# TARGET T0406 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0406.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 771 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.003 0.970 2 Y 0.005 0.009 0.005 0.271 0.005 0.012 0.692 3 Q 0.007 0.006 0.021 0.694 0.052 0.036 0.184 4 T 0.006 0.002 0.025 0.763 0.030 0.034 0.141 5 I 0.001 0.001 0.006 0.978 0.002 0.005 0.007 6 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.002 0.003 0.002 7 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 8 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 9 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 11 S 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.019 0.001 12 W 0.001 0.001 0.004 0.948 0.004 0.036 0.007 13 T 0.001 0.001 0.009 0.854 0.008 0.107 0.021 14 Y 0.002 0.001 0.016 0.757 0.035 0.143 0.046 15 E 0.003 0.003 0.016 0.652 0.061 0.122 0.144 16 T 0.001 0.002 0.025 0.805 0.029 0.057 0.081 17 E 0.001 0.001 0.030 0.852 0.022 0.068 0.026 18 S 0.002 0.004 0.026 0.849 0.020 0.057 0.041 19 T 0.001 0.001 0.013 0.935 0.006 0.020 0.024 20 Q 0.001 0.001 0.014 0.971 0.002 0.008 0.004 21 K 0.001 0.001 0.022 0.963 0.001 0.011 0.002 22 M 0.001 0.001 0.033 0.943 0.001 0.019 0.003 23 L 0.001 0.002 0.144 0.787 0.007 0.052 0.006 24 D 0.001 0.001 0.151 0.497 0.009 0.335 0.006 25 V 0.002 0.002 0.106 0.221 0.040 0.591 0.038 26 L 0.004 0.016 0.002 0.014 0.520 0.015 0.429 27 T 0.001 0.006 0.001 0.003 0.035 0.003 0.949 28 D 0.001 0.001 0.282 0.615 0.009 0.073 0.020 29 E 0.001 0.001 0.428 0.499 0.006 0.060 0.007 30 S 0.002 0.001 0.588 0.350 0.004 0.036 0.019 31 L 0.011 0.018 0.214 0.536 0.017 0.147 0.056 32 S 0.017 0.010 0.145 0.315 0.044 0.365 0.105 33 Q 0.058 0.008 0.038 0.132 0.382 0.138 0.245 34 E 0.087 0.022 0.009 0.025 0.239 0.038 0.580 35 I 0.058 0.163 0.004 0.009 0.109 0.017 0.639 36 A 0.022 0.032 0.003 0.003 0.049 0.028 0.862 37 P 0.002 0.003 0.021 0.009 0.070 0.856 0.040 38 G 0.004 0.003 0.026 0.024 0.096 0.783 0.064 39 H 0.021 0.020 0.022 0.064 0.312 0.108 0.454 40 W 0.046 0.079 0.002 0.044 0.279 0.028 0.522 41 T 0.084 0.069 0.005 0.139 0.123 0.015 0.564 42 L 0.002 0.001 0.007 0.975 0.002 0.007 0.007 43 G 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.002 0.001 44 R 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.002 0.002 45 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.003 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 47 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 48 H 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 49 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.008 0.001 50 V 0.001 0.001 0.007 0.979 0.001 0.012 0.001 51 T 0.001 0.001 0.005 0.953 0.001 0.040 0.001 52 A 0.001 0.001 0.005 0.945 0.001 0.044 0.003 53 I 0.001 0.001 0.005 0.976 0.003 0.009 0.007 54 P 0.001 0.001 0.016 0.974 0.001 0.006 0.002 55 V 0.001 0.001 0.019 0.971 0.001 0.007 0.001 56 I 0.002 0.001 0.013 0.963 0.001 0.018 0.001 57 L 0.003 0.001 0.018 0.940 0.003 0.032 0.002 58 S 0.002 0.001 0.011 0.813 0.003 0.162 0.008 59 G 0.002 0.001 0.021 0.633 0.019 0.258 0.066 60 T 0.004 0.007 0.034 0.294 0.098 0.326 0.237 61 G 0.009 0.010 0.045 0.053 0.138 0.306 0.439 62 L 0.017 0.011 0.045 0.026 0.232 0.113 0.556 63 K 0.031 0.016 0.045 0.021 0.164 0.115 0.608 64 F 0.030 0.024 0.054 0.023 0.233 0.066 0.570 65 E 0.035 0.031 0.054 0.029 0.185 0.144 0.523 66 G 0.032 0.025 0.073 0.038 0.217 0.140 0.475 67 E 0.055 0.041 0.065 0.036 0.135 0.103 0.566 68 T 0.054 0.052 0.116 0.030 0.111 0.109 0.528 69 K 0.046 0.027 0.103 0.034 0.186 0.320 0.283 70 D 0.032 0.019 0.076 0.013 0.207 0.271 0.383 71 Y 0.025 0.022 0.020 0.005 0.369 0.043 0.516 72 P 0.020 0.030 0.010 0.002 0.204 0.050 0.685 73 V 0.010 0.009 0.001 0.001 0.091 0.006 0.882 74 P 0.007 0.007 0.001 0.001 0.015 0.003 0.965 75 T 0.025 0.048 0.003 0.009 0.171 0.012 0.733 76 S 0.015 0.031 0.003 0.027 0.178 0.008 0.737 77 A 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.005 0.006 78 K 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.002 0.001 79 T 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.002 80 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 82 D 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.016 0.001 83 G 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.013 0.005 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 85 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.003 88 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 89 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 91 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 92 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 94 A 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.017 0.001 95 L 0.001 0.001 0.007 0.915 0.003 0.070 0.005 96 Q 0.001 0.002 0.050 0.603 0.023 0.260 0.061 97 S 0.001 0.001 0.068 0.337 0.082 0.442 0.069 98 E 0.003 0.006 0.046 0.141 0.111 0.539 0.154 99 W 0.004 0.018 0.003 0.014 0.262 0.014 0.685 100 T 0.005 0.006 0.003 0.008 0.020 0.006 0.952 101 D 0.001 0.002 0.155 0.754 0.009 0.058 0.021 102 K 0.001 0.001 0.183 0.741 0.004 0.062 0.009 103 D 0.002 0.003 0.313 0.608 0.003 0.045 0.025 104 L 0.012 0.007 0.143 0.703 0.011 0.068 0.056 105 T 0.034 0.005 0.119 0.620 0.034 0.094 0.094 106 T 0.111 0.013 0.090 0.528 0.047 0.084 0.127 107 I 0.194 0.026 0.040 0.393 0.082 0.071 0.193 108 N 0.253 0.068 0.032 0.167 0.157 0.063 0.259 109 D 0.114 0.019 0.048 0.106 0.120 0.284 0.309 110 F 0.046 0.023 0.054 0.056 0.173 0.369 0.279 111 F 0.016 0.008 0.022 0.019 0.147 0.662 0.126 112 G 0.010 0.007 0.019 0.005 0.348 0.437 0.174 113 R 0.034 0.015 0.004 0.003 0.377 0.027 0.540 114 P 0.062 0.046 0.003 0.002 0.067 0.018 0.801 115 M 0.061 0.061 0.001 0.002 0.135 0.002 0.739 116 P 0.038 0.017 0.001 0.007 0.023 0.002 0.911 117 N 0.002 0.001 0.026 0.937 0.003 0.022 0.010 118 S 0.001 0.001 0.012 0.975 0.002 0.008 0.002 119 I 0.001 0.001 0.011 0.982 0.001 0.002 0.004 120 F 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.002 121 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 122 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 123 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 124 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.016 0.001 125 I 0.001 0.001 0.005 0.959 0.002 0.031 0.002 126 N 0.001 0.001 0.008 0.880 0.004 0.098 0.008 127 H 0.001 0.001 0.019 0.849 0.014 0.073 0.041 128 Q 0.001 0.001 0.044 0.840 0.018 0.069 0.026 129 N 0.001 0.002 0.075 0.794 0.013 0.097 0.018 130 H 0.001 0.001 0.035 0.847 0.017 0.061 0.038 131 H 0.001 0.001 0.009 0.920 0.011 0.026 0.032 132 R 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.015 0.001 133 G 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 134 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 135 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 136 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 139 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 141 Q 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.018 0.001 142 A 0.001 0.001 0.003 0.466 0.004 0.524 0.003 143 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.013 0.942 0.030 144 L 0.009 0.008 0.001 0.001 0.043 0.003 0.936 145 T 0.059 0.045 0.002 0.001 0.050 0.003 0.840 146 V 0.097 0.064 0.013 0.003 0.084 0.010 0.729 147 P 0.126 0.019 0.073 0.007 0.169 0.199 0.407 148 G 0.083 0.036 0.108 0.015 0.181 0.258 0.320 149 V 0.088 0.035 0.061 0.020 0.283 0.104 0.409 150 Y 0.053 0.039 0.039 0.015 0.282 0.097 0.476 151 G 0.038 0.028 0.025 0.012 0.410 0.058 0.429 152 P 0.027 0.026 0.035 0.023 0.167 0.097 0.625 153 A 0.027 0.033 0.061 0.069 0.118 0.119 0.573 154 K 0.021 0.015 0.133 0.316 0.109 0.099 0.307 155 E 0.008 0.005 0.195 0.542 0.056 0.085 0.110 156 E 0.011 0.005 0.178 0.589 0.034 0.097 0.085 157 W 0.015 0.008 0.139 0.639 0.027 0.082 0.091 158 A 0.014 0.005 0.109 0.648 0.032 0.091 0.101 159 T 0.013 0.004 0.110 0.636 0.030 0.135 0.074 160 A 0.012 0.008 0.107 0.436 0.045 0.303 0.088 161 G 0.012 0.009 0.100 0.162 0.088 0.470 0.159 162 M 0.028 0.013 0.052 0.077 0.154 0.209 0.466 163 E 0.052 0.028 0.041 0.056 0.126 0.143 0.555 164 A 0.019 0.013 0.027 0.019 0.143 0.015 0.764 165 P 0.015 0.010 0.068 0.019 0.103 0.121 0.665 166 K 0.020 0.029 0.043 0.021 0.071 0.117 0.698 167 M 0.004 0.002 0.003 0.003 0.017 0.003 0.968