# TARGET T0406 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.094 0.081 0.087 0.051 0.068 0.115 0.123 0.133 0.115 0.076 2 Y 0.021 0.036 0.059 0.173 0.230 0.200 0.167 0.064 0.033 0.013 0.005 3 Q 0.196 0.131 0.415 0.135 0.059 0.031 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 4 T 0.001 0.012 0.039 0.126 0.166 0.203 0.257 0.111 0.052 0.025 0.009 5 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.014 0.104 0.173 0.252 0.257 0.188 6 E 0.003 0.009 0.135 0.343 0.271 0.158 0.057 0.015 0.007 0.003 0.001 7 G 0.002 0.025 0.337 0.199 0.171 0.130 0.097 0.026 0.009 0.003 0.001 8 F 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.013 0.085 0.144 0.258 0.274 0.209 9 L 0.001 0.001 0.010 0.010 0.020 0.045 0.247 0.219 0.216 0.162 0.071 10 Q 0.003 0.014 0.584 0.229 0.112 0.037 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 11 S 0.002 0.013 0.067 0.056 0.088 0.182 0.343 0.126 0.076 0.036 0.012 12 W 0.003 0.002 0.007 0.009 0.010 0.023 0.113 0.191 0.283 0.239 0.119 13 T 0.036 0.057 0.157 0.183 0.161 0.156 0.147 0.053 0.030 0.014 0.006 14 Y 0.021 0.039 0.326 0.140 0.120 0.104 0.113 0.062 0.042 0.023 0.011 15 E 0.006 0.020 0.046 0.044 0.044 0.083 0.206 0.162 0.172 0.140 0.077 16 T 0.010 0.019 0.041 0.062 0.087 0.142 0.297 0.160 0.109 0.051 0.022 17 E 0.120 0.084 0.500 0.174 0.069 0.031 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 18 S 0.009 0.037 0.095 0.138 0.171 0.199 0.198 0.073 0.047 0.023 0.010 19 T 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.011 0.084 0.153 0.272 0.263 0.204 20 Q 0.003 0.005 0.060 0.153 0.252 0.276 0.182 0.044 0.017 0.006 0.002 21 K 0.013 0.038 0.734 0.138 0.051 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.001 0.001 0.009 0.014 0.027 0.081 0.292 0.219 0.192 0.109 0.055 23 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.011 0.096 0.165 0.275 0.274 0.168 24 D 0.006 0.019 0.574 0.210 0.121 0.046 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 25 V 0.003 0.026 0.245 0.152 0.202 0.199 0.137 0.023 0.009 0.003 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.080 0.142 0.208 0.284 0.270 27 T 0.162 0.566 0.099 0.092 0.039 0.020 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 28 D 0.175 0.151 0.293 0.204 0.120 0.041 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 29 E 0.869 0.072 0.022 0.021 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 S 0.108 0.119 0.181 0.208 0.128 0.114 0.098 0.024 0.013 0.004 0.003 31 L 0.003 0.005 0.012 0.017 0.040 0.123 0.260 0.202 0.160 0.112 0.066 32 S 0.064 0.160 0.507 0.138 0.061 0.039 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 33 Q 0.060 0.082 0.412 0.212 0.113 0.064 0.038 0.010 0.005 0.002 0.001 34 E 0.451 0.179 0.103 0.126 0.066 0.036 0.023 0.007 0.004 0.002 0.002 35 I 0.017 0.024 0.022 0.048 0.067 0.136 0.254 0.160 0.134 0.082 0.056 36 A 0.167 0.177 0.097 0.121 0.114 0.100 0.101 0.050 0.036 0.023 0.015 37 P 0.410 0.159 0.097 0.099 0.066 0.052 0.050 0.026 0.020 0.013 0.008 38 G 0.249 0.124 0.039 0.102 0.103 0.091 0.117 0.063 0.052 0.036 0.023 39 H 0.056 0.067 0.028 0.117 0.118 0.126 0.149 0.109 0.100 0.074 0.055 40 W 0.026 0.030 0.023 0.092 0.157 0.209 0.198 0.110 0.084 0.046 0.026 41 T 0.016 0.062 0.055 0.115 0.121 0.140 0.191 0.126 0.095 0.052 0.028 42 L 0.004 0.003 0.003 0.011 0.019 0.034 0.126 0.178 0.233 0.224 0.166 43 G 0.026 0.016 0.026 0.053 0.073 0.111 0.197 0.134 0.151 0.115 0.099 44 R 0.004 0.016 0.053 0.170 0.165 0.170 0.222 0.100 0.056 0.029 0.015 45 V 0.001 0.002 0.015 0.013 0.014 0.019 0.084 0.140 0.231 0.261 0.221 46 A 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.014 0.079 0.125 0.215 0.299 0.252 47 W 0.001 0.003 0.067 0.066 0.101 0.158 0.238 0.135 0.122 0.072 0.035 48 H 0.001 0.001 0.020 0.012 0.019 0.057 0.258 0.206 0.184 0.152 0.090 49 I 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.007 0.049 0.125 0.224 0.325 0.256 50 V 0.002 0.003 0.016 0.011 0.011 0.021 0.087 0.138 0.231 0.266 0.213 51 T 0.008 0.017 0.111 0.093 0.105 0.111 0.185 0.136 0.120 0.073 0.043 52 A 0.001 0.004 0.016 0.012 0.012 0.021 0.093 0.133 0.263 0.264 0.182 53 I 0.005 0.012 0.024 0.057 0.078 0.108 0.239 0.178 0.166 0.091 0.041 54 P 0.052 0.062 0.102 0.138 0.137 0.169 0.171 0.075 0.049 0.029 0.017 55 V 0.012 0.014 0.042 0.054 0.074 0.097 0.192 0.175 0.161 0.110 0.068 56 I 0.006 0.007 0.014 0.022 0.016 0.020 0.070 0.130 0.226 0.254 0.235 57 L 0.002 0.004 0.016 0.022 0.027 0.050 0.126 0.154 0.211 0.213 0.174 58 S 0.014 0.033 0.137 0.147 0.125 0.130 0.157 0.100 0.083 0.047 0.027 59 G 0.021 0.023 0.041 0.062 0.078 0.119 0.218 0.154 0.136 0.096 0.053 60 T 0.027 0.023 0.019 0.035 0.033 0.046 0.116 0.136 0.203 0.207 0.156 61 G 0.116 0.140 0.072 0.136 0.117 0.106 0.124 0.071 0.061 0.036 0.019 62 L 0.104 0.071 0.059 0.098 0.091 0.097 0.125 0.105 0.105 0.087 0.058 63 K 0.160 0.184 0.074 0.167 0.127 0.087 0.090 0.047 0.033 0.020 0.010 64 F 0.134 0.067 0.042 0.078 0.082 0.093 0.129 0.110 0.112 0.091 0.062 65 E 0.193 0.140 0.062 0.130 0.104 0.087 0.103 0.066 0.055 0.039 0.021 66 G 0.394 0.160 0.068 0.093 0.066 0.052 0.058 0.039 0.034 0.023 0.013 67 E 0.241 0.122 0.056 0.117 0.101 0.079 0.102 0.066 0.051 0.038 0.026 68 T 0.122 0.107 0.055 0.108 0.096 0.088 0.134 0.095 0.086 0.066 0.042 69 K 0.226 0.120 0.095 0.168 0.128 0.088 0.080 0.042 0.029 0.016 0.008 70 D 0.302 0.172 0.088 0.145 0.099 0.066 0.062 0.031 0.020 0.010 0.005 71 Y 0.093 0.075 0.049 0.096 0.096 0.100 0.161 0.125 0.102 0.069 0.033 72 P 0.427 0.153 0.048 0.101 0.077 0.057 0.058 0.033 0.024 0.016 0.007 73 V 0.206 0.168 0.059 0.125 0.106 0.086 0.095 0.062 0.049 0.030 0.014 74 P 0.213 0.125 0.054 0.122 0.101 0.092 0.107 0.072 0.057 0.037 0.019 75 T 0.272 0.128 0.062 0.122 0.098 0.082 0.093 0.058 0.043 0.027 0.013 76 S 0.307 0.201 0.094 0.131 0.095 0.063 0.049 0.027 0.019 0.011 0.004 77 A 0.176 0.162 0.083 0.125 0.086 0.085 0.099 0.070 0.058 0.039 0.018 78 K 0.113 0.078 0.100 0.181 0.156 0.130 0.126 0.055 0.037 0.017 0.006 79 T 0.259 0.115 0.278 0.139 0.067 0.046 0.046 0.022 0.015 0.008 0.004 80 I 0.013 0.038 0.105 0.156 0.144 0.166 0.180 0.091 0.059 0.033 0.015 81 A 0.014 0.014 0.055 0.030 0.032 0.067 0.170 0.171 0.197 0.157 0.092 82 D 0.036 0.053 0.376 0.248 0.145 0.076 0.043 0.012 0.007 0.002 0.001 83 G 0.061 0.073 0.508 0.157 0.081 0.052 0.039 0.013 0.009 0.004 0.002 84 Y 0.012 0.013 0.066 0.051 0.055 0.099 0.213 0.147 0.162 0.117 0.066 85 R 0.010 0.011 0.078 0.051 0.065 0.131 0.284 0.168 0.121 0.061 0.021 86 K 0.017 0.036 0.636 0.164 0.080 0.037 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 87 V 0.028 0.055 0.287 0.125 0.127 0.132 0.122 0.054 0.039 0.022 0.009 88 N 0.015 0.038 0.071 0.051 0.046 0.080 0.181 0.153 0.173 0.126 0.065 89 T 0.029 0.041 0.165 0.146 0.155 0.165 0.172 0.063 0.039 0.017 0.007 90 A 0.131 0.093 0.550 0.107 0.052 0.030 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 91 F 0.008 0.020 0.099 0.119 0.119 0.159 0.218 0.105 0.086 0.046 0.021 92 V 0.003 0.002 0.024 0.008 0.010 0.023 0.121 0.153 0.251 0.241 0.162 93 E 0.004 0.009 0.326 0.249 0.179 0.124 0.071 0.021 0.011 0.004 0.001 94 A 0.006 0.023 0.599 0.141 0.105 0.069 0.038 0.011 0.005 0.002 0.001 95 L 0.001 0.002 0.019 0.011 0.019 0.067 0.245 0.190 0.204 0.151 0.090 96 Q 0.003 0.008 0.061 0.056 0.091 0.120 0.312 0.170 0.112 0.052 0.014 97 S 0.020 0.053 0.681 0.128 0.067 0.028 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 98 E 0.106 0.109 0.327 0.161 0.122 0.086 0.064 0.014 0.007 0.003 0.001 99 W 0.009 0.011 0.013 0.014 0.029 0.062 0.180 0.170 0.185 0.193 0.134 100 T 0.083 0.529 0.125 0.116 0.066 0.037 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 101 D 0.427 0.110 0.151 0.149 0.099 0.041 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 102 K 0.877 0.069 0.031 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.025 0.052 0.080 0.162 0.142 0.193 0.206 0.074 0.043 0.016 0.007 104 L 0.010 0.011 0.018 0.029 0.051 0.123 0.223 0.200 0.165 0.112 0.058 105 T 0.058 0.137 0.610 0.107 0.046 0.023 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 106 T 0.092 0.108 0.400 0.193 0.098 0.054 0.032 0.010 0.006 0.003 0.002 107 I 0.065 0.053 0.033 0.090 0.098 0.124 0.186 0.118 0.100 0.077 0.055 108 N 0.069 0.058 0.061 0.092 0.111 0.154 0.182 0.108 0.090 0.048 0.027 109 D 0.183 0.206 0.201 0.179 0.108 0.056 0.038 0.015 0.008 0.004 0.002 110 F 0.062 0.053 0.039 0.072 0.082 0.110 0.188 0.138 0.119 0.086 0.051 111 F 0.123 0.090 0.034 0.094 0.105 0.103 0.160 0.110 0.086 0.057 0.038 112 G 0.421 0.143 0.049 0.105 0.077 0.057 0.056 0.031 0.027 0.019 0.015 113 R 0.116 0.113 0.058 0.141 0.130 0.122 0.134 0.080 0.055 0.035 0.016 114 P 0.541 0.184 0.044 0.097 0.051 0.032 0.024 0.012 0.008 0.004 0.003 115 M 0.042 0.042 0.017 0.067 0.106 0.133 0.201 0.158 0.125 0.073 0.037 116 P 0.146 0.280 0.068 0.145 0.102 0.081 0.075 0.041 0.030 0.020 0.012 117 N 0.022 0.031 0.020 0.103 0.170 0.209 0.220 0.103 0.069 0.035 0.018 118 S 0.097 0.042 0.028 0.069 0.081 0.113 0.197 0.131 0.121 0.077 0.043 119 I 0.009 0.024 0.040 0.230 0.219 0.187 0.168 0.068 0.034 0.014 0.007 120 F 0.003 0.004 0.019 0.018 0.016 0.021 0.095 0.156 0.236 0.252 0.178 121 L 0.001 0.001 0.020 0.027 0.034 0.056 0.157 0.164 0.194 0.197 0.148 122 M 0.001 0.007 0.189 0.111 0.098 0.104 0.167 0.111 0.103 0.072 0.037 123 T 0.001 0.003 0.026 0.037 0.059 0.128 0.295 0.194 0.132 0.085 0.040 124 L 0.001 0.002 0.016 0.010 0.009 0.015 0.088 0.156 0.263 0.274 0.167 125 I 0.004 0.008 0.048 0.048 0.053 0.066 0.158 0.165 0.193 0.157 0.101 126 N 0.016 0.044 0.140 0.141 0.148 0.146 0.181 0.084 0.060 0.026 0.012 127 H 0.011 0.017 0.039 0.046 0.048 0.078 0.195 0.174 0.190 0.135 0.067 128 Q 0.045 0.048 0.046 0.110 0.126 0.133 0.222 0.120 0.085 0.043 0.020 129 N 0.096 0.073 0.077 0.124 0.122 0.124 0.154 0.090 0.071 0.041 0.027 130 H 0.036 0.036 0.035 0.079 0.102 0.123 0.212 0.142 0.121 0.077 0.039 131 H 0.023 0.021 0.023 0.046 0.051 0.072 0.193 0.176 0.184 0.138 0.073 132 R 0.026 0.029 0.053 0.083 0.112 0.137 0.213 0.128 0.107 0.074 0.039 133 G 0.020 0.020 0.060 0.074 0.079 0.097 0.193 0.153 0.142 0.104 0.059 134 Q 0.003 0.006 0.027 0.020 0.025 0.045 0.144 0.182 0.232 0.200 0.118 135 M 0.001 0.002 0.019 0.007 0.006 0.010 0.063 0.122 0.212 0.293 0.265 136 T 0.001 0.004 0.042 0.037 0.049 0.077 0.163 0.151 0.177 0.163 0.134 137 V 0.006 0.011 0.150 0.039 0.028 0.037 0.136 0.135 0.186 0.161 0.111 138 L 0.001 0.002 0.041 0.040 0.032 0.032 0.108 0.153 0.211 0.203 0.176 139 M 0.001 0.001 0.037 0.008 0.006 0.009 0.040 0.070 0.184 0.273 0.370 140 R 0.001 0.001 0.027 0.044 0.087 0.147 0.276 0.169 0.133 0.072 0.043 141 Q 0.001 0.004 0.052 0.028 0.046 0.106 0.256 0.173 0.180 0.099 0.055 142 A 0.003 0.004 0.007 0.014 0.024 0.062 0.210 0.185 0.191 0.171 0.129 143 G 0.282 0.179 0.074 0.141 0.082 0.064 0.070 0.039 0.031 0.021 0.016 144 L 0.010 0.020 0.019 0.044 0.056 0.077 0.140 0.160 0.166 0.159 0.149 145 T 0.465 0.309 0.083 0.093 0.033 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 146 V 0.018 0.014 0.005 0.025 0.044 0.073 0.169 0.167 0.184 0.157 0.144 147 P 0.080 0.074 0.021 0.081 0.097 0.105 0.162 0.121 0.109 0.077 0.073 148 G 0.098 0.057 0.027 0.088 0.097 0.113 0.146 0.096 0.105 0.084 0.089 149 V 0.032 0.024 0.016 0.041 0.039 0.051 0.100 0.118 0.167 0.202 0.211 150 Y 0.045 0.044 0.020 0.074 0.078 0.099 0.163 0.141 0.142 0.108 0.085 151 G 0.091 0.048 0.017 0.048 0.049 0.064 0.122 0.134 0.156 0.152 0.119 152 P 0.057 0.061 0.020 0.074 0.089 0.091 0.136 0.131 0.136 0.116 0.089 153 A 0.048 0.063 0.020 0.057 0.062 0.081 0.121 0.124 0.151 0.145 0.128 154 K 0.107 0.086 0.052 0.163 0.179 0.151 0.112 0.059 0.046 0.028 0.016 155 E 0.311 0.140 0.120 0.148 0.089 0.065 0.054 0.028 0.023 0.014 0.010 156 E 0.046 0.049 0.053 0.132 0.105 0.111 0.159 0.120 0.110 0.069 0.046 157 W 0.047 0.019 0.040 0.043 0.042 0.057 0.124 0.142 0.180 0.166 0.141 158 A 0.028 0.026 0.153 0.150 0.131 0.150 0.152 0.083 0.058 0.039 0.031 159 T 0.012 0.048 0.255 0.196 0.171 0.128 0.101 0.041 0.028 0.014 0.008 160 A 0.015 0.012 0.028 0.026 0.029 0.052 0.130 0.145 0.197 0.200 0.167 161 G 0.129 0.095 0.061 0.133 0.131 0.111 0.136 0.078 0.067 0.039 0.020 162 M 0.024 0.026 0.052 0.043 0.042 0.056 0.113 0.122 0.188 0.181 0.154 163 E 0.157 0.253 0.120 0.198 0.133 0.070 0.043 0.013 0.007 0.003 0.002 164 A 0.106 0.054 0.031 0.057 0.051 0.063 0.124 0.129 0.153 0.131 0.101 165 P 0.364 0.160 0.068 0.107 0.084 0.072 0.063 0.032 0.024 0.015 0.010 166 K 0.327 0.219 0.079 0.148 0.094 0.052 0.040 0.018 0.013 0.006 0.003 167 M 0.192 0.087 0.023 0.063 0.065 0.070 0.107 0.106 0.105 0.101 0.081