# TARGET T0406 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.161 0.215 0.274 0.175 0.060 0.003 2 Y 0.138 0.273 0.284 0.193 0.087 0.022 0.001 3 Q 0.364 0.329 0.164 0.085 0.040 0.016 0.002 4 T 0.072 0.186 0.217 0.237 0.191 0.085 0.012 5 I 0.018 0.027 0.062 0.197 0.398 0.274 0.023 6 E 0.090 0.304 0.329 0.207 0.060 0.010 0.001 7 G 0.189 0.350 0.270 0.136 0.046 0.008 0.001 8 F 0.023 0.032 0.048 0.151 0.359 0.363 0.024 9 L 0.014 0.041 0.135 0.361 0.313 0.128 0.007 10 Q 0.207 0.452 0.220 0.089 0.025 0.007 0.001 11 S 0.168 0.247 0.238 0.193 0.112 0.037 0.005 12 W 0.039 0.064 0.108 0.242 0.311 0.214 0.023 13 T 0.081 0.251 0.299 0.226 0.111 0.028 0.003 14 Y 0.110 0.235 0.251 0.257 0.121 0.024 0.002 15 E 0.017 0.053 0.093 0.195 0.326 0.284 0.032 16 T 0.012 0.059 0.126 0.267 0.326 0.191 0.020 17 E 0.069 0.329 0.332 0.185 0.067 0.018 0.002 18 S 0.015 0.079 0.213 0.361 0.252 0.073 0.007 19 T 0.002 0.005 0.009 0.039 0.215 0.615 0.114 20 Q 0.009 0.062 0.206 0.377 0.269 0.073 0.003 21 K 0.044 0.344 0.364 0.181 0.055 0.011 0.001 22 M 0.003 0.016 0.078 0.297 0.423 0.177 0.005 23 L 0.004 0.011 0.038 0.182 0.460 0.293 0.012 24 D 0.127 0.452 0.276 0.111 0.028 0.006 0.001 25 V 0.198 0.461 0.248 0.079 0.013 0.002 0.001 26 L 0.015 0.071 0.211 0.410 0.253 0.038 0.001 27 T 0.328 0.413 0.190 0.057 0.011 0.001 0.001 28 D 0.663 0.238 0.068 0.026 0.005 0.001 0.001 29 E 0.633 0.273 0.070 0.020 0.004 0.001 0.001 30 S 0.435 0.344 0.150 0.055 0.014 0.002 0.001 31 L 0.101 0.123 0.213 0.319 0.202 0.041 0.002 32 S 0.372 0.319 0.180 0.094 0.028 0.005 0.001 33 Q 0.299 0.278 0.195 0.148 0.065 0.013 0.001 34 E 0.391 0.315 0.167 0.091 0.029 0.006 0.001 35 I 0.248 0.234 0.207 0.186 0.097 0.026 0.002 36 A 0.298 0.259 0.177 0.150 0.086 0.026 0.003 37 P 0.331 0.272 0.189 0.129 0.060 0.018 0.002 38 G 0.273 0.237 0.174 0.166 0.101 0.043 0.006 39 H 0.069 0.139 0.176 0.245 0.229 0.123 0.018 40 W 0.056 0.133 0.196 0.280 0.229 0.091 0.014 41 T 0.028 0.068 0.116 0.223 0.291 0.222 0.052 42 L 0.009 0.012 0.018 0.052 0.173 0.475 0.260 43 G 0.007 0.030 0.079 0.208 0.312 0.280 0.085 44 R 0.007 0.034 0.093 0.212 0.305 0.273 0.077 45 V 0.002 0.004 0.007 0.026 0.121 0.440 0.400 46 A 0.001 0.002 0.003 0.012 0.053 0.334 0.595 47 W 0.006 0.021 0.058 0.155 0.216 0.325 0.219 48 H 0.004 0.009 0.022 0.072 0.190 0.405 0.298 49 I 0.001 0.001 0.003 0.010 0.045 0.286 0.654 50 V 0.003 0.004 0.009 0.031 0.095 0.345 0.512 51 T 0.009 0.031 0.057 0.128 0.212 0.299 0.263 52 A 0.008 0.013 0.020 0.056 0.145 0.347 0.412 53 I 0.012 0.028 0.049 0.103 0.169 0.347 0.292 54 P 0.035 0.060 0.107 0.173 0.226 0.272 0.128 55 V 0.023 0.042 0.072 0.140 0.236 0.312 0.174 56 I 0.014 0.018 0.029 0.073 0.170 0.437 0.260 57 L 0.018 0.022 0.040 0.097 0.214 0.429 0.180 58 S 0.043 0.106 0.139 0.192 0.221 0.232 0.067 59 G 0.034 0.081 0.147 0.232 0.258 0.209 0.038 60 T 0.029 0.046 0.082 0.191 0.325 0.283 0.043 61 G 0.113 0.227 0.246 0.227 0.130 0.051 0.006 62 L 0.243 0.287 0.204 0.147 0.084 0.031 0.003 63 K 0.292 0.275 0.204 0.145 0.063 0.020 0.002 64 F 0.374 0.271 0.181 0.110 0.048 0.015 0.001 65 E 0.235 0.207 0.206 0.197 0.118 0.035 0.002 66 G 0.403 0.294 0.163 0.090 0.037 0.011 0.001 67 E 0.241 0.213 0.211 0.191 0.107 0.034 0.003 68 T 0.306 0.227 0.190 0.165 0.087 0.024 0.002 69 K 0.383 0.275 0.171 0.110 0.048 0.013 0.001 70 D 0.374 0.233 0.179 0.137 0.060 0.015 0.001 71 Y 0.530 0.254 0.113 0.066 0.028 0.008 0.001 72 P 0.409 0.226 0.150 0.124 0.068 0.022 0.002 73 V 0.418 0.275 0.160 0.097 0.039 0.011 0.001 74 P 0.282 0.291 0.206 0.144 0.061 0.015 0.001 75 T 0.261 0.252 0.210 0.171 0.082 0.023 0.002 76 S 0.502 0.280 0.119 0.060 0.028 0.010 0.001 77 A 0.173 0.330 0.254 0.165 0.063 0.014 0.001 78 K 0.044 0.139 0.253 0.294 0.207 0.059 0.004 79 T 0.400 0.414 0.137 0.037 0.008 0.002 0.001 80 I 0.138 0.417 0.310 0.109 0.022 0.003 0.001 81 A 0.011 0.025 0.063 0.221 0.451 0.220 0.008 82 D 0.023 0.127 0.303 0.359 0.159 0.029 0.001 83 G 0.228 0.542 0.173 0.045 0.010 0.002 0.001 84 Y 0.023 0.101 0.262 0.368 0.204 0.040 0.002 85 R 0.009 0.021 0.060 0.219 0.396 0.276 0.020 86 K 0.220 0.385 0.224 0.116 0.042 0.012 0.002 87 V 0.263 0.404 0.212 0.085 0.027 0.007 0.001 88 N 0.025 0.079 0.146 0.268 0.295 0.170 0.017 89 T 0.044 0.136 0.235 0.271 0.223 0.085 0.006 90 A 0.279 0.369 0.203 0.101 0.037 0.010 0.001 91 F 0.062 0.201 0.300 0.283 0.127 0.025 0.002 92 V 0.016 0.027 0.057 0.178 0.390 0.308 0.022 93 E 0.084 0.224 0.291 0.253 0.118 0.028 0.002 94 A 0.260 0.439 0.200 0.075 0.021 0.005 0.001 95 L 0.037 0.089 0.187 0.326 0.274 0.084 0.004 96 Q 0.039 0.071 0.154 0.315 0.299 0.116 0.006 97 S 0.354 0.395 0.161 0.064 0.020 0.006 0.001 98 E 0.372 0.363 0.173 0.068 0.019 0.004 0.001 99 W 0.067 0.131 0.227 0.311 0.209 0.052 0.002 100 T 0.353 0.373 0.182 0.069 0.020 0.004 0.001 101 D 0.454 0.308 0.142 0.073 0.019 0.003 0.001 102 K 0.583 0.305 0.083 0.023 0.005 0.001 0.001 103 D 0.204 0.335 0.260 0.149 0.045 0.006 0.001 104 L 0.067 0.086 0.167 0.318 0.289 0.071 0.002 105 T 0.260 0.322 0.239 0.134 0.038 0.007 0.001 106 T 0.480 0.315 0.125 0.057 0.018 0.004 0.001 107 I 0.201 0.310 0.247 0.157 0.066 0.018 0.001 108 N 0.050 0.088 0.182 0.316 0.272 0.088 0.005 109 D 0.271 0.366 0.211 0.104 0.037 0.010 0.001 110 F 0.151 0.146 0.197 0.256 0.183 0.063 0.005 111 F 0.275 0.246 0.185 0.169 0.094 0.029 0.003 112 G 0.333 0.284 0.186 0.117 0.058 0.020 0.003 113 R 0.247 0.240 0.191 0.193 0.098 0.028 0.003 114 P 0.279 0.294 0.185 0.135 0.073 0.029 0.004 115 M 0.113 0.160 0.196 0.238 0.198 0.083 0.012 116 P 0.159 0.248 0.215 0.195 0.120 0.053 0.009 117 N 0.079 0.129 0.160 0.232 0.229 0.144 0.028 118 S 0.099 0.150 0.173 0.226 0.222 0.113 0.017 119 I 0.142 0.228 0.235 0.216 0.126 0.046 0.007 120 F 0.122 0.094 0.091 0.144 0.215 0.265 0.069 121 L 0.096 0.100 0.104 0.174 0.225 0.246 0.055 122 M 0.175 0.225 0.196 0.210 0.130 0.056 0.008 123 T 0.126 0.168 0.186 0.242 0.193 0.074 0.010 124 L 0.229 0.155 0.114 0.130 0.165 0.168 0.041 125 I 0.195 0.187 0.175 0.204 0.138 0.082 0.019 126 N 0.257 0.301 0.210 0.136 0.065 0.025 0.004 127 H 0.162 0.167 0.173 0.209 0.182 0.090 0.017 128 Q 0.169 0.151 0.124 0.167 0.171 0.172 0.047 129 N 0.201 0.153 0.160 0.183 0.170 0.105 0.028 130 H 0.151 0.175 0.179 0.191 0.161 0.107 0.035 131 H 0.056 0.058 0.084 0.199 0.253 0.271 0.079 132 R 0.047 0.064 0.103 0.175 0.229 0.248 0.133 133 G 0.152 0.125 0.114 0.136 0.175 0.176 0.123 134 Q 0.082 0.126 0.120 0.179 0.205 0.168 0.120 135 M 0.027 0.020 0.023 0.058 0.136 0.448 0.288 136 T 0.037 0.069 0.116 0.237 0.226 0.224 0.091 137 V 0.165 0.181 0.139 0.128 0.155 0.167 0.066 138 L 0.062 0.061 0.102 0.220 0.284 0.228 0.043 139 M 0.176 0.117 0.098 0.168 0.227 0.187 0.027 140 R 0.199 0.257 0.228 0.185 0.090 0.037 0.006 141 Q 0.322 0.272 0.176 0.129 0.073 0.025 0.002 142 A 0.175 0.211 0.221 0.218 0.129 0.043 0.003 143 G 0.348 0.295 0.173 0.119 0.050 0.014 0.001 144 L 0.169 0.166 0.186 0.245 0.174 0.054 0.007 145 T 0.302 0.330 0.195 0.110 0.045 0.016 0.002 146 V 0.075 0.088 0.140 0.232 0.255 0.172 0.039 147 P 0.123 0.133 0.162 0.205 0.203 0.138 0.036 148 G 0.115 0.150 0.163 0.214 0.187 0.128 0.043 149 V 0.061 0.065 0.084 0.143 0.196 0.280 0.171 150 Y 0.033 0.042 0.062 0.115 0.193 0.338 0.216 151 G 0.047 0.063 0.095 0.149 0.198 0.247 0.202 152 P 0.097 0.099 0.109 0.160 0.205 0.214 0.116 153 A 0.135 0.183 0.167 0.189 0.166 0.122 0.039 154 K 0.154 0.239 0.217 0.200 0.120 0.053 0.016 155 E 0.344 0.284 0.164 0.109 0.060 0.029 0.011 156 E 0.202 0.196 0.187 0.197 0.131 0.069 0.018 157 W 0.295 0.220 0.179 0.151 0.102 0.045 0.008 158 A 0.350 0.262 0.168 0.121 0.062 0.029 0.007 159 T 0.341 0.241 0.188 0.131 0.067 0.027 0.005 160 A 0.113 0.093 0.125 0.198 0.230 0.189 0.052 161 G 0.258 0.222 0.184 0.151 0.113 0.062 0.011 162 M 0.204 0.168 0.178 0.205 0.165 0.068 0.013 163 E 0.402 0.315 0.159 0.081 0.031 0.012 0.002 164 A 0.260 0.181 0.198 0.201 0.121 0.036 0.004 165 P 0.525 0.275 0.116 0.058 0.019 0.006 0.001 166 K 0.636 0.221 0.087 0.041 0.012 0.003 0.001 167 M 0.599 0.153 0.102 0.079 0.047 0.018 0.002