# TARGET T0406 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.038 0.029 0.010 0.023 0.003 0.005 0.559 0.221 0.083 0.012 2 Y 0.004 0.020 0.005 0.002 0.012 0.003 0.012 0.816 0.117 0.006 0.002 3 Q 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.003 0.015 0.897 0.065 0.006 0.002 4 T 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.907 0.066 0.014 0.001 5 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.057 0.006 0.001 6 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.051 0.001 0.001 7 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.954 0.032 0.003 0.001 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.901 0.078 0.014 0.001 9 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.911 0.072 0.006 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.918 0.059 0.006 0.001 11 S 0.001 0.008 0.007 0.002 0.004 0.006 0.033 0.876 0.047 0.015 0.001 12 W 0.013 0.007 0.002 0.001 0.010 0.003 0.009 0.817 0.081 0.041 0.016 13 T 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.010 0.872 0.089 0.013 0.003 14 Y 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.886 0.069 0.021 0.003 15 E 0.002 0.014 0.004 0.002 0.004 0.003 0.017 0.825 0.098 0.030 0.002 16 T 0.005 0.015 0.004 0.001 0.008 0.003 0.017 0.850 0.070 0.024 0.003 17 E 0.002 0.005 0.002 0.002 0.003 0.006 0.024 0.864 0.072 0.017 0.003 18 S 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.921 0.051 0.007 0.002 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.072 0.006 0.001 20 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.056 0.001 0.001 21 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.953 0.039 0.001 0.001 22 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.927 0.064 0.002 0.001 23 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.755 0.227 0.011 0.001 24 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.034 0.786 0.152 0.009 0.001 25 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.059 0.046 0.859 0.009 26 L 0.009 0.439 0.449 0.013 0.072 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.003 27 T 0.005 0.768 0.195 0.004 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 28 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.017 0.541 0.405 0.016 0.001 29 E 0.004 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.010 0.716 0.233 0.018 0.005 30 S 0.004 0.008 0.002 0.001 0.013 0.003 0.030 0.542 0.205 0.188 0.005 31 L 0.024 0.034 0.005 0.002 0.047 0.006 0.022 0.511 0.208 0.129 0.012 32 S 0.019 0.022 0.010 0.012 0.038 0.009 0.061 0.367 0.239 0.195 0.026 33 Q 0.027 0.145 0.087 0.019 0.082 0.018 0.070 0.232 0.116 0.185 0.019 34 E 0.069 0.358 0.206 0.015 0.153 0.004 0.025 0.079 0.034 0.033 0.025 35 I 0.057 0.265 0.124 0.029 0.151 0.025 0.061 0.107 0.074 0.066 0.039 36 A 0.035 0.262 0.196 0.040 0.164 0.016 0.030 0.098 0.099 0.042 0.019 37 P 0.020 0.038 0.021 0.014 0.035 0.036 0.120 0.323 0.305 0.072 0.016 38 G 0.027 0.037 0.028 0.016 0.040 0.034 0.083 0.124 0.136 0.440 0.035 39 H 0.090 0.185 0.054 0.025 0.141 0.021 0.029 0.096 0.088 0.189 0.081 40 W 0.018 0.106 0.100 0.093 0.048 0.078 0.063 0.187 0.113 0.157 0.036 41 T 0.014 0.444 0.299 0.007 0.048 0.001 0.003 0.111 0.034 0.030 0.009 42 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.796 0.177 0.019 0.002 43 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.054 0.001 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.036 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.043 0.002 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.056 0.002 0.001 47 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.048 0.001 0.001 48 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.942 0.049 0.003 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.905 0.083 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.884 0.082 0.005 0.001 51 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.845 0.089 0.032 0.002 52 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.008 0.833 0.127 0.014 0.002 53 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.887 0.088 0.003 0.001 54 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.901 0.082 0.004 0.001 55 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.922 0.053 0.003 0.001 56 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.888 0.087 0.010 0.001 57 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 0.833 0.130 0.011 0.001 58 S 0.003 0.009 0.004 0.003 0.007 0.006 0.032 0.807 0.114 0.012 0.002 59 G 0.009 0.010 0.004 0.004 0.015 0.009 0.079 0.696 0.117 0.050 0.007 60 T 0.046 0.041 0.014 0.012 0.056 0.015 0.063 0.444 0.154 0.123 0.033 61 G 0.025 0.114 0.052 0.047 0.063 0.056 0.118 0.332 0.100 0.079 0.013 62 L 0.049 0.161 0.104 0.063 0.089 0.033 0.048 0.136 0.069 0.198 0.049 63 K 0.046 0.155 0.162 0.088 0.096 0.041 0.054 0.123 0.071 0.119 0.045 64 F 0.088 0.150 0.086 0.037 0.145 0.026 0.056 0.149 0.085 0.119 0.058 65 E 0.068 0.212 0.119 0.034 0.166 0.025 0.043 0.125 0.076 0.095 0.037 66 G 0.066 0.226 0.162 0.039 0.150 0.022 0.033 0.107 0.064 0.093 0.038 67 E 0.073 0.213 0.149 0.024 0.147 0.013 0.026 0.129 0.103 0.088 0.033 68 T 0.041 0.286 0.200 0.023 0.135 0.013 0.029 0.132 0.075 0.049 0.018 69 K 0.078 0.213 0.112 0.014 0.171 0.010 0.034 0.156 0.088 0.090 0.034 70 D 0.057 0.240 0.118 0.027 0.133 0.031 0.058 0.135 0.088 0.085 0.027 71 Y 0.050 0.279 0.179 0.030 0.158 0.015 0.028 0.100 0.066 0.062 0.033 72 P 0.077 0.228 0.109 0.016 0.141 0.016 0.030 0.113 0.119 0.101 0.049 73 V 0.049 0.419 0.152 0.012 0.185 0.009 0.014 0.063 0.048 0.034 0.017 74 P 0.104 0.208 0.080 0.010 0.193 0.012 0.024 0.093 0.082 0.133 0.063 75 T 0.090 0.245 0.079 0.011 0.208 0.006 0.012 0.131 0.099 0.078 0.041 76 S 0.015 0.095 0.029 0.010 0.050 0.024 0.050 0.515 0.147 0.052 0.013 77 A 0.043 0.287 0.135 0.005 0.075 0.002 0.005 0.286 0.059 0.083 0.021 78 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.849 0.123 0.014 0.002 79 T 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.935 0.047 0.002 0.001 80 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.925 0.048 0.014 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.048 0.010 0.001 82 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.049 0.003 0.001 83 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.937 0.040 0.006 0.001 84 Y 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.011 0.886 0.063 0.027 0.002 85 R 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.860 0.091 0.023 0.004 86 K 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.004 0.017 0.873 0.077 0.016 0.002 87 V 0.001 0.007 0.003 0.002 0.004 0.005 0.035 0.850 0.063 0.027 0.003 88 N 0.003 0.009 0.003 0.001 0.006 0.002 0.016 0.825 0.092 0.039 0.005 89 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.885 0.080 0.015 0.002 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.928 0.055 0.005 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.952 0.034 0.003 0.001 92 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.053 0.005 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.061 0.002 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.933 0.051 0.002 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.857 0.110 0.014 0.001 96 Q 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.002 0.015 0.669 0.262 0.037 0.002 97 S 0.003 0.024 0.007 0.004 0.011 0.021 0.089 0.589 0.212 0.037 0.003 98 E 0.015 0.014 0.004 0.003 0.013 0.005 0.038 0.080 0.056 0.734 0.037 99 W 0.041 0.466 0.212 0.010 0.180 0.006 0.009 0.012 0.011 0.037 0.017 100 T 0.014 0.672 0.246 0.005 0.046 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.005 101 D 0.005 0.004 0.002 0.001 0.013 0.003 0.006 0.595 0.353 0.017 0.003 102 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.811 0.156 0.008 0.002 103 D 0.003 0.007 0.002 0.001 0.009 0.002 0.018 0.719 0.139 0.097 0.002 104 L 0.013 0.011 0.003 0.001 0.020 0.003 0.013 0.682 0.176 0.071 0.006 105 T 0.014 0.019 0.007 0.010 0.023 0.011 0.055 0.574 0.205 0.069 0.013 106 T 0.021 0.066 0.031 0.011 0.070 0.014 0.057 0.445 0.141 0.128 0.016 107 I 0.130 0.107 0.035 0.010 0.189 0.007 0.042 0.232 0.098 0.101 0.048 108 N 0.120 0.176 0.043 0.012 0.306 0.012 0.033 0.122 0.073 0.062 0.041 109 D 0.121 0.114 0.053 0.022 0.226 0.026 0.066 0.173 0.079 0.075 0.045 110 F 0.086 0.126 0.085 0.047 0.147 0.034 0.049 0.140 0.097 0.141 0.048 111 F 0.039 0.177 0.108 0.080 0.112 0.040 0.071 0.139 0.095 0.102 0.036 112 G 0.066 0.098 0.057 0.053 0.097 0.052 0.052 0.088 0.122 0.252 0.064 113 R 0.069 0.248 0.162 0.029 0.217 0.013 0.024 0.073 0.061 0.071 0.033 114 P 0.124 0.215 0.102 0.018 0.151 0.019 0.031 0.071 0.055 0.140 0.074 115 M 0.036 0.375 0.243 0.030 0.140 0.018 0.019 0.067 0.025 0.029 0.020 116 P 0.025 0.513 0.193 0.005 0.072 0.003 0.005 0.121 0.028 0.022 0.013 117 N 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.786 0.185 0.014 0.002 118 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.068 0.001 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.001 0.001 120 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.046 0.001 0.001 122 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.037 0.001 0.001 123 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.033 0.001 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.940 0.053 0.001 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.919 0.058 0.003 0.001 126 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 0.855 0.074 0.024 0.003 127 H 0.004 0.011 0.005 0.005 0.009 0.008 0.030 0.762 0.139 0.024 0.002 128 Q 0.003 0.014 0.003 0.001 0.011 0.003 0.030 0.791 0.130 0.010 0.003 129 N 0.015 0.006 0.002 0.003 0.014 0.013 0.076 0.723 0.090 0.052 0.007 130 H 0.015 0.073 0.051 0.032 0.044 0.049 0.129 0.463 0.063 0.067 0.013 131 H 0.103 0.130 0.076 0.027 0.062 0.024 0.019 0.286 0.068 0.150 0.054 132 R 0.003 0.035 0.014 0.010 0.013 0.024 0.044 0.693 0.144 0.017 0.003 133 G 0.008 0.018 0.008 0.004 0.013 0.004 0.013 0.699 0.120 0.094 0.020 134 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.903 0.076 0.009 0.001 135 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.050 0.002 0.001 136 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.051 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.023 0.001 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.028 0.001 0.001 139 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.948 0.043 0.002 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.853 0.104 0.004 0.001 141 Q 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 0.120 0.781 0.076 0.008 0.001 142 A 0.001 0.775 0.210 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 G 0.054 0.006 0.003 0.007 0.009 0.002 0.001 0.003 0.009 0.477 0.429 144 L 0.035 0.527 0.240 0.009 0.154 0.003 0.004 0.007 0.006 0.007 0.009 145 T 0.044 0.441 0.201 0.036 0.178 0.011 0.018 0.023 0.013 0.011 0.023 146 V 0.082 0.354 0.250 0.020 0.180 0.024 0.023 0.020 0.017 0.011 0.018 147 P 0.070 0.226 0.161 0.044 0.221 0.029 0.054 0.067 0.058 0.038 0.033 148 G 0.094 0.127 0.102 0.032 0.170 0.037 0.072 0.075 0.094 0.129 0.066 149 V 0.123 0.119 0.037 0.013 0.223 0.020 0.059 0.105 0.099 0.149 0.052 150 Y 0.079 0.090 0.041 0.039 0.124 0.030 0.056 0.067 0.095 0.291 0.088 151 G 0.016 0.147 0.313 0.271 0.053 0.047 0.017 0.038 0.041 0.040 0.017 152 P 0.076 0.203 0.100 0.019 0.127 0.013 0.025 0.214 0.102 0.062 0.059 153 A 0.062 0.179 0.104 0.012 0.094 0.005 0.010 0.149 0.132 0.202 0.051 154 K 0.017 0.235 0.092 0.013 0.081 0.007 0.017 0.379 0.126 0.025 0.007 155 E 0.014 0.030 0.018 0.006 0.023 0.011 0.052 0.690 0.108 0.039 0.009 156 E 0.006 0.021 0.015 0.003 0.014 0.006 0.019 0.761 0.126 0.026 0.003 157 W 0.010 0.009 0.005 0.005 0.011 0.003 0.006 0.750 0.130 0.059 0.013 158 A 0.009 0.027 0.012 0.003 0.014 0.006 0.033 0.712 0.161 0.016 0.005 159 T 0.011 0.011 0.005 0.005 0.014 0.013 0.093 0.714 0.093 0.036 0.005 160 A 0.016 0.501 0.187 0.041 0.088 0.014 0.016 0.074 0.028 0.027 0.008 161 G 0.076 0.031 0.023 0.043 0.036 0.014 0.014 0.077 0.060 0.412 0.214 162 M 0.067 0.121 0.064 0.028 0.125 0.027 0.047 0.255 0.148 0.087 0.033 163 E 0.048 0.111 0.064 0.044 0.104 0.018 0.044 0.255 0.150 0.126 0.037 164 A 0.090 0.182 0.143 0.044 0.139 0.023 0.039 0.136 0.095 0.073 0.035 165 P 0.028 0.232 0.183 0.036 0.108 0.025 0.049 0.190 0.104 0.033 0.013 166 K 0.100 0.195 0.087 0.009 0.191 0.010 0.039 0.146 0.092 0.085 0.048 167 M 0.131 0.178 0.087 0.019 0.233 0.017 0.027 0.088 0.063 0.106 0.052