# TARGET T0406 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.748 0.026 0.059 0.101 0.011 0.016 0.015 0.006 0.014 0.003 0.001 2 Y 0.972 0.003 0.006 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.958 0.004 0.007 0.023 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 T 0.956 0.005 0.004 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 5 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 G 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 S 0.755 0.001 0.001 0.240 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 W 0.522 0.014 0.047 0.234 0.004 0.021 0.106 0.027 0.025 0.001 0.001 13 T 0.822 0.033 0.060 0.048 0.007 0.013 0.011 0.003 0.002 0.003 0.001 14 Y 0.870 0.015 0.023 0.064 0.009 0.005 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 15 E 0.885 0.010 0.018 0.069 0.004 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 16 T 0.950 0.006 0.015 0.018 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 E 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.946 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.977 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 V 0.309 0.001 0.004 0.677 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 26 L 0.011 0.065 0.830 0.017 0.004 0.048 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 27 T 0.004 0.083 0.806 0.002 0.027 0.054 0.001 0.001 0.019 0.004 0.001 28 D 0.979 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 29 E 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 S 0.867 0.001 0.002 0.129 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.848 0.005 0.027 0.100 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 32 S 0.739 0.025 0.057 0.142 0.008 0.008 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 33 Q 0.433 0.156 0.153 0.163 0.041 0.010 0.017 0.005 0.020 0.002 0.001 34 E 0.205 0.122 0.551 0.026 0.006 0.056 0.009 0.001 0.023 0.001 0.002 35 I 0.248 0.177 0.440 0.062 0.006 0.043 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 36 A 0.118 0.111 0.530 0.010 0.045 0.024 0.022 0.004 0.109 0.026 0.001 37 P 0.454 0.003 0.428 0.058 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.003 0.041 38 G 0.143 0.018 0.036 0.126 0.050 0.004 0.073 0.489 0.004 0.058 0.001 39 H 0.184 0.139 0.300 0.172 0.076 0.033 0.042 0.014 0.015 0.025 0.001 40 W 0.174 0.144 0.327 0.075 0.138 0.036 0.039 0.031 0.011 0.024 0.001 41 T 0.476 0.100 0.254 0.028 0.054 0.056 0.002 0.001 0.020 0.007 0.001 42 L 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 G 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 R 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 W 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 H 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 T 0.944 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.934 0.005 0.006 0.048 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 53 I 0.942 0.015 0.024 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 54 P 0.993 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 I 0.994 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.968 0.004 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 S 0.823 0.010 0.009 0.146 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.556 0.013 0.030 0.073 0.021 0.007 0.193 0.088 0.007 0.012 0.001 60 T 0.494 0.057 0.076 0.354 0.009 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 G 0.227 0.032 0.108 0.135 0.100 0.018 0.125 0.153 0.011 0.090 0.001 62 L 0.219 0.143 0.239 0.258 0.041 0.040 0.024 0.007 0.022 0.006 0.001 63 K 0.205 0.219 0.278 0.117 0.069 0.027 0.040 0.011 0.027 0.008 0.001 64 F 0.204 0.177 0.380 0.080 0.039 0.053 0.024 0.007 0.024 0.007 0.003 65 E 0.208 0.187 0.332 0.160 0.033 0.030 0.016 0.004 0.025 0.003 0.002 66 G 0.091 0.030 0.149 0.032 0.180 0.006 0.039 0.207 0.005 0.260 0.001 67 E 0.276 0.173 0.354 0.113 0.036 0.019 0.005 0.002 0.015 0.002 0.004 68 T 0.175 0.160 0.436 0.093 0.051 0.036 0.012 0.006 0.021 0.008 0.002 69 K 0.337 0.135 0.338 0.107 0.032 0.020 0.010 0.005 0.009 0.006 0.002 70 D 0.243 0.140 0.207 0.279 0.016 0.054 0.016 0.006 0.037 0.001 0.002 71 Y 0.021 0.276 0.426 0.013 0.029 0.040 0.033 0.001 0.161 0.001 0.001 72 P 0.099 0.019 0.767 0.021 0.001 0.039 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 73 V 0.016 0.278 0.584 0.002 0.014 0.030 0.003 0.001 0.074 0.001 0.001 74 P 0.073 0.009 0.854 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 75 T 0.308 0.206 0.270 0.084 0.069 0.027 0.007 0.006 0.018 0.004 0.001 76 S 0.601 0.049 0.193 0.051 0.046 0.011 0.009 0.012 0.005 0.023 0.001 77 A 0.691 0.038 0.106 0.101 0.021 0.017 0.006 0.007 0.007 0.006 0.001 78 K 0.930 0.009 0.016 0.032 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 79 T 0.939 0.012 0.018 0.019 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 80 I 0.941 0.008 0.012 0.027 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 81 A 0.959 0.005 0.010 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 D 0.958 0.004 0.008 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 G 0.972 0.001 0.003 0.010 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 84 Y 0.972 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 R 0.976 0.004 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 K 0.971 0.005 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.912 0.010 0.010 0.063 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.727 0.028 0.043 0.117 0.007 0.025 0.019 0.004 0.028 0.002 0.001 89 T 0.956 0.007 0.012 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.986 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.983 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 Q 0.921 0.002 0.005 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 S 0.904 0.004 0.031 0.054 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.302 0.007 0.027 0.626 0.003 0.007 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 99 W 0.031 0.141 0.648 0.069 0.015 0.065 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 100 T 0.008 0.153 0.621 0.008 0.080 0.084 0.003 0.001 0.034 0.009 0.001 101 D 0.949 0.002 0.005 0.033 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 102 K 0.974 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.808 0.001 0.006 0.179 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.807 0.016 0.062 0.088 0.003 0.013 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 105 T 0.813 0.028 0.022 0.122 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 106 T 0.420 0.277 0.100 0.091 0.089 0.006 0.004 0.002 0.009 0.002 0.001 107 I 0.386 0.286 0.151 0.090 0.018 0.028 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 108 N 0.382 0.226 0.136 0.112 0.033 0.048 0.017 0.002 0.041 0.004 0.001 109 D 0.326 0.102 0.162 0.232 0.033 0.048 0.052 0.008 0.031 0.004 0.001 110 F 0.318 0.115 0.146 0.299 0.028 0.027 0.021 0.017 0.023 0.005 0.001 111 F 0.136 0.115 0.204 0.216 0.071 0.008 0.155 0.033 0.014 0.047 0.001 112 G 0.052 0.017 0.113 0.061 0.056 0.010 0.168 0.343 0.003 0.176 0.002 113 R 0.024 0.467 0.398 0.003 0.037 0.013 0.005 0.001 0.051 0.001 0.001 114 P 0.065 0.007 0.841 0.009 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 115 M 0.070 0.247 0.517 0.002 0.028 0.018 0.006 0.001 0.109 0.002 0.001 116 P 0.634 0.002 0.289 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 117 N 0.651 0.021 0.039 0.180 0.016 0.012 0.038 0.028 0.009 0.005 0.001 118 S 0.713 0.060 0.097 0.063 0.025 0.016 0.009 0.010 0.003 0.004 0.001 119 I 0.805 0.073 0.049 0.037 0.010 0.015 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 120 F 0.900 0.048 0.022 0.013 0.005 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 121 L 0.933 0.033 0.010 0.016 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 M 0.970 0.014 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 T 0.955 0.025 0.005 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 L 0.967 0.011 0.005 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.896 0.032 0.010 0.052 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 126 N 0.649 0.026 0.032 0.235 0.008 0.015 0.018 0.003 0.011 0.002 0.001 127 H 0.492 0.025 0.047 0.297 0.014 0.030 0.061 0.015 0.015 0.003 0.001 128 Q 0.720 0.019 0.023 0.176 0.008 0.012 0.025 0.007 0.005 0.005 0.001 129 N 0.712 0.045 0.044 0.132 0.022 0.017 0.013 0.004 0.006 0.006 0.001 130 H 0.505 0.049 0.063 0.217 0.019 0.050 0.064 0.009 0.020 0.004 0.001 131 H 0.730 0.033 0.043 0.100 0.008 0.036 0.021 0.004 0.022 0.003 0.001 132 R 0.949 0.005 0.010 0.027 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 133 G 0.984 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 134 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 Q 0.964 0.002 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.199 0.001 0.020 0.777 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 G 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.380 0.600 0.001 0.003 0.001 144 L 0.004 0.190 0.733 0.007 0.006 0.047 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 145 T 0.017 0.164 0.689 0.016 0.009 0.080 0.009 0.001 0.012 0.001 0.002 146 V 0.014 0.435 0.378 0.002 0.026 0.024 0.004 0.001 0.116 0.001 0.001 147 P 0.081 0.020 0.818 0.008 0.001 0.035 0.002 0.001 0.006 0.001 0.029 148 G 0.122 0.083 0.317 0.060 0.209 0.018 0.011 0.107 0.005 0.066 0.003 149 V 0.183 0.398 0.219 0.069 0.070 0.031 0.005 0.003 0.016 0.004 0.001 150 Y 0.120 0.196 0.252 0.217 0.030 0.079 0.035 0.004 0.062 0.004 0.001 151 G 0.136 0.059 0.209 0.012 0.224 0.009 0.031 0.035 0.028 0.254 0.002 152 P 0.380 0.010 0.411 0.040 0.004 0.032 0.002 0.002 0.002 0.002 0.116 153 A 0.403 0.064 0.290 0.103 0.029 0.040 0.022 0.019 0.016 0.012 0.004 154 K 0.794 0.042 0.094 0.023 0.017 0.006 0.007 0.006 0.004 0.008 0.001 155 E 0.945 0.004 0.027 0.012 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 156 E 0.944 0.010 0.017 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 157 W 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 A 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 T 0.960 0.003 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 A 0.561 0.003 0.016 0.412 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 161 G 0.054 0.001 0.007 0.020 0.003 0.001 0.181 0.708 0.001 0.024 0.001 162 M 0.193 0.137 0.443 0.109 0.013 0.080 0.011 0.001 0.010 0.002 0.001 163 E 0.172 0.189 0.415 0.135 0.023 0.040 0.010 0.002 0.012 0.001 0.001 164 A 0.108 0.113 0.535 0.005 0.047 0.010 0.018 0.004 0.128 0.031 0.001 165 P 0.162 0.004 0.714 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 166 K 0.389 0.062 0.348 0.133 0.008 0.040 0.003 0.003 0.006 0.001 0.006 167 M 0.103 0.262 0.345 0.126 0.050 0.048 0.019 0.006 0.040 0.003 0.001