# TARGET T0406 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 771 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.293 0.146 0.086 0.118 0.074 0.068 0.065 0.049 0.045 0.034 0.022 2 Y 0.128 0.101 0.047 0.114 0.121 0.112 0.162 0.095 0.068 0.037 0.015 3 Q 0.425 0.197 0.123 0.121 0.064 0.029 0.020 0.010 0.006 0.003 0.001 4 T 0.064 0.177 0.064 0.137 0.122 0.121 0.136 0.075 0.052 0.035 0.018 5 I 0.020 0.019 0.025 0.055 0.091 0.154 0.223 0.147 0.129 0.085 0.053 6 E 0.349 0.168 0.175 0.189 0.069 0.028 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 7 G 0.024 0.080 0.168 0.273 0.196 0.132 0.085 0.026 0.011 0.003 0.001 8 F 0.002 0.002 0.007 0.007 0.008 0.016 0.075 0.139 0.248 0.267 0.229 9 L 0.002 0.003 0.021 0.063 0.128 0.235 0.300 0.121 0.076 0.036 0.015 10 Q 0.006 0.025 0.700 0.161 0.062 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 11 S 0.002 0.007 0.028 0.048 0.077 0.172 0.319 0.168 0.098 0.058 0.024 12 W 0.002 0.001 0.005 0.004 0.005 0.012 0.066 0.138 0.271 0.300 0.195 13 T 0.019 0.047 0.229 0.244 0.205 0.134 0.078 0.025 0.013 0.005 0.002 14 Y 0.024 0.044 0.342 0.159 0.130 0.107 0.096 0.043 0.031 0.017 0.007 15 E 0.009 0.032 0.044 0.052 0.047 0.083 0.207 0.162 0.159 0.126 0.079 16 T 0.008 0.008 0.015 0.031 0.054 0.134 0.310 0.183 0.141 0.076 0.039 17 E 0.202 0.095 0.464 0.124 0.053 0.030 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 18 S 0.006 0.035 0.105 0.157 0.174 0.188 0.185 0.071 0.047 0.023 0.010 19 T 0.001 0.002 0.006 0.004 0.004 0.010 0.058 0.112 0.247 0.284 0.272 20 Q 0.005 0.006 0.063 0.178 0.252 0.256 0.164 0.044 0.022 0.008 0.003 21 K 0.008 0.025 0.749 0.122 0.057 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 22 M 0.001 0.001 0.009 0.016 0.034 0.103 0.319 0.208 0.171 0.093 0.047 23 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.014 0.110 0.192 0.286 0.253 0.131 24 D 0.019 0.050 0.561 0.215 0.101 0.036 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 25 V 0.030 0.064 0.269 0.173 0.176 0.157 0.103 0.017 0.007 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.078 0.142 0.201 0.282 0.278 27 T 0.147 0.680 0.071 0.062 0.021 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.246 0.128 0.152 0.196 0.158 0.077 0.032 0.007 0.003 0.001 0.001 29 E 0.899 0.061 0.018 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 S 0.037 0.061 0.135 0.229 0.169 0.168 0.139 0.037 0.018 0.005 0.003 31 L 0.005 0.005 0.015 0.018 0.036 0.097 0.223 0.206 0.175 0.137 0.083 32 S 0.032 0.103 0.539 0.150 0.078 0.053 0.031 0.008 0.004 0.002 0.001 33 Q 0.045 0.082 0.422 0.212 0.114 0.064 0.039 0.011 0.006 0.003 0.001 34 E 0.333 0.172 0.106 0.151 0.097 0.062 0.045 0.015 0.009 0.006 0.005 35 I 0.026 0.027 0.027 0.050 0.068 0.125 0.245 0.153 0.132 0.085 0.061 36 A 0.191 0.194 0.103 0.123 0.106 0.085 0.087 0.042 0.032 0.022 0.016 37 P 0.437 0.177 0.092 0.103 0.063 0.045 0.040 0.018 0.013 0.008 0.004 38 G 0.276 0.129 0.038 0.091 0.090 0.082 0.105 0.062 0.056 0.042 0.029 39 H 0.047 0.079 0.035 0.147 0.156 0.150 0.152 0.090 0.071 0.045 0.028 40 W 0.012 0.018 0.014 0.070 0.140 0.214 0.230 0.126 0.099 0.051 0.027 41 T 0.006 0.030 0.030 0.077 0.095 0.129 0.206 0.161 0.138 0.080 0.047 42 L 0.002 0.002 0.002 0.008 0.013 0.024 0.109 0.173 0.241 0.247 0.180 43 G 0.011 0.007 0.018 0.038 0.054 0.096 0.177 0.135 0.174 0.150 0.140 44 R 0.002 0.010 0.047 0.131 0.130 0.147 0.249 0.136 0.081 0.045 0.022 45 V 0.001 0.001 0.008 0.008 0.009 0.014 0.072 0.141 0.232 0.278 0.237 46 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.048 0.092 0.199 0.327 0.315 47 W 0.001 0.002 0.050 0.064 0.107 0.162 0.247 0.150 0.125 0.063 0.028 48 H 0.001 0.001 0.012 0.009 0.016 0.058 0.269 0.222 0.195 0.142 0.074 49 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.045 0.120 0.232 0.336 0.251 50 V 0.002 0.002 0.008 0.010 0.012 0.027 0.108 0.161 0.244 0.243 0.183 51 T 0.008 0.018 0.086 0.090 0.104 0.117 0.195 0.144 0.123 0.073 0.041 52 A 0.001 0.004 0.009 0.012 0.012 0.021 0.092 0.145 0.265 0.267 0.172 53 I 0.006 0.012 0.019 0.052 0.071 0.104 0.221 0.184 0.172 0.104 0.056 54 P 0.059 0.076 0.110 0.176 0.156 0.155 0.130 0.061 0.039 0.023 0.014 55 V 0.012 0.017 0.038 0.064 0.092 0.117 0.198 0.168 0.150 0.093 0.052 56 I 0.008 0.009 0.013 0.029 0.025 0.033 0.101 0.146 0.223 0.218 0.194 57 L 0.003 0.005 0.014 0.028 0.041 0.077 0.166 0.167 0.203 0.173 0.122 58 S 0.033 0.075 0.163 0.212 0.158 0.122 0.111 0.057 0.038 0.020 0.011 59 G 0.050 0.038 0.045 0.076 0.091 0.121 0.191 0.134 0.121 0.085 0.047 60 T 0.049 0.040 0.019 0.051 0.060 0.075 0.161 0.149 0.165 0.138 0.093 61 G 0.238 0.218 0.074 0.158 0.105 0.072 0.061 0.030 0.023 0.014 0.008 62 L 0.070 0.057 0.033 0.078 0.098 0.118 0.163 0.125 0.111 0.089 0.058 63 K 0.306 0.276 0.085 0.181 0.081 0.034 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 64 F 0.034 0.020 0.011 0.030 0.051 0.078 0.160 0.162 0.179 0.156 0.119 65 E 0.259 0.280 0.099 0.172 0.085 0.042 0.031 0.014 0.010 0.006 0.004 66 G 0.339 0.137 0.052 0.090 0.083 0.075 0.088 0.052 0.042 0.027 0.016 67 E 0.237 0.152 0.072 0.151 0.110 0.075 0.084 0.045 0.033 0.024 0.017 68 T 0.118 0.109 0.059 0.108 0.102 0.096 0.145 0.087 0.079 0.059 0.039 69 K 0.147 0.114 0.073 0.192 0.161 0.109 0.103 0.048 0.031 0.015 0.008 70 D 0.487 0.183 0.089 0.102 0.055 0.033 0.027 0.011 0.007 0.004 0.002 71 Y 0.038 0.036 0.027 0.079 0.100 0.115 0.227 0.155 0.119 0.072 0.031 72 P 0.446 0.192 0.036 0.086 0.078 0.051 0.049 0.026 0.020 0.012 0.005 73 V 0.215 0.162 0.062 0.151 0.114 0.096 0.095 0.048 0.031 0.018 0.007 74 P 0.290 0.065 0.032 0.094 0.093 0.095 0.141 0.082 0.061 0.032 0.015 75 T 0.189 0.157 0.066 0.137 0.124 0.098 0.101 0.063 0.036 0.019 0.008 76 S 0.058 0.571 0.073 0.128 0.064 0.042 0.029 0.016 0.010 0.007 0.003 77 A 0.038 0.025 0.019 0.086 0.186 0.250 0.205 0.101 0.056 0.024 0.009 78 K 0.768 0.125 0.057 0.035 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.006 0.046 0.122 0.426 0.229 0.103 0.051 0.012 0.004 0.001 0.001 80 I 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.016 0.081 0.166 0.245 0.272 0.204 81 A 0.002 0.005 0.057 0.121 0.221 0.303 0.208 0.053 0.021 0.007 0.002 82 D 0.016 0.038 0.807 0.110 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 G 0.001 0.002 0.009 0.025 0.053 0.175 0.405 0.173 0.088 0.048 0.021 84 Y 0.001 0.001 0.008 0.004 0.005 0.012 0.090 0.167 0.272 0.262 0.179 85 R 0.010 0.026 0.468 0.230 0.151 0.075 0.031 0.006 0.002 0.001 0.001 86 K 0.013 0.037 0.649 0.167 0.080 0.036 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.007 0.005 0.007 0.032 0.188 0.188 0.231 0.209 0.132 88 N 0.001 0.003 0.019 0.025 0.048 0.128 0.359 0.199 0.128 0.062 0.028 89 T 0.015 0.035 0.772 0.118 0.040 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.003 0.016 0.123 0.150 0.200 0.234 0.190 0.052 0.021 0.009 0.003 91 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.037 0.089 0.255 0.315 0.292 92 V 0.001 0.001 0.036 0.069 0.157 0.297 0.296 0.083 0.038 0.016 0.005 93 E 0.005 0.016 0.794 0.121 0.044 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.017 0.017 0.039 0.129 0.389 0.190 0.122 0.066 0.030 95 L 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.008 0.068 0.137 0.253 0.284 0.238 96 Q 0.002 0.019 0.296 0.232 0.256 0.114 0.058 0.015 0.006 0.002 0.001 97 S 0.047 0.068 0.573 0.137 0.079 0.051 0.032 0.007 0.003 0.002 0.001 98 E 0.114 0.066 0.074 0.097 0.108 0.122 0.241 0.086 0.056 0.026 0.010 99 W 0.002 0.002 0.002 0.004 0.012 0.042 0.158 0.181 0.194 0.215 0.188 100 T 0.043 0.627 0.150 0.102 0.043 0.016 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 101 D 0.470 0.086 0.085 0.142 0.114 0.063 0.028 0.006 0.003 0.001 0.001 102 K 0.922 0.051 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.010 0.030 0.043 0.142 0.149 0.212 0.235 0.094 0.057 0.021 0.010 104 L 0.009 0.008 0.009 0.019 0.036 0.092 0.196 0.207 0.189 0.147 0.090 105 T 0.049 0.138 0.613 0.110 0.047 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 106 T 0.103 0.120 0.339 0.211 0.102 0.059 0.038 0.013 0.008 0.004 0.002 107 I 0.067 0.057 0.028 0.090 0.098 0.124 0.191 0.117 0.097 0.075 0.055 108 N 0.039 0.040 0.031 0.065 0.091 0.152 0.214 0.139 0.122 0.069 0.038 109 D 0.219 0.226 0.161 0.188 0.107 0.047 0.029 0.011 0.006 0.003 0.002 110 F 0.041 0.033 0.024 0.054 0.068 0.101 0.202 0.161 0.145 0.105 0.067 111 F 0.133 0.105 0.038 0.112 0.115 0.106 0.151 0.096 0.070 0.043 0.030 112 G 0.475 0.150 0.040 0.097 0.071 0.053 0.049 0.025 0.019 0.012 0.008 113 R 0.229 0.150 0.059 0.143 0.111 0.094 0.091 0.052 0.035 0.024 0.011 114 P 0.525 0.165 0.043 0.103 0.057 0.039 0.032 0.015 0.010 0.006 0.003 115 M 0.018 0.023 0.009 0.046 0.078 0.113 0.205 0.189 0.163 0.101 0.055 116 P 0.110 0.332 0.080 0.158 0.104 0.074 0.061 0.034 0.024 0.014 0.009 117 N 0.016 0.022 0.014 0.081 0.147 0.200 0.229 0.129 0.089 0.049 0.024 118 S 0.082 0.047 0.028 0.080 0.107 0.140 0.198 0.121 0.101 0.061 0.035 119 I 0.007 0.025 0.035 0.222 0.211 0.177 0.175 0.080 0.041 0.017 0.008 120 F 0.002 0.003 0.008 0.017 0.019 0.027 0.107 0.178 0.238 0.236 0.166 121 L 0.001 0.001 0.009 0.012 0.015 0.025 0.099 0.142 0.214 0.257 0.225 122 M 0.001 0.004 0.100 0.101 0.112 0.134 0.208 0.128 0.109 0.069 0.036 123 T 0.001 0.003 0.018 0.037 0.057 0.126 0.280 0.195 0.141 0.097 0.046 124 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.013 0.090 0.173 0.278 0.276 0.154 125 I 0.003 0.005 0.023 0.028 0.032 0.049 0.137 0.157 0.220 0.202 0.144 126 N 0.011 0.030 0.098 0.141 0.169 0.163 0.195 0.094 0.061 0.027 0.013 127 H 0.003 0.012 0.026 0.043 0.047 0.088 0.220 0.201 0.192 0.120 0.048 128 Q 0.028 0.030 0.045 0.097 0.115 0.134 0.223 0.137 0.108 0.058 0.025 129 N 0.111 0.068 0.133 0.173 0.140 0.122 0.119 0.063 0.040 0.019 0.012 130 H 0.005 0.023 0.031 0.075 0.106 0.145 0.240 0.167 0.121 0.064 0.024 131 H 0.002 0.004 0.008 0.013 0.015 0.030 0.121 0.190 0.256 0.226 0.135 132 R 0.012 0.018 0.048 0.112 0.183 0.217 0.213 0.092 0.057 0.032 0.016 133 G 0.013 0.032 0.116 0.147 0.152 0.149 0.183 0.099 0.063 0.030 0.015 134 Q 0.001 0.001 0.005 0.008 0.010 0.019 0.090 0.168 0.259 0.261 0.177 135 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.053 0.118 0.222 0.304 0.289 136 T 0.001 0.005 0.087 0.158 0.211 0.209 0.160 0.074 0.051 0.028 0.016 137 V 0.001 0.005 0.058 0.054 0.069 0.118 0.265 0.153 0.137 0.089 0.051 138 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.008 0.048 0.116 0.233 0.296 0.286 139 M 0.001 0.001 0.010 0.009 0.013 0.033 0.128 0.161 0.228 0.225 0.192 140 R 0.001 0.004 0.127 0.146 0.191 0.205 0.174 0.078 0.042 0.021 0.012 141 Q 0.001 0.006 0.039 0.032 0.064 0.153 0.326 0.166 0.126 0.058 0.029 142 A 0.005 0.005 0.006 0.015 0.020 0.047 0.163 0.187 0.213 0.202 0.137 143 G 0.530 0.220 0.061 0.093 0.042 0.023 0.016 0.006 0.004 0.003 0.002 144 L 0.016 0.031 0.029 0.069 0.083 0.107 0.168 0.163 0.145 0.109 0.081 145 T 0.354 0.316 0.079 0.124 0.067 0.028 0.017 0.007 0.004 0.002 0.002 146 V 0.036 0.033 0.013 0.047 0.067 0.100 0.182 0.153 0.159 0.117 0.092 147 P 0.090 0.068 0.024 0.074 0.082 0.091 0.148 0.122 0.121 0.098 0.081 148 G 0.185 0.077 0.039 0.099 0.091 0.095 0.118 0.085 0.088 0.067 0.057 149 V 0.093 0.055 0.032 0.075 0.065 0.074 0.123 0.111 0.127 0.126 0.119 150 Y 0.077 0.073 0.032 0.091 0.091 0.099 0.143 0.122 0.116 0.094 0.061 151 G 0.294 0.104 0.029 0.071 0.063 0.065 0.097 0.084 0.082 0.068 0.042 152 P 0.186 0.082 0.031 0.081 0.088 0.082 0.123 0.100 0.094 0.080 0.053 153 A 0.121 0.120 0.036 0.073 0.068 0.077 0.105 0.093 0.109 0.109 0.088 154 K 0.094 0.116 0.067 0.177 0.162 0.128 0.099 0.060 0.051 0.031 0.015 155 E 0.449 0.108 0.120 0.109 0.069 0.051 0.040 0.021 0.018 0.010 0.006 156 E 0.120 0.097 0.142 0.193 0.127 0.099 0.097 0.052 0.038 0.020 0.013 157 W 0.046 0.029 0.048 0.051 0.048 0.074 0.161 0.162 0.166 0.129 0.087 158 A 0.039 0.027 0.096 0.098 0.094 0.130 0.173 0.112 0.094 0.076 0.060 159 T 0.053 0.112 0.496 0.146 0.079 0.044 0.034 0.014 0.012 0.007 0.004 160 A 0.046 0.050 0.083 0.101 0.107 0.137 0.164 0.099 0.094 0.072 0.046 161 G 0.163 0.082 0.051 0.077 0.074 0.078 0.124 0.095 0.106 0.088 0.063 162 M 0.080 0.068 0.101 0.117 0.122 0.139 0.155 0.085 0.071 0.041 0.021 163 E 0.144 0.209 0.182 0.192 0.124 0.069 0.044 0.017 0.011 0.006 0.003 164 A 0.050 0.035 0.027 0.042 0.041 0.056 0.116 0.131 0.173 0.176 0.154 165 P 0.424 0.136 0.077 0.106 0.079 0.061 0.055 0.027 0.019 0.011 0.006 166 K 0.372 0.209 0.113 0.136 0.072 0.041 0.030 0.012 0.008 0.004 0.002 167 M 0.133 0.079 0.034 0.076 0.073 0.084 0.124 0.111 0.108 0.099 0.079