# TARGET T0406 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.004 0.346 0.001 0.010 0.561 0.001 0.001 0.003 0.047 0.020 0.004 0.005 2 Y 0.001 0.005 0.250 0.001 0.006 0.716 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.001 0.005 3 Q 0.001 0.004 0.047 0.001 0.007 0.915 0.001 0.001 0.003 0.010 0.009 0.003 0.001 4 T 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.002 5 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 6 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 7 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 11 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 12 W 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.951 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.001 0.001 13 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 14 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 16 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 18 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 20 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 21 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 22 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 24 D 0.001 0.001 0.013 0.001 0.014 0.839 0.001 0.001 0.001 0.015 0.117 0.001 0.001 25 V 0.001 0.002 0.033 0.001 0.012 0.583 0.001 0.001 0.001 0.042 0.325 0.001 0.001 26 L 0.001 0.011 0.401 0.001 0.002 0.116 0.001 0.001 0.001 0.434 0.032 0.002 0.002 27 T 0.001 0.004 0.907 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.046 0.008 0.001 0.003 28 D 0.001 0.001 0.022 0.001 0.178 0.611 0.001 0.001 0.001 0.016 0.172 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.205 0.576 0.001 0.001 0.001 0.013 0.195 0.001 0.001 30 S 0.001 0.002 0.027 0.001 0.286 0.626 0.001 0.001 0.001 0.013 0.045 0.001 0.001 31 L 0.001 0.004 0.055 0.001 0.154 0.629 0.001 0.001 0.001 0.025 0.125 0.002 0.004 32 S 0.003 0.014 0.067 0.002 0.089 0.530 0.001 0.001 0.002 0.041 0.237 0.005 0.009 33 Q 0.009 0.018 0.148 0.003 0.066 0.363 0.001 0.001 0.003 0.173 0.182 0.010 0.024 34 E 0.002 0.009 0.476 0.002 0.020 0.197 0.001 0.001 0.005 0.179 0.055 0.034 0.021 35 I 0.001 0.022 0.564 0.003 0.035 0.172 0.001 0.001 0.007 0.070 0.084 0.004 0.039 36 A 0.001 0.018 0.421 0.003 0.076 0.198 0.001 0.001 0.006 0.152 0.105 0.012 0.008 37 P 0.001 0.008 0.214 0.001 0.134 0.184 0.001 0.001 0.004 0.213 0.234 0.002 0.005 38 G 0.001 0.006 0.178 0.001 0.095 0.137 0.001 0.001 0.004 0.213 0.360 0.001 0.004 39 H 0.001 0.015 0.253 0.001 0.076 0.204 0.001 0.001 0.009 0.157 0.275 0.004 0.005 40 W 0.002 0.022 0.349 0.001 0.028 0.236 0.001 0.002 0.009 0.219 0.116 0.007 0.008 41 T 0.001 0.029 0.368 0.001 0.012 0.401 0.001 0.001 0.006 0.131 0.037 0.001 0.013 42 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 43 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 51 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 52 A 0.001 0.002 0.019 0.001 0.003 0.931 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 54 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 55 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 56 I 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.002 57 L 0.002 0.001 0.005 0.001 0.011 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 58 S 0.002 0.001 0.009 0.001 0.018 0.883 0.001 0.001 0.002 0.006 0.075 0.001 0.002 59 G 0.003 0.003 0.019 0.001 0.031 0.821 0.001 0.001 0.001 0.016 0.099 0.002 0.004 60 T 0.005 0.014 0.052 0.001 0.045 0.650 0.002 0.001 0.002 0.042 0.167 0.005 0.014 61 G 0.004 0.009 0.107 0.003 0.036 0.348 0.002 0.001 0.003 0.073 0.392 0.010 0.012 62 L 0.001 0.004 0.205 0.002 0.034 0.159 0.001 0.001 0.002 0.176 0.403 0.003 0.010 63 K 0.001 0.009 0.360 0.001 0.036 0.098 0.001 0.001 0.002 0.308 0.163 0.012 0.010 64 F 0.001 0.020 0.502 0.001 0.058 0.088 0.001 0.001 0.003 0.157 0.140 0.005 0.025 65 E 0.001 0.019 0.472 0.004 0.071 0.103 0.001 0.001 0.004 0.196 0.103 0.014 0.013 66 G 0.001 0.022 0.509 0.005 0.074 0.097 0.001 0.001 0.005 0.165 0.094 0.008 0.020 67 E 0.001 0.019 0.426 0.003 0.120 0.117 0.001 0.001 0.005 0.157 0.125 0.007 0.019 68 T 0.002 0.018 0.477 0.002 0.099 0.119 0.001 0.001 0.008 0.121 0.125 0.015 0.014 69 K 0.001 0.022 0.493 0.002 0.101 0.098 0.001 0.001 0.010 0.103 0.138 0.006 0.024 70 D 0.002 0.021 0.442 0.003 0.070 0.101 0.001 0.001 0.008 0.180 0.142 0.015 0.015 71 Y 0.001 0.013 0.476 0.003 0.039 0.100 0.001 0.001 0.006 0.224 0.111 0.011 0.015 72 P 0.001 0.015 0.501 0.002 0.050 0.120 0.001 0.001 0.009 0.167 0.102 0.007 0.025 73 V 0.001 0.014 0.519 0.002 0.036 0.128 0.001 0.001 0.012 0.183 0.062 0.029 0.013 74 P 0.001 0.022 0.590 0.001 0.032 0.126 0.001 0.001 0.021 0.091 0.078 0.004 0.033 75 T 0.001 0.014 0.469 0.001 0.033 0.252 0.001 0.001 0.013 0.131 0.067 0.010 0.009 76 S 0.001 0.010 0.448 0.001 0.023 0.301 0.001 0.001 0.005 0.129 0.074 0.005 0.005 77 A 0.001 0.011 0.337 0.001 0.022 0.489 0.001 0.001 0.005 0.072 0.056 0.001 0.007 78 K 0.001 0.001 0.033 0.001 0.009 0.926 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.001 0.001 79 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 80 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 82 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 83 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 85 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 88 N 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 89 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 92 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 96 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.901 0.001 0.001 0.001 0.003 0.072 0.001 0.001 97 S 0.001 0.001 0.038 0.001 0.034 0.594 0.001 0.001 0.001 0.038 0.294 0.001 0.001 98 E 0.001 0.003 0.078 0.001 0.026 0.268 0.001 0.001 0.001 0.093 0.530 0.001 0.001 99 W 0.001 0.029 0.371 0.001 0.004 0.112 0.001 0.001 0.001 0.402 0.077 0.001 0.003 100 T 0.001 0.005 0.871 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.083 0.006 0.001 0.003 101 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.049 0.874 0.001 0.001 0.001 0.009 0.055 0.001 0.001 102 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.062 0.870 0.001 0.001 0.001 0.006 0.052 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.061 0.906 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 104 L 0.001 0.003 0.018 0.001 0.022 0.919 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.001 0.002 105 T 0.002 0.005 0.022 0.002 0.037 0.841 0.001 0.001 0.002 0.012 0.069 0.003 0.004 106 T 0.007 0.003 0.056 0.003 0.038 0.712 0.001 0.001 0.004 0.039 0.117 0.008 0.012 107 I 0.010 0.012 0.157 0.004 0.026 0.554 0.001 0.001 0.005 0.055 0.111 0.011 0.053 108 N 0.005 0.032 0.343 0.003 0.023 0.245 0.002 0.001 0.013 0.155 0.076 0.067 0.037 109 D 0.002 0.017 0.468 0.003 0.028 0.125 0.001 0.001 0.009 0.096 0.177 0.013 0.060 110 F 0.002 0.017 0.456 0.004 0.034 0.099 0.001 0.001 0.014 0.164 0.180 0.013 0.017 111 F 0.001 0.013 0.281 0.003 0.038 0.065 0.001 0.001 0.009 0.196 0.370 0.010 0.012 112 G 0.002 0.012 0.306 0.008 0.029 0.022 0.001 0.001 0.009 0.231 0.355 0.006 0.020 113 R 0.001 0.014 0.555 0.002 0.017 0.023 0.001 0.001 0.014 0.235 0.074 0.037 0.027 114 P 0.002 0.067 0.503 0.006 0.016 0.043 0.001 0.001 0.019 0.172 0.084 0.007 0.080 115 M 0.001 0.022 0.529 0.001 0.005 0.057 0.001 0.001 0.009 0.270 0.026 0.069 0.008 116 P 0.001 0.021 0.723 0.001 0.003 0.116 0.001 0.001 0.005 0.061 0.017 0.001 0.052 117 N 0.001 0.001 0.014 0.001 0.013 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 118 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 120 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 123 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 126 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 127 H 0.001 0.001 0.034 0.001 0.002 0.876 0.001 0.001 0.001 0.019 0.065 0.001 0.001 128 Q 0.001 0.003 0.060 0.001 0.013 0.820 0.001 0.001 0.001 0.037 0.063 0.001 0.002 129 N 0.001 0.002 0.030 0.001 0.032 0.826 0.001 0.001 0.001 0.034 0.072 0.001 0.001 130 H 0.001 0.002 0.028 0.001 0.021 0.800 0.001 0.001 0.001 0.040 0.107 0.001 0.001 131 H 0.001 0.003 0.048 0.001 0.008 0.820 0.001 0.001 0.001 0.052 0.068 0.001 0.001 132 R 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.902 0.001 0.001 0.001 0.018 0.054 0.001 0.001 133 G 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.001 0.001 134 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 135 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 139 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.905 0.001 0.001 0.001 0.005 0.074 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.022 0.417 0.001 0.001 0.001 0.027 0.518 0.001 0.001 143 G 0.001 0.002 0.041 0.001 0.011 0.032 0.001 0.001 0.001 0.032 0.877 0.001 0.002 144 L 0.001 0.006 0.780 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.006 0.166 0.013 0.006 0.012 145 T 0.001 0.020 0.798 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.031 0.104 0.008 0.009 0.021 146 V 0.001 0.028 0.721 0.007 0.018 0.007 0.001 0.001 0.053 0.117 0.018 0.014 0.015 147 P 0.001 0.028 0.659 0.011 0.064 0.012 0.001 0.001 0.080 0.064 0.059 0.003 0.018 148 G 0.001 0.023 0.436 0.005 0.109 0.012 0.002 0.004 0.125 0.119 0.120 0.018 0.024 149 V 0.002 0.037 0.301 0.006 0.116 0.019 0.003 0.003 0.080 0.182 0.202 0.013 0.037 150 Y 0.001 0.022 0.333 0.004 0.070 0.025 0.001 0.002 0.038 0.270 0.208 0.011 0.014 151 G 0.001 0.009 0.525 0.001 0.021 0.030 0.001 0.001 0.012 0.329 0.056 0.008 0.009 152 P 0.001 0.027 0.628 0.001 0.029 0.064 0.001 0.001 0.006 0.125 0.094 0.006 0.019 153 A 0.001 0.048 0.538 0.001 0.036 0.141 0.001 0.001 0.004 0.136 0.071 0.004 0.020 154 K 0.001 0.007 0.143 0.001 0.087 0.614 0.001 0.001 0.001 0.077 0.066 0.002 0.003 155 E 0.001 0.001 0.042 0.001 0.078 0.762 0.001 0.001 0.001 0.020 0.094 0.001 0.001 156 E 0.001 0.001 0.032 0.001 0.079 0.759 0.001 0.001 0.001 0.018 0.109 0.001 0.001 157 W 0.001 0.003 0.057 0.001 0.067 0.748 0.001 0.001 0.001 0.026 0.092 0.001 0.003 158 A 0.002 0.006 0.046 0.001 0.081 0.762 0.001 0.001 0.001 0.020 0.074 0.002 0.004 159 T 0.004 0.011 0.037 0.001 0.076 0.742 0.002 0.002 0.002 0.026 0.089 0.003 0.006 160 A 0.001 0.006 0.040 0.001 0.086 0.527 0.001 0.001 0.003 0.032 0.297 0.002 0.004 161 G 0.001 0.003 0.122 0.002 0.093 0.174 0.001 0.001 0.003 0.065 0.528 0.003 0.005 162 M 0.001 0.013 0.212 0.001 0.163 0.155 0.001 0.001 0.003 0.143 0.289 0.004 0.014 163 E 0.002 0.039 0.222 0.002 0.087 0.119 0.001 0.001 0.013 0.213 0.268 0.012 0.024 164 A 0.001 0.015 0.618 0.004 0.028 0.047 0.001 0.001 0.012 0.202 0.032 0.017 0.024 165 P 0.001 0.025 0.658 0.004 0.022 0.035 0.001 0.001 0.017 0.118 0.074 0.011 0.034 166 K 0.001 0.053 0.723 0.001 0.019 0.019 0.002 0.001 0.033 0.039 0.061 0.014 0.037 167 M 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004