 89 T 0.001 0.001 0.003 0.903 0.029 0.063 90 A 0.002 0.001 0.002 0.947 0.019 0.030 91 F 0.002 0.001 0.002 0.952 0.015 0.029 92 V 0.002 0.001 0.001 0.971 0.008 0.018 93 E 0.001 0.001 0.003 0.977 0.009 0.010 94 A 0.001 0.001 0.004 0.971 0.013 0.010 95 L 0.001 0.001 0.010 0.963 0.015 0.012 96 Q 0.001 0.001 0.036 0.913 0.029 0.020 97 S 0.001 0.001 0.069 0.828 0.067 0.035 98 E 0.002 0.001 0.061 0.523 0.194 0.219 99 W 0.005 0.006 0.008 0.051 0.254 0.676 100 T 0.004 0.004 0.003 0.031 0.217 0.742 101 D 0.003 0.001 0.090 0.623 0.213 0.069 102 K 0.011 0.002 0.099 0.669 0.184 0.034 103 D 0.016 0.001 0.122 0.736 0.104 0.021 104 L 0.071 0.005 0.078 0.640 0.097 0.109 105 T 0.077 0.007 0.086 0.624 0.138 0.067 106 T 0.031 0.003 0.062 0.702 0.107 0.095 107 I 0.052 0.005 0.036 0.474 0.165 0.267 108 N 0.058 0.013 0.045 0.425 0.194 0.266 109 D 0.078 0.008 0.046 0.256 0.272 0.340 110 F 0.063 0.010 0.073 0.168 0.384 0.303 111 F 0.082 0.009 0.060 0.111 0.425 0.313 112 G 0.080 0.007 0.051 0.063 0.446 0.354 113 R 0.095 0.014 0.032 0.060 0.363 0.436 114 P 0.083 0.025 0.016 0.041 0.217 0.618 115 M 0.059 0.019 0.010 0.054 0.185 0.673 116 P 0.023 0.012 0.004 0.058 0.086 0.817 117 N 0.002 0.001 0.009 0.950 0.015 0.023 118 S 0.001 0.001 0.004 0.982 0.007 0.006 119 I 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 120 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 122 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 123 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 127 H 0.001 0.001 0.007 0.978 0.007 0.006 128 Q 0.002 0.001 0.012 0.961 0.014 0.010 129 N 0.001 0.001 0.018 0.957 0.014 0.009 130 H 0.002 0.001 0.019 0.898 0.035 0.045 131 H 0.002 0.003 0.020 0.822 0.050 0.103 132 R 0.001 0.002 0.008 0.828 0.062 0.099 133 G 0.001 0.001 0.006 0.818 0.047 0.127 134 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.009 135 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 136 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 139 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.004 141 Q 0.001 0.001 0.004 0.981 0.007 0.007 142 A 0.002 0.001 0.009 0.896 0.023 0.070 143 G 0.003 0.001 0.002 0.020 0.082 0.892 144 L 0.028 0.006 0.003 0.006 0.090 0.866 145 T 0.130 0.046 0.006 0.006 0.135 0.678 146 V 0.082 0.022 0.013 0.008 0.167 0.707 147 P 0.086 0.015 0.031 0.012 0.181 0.676 148 G 0.092 0.030 0.089 0.012 0.415 0.362 149 V 0.076 0.015 0.099 0.016 0.452 0.341 150 Y 0.065 0.013 0.045 0.013 0.397 0.467 151 G 0.061 0.032 0.013 0.013 0.337 0.545 152 P 0.024 0.011 0.008 0.014 0.134 0.809 153 A 0.021 0.018 0.011 0.033 0.140 0.778 154 K 0.003 0.001 0.027 0.135 0.182 0.652 155 E 0.001 0.002 0.083 0.614 0.152 0.148 156 E 0.002 0.001 0.059 0.684 0.153 0.100 157 W 0.004 0.003 0.047 0.809 0.093 0.044 158 A 0.005 0.002 0.039 0.795 0.102 0.057 159 T 0.006 0.002 0.056 0.789 0.097 0.051 160 A 0.004 0.008 0.043 0.822 0.065 0.058 161 G 0.005 0.011 0.089 0.228 0.361 0.305 162 M 0.009 0.004 0.109 0.186 0.432 0.259 163 E 0.011 0.005 0.101 0.172 0.395 0.316 164 A 0.012 0.018 0.041 0.122 0.368 0.440 165 P 0.009 0.009 0.021 0.045 0.153 0.762 166 K 0.011 0.010 0.023 0.059 0.135 0.763 167 M 0.001 0.002 0.003 0.010 0.043 0.941