# TARGET T0406 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.983 2 Y 0.006 0.005 0.005 0.821 0.001 0.014 0.147 3 Q 0.007 0.003 0.012 0.823 0.025 0.044 0.086 4 T 0.003 0.002 0.011 0.883 0.018 0.046 0.038 5 I 0.001 0.001 0.004 0.966 0.009 0.011 0.008 6 E 0.001 0.001 0.004 0.981 0.005 0.005 0.005 7 G 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.002 8 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 9 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.010 0.003 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.969 0.003 0.024 0.003 11 S 0.001 0.001 0.001 0.950 0.005 0.038 0.006 12 W 0.001 0.001 0.002 0.934 0.014 0.033 0.017 13 T 0.001 0.001 0.002 0.902 0.021 0.050 0.024 14 Y 0.001 0.001 0.003 0.854 0.022 0.083 0.035 15 E 0.001 0.001 0.003 0.868 0.019 0.069 0.041 16 T 0.001 0.001 0.001 0.882 0.017 0.067 0.032 17 E 0.001 0.001 0.001 0.918 0.019 0.035 0.026 18 S 0.001 0.001 0.002 0.948 0.006 0.022 0.020 19 T 0.001 0.001 0.002 0.970 0.005 0.012 0.010 20 Q 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.004 0.004 21 K 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.002 22 M 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.009 0.001 23 L 0.001 0.001 0.018 0.952 0.002 0.026 0.003 24 D 0.001 0.001 0.041 0.717 0.004 0.236 0.002 25 V 0.001 0.001 0.063 0.361 0.011 0.553 0.011 26 L 0.001 0.012 0.010 0.061 0.591 0.039 0.286 27 T 0.002 0.008 0.007 0.022 0.085 0.019 0.858 28 D 0.001 0.002 0.348 0.461 0.033 0.118 0.037 29 E 0.001 0.001 0.517 0.324 0.026 0.105 0.027 30 S 0.002 0.001 0.600 0.286 0.016 0.061 0.033 31 L 0.011 0.008 0.280 0.459 0.050 0.116 0.076 32 S 0.033 0.012 0.223 0.318 0.056 0.232 0.127 33 Q 0.033 0.016 0.117 0.310 0.158 0.166 0.200 34 E 0.037 0.025 0.042 0.162 0.177 0.093 0.464 35 I 0.024 0.022 0.049 0.127 0.177 0.117 0.484 36 A 0.011 0.010 0.077 0.102 0.142 0.143 0.516 37 P 0.007 0.004 0.143 0.085 0.167 0.427 0.167 38 G 0.010 0.003 0.119 0.079 0.148 0.506 0.135 39 H 0.028 0.018 0.063 0.078 0.247 0.174 0.393 40 W 0.031 0.039 0.015 0.068 0.328 0.061 0.458 41 T 0.038 0.042 0.004 0.136 0.150 0.019 0.612 42 L 0.001 0.001 0.006 0.987 0.002 0.003 0.002 43 G 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 44 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 47 W 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 48 H 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.009 0.001 49 I 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.008 0.001 50 V 0.001 0.001 0.003 0.966 0.002 0.026 0.002 51 T 0.001 0.001 0.003 0.945 0.003 0.044 0.004 52 A 0.002 0.001 0.002 0.956 0.008 0.020 0.012 53 I 0.002 0.001 0.001 0.983 0.004 0.006 0.004 54 P 0.002 0.001 0.002 0.987 0.002 0.005 0.002 55 V 0.002 0.001 0.003 0.985 0.002 0.006 0.002 56 I 0.004 0.001 0.003 0.980 0.002 0.009 0.002 57 L 0.004 0.001 0.006 0.961 0.004 0.019 0.005 58 S 0.006 0.001 0.012 0.896 0.009 0.069 0.008 59 G 0.008 0.001 0.026 0.810 0.022 0.104 0.029 60 T 0.018 0.015 0.038 0.650 0.063 0.141 0.077 61 G 0.024 0.009 0.035 0.365 0.095 0.307 0.166 62 L 0.018 0.008 0.029 0.141 0.200 0.317 0.287 63 K 0.026 0.014 0.028 0.085 0.254 0.123 0.471 64 F 0.033 0.025 0.037 0.070 0.226 0.126 0.483 65 E 0.038 0.019 0.043 0.070 0.206 0.117 0.507 66 G 0.037 0.020 0.051 0.059 0.161 0.136 0.536 67 E 0.038 0.020 0.084 0.098 0.190 0.125 0.445 68 T 0.049 0.017 0.103 0.105 0.139 0.131 0.455 69 K 0.043 0.019 0.110 0.094 0.114 0.142 0.478 70 D 0.037 0.024 0.087 0.095 0.160 0.128 0.469 71 Y 0.033 0.017 0.055 0.090 0.181 0.117 0.507 72 P 0.032 0.015 0.056 0.117 0.182 0.132 0.466 73 V 0.022 0.016 0.052 0.100 0.127 0.075 0.606 74 P 0.025 0.013 0.043 0.129 0.090 0.066 0.634 75 T 0.021 0.010 0.071 0.282 0.087 0.123 0.405 76 S 0.016 0.012 0.074 0.367 0.122 0.138 0.270 77 A 0.010 0.011 0.029 0.463 0.125 0.059 0.302 78 K 0.001 0.001 0.011 0.906 0.031 0.015 0.035 79 T 0.002 0.001 0.004 0.954 0.010 0.012 0.018 80 I 0.001 0.001 0.002 0.972 0.005 0.011 0.009 81 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.006 0.007 0.006 82 D 0.001 0.001 0.001 0.984 0.005 0.007 0.004 83 G 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.016 0.004 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.965 0.004 0.020 0.010 85 R 0.001 0.001 0.001 0.962 0.008 0.016 0.012 86 K 0.001 0.001 0.001 0.944 0.010 0.034 0.010 87 V 0.001 0.001 0.001 0.916 0.009 0.057 0.016 88 N 0.001 0.001 0.001 0.924 0.011 0.034 0.030 89 T 0.001 0.001 0.001 0.942 0.012 0.025 0.019 90 A 0.001 0.001 0.001 0.956 0.010 0.016 0.016 91 F 0.001 0.001 0.001 0.970 0.004 0.013 0.011 92 V 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.008 0.005 93 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.006 0.004 94 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.011 0.003 95 L 0.001 0.001 0.003 0.973 0.003 0.017 0.003 96 Q 0.001 0.001 0.024 0.906 0.006 0.057 0.007 97 S 0.001 0.001 0.035 0.583 0.009 0.367 0.006 98 E 0.001 0.001 0.035 0.303 0.033 0.588 0.039 99 W 0.001 0.011 0.004 0.034 0.508 0.028 0.414 100 T 0.003 0.010 0.002 0.013 0.084 0.011 0.877 101 D 0.001 0.002 0.141 0.735 0.029 0.070 0.021 102 K 0.002 0.001 0.238 0.665 0.017 0.061 0.017 103 D 0.006 0.001 0.275 0.631 0.016 0.044 0.027 104 L 0.025 0.009 0.082 0.760 0.023 0.052 0.049 105 T 0.092 0.009 0.075 0.556 0.041 0.138 0.088 106 T 0.104 0.007 0.062 0.482 0.054 0.204 0.087 107 I 0.158 0.021 0.035 0.292 0.083 0.137 0.274 108 N 0.207 0.028 0.020 0.116 0.091 0.034 0.503 109 D 0.203 0.019 0.035 0.095 0.129 0.078 0.441 110 F 0.117 0.015 0.062 0.103 0.173 0.188 0.342 111 F 0.080 0.007 0.080 0.093 0.154 0.302 0.284 112 G 0.085 0.011 0.063 0.046 0.231 0.232 0.332 113 R 0.154 0.014 0.028 0.043 0.189 0.084 0.488 114 P 0.133 0.023 0.010 0.027 0.155 0.053 0.599 115 M 0.059 0.024 0.007 0.060 0.301 0.026 0.522 116 P 0.037 0.017 0.002 0.087 0.099 0.013 0.745 117 N 0.001 0.001 0.010 0.968 0.004 0.010 0.007 118 S 0.001 0.001 0.005 0.983 0.002 0.006 0.004 119 I 0.001 0.001 0.003 0.990 0.002 0.003 0.002 120 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 121 L 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 122 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 123 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 124 L 0.002 0.001 0.002 0.981 0.001 0.012 0.001 125 I 0.001 0.001 0.003 0.958 0.002 0.033 0.002 126 N 0.001 0.001 0.004 0.881 0.011 0.095 0.008 127 H 0.004 0.002 0.020 0.725 0.029 0.179 0.041 128 Q 0.004 0.003 0.053 0.686 0.044 0.156 0.054 129 N 0.002 0.002 0.051 0.769 0.048 0.095 0.032 130 H 0.004 0.003 0.034 0.714 0.049 0.139 0.057 131 H 0.004 0.005 0.008 0.848 0.020 0.079 0.036 132 R 0.002 0.001 0.002 0.919 0.009 0.050 0.018 133 G 0.001 0.001 0.002 0.962 0.008 0.020 0.007 134 Q 0.003 0.001 0.001 0.985 0.002 0.004 0.005 135 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 136 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 139 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.003 0.955 0.003 0.037 0.002 142 A 0.001 0.001 0.007 0.475 0.016 0.494 0.006 143 G 0.001 0.001 0.002 0.015 0.030 0.910 0.042 144 L 0.006 0.010 0.002 0.004 0.101 0.018 0.859 145 T 0.031 0.040 0.003 0.002 0.127 0.009 0.787 146 V 0.050 0.023 0.012 0.005 0.146 0.017 0.746 147 P 0.043 0.015 0.015 0.006 0.096 0.030 0.795 148 G 0.125 0.026 0.047 0.016 0.129 0.087 0.570 149 V 0.169 0.022 0.045 0.024 0.175 0.123 0.443 150 Y 0.129 0.038 0.035 0.027 0.213 0.078 0.480 151 G 0.103 0.030 0.017 0.023 0.287 0.043 0.498 152 P 0.051 0.038 0.009 0.023 0.177 0.037 0.665 153 A 0.021 0.026 0.012 0.076 0.160 0.040 0.665 154 K 0.003 0.003 0.082 0.639 0.070 0.115 0.088 155 E 0.002 0.002 0.070 0.699 0.042 0.136 0.049 156 E 0.002 0.003 0.058 0.777 0.032 0.090 0.038 157 W 0.008 0.006 0.041 0.748 0.044 0.078 0.074 158 A 0.013 0.006 0.043 0.753 0.045 0.071 0.069 159 T 0.012 0.007 0.035 0.770 0.025 0.106 0.045 160 A 0.011 0.005 0.031 0.620 0.041 0.212 0.080 161 G 0.016 0.007 0.061 0.377 0.071 0.274 0.194 162 M 0.032 0.012 0.060 0.264 0.145 0.130 0.358 163 E 0.039 0.020 0.076 0.282 0.161 0.100 0.322 164 A 0.024 0.012 0.029 0.087 0.253 0.099 0.495 165 P 0.018 0.011 0.020 0.036 0.182 0.166 0.566 166 K 0.016 0.028 0.012 0.012 0.009 0.075 0.847 167 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998